신주발행형 주식매수선택권 행사에 따른 행사차익의 손금산입 여부

사 건 2018구합64024 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 ○○○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2018. 12. 18. 판 결 선 고

2019. 2. 15.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 5. 29. 원고에 대하여 한, 2011 사업연도 법인세 000원, 2012 사업연도 법인세 000원 및 2013 사업연도 법인세 000원의 경정거부처분을 각 취소한다.

• 가. ○○ 등의 제조 및 판매업 등을 영위하는 주식회사인 원고는, 임직원들에게 사전에 정하여진 가격(행사가액)으로 원고가 발행하는 신주를 매수할 수 있는 주식매수선택권(이하 ‘신주발행형 주식매수선택권’이라 한다)을 부여하였다.
• 나. 원고의 임직원들 중 일부(이하 ‘이 사건 임직원들’이라 한다)는 2011 사업연도부터 2013사업연도까지 신주발행형 주식매수선택권을 행사하였는데, 원고는 위 각 사업연도의 법인세 신고 시 아래 표 기재와 같은 행사차익(행사 당시 신주의 시가에서 행사가액을 공제한 금액, 이하 통틀어 ‘이 사건 행사차익’이라 한다) 상당액을 손금으로 산입하지 않았다.
• 다. 원고는 이 사건 임직원들에게 근로의 대가(인건비)로 이 사건 행사차익 상당액의 이익을 제공하면서 같은 금액의 비용을 부담하였으므로, 이 사건 행사차익 상당액이 법인세법상 손금에 해당한다고 보아 2017. 3. 24. 피고에게, 2011 사업연도의 법인세 과세표준을 000원, 법인세액을 000원 감액하여 위 감액된 세액을 환급하는 경정, 2012 사업연도의 법인세 과세표준을 000원, 법인세액을 000원 감액하여 위 감액된 세액을 환급하는 경정, 2013 사업연도의 법인세 과세표준을 000원, 법인세액을 000원 감액하여 위 감액된 세액을 환급하는 경정을 청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2017. 5. 29. 이 사건 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2017. 8. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 1. 30. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건의 쟁점 앞서 본 것과 같이 원고는 이 사건 행사차익 상당액이 손금에 해당함을 전제로 이 사건 경정청구를 하였으나, 피고는 이 사건 행사차익 상당액이 손금에 해당하지 않음을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 행사차익 상당액이 원고의 2011 내지 2013 각 사업연도 손금에 해당하는지 여부이다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제2항은 손금을 ‘자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액’으로, 손비를 ‘이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것’으로 각 규정하면서, 제4항에서 그 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2014. 1. 1. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제19조 제3호는 ‘인건비’를 손비의 하나로 규정하고 있다. 한편, 상법 제340조의2 는 ‘회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립․경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 임직원에게 행사가액으로 신주를 인수할 권리(신주발행형 주식매수선택권) 또는 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(자기주식교부형 주식매수선택권)를 부여할 수 있다. 다만, 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다(차액보상형 주식매수선택권)’고 규정하고 있다.

2. 위 각 규정의 내용과 취지에다가 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 행사차익 상당액은 원고의 2011 내지 2013 각 사업연도 손금에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

• 가) 앞서 본 것과 같이 손금에 해당하기 위하여서는 ‘해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래’로 인하여 발생한 것이어야 한다. 차액보상형 주식매수선택권의 행사로 주식의 실질가액과 행사가액 사이의 차액이 보상되는 경우 위 주식매수선택권을 부여한 법인은 그 보상차액만큼 순자산의 감소가 발생하는 반면, 신주발행형 주식매수선택권 행사 시 위 주식매수선택권을 부여한 법인은 그 행사가액만큼 자본이 증가할 뿐 순자산의 감소는 발생하지 않는다. 이에 대하여 원고는 신주발행형 주식매수선택권의 경우 신주를 제3자에게 시가로 발행한 경우와 비교하여 그 차액만큼 순자산의 감소가 있다거나, 신주를 임직원에게 시가로 발행한 후 임직원에게 차액을 지급한 것과 동일하게 볼 수 있어 차액보상형 주식매수선택권의 경우와 마찬가지로 그 차액 상당액이 손금으로 인정되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 신주발행형 주식매수선택권 부여는 차액보상형 주식매수선택권 부여와는 거래형태, 법률적 효과 등에서 차이가 있고, 원고는 이러한 차이를 인식하고 일정한 경제적 목적을 달성하기 위하여 신주발행형 주식매수선택권 부여 방식을 선택한 것이다. 그럼에도 납세의무자인 원고에게 유리하다는 이유로 가정적․의제적으로 거래행위의 내용을 사후에 재구성하거나 신주발행형 주식매수선택권의 부여와는 전혀 다른 법률관계인 제3자 배정 신주발행의 경우를 비교․적용하는 등의 방법으로 그 결과를 번복하는 것은 실질과세의 범위를 넘어서는 것으로서 원칙적으로 허용되지 않으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다(원고는 위 주장의 근거로 대법원 2009. 5. 29. 선고 2007도4949 전원합의체 판결의 판시 내용을 들고 있으나, 위 판결은 제3자 배정 신주발행의 경우 회사법상 공정한 발행가액과 실제 발행가액의 차액만큼 회사가 업무상배임죄에서 말하는 손해를 본 것으로 볼 수 있다는 취지의 판결로서, 나아가 이러한 손해를 순자산의 감소로 보아 손금에 산입할 수 있다는 판단에까지 이른 것은 아닐 뿐만 아니라, 임직원들에게 약정한 행사가액 이상으로 신주를 발행할 수 없고 주식매수선택권 행사 당시 주식 시가와 행사가액 사이의 차액이 존재하여야 그 부여의 목적이 달성될 수 있는 특성을 가진 신주발행형 주식매수선택권의 경우에 원용할 만한 사안도 아니다). 나) 소득세법 제20조 제3항, 같은 법 시행령 제38조 제1항 제17호가 신주발행형 주식매수선택권의 경우 그 행사차익을 임직원의 근로소득으로 보아 과세하는 것으로 규정하고 있고, 위 각 규정에 따라 원고가 이 사건 행사차익에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하였더라도, 이는 과세대상 열거주의를 택하고 있는 소득세법령이 적용된 결과일 뿐이므로, 이 사건 행사차익에 대한 근로소득세 과세 및 납부사실이 이 사건 행사차익을 손금으로 보아야 하는 근거가 될 수는 없다. 손금불산입으로 인하여 근로소득만 인정하고 그에 대응하여 지출된 법인의 비용을 부인하는 결과가 된다고 하더라도, 원고에게 신주발행형 주식매수선택권 부여와 관련한 순자산의 감소가 발생하지 않은 이 사건에서, 이 사건 임직원들의 근로소득으로 인정된 금액만큼을 반드시 손금으로 산입하여야 한다고 보아야 할 논리 필연적 근거가 달리 없는 것이다. 이에 대하여 원고는 신주발행형 주식매수청구권 행사에 따른 행사차익을 비용으로 계상하는 기업회계기준 등을 근거로 들면서 이 사건 행사차익이 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 회계에서의 비용 개념과 법인세에서의 손금 개념이 완전히 동일하다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 법인세법 제43조 에 의하면 기업회계기준 또는 관행은 법인세법 및 조세특례제한법에서 특별한 규정을 두고 있지 않은 범위 내에서 보충적으로 적용되는 점 등을 고려할 때, 기업회계기준을 법인세법상 손금의 해당 여부를 판단하는 기준으로 삼기는 어려우므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 다) 구 법인세법 제20조 제1호 본문에 의하면, 잉여금의 처분이 손비로 계상된 경우에는 손금에 불산입되나, 그 예외를 규정한 같은 호 단서의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항 제3호 나목은 ‘기획재정부령1)으로 정하는 주식매수선택권을 부여받은 자에 대하여 신주발행형 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액’은 손금에 산입하도록 하고 있고, 그 부칙(대통령령 제25640호. 2014. 9. 26.) 제1조, 제2조에 의하면 2014. 9. 26. 신설된 위 시행령 규정(이하 ‘제1신설규정’이라 한다)은 2014. 10. 1.부터 시행되며, 그 시행일 이후의 주식발행분부터 적용된다[다만 구 법인세법이 2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되면서 잉여금 처분 중 일정한 성과급에 대하여 예외적인 손금 산입을 허용하는 근거 규정인 제20조 제1호 단서가 삭제됨으로써 잉여금 처분은 손금 산입 대상에서 예외 없이 제외되었고, 이에 따라 구 법인세법 시행령 또한 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되면서 제1신설규정이 삭제되었다]. 또한, 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정된 법인세법 시행령에서는 손금으로 산입되는 손비에 ‘신주발행형 주식매수선택권에서 그 신주의 실제 매수가액과 시가의 차액’을 추가하는 규정이 신설되었는데[제19조 제19호의2 가목의 2), 이하 ‘제2신설규정’이라 하고, 제1신설규정과 통칭할 때에는 ‘각 신설규정’이라 한다], 그 부칙 제2조에 의하면 제2신설규정은 2018. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용된다. 이 사건 행사차익은 각 신설규정의 적용 시점 이전에 발생하였는데, 원고는 각 신설규정의 성격이 창설적 규정이 아니라 신주발행형 주식매수선택권 행사에 따른 행사차익이 손금에 해당한다는 것을 확인하는 의미의 규정이므로, 이 사건 행사차익이 각 신설규정의 적용 시기 이전에 발생하였다고 하더라도 손금에 해당한다고 주장한다. 그러나 아래와 같은 사정을 종합하면, 각 신설규정은 조세정책적 목적에서 신설 1) 된 창설적 규정의 성격을 가지므로, 이와 다른 전제에서 신주발행형 주식매수선택권의 행사차익 상당액이 ‘인건비’ 또는 ‘그 밖의 손비’로서 손금에 해당하였던 것을 확인한 취지에 불과하다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 각 신설규정은 그 부칙에 적용시점이 명시되어 있어 이를 그 적용시점 이전의 이 사건 행사차익에 대하여 소급 적용하는 것은 적용시점을 명시한 부칙 규정의 문언에 정면으로 반한다.

② 또한, 제1신설규정은 손금 산입이 허용되는 잉여금 처분의 범위를 기존 차액보상형 주식매수선택권의 경우에서 신주발행형 주식매수선택권의 경우에까지 확대한 것인데, 신설 당시 그 개정이유에 ‘벤처기업 등의 우수인재 유치를 지원하기 위하여 벤처기업 등이 부여한 주식매수선택권의 행사로 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 주식의 시가와 매수가액의 차액을 손금으로 산입할 수 있도록 함’으로 되어 있어, 손금산입의 허용 범위를 확대하는 내용의 제1신설규정은 정책적인 고려가 반영된 결과 신설된 것으로 보인다.

③ 제2신설규정은 제1신설규정이 삭제된 2018. 2. 13.자 구 법인세법 시행령의 개정 시 신설된 규정으로, 그 개정(신설)이유는 명시되어 있지 않으나, 그 규정내용과 제1신설규정에 관한 개정이유 등에 비추어, 제1신설규정과 마찬가지로 정책적 고려에 따라 손금 산입의 허용 범위를 확대하려는 취지에서 신설된 것으로 보인다.

④ 원고는 각 신설규정이 확인적 규정에 불과하다는 주장의 근거로 대법원 2015. 11. 17. 선고 2012두3491 판결을 들고 있다. 그러나 위 판결은 모회사가 자회사의 임직원에게 한 차액보상을 자회사가 현금으로 보전하여 그 보전액만큼의 순자산의 감소가 발생한 사안에서 자회사의 위 보전액을 구 법인세법 시행령 제19조 제3호 가 규정한 인건비에 해당한다고 판단한 것으로, 그와 달리 별도의 순자산 감소가 발생하지 않은 신주발행형 주식매수청구권에 관한 이 사건에 그대로 적용된다고 보기는 어렵다(또한, 위 대법원 판결의 원심판결에서 확인적 규정의 성격을 가지는 것으로 판시된 규정인 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제19조 제19호 에 대하여서는 기획재정부에서 발간한 ‘2008 간추린개정세법’에서도 그 개정이유를 ‘자회사가 업무와 관련하여 지출한 인건비 성격의 비용에 대해 손비 인정됨을 명확화’하기 위한 것이라고 설명하고 있다).

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각한다. 1) 구 법인세법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제480호로 개정되기 전의 것) 제10조의3에서중소기업창업 지원법에 따른 창업자,기술신용보증기금법에 따른 신기술사업자,벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업 등이 부여한 주식매수청구권을 규정하고 있는데, 그 구체적 내용은 별지 관계 법령 중 해당 부분 기재와 같다.