법인의 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우 그 자를 대표자로 하여 상여처분함

사 건 2018구합62318 종합소득세등부과처분취소 원 고 CCC 피 고 zz세무서장 변 론 종 결

2019. 07. 25. 판 결 선 고

2019. 10. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 6. 7.1) 원고에 대하여 한 2009년 귀속 종합소득세 204,344,940원(가산세 포함)의 부과처분 및 2011년 귀속 종합소득세 68,181,260원(가산세 포함)에 대한 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 1) nnn종합건설 주식회사(이하 ‘NNN’이라 한다)는 토목공사업 등을 목적으로 하는 회사이다.

2. 주식회사 HHH(이하 ‘HHH’이라 한다)은 2003. 9. 19. 의약품 제조업 등을 영위하기 위한 목적으로 설립된 회사이다.

3. 한편, HS은 2010. 4. 20.경 00제약 주식회사를 흡수합병한 후 합병된 회사의 상호를 ‘00제약 주식회사’로 변경하였다.

4. HHH은 2011. 10. 20. 00제약 주식회사에 합병되었다(이하 합병 전에는 종전의 명칭으로 지칭하고, 합병 후에는 모두 ‘00제약’으로만 지칭한다).

• 나. HHH은 2009. 8. 13. NNN과 00시 00동에 전문의약품 생산공장(이하 ‘○○공장’이라 한다) 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사대금 385억 원(부가가치세 포함)에 도급하는 공사도급계약을 체결하였다.
• 다. 00세관은 2012. 10.경 NNN의 법인자금 국외도피 혐의를 조사하는 과정에서 00제약에 대한 외국환거래법위반 혐의 관련 과세자료를 00세무서장에게 통보하였다.
• 라. 00세무서장은 2014. 11. 27.부터 2014. 12. 24.까지 HHH에 대하여 부분조사를 실시하였다. 그 결과 00세무서장은 HHH이 NNN에 지급한 돈 중 45억 원을 원고가 횡령한 것으로 보고, 그 가운데 HS에서 회수한 3,366,682,900원을 제외한 1,133,317,100원이 HHH의 실질적 대표자인 원고에게 귀속되었다고 보거나 그 귀속이 불분명함을 이유로 원고에게 귀속된 것으로 간주하였다. 00세무서장은 2015. 1. 2. 위 1,133,317,100원을 세금계산서 발행액에 따라 2009년 귀속 소득금액 755,544,733원, 2010년 귀속 소득금액 377,772,367원으로 안분하여 각 원고에 대한 상여로 소득처분하고(이하 각 ‘00제약 2009년 소득처분’, ‘00제약 2010년 소득처분’이라 한다), 00제약에 소득금액변동통지를 하였으며, NNN의 관할세무서인 00세무서에 과세자료를 통보하였다.
• 마. 00세무서장은 2015. 1. 20.부터 2015. 2. 18까지 NNN에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 NNN의 실제 대표자이고, NNN이 이 사건 공사를 도급받아 공사를 진행하는 과정에서 법인자금을 부당하게 유출하였다고 판단하였다. 00세무서장은 2015. 4. 6. ‘2009년 귀속 부당유출된 자금 중 사용처가 불분명한 407,235,267원’ 및 ‘000종합건설의 2011년 귀속 추계결정 소득금액 167,212,000원’을 각 원고에 대한 상여로 소득처분하고(이하 각 ‘이 사건 2009년 소득처분’, ‘이 사건 2011년 소득처분’이라 한다), 이를 피고에게 통보하였다.
• 바. 피고는 2016. 6. 7. 원고에 대하여 2009년 인정상여액 407,232,267원 및 2011년 인정상여액 167,212,000원을 근로소득에 합산하여, 2009년 귀속 종합소득세 204,344,940원과 2011년 귀속 종합소득세 68,181,260원을 각 경정·고지하였다(이하 각 ‘이 사건 2009년 부과처분’, ‘이 사건 2011년 부과처분’이라 하고, 합하여 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2016. 9. 7. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 12. 29. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 12 내지 13호증(가지번호 있는 경우 이를 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증, 8 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 원고는 00제약의 경영자로서 쟁점 공사에 일부 관여하였을 뿐 NNN의 임원이 아니었고, NNN의 주식을 소유한 사실도 없다. 원고를 NNN의 실질대표자로 보고 한 이 사건 각 부과처분은 근거과세원칙에 반한다.

2. 피고는 이 사건 2009년 소득처분에 해당하는 금액을 익금산입함과 동시에 손금산입하여, 최종적으로 NNN의 2009년 세무회계상 익금에 해당하는 금원이 ‘0’원이므로, 이 사건 2009년 소득처분은 법인세법시행령 제106조 제1항 제1호 의 소득처분의 요건인 ‘익금의 산입’을 흠결한 것으로 위법하다.

3. 이 사건 2009년 소득처분은, 00세무서장이 이미 원고에 대하여 한 2009년 00제약 소득처분 및 2010년 00제약 소득처분과 같은 내용으로서 중복된 것이다. 따라서 이 사건 2009년 부과처분은 이중과세의 위법이 있다.

4. 이 사건 2009년 부과처분의 국세부과제척기간은 5년인데, 피고는 부과제척기간이 도과한 2016. 6. 14. 이 사건 2009년 부과처분을 하였으므로 이는 취소되어야 한다.

5. 이 사건 2011년 소득처분 167,212,000원 중 35,292,000원은 피고가 2010년 2기 매출에 해당하는 519,000,000원을 2011년 1기 매출로 오인하여 산출된 것이다. 따라서 이에 따라 부과된 이 사건 2011년 부과처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고는 2008. 12.경 김00에게 HS의 매출을 부풀릴 것을 지시하였고, 김00은 2008년도 4분기에 00약업에 1,652,682,000원, 00약품에 1,052,266,600원, @@@에 1,322,329,800원 등의 허위 매출채권이 있는 것처럼 HS의 재무제표를 작성하였다.

2. 원고는 HHH이 ○○공장을 신축함을 기화로 비자금을 조성하기로 마음먹고 김00에게 NNN을 인수하도록 지시하였다. 김00은 2009. 7. 15. HHH으로부터 320,000,000원을 대여받아 자신의 친구인 이00 명의로 NNN 주식을 100% 인수하였으며, 2009. 7. 22. 이00을 NNN의 대표이사로 등기하였다.

3. HHH은 2009. 8. 13. NNN에 ○○공장 신축공사를 공사대금 385억 원(부가가치세 포함)에 도급하고, NNN에 2009. 8. 31. 계약금 38억 5,000만 원을 지급한 것을 비롯하여 2009. 12. 10. 10억 원, 2009. 12. 18. 20억 원, 2010. 1. 20. 10억 원을 각 공사대금 명목으로 지급하였으나3), ○○공장 신축공사는 공사 도중 중단되었다.

4. 원고는 2009. 8. 31.부터 2010. 1. 20.까지 HHH에서 NNN에 송금한 합계 78억 5,000만 원(공사계약금 38억 5천 만 원과 공사선수금 중 40억 원) 중 일부를 비자금으로 만들기로 하였다. 원고의 지시에 따라 김00은 아래 <NNN 자금유출내역> 표 기재와 같이 NNN의 농협 계좌(계좌번호: 3)에서 4회에 걸쳐 8억 원을, NNN의 하나은행 계좌(계좌번호: *4)에서 3회에 걸쳐 12억 5천만 원을 임의로 출금하고, NNN이 ○○으로부터 건설자재를 수입하는 것처럼 허위 계약서를 첨부하여 2009. 12. 14.부터 2010. 2. 2.까지 7회에 걸쳐 법인 자금을 유출하여 2,997,012,000원을 ○○에 송금한 후 환치기를 하여 2,661,800,000원을 회수하였다. 그에 따라 2009. 8. 31.부터 2010. 2. 2.까지 NNN의 법인자금 5,047,012,000원이 부당 유출되었다.

5. NNN에서 2009년 부당유출된 3,103,850,000원 중 􎳔1,621,070,000원은 00제약의 가공매출채권 회수액으로 사용되었고, 􎳕320,000,000원은 김00에게 지급되어 NNN의 인수자금 대여금 상환에 사용되었으며, 나머지 1,162,000,000원은 리베이트 자금 조성을 위해 사용되었는데 그 중 􎳖00세무사장이 원고에 대하여 2009년 귀속 소득으로 상여처분한 755,544,733원을 제외한 􎳗나머지 407,235,267원은 귀속이 불분명하다(3,103,850,000원 = 􎳔1,621,070,000원 + 􎳕320,000,000원 + 􎳖755,544,733원 + 􎳗407,235,267원). 그리고 2010년 부당유출된 1,943,000,000원 중 1,830,000,000원은 00제약의 가공매출채권 회수액으로, 리베이트 자금 조성을 위해 113,000,000원이 사용되었다. 00세무서장은 2009년 부당유출된 3,103,850,000원 중 위 􎳔1,621,070,000원, 􎳕320,000,000원, 􎳖755,544,733원을 각 ‘기타 사외유출’로 소득처분하고, 나머지 􎳗귀속이 불분명한 407,235,267원을 대표자인 원고에게 귀속된 것으로 보아 원고에 대한 상여로 소득처분하였다.

6. NNN의 2011년 법인세는 과세관청에 의한 추계결정 금액에 근거하여 산정되었고, 00세무서장은 추계결정 소득금액 131,920,000원을 NNN의 대표이사였던 이00에게 상여로 처분하여 소득금액 변동통지를 하였다. 그런데 00세무서장은 ‘NNN이 2010. 12. 31. HHH에 이 사건 공사 제10회 기성금 519,000,000원을 청구하면서 같은 날 위 금액에 대하여 발행한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)의 공급시기가 2010. 12. 31.이 아닌 2011. 1. 20.이다‘라는 이유로 이 사건 세금계산서상의 공급가액인 519,000,000원에 대하여 매입세액 불공제를 하였다. 이에 따라 NNN의 2010년 2기 매출 중 519,000,000원이 2011년 1기의 매출로 구분되어 추계결정 소득금액 35,292,000원이 추가로 발생하였다. 00세무서장은 원고를 NNN의 실질대표자로 보아 2015. 4. 6. 위 이00에 대한 131,920,000원의 인정상여를 취소하고, 원고에 대하여 기존 추계결정 소득금액 131,920,000원과 추가로 발생한 추계결정 소득금액 35,292,000원의 합인 167,212,000원을 상여로 소득처분하였다. [인정근거] 갑 제1, 4 내지 9, 12, 13호증, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의취지

• 라. 판단

1. 원고가 NNN의 대표자인지 여부에 관한 판단

• 가) 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서에서 규정하고 있는 소득처분에 따른 대표자에 대한 인정상여제도는, 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계 없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데에 그 취지가 있는 것으로서 이와 같은 경우 상여처분의 대상이 되는 법인의 대표자는 그 문면에 좇아 제한적으로 엄격히 해석하여야 한다(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누3120 판결 참조). 위 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하면서 괄호 안에 예외적으로 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 한다고 규정하여 대표자가 아니면서 사실상 대표자로 간주할 수 있는 경우를 위 규정상의 괄호안의 사유로 제한하고 있는 점에 비추어 보면, 위 규정상 상여처분이 의제되는 대표자는 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자이거나, 위 괄호 안의 요건을 갖춘 주주 등 임원 중 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자이어야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두6417 판결 등 참조).
• 나) 원고는 NNN의 법인등기부상 대표자로 등재된 적이 없으므로, 원고가 일정한 주식 보유를 통하여 위 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 조항의 괄호 안에서 종한 요건을 갖춘 주주등인 임원에 해당하여야 귀속이 불분명한 사외유출 금액을 원고에게 귀속된 것으로 볼 수 있다.
• 다) 그런데 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 원고가 당시 NNN의 임원으로 등재되거나 주식을 자신의 명의로 소유하고 있지 않았다고 하더라도 원고가 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 ‘주주등인 임원’에 해당한다고 볼 수 있다.

(1) 원고는 HHH의 비자금 조성 등을 목적으로 NNN을 인수하기로 하고, 김00은 원고의 지시에 따라 2009. 7. 15. HHH으로부터 320,000,000원을 대여받아 자신의 친구인 이00 명의로 NNN 주식을 100% 인수하였으며, 2009. 7. 22. 이00을 NNN의 대표이사로 등기하였다. 그런데 원고는 이00 명의의 NNN 주식 100%에 대하여 본인 명의로 질권 설정을 하였고, ○○ 공장 신축공사가 중지된 직후인 2011. 6. 27. 위 주식을 압류 후 대표자를 ○○○로 변경하였다.

(2) 00세무서의 세무조사 당시 김00은 원고로부터 이 사건 공사의 공사비를 부풀려 자금을 유용할 계획으로 건설회사를 인수하라는 지시를 받고 NNN을 인수한 것이며, 이 사건 공사 관련 최종 결제 승인자는 모두 원고였으며 이00은 명의만 대여한 것에 불과하다고 진술하였고, 현재 대표자인 ○○○도 자신이 00제약의 직원으로부터 대표자 임명 제의를 받고 명의만 대여한 것이라고 진술하였다.

(3) 나아가 원고는 NNN의 주식인수자금을 대여해 준 HHH의임원으로서 특수관계에 있는 HS을 통하여 HHH의 주식 74.37%를 소유하고 있었고, 자신의 처남인 오00을 HHH의 대표이사로 취임시킨 후 실질적으로 회사를 운영해 왔다.

(4) 이러한 사정에 비추어 보면 원고가 NNN 주식의 실질적인 소유자라고 봄이 상당하다. 그리고 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호 에 의하면 “임원”이란 “가. 법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인, 나. 합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사, 다. 감사, 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자”를 의미하는데, 원고는 NNN의 대표이사에 준하는 직무에 종사하는 자로서 임원에도 해당한다.

• 라) 따라서 원고가 NNN의 대표자가 아니므로 이 사건 각 처분이 근거과세원칙에 위반된다는 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 소득처분 요건 흠결 주장에 관한 판단 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 에 따르면 법인세법제67조에 따라 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다. 살피건대, 을 제4호증의 기재에 의하면, 00세무서장은 NNN의 2009년 부당유출액 3,103,850,000원을 익금산입하면서, 􎳔00제약의 가공매출채권 회수액 1,621,070,000원, 􎳕○○○ 대여금 상환액320,000,000원, 􎳖○○세무서가 기 상여처분한 755,544,733원을 각 ‘기타사외유출’로, 􎳗귀속이 불분명한 407,235,267원을 ‘상여’로 소득처분한 사실, 위와 같은 부당유출로인하여 당기순손익에는 변동 사항이 없으므로 00세무서장이 위와 같은 익금산입과 동시에 세무조정을 위하여 3,103,850,000원을 가공선수금 등으로 손금산입한 사실을인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 손금산입은 기업회계와 세무회계 사이의 차이를 조정하기 위한 세무조정일 뿐이고, 소득처분의 요건인 익금산입의 요건이 충족되었으므로 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 2009년 부과처분의 이중과세 여부에 관한 판단

• 가) 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것이다(대법원 2017. 9. 7. 선고2016두57298 판결 등 참조). 한편, 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 “법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다”는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로(대법원 1992. 7. 14. 선고 92누3120 판결 참조), 이 경우 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명할 책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합해 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 2009년 소득처분이 00제약 2009년 소득처분 및 00제약 2010년 소득처분과 중복된다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 2009년 부과처분이 이중과세에 해당한다는 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

(1) 00세무서장은 NNN이 HHH으로부터 지급받은 돈 중 5,047,012,000원이 부당유출되었는데, 그 중 3,103,850,000원은 2009년에, 1,943,162,000원은 2010년에 유출되었다고 보았다.

(2) 00세무서장은 2009년 부당유출 3,103,850,000원에서 중 00세무서장의 2009년 00제약 소득처분 금액 􎳖755,544,733원을 제외하고 남은 금액만으로 이 사건 2009년 소득처분을 하였다.

(3) 원고는 위 3,103,850,000원에서 00세무서장의 2010년 00제약 소득처분금액 377,772,367원이 제외되지 않아서 이중과세라고 주장하나, 위 금액은 애초에 2010년에 귀속되는 금액이므로 2009년 부당유출액에서 제외할 것이 아니다(피고는 NNN의 2010년 부당유출금에 관하여는 별도로 소득처분하지 않았다).

4. 이 사건 2009년 부과처분이 부과제척기간 도과 후 이루어진 것인지 여부

• 가) 국세의 부과제척기간에 관하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 는 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’이라고, 같은 항 제3호는 ‘제1호 등에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’이라고 규정하고 있었다. 그런데 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호 후단에 ‘이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세에 대해서도 그 소득세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다’는 규정(이하 ‘개정규정’이라 한다)을 신설하였다. 개정규정의 적용과 관련하여 구 국세기본법 부칙(2011. 12. 31. 법률 제11124호) 제2조 제1항은 ‘제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조 에 따라 처분하는 금액부터 적용한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 개정규정은, 판례가 법인 대표자의 사기 기타 부정한 행위로 인하여 법인세의 부과제척기간이 10년에 해당하더라도, 법인의 대표자가 귀속분명으로 인한 상여처분 또는 귀속불분명으로 인한 상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로인해 부과될 소득세까지 포탈하기 위하여 그러한 행위를 한 것으로 보기 어렵다는 이유로 상여처분 또는 인정상여처분으로 인한 종합소득세에 관한 부과제척기간이 원칙적으로 5년이라고 판시하자(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조), 법인세법에 의하여 소득처분된 금액에 대한 조세범처벌법의 적용을 배제한 구 조세범처벌법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 전부 개정되기 전의 것) 제9조의2 제2호를 삭제함과 아울러 사기 기타 부정행위로 포탈한 법인세와 관련하여 상여, 배당 등으로 처분한 금액에 대한 소득세의 부과제척기간도 법인세와 마찬가지로 10년으로 삼기 위하여 마련된 것이다. 한편 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고 특별한 예외규정이 없는 한 그 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건사실에 소급하여 적용하는 것은 허용될 수 없지만(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 헌법 제13조 제2항 내지 국세기본법 제18조 제2항 에서 말하는 소급입법은 이 과거에 완성된 사실․법률관계를 규율의 대상으로 하는 이른바 진정소급효를 가지는 입법만을 말하는 것이므로, 개정 법률 시행 후 최초로 제척기간의 진행이 시작되는 것부터 새로운 입법을 적용하는 경우에는 진정소급효 또는 부진정소급효의 입법에 속하지 아니하고(대법원 2001. 9. 14. 선고 2000두406 판결, 헌법재판소 2003. 6. 26. 선고 2000헌바82 결정 등 참조), 개정 법률 시행 당시 사실관계가 진행 중이거나 부과제척기간이 진행 중에 있는 것에 관하여는 이른바 부진정소급효의 입법에 불과하여 원칙적으로 새로운 법령의 적용이 가능하다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결, 대법원 1999. 9. 3. 선고 98두7060 판결, 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결, 헌법재판소1997. 6. 26. 선고 96헌바94 결정 등 참조). 개정규정에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 진정소급입법은 허용되지 않으므로, 2012. 1. 1. 이후 소득처분이 이루어진 경우라고 하더라도 개정규정의 시행일 전에 이미 부과제척기간이 도과한 경우에는 개정규정의 부칙규정을 적용할 수 없으나, 개정규정의 시행일 당시 아직 부과제척기간이 도과하지 아니한 상태에서 2012. 1. 1.이후에 소득처분이 이루어졌다면 개정규정의 부칙규정이 적용되어 그 포탈한 법인세에 관한 상여처분으로 인한 소득세의 부과제척기간은 10년이 된다고 보아야 할 것이다(대법원 2014. 3. 27.자 2013두25627 판결, 대법원 2015. 10. 14.자 2015두45274 판결 등 참조). 나) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 말하는 ‘사기 기타 부정한 행위’라고함은 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서, 어떤 다른 행위를 수반함이 없이 단순한 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다 할 것이나, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 장부상의 허위기장 행위, 수표 등 지급수단의 교환 반복 행위, 여러 개의 차명계좌를 반복적으로 이용하는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 인정할 수 있다(대법원 2011. 3. 24. 선고 2010도13345 판결 등 참조). 여기서 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지에 따라판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 등 참조).
• 다) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건 2009년 부과처분에 관하여 살펴본다. 이 사건 2009년 부과처분은 그 소득세의 신고기한인 2010. 5. 31. 다음 날인 2010. 6. 1. 부터 부과제척기간이 진행하므로, 개정규정의 시행일인 2012. 1. 1. 당시 5년의 부과제척기간이 도과하지 않았다. 따라서 개정규정은 원고에 대한 2009년 소득세에 관하여 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 적용하는, 이른바 부진정 소급입법에 해당하고 이는 원칙적으로 허용된다. 또한 앞서 든 각 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① NNN은 위와 같이 원고의 지시 하에 HHH ○○공장 신축공사를 하도급 받아 자재 수입을 가장하여 거짓계약서를 작성하고 해외 불법송금을 통한 환치기 등의 부정한 방법으로 총 5,047,012,000원의 법인 자금을 부당하게 유출한 점, ② 법인세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세인 점, ③ 2009년의 경우 법인자금 부당유출액 익금과 동시에 손금에 계상함으로써 법인세는 경정되지 아니하고 원고에 대한 상여처분만 이루어졌지만, 2010년의 경우 부당유출금액 1,943,000,000원 및 가공매출에 대한 경정으로 법인세 1,241,282,990원이 경정․고지된 점 등을 종합하면, 거짓계약서를 작성하고 환치기 등으로 재산을 은닉하고 거래를 조작하여 익금을 누락하고 이를 대표자에게 유출시킨 원고의 행위는 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위로서 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이와 같이 포탈한 법인세와 관련하여 상여 처분된 금액에 대한 소득세에 관해서는 개정규정에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다. 그런데 피고가 위 2010. 6. 1.로부터 10년이 경과하기 전인 2016. 6. 7. 이 사건 2009년 부과처분을 하였으므로, 이 부분 처분은 부과제척기간 내에 이루어졌다. 따라서 이에 반하는 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

5. 이 사건 2011년 부과처분과 관련하여, 피고가 2010년 2기 매출에 해당하는 519,000,000원을 2011년 1기 매출로 오인한 것인지 여부에 관한 판단 살피건대, 앞서 인정한 사실에 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정 즉, ㉠ 00세무서장은 이 사건 세금계산서의 공급가액인 519,000,000원에 대하여 매입세액 불공제를 하고, 00제약에 대하여 2010년 제2기 부가가치세 90,010,170원을 경정․고지한 사실, ㉡ 00제약은 00세무서장을 상대로 “① 이 사건 공사 제10회 기성금 519,000,000원의 공급시기는 2010. 12. 31.이므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, ② 설령 사실과 다른 세금계산서라도 부가가치세법 시행령 제54조 제2항 이 정하고 있는 선발급세금계산서에 해당한다”고 주장하며 그 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기한 사실, ㉢ ○○지방법원은 2017. 10. 17. 00제약의 청구를 기각하며(2016구합), 위 ① 주장에 관하여, 이 사건 공사계약의 기성금의 공급시기는 매달 말일이 아니라, 기성고 검사 후에 기성금액이 확정된 때이므로, 제10회 기성금 청에 대한 기성검사 결과에 따라 기성금액이 확정된 2011. 1. 20.에서야 제10회 기성분에 대한 공급시기가 도래하였다고 볼 것이고, 따라서 이 사건 세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하였고, 위 ② 주장에 관하여, 이 사건 세금계산서는 부가가치세법 시행령 제54조 제2항 이 정하고 있는 선발급 세금계산서로 인정할 수 없다고 판단한 사실, ㉣ 00제약은 위 판결에 대하여 항소 및 상고하였으나 모두 기각되어 위 판결이 확정된 사실[○○고등법원(○○) 2017누, 대법원 2018두*], ㉤ 행정소송의 수소법원이 관련 확정판결의 사실인정에 구속되는 것은 아니지만, 관련 확정판결에서 인정한 사실은 특별한 사정이 없는 한 행정소송에서도 유력한 증거자료가 되는 점 등을 종합하면, 피고가 2010년 2기 매출에 해당하는 519,000,000원을 2011년 1기 매출로 오인한 것으로 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.