소득금액변동통지서 전자송달의 위법, 금전의 무상대부가 아닌 채무변제, 가중평균차입율 적용, 추계과세의 위법(국패)

사 건 2018구합61391 법인세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 ZZ세무서장 변 론 종 결

2019. 12. 5. 판 결 선 고

2020. 2. 14.

1. 피고가 2016. 1. 11. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 근로소득세 13,827,130원, 2014 사업연도 법인세 153,505,962원(가산세 포함), 2014년 귀속 근로소득세234,090,929원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다1).

• 가. 원고는 전자부품 실크인쇄 제조, 판매업, 부동산임대업 등을 영위하는 회사이고, 유AA는 2010. 4. 6.부터 2013. 12. 16.까지 원고의 대표이사의 지위에 있었다.
• 나. 중부지방국세청장은 2014. 2.경 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과 아래 표 중 순번 1, 2, 4 내지 13번 기재와 같이 2011. 9. 22.부터 2013. 6. 28.까지 원고의 계좌에서 대표이사이던 유AA의 계좌로 합계 7,160,000,000원을 이체하여 무상 대여된 금원을 유AA가 주식회사 법인AA(이하 ‘법인AA’라 한다) 및 주식회사 법인BB(이하 ‘법인BB’라 한다)의 주식취득 자금 등으로 사용하였으나, 아래 표 순번 14번 기재와 같이 2013. 12. 24. 5,000,000원만을 변제한 것으로 보고 피고에게 과세자료를 통보하였고, 그 이후 아래 표 중 순번 3번 기재 1,000,000,000원의 가지급금에 대한 통보가 누락되었음을 이유로 그에 대한 과세자료를 추가 통보하였다(이하 위 표 중 원고의 계좌에서 유AA의 계좌로 이체된 순번 1 내지 13 금원을 합하여 ‘이 사건 각 금원’이라 하고, 위 표의 각 금원을 개별적으로 지칭할 때는 그 순번에 따라 ‘이 사건 제○ 금원’이라 한다).
• 다. 이에 피고는 2016. 1. 11. 원고가 이 사건 각 금원을 유AA에게 무상 대여한것이라는 이유로 부당행위계산부인하여 ① 추가 통보된 이 사건 제3 금원에 대한 2013 사업연도 귀속 인정이자 79,820,712원, 유AA의 계좌로 유출된 가지급금 잔액 8,155,000,000원(= 8,160,000,000원 - 5,000,000)에 대한 2014 사업연도 귀속 인정이자 562,695,000원(= 8,155,000,000원 × 1년 × 당좌대출이자율 연 6.9%) 및 추계조사 방식에 따라 산정된 추계소득 134,232,844원, 합계 696,927,844원을 각 익금산입하여 원고에 대하여 2014년 사업연도 법인세 153,505,962원(가산세 34,120,394원 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).
• 라. 또한 피고는 이 사건 각 금원에 대한 2013 사업연도 귀속 인정이자 79,820,712원, 2014 사업연도 귀속 인정이자 562,695,000원 및 추계소득 134,232,844원이 유AA에게 사외유출된 것으로 보아 유AA에 대한 상여로 소득처분한 다음 2015. 5.경 원천징수의무자인 원고에게 2013년 귀속 유AA의 인정상여액 79,820,712원, 2014년 귀속 유AA의 인정상여액 696,927,844원에 대한 소득금액변동통지가 이루어졌으나, 원고가 그에 대한 원천징수의무를 이행하고 있지 않다는 이유로 2013년 귀속 근로소득세 13,827,130원 및 2014년 귀속 근로소득세 234,090,929원을 각 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 근로소득세 부과처분’이라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 각 근로소득세 부과처분를 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2016. 4. 7. 및 2016. 4. 8. 각 이의신청을 거쳐 2016. 8. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2017. 11. 21. 그 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제2 내지 4, 7, 15 내지 19, 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 근로소득세 부과처분의 적법 여부

• 가. 당사자들의 주장 원고는, 피고가 원고에 대해 소득세법 시행령 제192조 제1항 에 따른 소득금액변동통지서를 송달한 사실이 없으므로 이 사건 각 근로소득세 부과처분은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는, 원고가 2006. 1. 25. 전자우편주소를 특정하여 전자고지를 신청하였고, 이 사건 소득금액변동통지서가 2016. 1. 11. 원고의 위 전자우편으로 발송되었으므로, 송달과 관련한 하자는 존재하지 않는다고 주장한다.
• 나. 관련 법리 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 당해 소득금액에 대한 법인의 원천징수의무가 성립함과 동시에 확정되는 것이지만, 소득처분만에 의하여 곧바로 원천징수의무가 성립하는 것은 아니며 소득금액변동통지가 있어야만 비로소 법인의 원천징수의무가 성립·확정되는 것이므로, 과세관청이 내부적으로 소득처분을 하였다고 하더라도 그 내용을 소득금액변동통지를 통해 법인에게 고지하지 않은 경우에는 법인에게 원천징수의무가 없다(대법원 2006. 8. 25. 선고 2006두3803 판결 등 참조). 그리고 과세처분에 관한 납세고지서의 송달이 국세기본법 제8조 제1항 의 규정에 위배되는 부적법한 것으로서 송달의 효력이 발생하지 아니하는 이상, 그 과세처분은 무효이다(대법원 1995. 8. 22.선고 95누3909 판결 등 참조). 한편, 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항은 ‘제8조에 따른 서류 송달은 교부, 우편 또는 전자송달의 방법으로 한다’라고 규정하고 있고, 제10조 제10항은 전자송달을 할 수 있는 서류의 구체적인 범위 및 송달 방법 등에 관한 사항을 대통령령에 위임하고 있으며, 그 위임에 따른 국세기본법 시행령 제6조의4 제1항 은 ‘법 제10조 제10항에 따라 전자송달할 수 있는 서류는 납세고지서 또는 납부통지서, 국세환급금통지서, 신고안내문, 그 밖에 국세청장이 정하는 서류로 한다’라고 규정하고 있다. 또한 국세기본법 제11조 제1항 에 의하면 서류의 송달을 받아야 할 자의 주소 또는 영업소가 분명하지 않거나, 제10조 제4항에서 규정한 자(서류를 송달받아야 할 자 또는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람)가 송달할 장소에 없는 경우로서 등기우편으로 송달하였으나 반송되는 경우에는 공시송달을 할 수 있고, 공시송달의 효력은 서류의 요지를 공고한 날부터 14일이 경과함으로써 발생하는 것으로 본다.
• 다. 판단 먼저 이 사건 각 소득금액변동통지서는 국세기본법 제10조 제1항, 같은 조 제10항, 국세기본법 시행령 제6조의4 제1항, 전자송달 서류의 범위 등에 대한 고시(국세청 고시 제2012-71호) 제2조에서 정한 전자송달할 수 있는 서류에 해당하지 아니하므로, 피고가 원고에 대해 이 사건 각 소득금액변동통지서를 전자송달의 방법으로 송달하였다고 하더라도 이를 적법한 송달로 볼 수 없다. 그리고 을 제20호증의 기재만으로는 피고가 이 사건 각 근로소득세 부과처분의 전제가 되는 원천징수의무의 성립·확정을 위한 이 사건 각 소득금액변동통지서를 교부, 우편 또는 공시송달의 방식으로 원고에게 적법하게 송달하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 결국 원고에 대한 이 사건 각 금원에 관한 원천징수의무가 성립하였다고 볼 수 없어 이 사건 각 근로소득세 부과처분은 위법하다.

3. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

• 가. 부당행위계산에 해당하는지에 관하여

1. 당사자들의 주장

• 가) 원고 이 사건 각 금원 중 이 사건 제1, 2 금원은 원고가 유AA에 대해 부담하던 채무를 변제한 것이므로 자금의 대여로 볼 수 없고, 이 사건 제12 금원은 원고의 계좌에서 법인AA의 계좌로 이체된 것이어서 유AA에 대한 대여가 아니다. 또한 이 사건 제3, 4, 5, 7, 8, 9, 10 금원은 법인AA의 계산에 따라 단순히 원고의 계좌를 거쳐 유AA의 법인AA 및 법인BB 주식 취득에 사용되거나 법인AA의 사채자금 변제에 사용된 법인AA 소유의 자금이므로 원고의 자금을 유AA에게 대여하였다고 볼 수 없어 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호에서 정하고 있는 부당행위계산에 해당하지 않는다.
• 나) 피고 유AA에 대한 형사판결문에 의할 때 법인AA로부터 원고 계좌로 입금된 돈은 1,000,000,000원에 불과하므로 원고 주장 금원의 원천이 법인AA라는 사실이 입증되지 않았고, 설령 위 각 금원의 원천이 법인AA라고 가정하더라도 이 사건 각 금원이 원고의 계좌로 입금된 점, 유AA가 원고의 계좌에 입금된 이 사건 각 금원을 임의로 인출하여 법인AA과 법인BB의 주식을 취득하였으며 이를 통해 법인AA의 회장에 취임하고 대주주가 되는 등 개인적으로 사용한 점 등을 고려하면, 이 사건 각 금원은 모두 업무무관가지급금에 해당하고 유AA가 원고에게 그에 관한 이자를 지급한 사실이 없으므로, 부당행위계산부인의 대상이 된다.

2. 이 사건 각 금원과 관련하여 공통되는 인정사실

• 가) 유AA는 2010. 4. 6.부터 2013. 12. 16.까지 원고의 대표이사로 재직하였다.
• 나) 법인AA의 최대주주 겸 대표이사였던 이AA은 2011년 하반기부터 법인AA의 지분 및 경영권 매각을 추진하였다. 법인AA를 인수하려는 위AA은 남AA을 통해 법인AA의 인수 주체로 내세울 법인을 물색하였는데, 그 과정에서 원고를 소개받았고, 유AA는 2012. 1. 하순경 이를 승낙하였다. 이AA은 2012. 2. 9. 유AA와 ‘유AA가 운영하는 원고가 이AA으로부터 이AA이 소유하고 있는 법인AA 보통주식 2,350,118주와 보통주식 836,570주에 대한 신주인수권증권 및 경영권을 28,920,000,000원에 인수하되, 계약체결 당일 계약금 25,650,000,000원을 지급하고 잔금 3,270,000,000원은 2012. 2. 13. 지급한다’는 내용의 주식 및 경영권 양수도계약을 체결하였다. 유AA는 그 무렵 법인AA의 회장으로 취임하였다.
• 다) 유AA는 아래와 같이 ① 남AA, 정AA과 공모하여 법인AA와 주식회사 법인CC(이하 ‘법인CC’라 한다), 법인DD 주식회사(이하 ‘법인DD’이라 한다) 사이의 가장거래를 통해 법인AA의 자금 9,207,000,000원을 업무상 횡령하고, ② 남AA, 정AA과 공모하여 법인AA의 자금 4,300,000,000원을 업무상 횡령하여 유AA의 법인BB 인수자금으로 사용하고, ③ 법인AA로부터 3,000,000,000원을 차용하여 법인BB 인수자금으로 사용하고, 이를 법인BB의 자금으로 변제하여 법인BB의 자금 3,000,000,000원을 업무상 횡령하였다는 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄의 범죄사실 등이 유죄로 인정되어 1심에서 징역 6년을 선고 받았고[서울중앙지방법원 2014. 12. 18. 선고 2014고합242, 377(병합), 541(병합), 858(병합) 판결], 이에 대한 항소심에서 유AA의 양형부당 주장이 받아들여져 징역 3년을 선고 받았으며(서울고등법원 2015. 7. 3. 선고 2015노5 판결, 이하 ‘관련 형사 판결’이라 한다), 위 판결은 그 무렵 확정되었다. [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 관련 법리 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을말하고, 법인세법 제52조 에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2003두13267 판결 참조). 구체적으로 법인세법 제52조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항은 법인이 특수관계자에게 금전을 무상 또는 시가보다 낮은 이율로 대부함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 과세관청이 이를 부당행위계산으로 보아 그에 관한 인정이자를 계산하여 익금에 산입할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 법인이 금전을 대여한 행위가 행위 당시를 기준으로 할 때 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면, 설령 법인이 특수관계 없는 자에게 금전을 대여함으로써 법인과 특수관계에 있는 자가 경제적으로 어떠한 이익을 얻었다고 하더라도 이를 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 소정의 부당행위계산에 해당한다고 할 수 없다. 그리고 특수관계자에 대한 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는경우에는 무상의 금전대부에 준하는 것으로서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 에 해당하여 그에 대한 인정이자를 익금산입할 수 있지만, 이를 위해서는 당해 법인이 채권을 보유하고 있음이 전제되어야 하고(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599판결 등 참조), 법인이 지급받은 매매대금과 은행대출금을 장부에 기장누락시켰다는 이유만으로 위 각 금원이 실제로 특수관계에 있는 누구와의 거래에 있어서 과연 무상으로 대여 또는 대여로 보는 행위가 있었는가를 확정함이 없이 막연하게 특수관계에 있는 누구인가에게 대여한 것이라고 간주하여 위 매매대금 및 대출금액에 따른 각 인정이자를 법인의 당기 소득금액 계산상 익금으로 가산하여 이에 상응한 법인세를 부과하여서는 아니 된다(대법원 1982. 11. 23. 선고 80누466 판결 등 참조). 한편, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894판결 등 참조).

4. 판단

• 가) 쟁점의 정리 및 입증책임 앞서 든 각 증거, 갑 제8 내지 23, 26 내지 28호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 법인 계좌에 입금되어 있던 이 사건 각 금원이 대표이사인 유AA의 계좌로 이체되는 등의 방식으로 유AA의 법인AA, 법인BB 주식 취득과 같은 개인적인 용도로 사용된 사실, 원고가 유AA로부터 이 사건 각 금원에 관한 이자 상당액의 금원을 수취하지 않은 사실이 인정되고, 원고가 2014 사업연도 법인세 신고를 하지 아니하였을 뿐만 아니라 원고의 장부도 현재 존재하지 아니하는바, 여기에 원고와 유AA의 관계, 이체된 금원의 액수, 이체 횟수 및 기간 등을 고려하여 볼 때 특별한 사정이 없는 한 원고가 유AA에 대해 이 사건 각 금원 상당의 채권을 보유하고 있다고 보는 것이 타당하고, 이자 미수취, 법인세 미신고 등의 사정에 비추어 보면 이는 경제적 합리성이 결여되어 원고의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 무상의 금전대부에 준하는 것에 해당하므로, 특별한 사정이 없는 한 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 에 따라 인정이자를 익금산입하는 것이 타당하다. 그러나 한편 앞서 본 법리와 관계 법령들을 종합하여 볼 때, 원고와 유AA 사이에 실질적으로 대여 또는 대여에 준하는 행위가 있었다고 볼 수 없거나 원고가 유AA에 대해 채권을 가지고 있다고 보기 어려운 특별한 사정이 입증된 경우에는 그와 같은 금원의 이체사실만으로는 무상의 금전 대여가 있었다고 보기 어렵고, 그러한 특별한 사정에 대한 입증책임은 이를 주장하는 원고가 부담한다고 보아야 한다. 따라서 이하에서는 원고의 주장에 따라 그러한 특별한 사정이 존재한다고 볼 수 있는지에 관하여 살펴본다(원고는 이 사건 제6, 11, 13 금원에 대해서는 금전의 무상 대여에 준하는 것으로 부당행위계산에 해당한다는 점을 명시적으로 다투고 있지 아니하다).
• 나) 이 사건 제1, 2 금원에 관하여

(1) 원고의 주장 원고가 2010. 12. 31. 당시 유AA에 대해 563,000,000원의 차입금 채무를 부담하고 있었고 이 사건 제1, 2 금원은 위 채무 중 일부를 상환한 것이므로 원고가 유AA에게 이 사건 제1, 2 금원을 무상 대여하였다고 볼 수 없다.

(2) 판단 앞서 든 각 증거, 갑 제7, 53호증, 을 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고에 대한 2010년도 감사보고서에 따르면, 당시 원고의 재무상태표상 단기차입금은 합계 6,219,654,660원으로 그 중 대표이사 유AA에 대한 단기차입금은 563,000,000원으로 기재되어 있는 사실, ② 원고에 대한 2011년도 감사보고서에 따르면, 대표이사 유AA에 대한 단기차입금은 0원으로 기재되어 있는 사실, ③ 원고의 2010년 표준대차대조표에 따르더라도 유AA에 대한 단기차입금은563,000,000원은 미지급금 307,946,698원, 예수금 5,675,470원, 미지급비용 86,695,590원과의 합계 1,063,317,758원에 포함되어 유동부채 중 기타 계정과목에 계상되어 있는 사실, ④ 유AA는 2010. 4. 6. 원고의 대표이사로 취임하였고, 그 무렵부터 2010. 11. 30.경까지 원고의 계좌로 합계 705,400,000원을 입금하였으며 같은 기간 동안 원고로부터 급여를 포함하여 261,600,000원을 지급받은 사실이 인정된다. 이러한 사실들을 종합하면, 원고는 당시 유AA에 대해 563,000,000원 가량의 채무를 부담하고 있었다고 보는 것이 타당하므로, 이 사건 제1, 2 금원은 이에 대한 변제 명목으로 지급된 것으로 보이고 달리 원고가 유AA에게 이 사건 제1, 2 금원을 무상 대여하였다고 볼 만한 자료가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 다) 이 사건 제3, 4, 5, 7, 8, 9, 10 금원에 관하여

(1) 인정사실 앞서 든 각 증거, 갑 제24, 29 내지 31, 38 내지 52, 60 내지 68호증, 을 제29 내지 35호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 인정된다. (가) 이 부분 각 금원의 흐름 이 부분 각 금원은 아래와 같이 ▪법인AA의 자금으로서 법인CC, 주식회사 법인EE(변경 후 상호 주식회사 000시스템, 이하 ‘법인EE’이라한다)의 순차 가공거래에 따라 마련된 법인EE의 예금을 담보로 금융기관으로부터 대출받은 돈이 원고의 계좌에 입금된 것이거나(이 사건 제3 금원), ▪법인AA,법인EE, 원고의 순차 가공거래에 따라 원고의 계좌에 입금된 것이거나(이 사건 제8내지 10 금원), ▪법인AA 또는 법인EE과 원고와의 가공거래에 따라 원고의 계좌에 입금된 것이거나(이 사건 제5, 7 금원), ▪형식적으로는 원고가 주식회사 법인FF(이하 ‘법인FF’라 한다)로부터 차용한 것이나 사실상 법인AA가 이를 변제한 것으로(이 사건 제4 금원), 위 각 금원이 원고의 계좌에서 곧장 인출되어 모두 유AA의 법인AA 또는 법인BB의 주식 취득자금, 법인AA의 사채자금 변제에 사용된 사실이 인정된다.

① 이 사건 제3 금원(2012. 9. 5.자 1,000,000,000원) 유AA는 2012. 8. 21. 법인AA와 법인CC, 법인EE 사이의 순차 허위거래를 통해 법인EE에게 입금된 법인AA의 자금4,294,000,000원을 담보로 4,000,000,000원을 대출받아 2012. 8. 23. 그 중 3,850,000,000원을 유AA의 계좌에 입금하였고, 그 중 1,000,000,000원을 출금하여 2012. 9. 4. 원고의 국민은행 계좌에 유상증자 대금 명목으로 입금하였다가 곧장 이를 수표로 출금하였으며, 합계 1,000,000,000원의 위 수표는 2012. 9. 5. 유AA의 증권계좌에 입금되어 법인AA 주식 취득에 사용되었다[관련 형사 판결의 범죄사실 중 범죄일람표 (2) 순번 1]

② 이 사건 제4, 5 금원(2012. 9. 12.자 2,000,000,000원 및 2012. 9. 13.자 2,000,000,000원) 원고의 기업은행 계좌로 2012. 9. 12. 법인FF로부터 3,500,000,000원이, 같은 날 법인EE으로부터 500,000,000원을 각 입금되었고, 이 중 2,000,000,000원은 2012. 9. 12. 유AA의 계좌로 이체되어 유AA의 법인AA 주식 취득에 사용되었고, 나머지 2,000,000,000원은 2012. 9. 13. 유AA의 계좌로 이체되어 그 무렵 법인AA의 사채자금 변제에 사용되었다. 한편, 원고는 법인FF에 2012. 9. 28. 1,000,000,000원, 2012. 10. 15. 800,000,000원, 2012. 10. 17. 1,7000,000,000원, 합계 3,500,000,000원을 모두 변제하였는데, 위 돈은 법인AA와 법인EE, 원고 사이의 순차 가장거래 등을 통해 원고에게 입금된 사실상 법인AA의 자금이다.

③ 이 사건 제7 금원(2012. 10. 19.자 500,000,000원) 법인AA로부터 2012. 10. 19. 원고의 기업은행 계좌로 500,000,000원이 입금되었고, 같은 날 원고의 위 계좌에서 유AA의 계좌로 500,000,000원이 이체되어 유AA의 법인BB 주식 취득에 사용되었다[관련 형사판결의 범죄사실 중 범죄일람표 (3) 순번 1].

④ 이 사건 제8 금원(2012. 10. 25.자 200,000,000원) 법인AA, 법인EE, 원고의 순차 가장거래를 통해 2012. 10. 25. 법인EE으로부터 원고의 기업은행 계좌로 200,000,000원이 입금되었고, 같은날 위 200,000,000원이 수표로 인출되어 2012. 10. 26. 이BB(법인BB 주식의 매도인)의 계좌에 입금되는 등 유AA의 법인BB 주식 취득에 사용되었다.

⑤ 이 사건 제9 금원(2012. 11. 1.자 1,000,000,000원) 법인AA, 법인EE, 원고의 순차 가장거래를 통해 2012. 11. 1. 법인EE으로부터 원고의 기업은행 계좌로 1,000,000,000원이 입금되었고, 같은날 위 1,000,000,000원이 이BB의 계좌에 입금되어 유AA의 법인BB 주식 취득에 사용되었다[관련 형사 판결의 범죄사실 중 범죄일람표 (3) 순번 2].

⑥ 이 사건 제10 금원(2012. 11. 2.자 850,000,000원) 법인AA, 법인EE, 원고의 순차 가장거래를 통해 2012. 11. 2. 법인EE으로부터 원고의 기업은행 계좌로 850,000,000원이 입금되었고, 같은날 위 850,000,000원이 이BB의 계좌에 입금되어 유AA의 법인BB 주식 취득에 사용되었다. 그리고 유AA는 2012. 11. 2. 법인BB의 자금으로 위 850,000,000원을 포함한 3,000,000,000원을 법인AA에 변제하였다[관련 형사 판결의 범죄사실중 범죄일람표 (4) 순번 1, 2, 3]. (나) 중부지방국세청은 2014. 2.부터 2014. 12.까지 법인AA에 대해 조세포탈 및 세금계산서수수의무위반 등의 혐의로 법인통합조사를 실시하였는데, 그 과정에서 법인AA->주식회사 법인MM(이하 ‘법인MM’라 한다)->법인EE->법인AA로 이어지는 회전거래를 통해 원재료 매출/매입을 가장한 허위거래로 세금계산서를 수수한 사실과 법인EE->법인CC 또는 법인DD->법인AA로 이어지는 회전거래를 통해 기계장치 구매를 가장한 허위거래로 세금계산서를 수수한 사실 등을 밝혀내고, 법인AA가 2012년 1기부터 2013년 2기까지 법인EE, 법인CC, 법인MM에게 합계 25,335,245,200원의 허위 매출세금계산서를 발행하고, 2011년 1기부터 2013년 1기까지 법인EE, 원고, 법인CC, 법인DD, 법인BB 등으로부터 합계 42,076,775,438원의 허위 매입세금계산서를 수취한 사실을 확정하고, 그에따라 법인AA, 법인EE, 법인MM 등에 대해 위 기간 동안의 부가가치세 및 법인세에 관한 경정처분을 하였다. (다) 피고는, 원고의 2012년 1기분 중 법인EE과 법인MM에 대한 매출 합계 약 395,000,000원, 법인EE에 대한 매입 약 252,000,000원, 2012년 2기분 중 법인AA, 법인EE, 법인MM, 법인NN에 대한 매출 합계 4,075,000,000원, 법인NN에 대한 매입 약 928,000,000원, 2014년 1기분 중 법인AA와 주식회사 법인oo(이하 ‘법인oo’라 한다)에 대한 매출 합계 약 5,323,000,000원, 사업AA, 법인NN에 대한 매입 합계 약 2,722,000,000원, 2013년 2기분 중 법인oo에 대한 매출 약 1,011,000,000원, 사업AA에 대한 매입 약 1,033,000,000원을 가공거래로 확정하고, 그에 따라 2015. 1.경 원고에 대한 2012년 1기분부터 2013년 2기분까지의 부가가치세 및 2012년, 2013 사업연도 법인세를 각 경정하였다. (라) 앞서 본 것과 같이 원고의 대표이사였던 유AA는 이 사건 제3, 7, 9, 10 금원 등과 관련하여 법인CC, 법인DD과의 가공거래를 통한 법인AA의 자금 9,270,000,000원의 업무상 횡령, 법인BB 인수를 위한 법인AA의 자금 4,300,000,000원의 업무상 횡령 등의 범죄사실로 형사처벌을 받았다. (마) 유AA는 관련 형사 판결의 범죄사실로 수사를 받던 중이던 2014. 2. 24. 법인BB의 우리사주 조합에 자신이 보유하던 법인BB의 주식 6,279,783주 중 1,904,762주(지분율 19.73%)를 2,000,000,000원에 양도하고 우리사주조합이 법인BB로부터 빌린 2,000,000,000원을 대금으로 지급받아 이를 법인AA에 대하여 현금 공탁하고, 나머지 3,023,051주(지분율 31.3%)를 법인AA에 대하여 현물 공탁하는 등 원고가 아닌 법인AA에 대한 채무 변제를 위해 노력하였다. (바) 법인AA의 재무 담당 전무로서 법인AA의 자금횡령을 주도한 남AA은 유AA와의 사전 협의에 따라 이 사건 각 금원으로 유AA 명의로 법인AA의 주식을 매수하고, 2012. 11.경에는 유AA 명의로 된 법인AA의 주권을 찾아가기도 하는 등 유AA는 법인AA 측과의 사전 협의를 거쳐 이 사건 각 금원으로 법인AA의 주식을 취득하였다.

(2) 판단 (가) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 사실관계와 앞서 든 각 증거들 을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 형식적으로 이 사건 제3, 4, 5, 7, 8, 9, 10 금원이 원고로부터 유AA에게 지급되었다고 하더라도, 실질적으로 이 부분 각 금원에 관하여는 법인AA와 유AA 사이에 채권·채무관계가 존재하고 있다고 보는 것이 타당하므로, 원고가 유AA에 대해 이 부분 각 금원 상당의 채권을 보유하고 있다거나 원고가 유AA에게 이 부분 각 금원을 무상 대여하였다 볼 수 없고, 결국 원고에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 볼 수 없는 특별한 사정이 입증되었으므로, 결국 이 부분 각 금원의 이체행위가 부당행위계산에 해당한다고 보기 어렵다.

① 이 사건 제3, 4, 5, 7, 8, 9, 10 금원은 유AA가 남AA, 정AA과 공모하여 법인AA의 자금을 횡령하는 과정에서 법인AA, 법인CC, 법인EE 등과 원고 사이의 허위거래의 외관을 작출하고, 다만 그 횡령수단의 일환으로 원고의 계좌를 거쳐 유AA에게 지급된 것으로 법인AA 측의 의사에 따라 유AA 명의로 법인AA의 주식을 취득하거나 유AA의 법인BB 주식 취득 등에 사용되었다.

② 피고를 비롯한 과세관청은 원고, 법인AA, 법인CC, 법인EE 등 사이의 거래를 모두 이 부분 각 금원의 입·출금 외관을 작출하기 위해 이루어진 허위거래로 보아 부가가치세 및 법인세 경정처분을 하였다. (나) 한편, 피고는 이 사건 제3 금원은 원고의 유상증자에 따른 주금으로 사용된 원고의 자본금이므로 위 금원이 원고의 계좌에서 유AA의 계좌로 인출된 이상 이를 원고의 유AA에 대한 대여금으로 보아야 한다고 주장한다. 주식회사의 이사이자 주주인 자가 제3자로부터 금원을 차용하여 주금을 가장납입한 후 납입은행으로부터 납입금액을 반환받아 제3자에게 변제한 경우, 회사가 주주나 이사에게 그 가장납입금을 무상으로 대여한 것이거나, 일시 차입금을 가지고 주주의 주금을 체당 납입한 것과 같이 볼 수 있어, 회사가 그 주주에게 주금 상당의 채권을 가지고 있다고 볼 여지는 있다(대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두5574 판결 참조). 이 사건의 경우 을 제26호증의 기재에 의하면, 원고의 국민은행 계좌(계좌번호000-01-0006-000)로 2012. 9. 4. 주식납입금 명목의 1,000,000,000원(이 사건 제3 금원)이 입금된 사실은 인정된다. 그러나 한편, 갑 제3, 70 내지 72호증, 을 제25 내지28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 제3 금원이 입금되기 이전인 2012. 8. 31.경 보통주식 200만 주의 유상증자(자본금 1,000,000,000원)를 실시하였고, 이 사건 제3 금원은 2012. 9. 4. 유상증자를 거치지 아니하고 곧장 인출되어 2012. 9. 5. 유AA의 증권계좌로 입금되어 법인AA의 주식 취득에 사용된 사실이 인정될 뿐이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 제12 금원에 관하여 원고는, 이 사건 제12 금원의 경우 원고의 계좌에서 2013. 5. 28. 법인AA의 계좌로 200,000,000원이 이체되었을 뿐 유AA의 계좌로 이체된 사실이 없다고 주장한다. 그러나 을 제35, 36호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 기업은행 계좌에서 2013. 5. 28. 유AA의 계좌(국민은행 000000-04-022974)로 200,000,000원이 이체된 사실이 인정되므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

6. 소결 따라서 이 사건 각 금원 중 제6, 11, 12, 13 금원만이 원고의 유AA에 대한 무상 대여로서 부당행위계산부인의 대상이 된다.

• 나. 인정이자 산정의 적법성 여부에 관하여

1. 인정이자 산정시 적용하여야 할 이자율

• 가) 관련 법리 법인세법 제52조 제2항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙(2016. 3. 7. 기획재정부령 제544호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항 내지 제3항에 의하면, 법인이 특수관계자에게 금전을 무상 또는 저리로 대여하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 실제로 이자소득이 발생하였는지 여부와 무관하게 가중평균차입이자율(자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율)을 시가로 하여 인정이자를 산정하도록 하고 있고, 다만 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우(특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우, 차입금 전액이 채권자가 불분명한 사채 또는 매입자가 불분명한 채권·증권의 발행으로 조달된 경우 등)에는 당좌대출이자율[이 사건의 경우 법인세법 시행규칙 제43조 제2항 에 따라 연 6.9%]을 시가로 보도록 정하고 있다. 그리고 부당행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 이러한 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결 참조).
• 나) 당사자의 주장 앞서 본 것과 같이 피고는 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 당좌대출이자율을 시가로 보아 인정이자를 산정하였고, 이에 대해 원고는 이 사건 각 금원이 인출될 무렵 원고가 중소기업은행으로부터 자금을 대출받아 사용하고 있었으므로, 그 대출금에 관한 이자율을 가중평균한 가중평균차입이자율을 기초로 인정이자를 산정하여야 한다고 주장한다.
• 다) 판단 갑 제25, 69호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 제6, 11, 12, 13 금원의 대여 당시 특수관계인이 아닌 중소기업은행에 대해 아래 표와 같은 조건의 차입금 채무를 부담하고 있었던 사실이 인정되므로, 아래 표와 같은 이자율을 기초로 이 사건 제6, 11, 12, 13 금원의 대여 당시 가중평균차입이자율을 계산할 수 있고, 앞서 본 것과 같이 가중평균차입이자율을 산정하기 어려운 사정이 있는 경우에 한하여 당좌대출이자율을 시가로 보아 인정이자를 계산할 수 있는 것이므로, 결국 피고가 이 사건 법인세 부과처분을 함에 있어 당좌대출이자율을 기초로 인정이자를 계산한 것은 위법하다. 이에 대해 피고는, 원고가 2014 사업연도 법인세를 신고하지 않아 피고에게 관련 자료가 존재하지 아니하였고, 원고가 중소기업은행에 대한 위 차입금 채무 이외에다른 차입금 채무를 부담하고 있을 가능성이 있으므로 가중평균차입이자율의 산정이 불가능하여 당좌대출이자율에 따라 인정이자를 계산할 수밖에 없다고 주장한다. 그러나 과세처분취소소송에 있어서 심리의 대상은 과세관청이 결정한 과세가액의 존부이고, 소송당사자는 사실심 변론종결시까지 과세표준액 등의 존부 내지 범위에 관한 모든 자료를 제출하고 그 때까지 제출된 자료에 의하여 과세처분의 적법 여부를 심판해줄 것을 주장할 수 있고(대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두12615 판결 등 참조), 원고가 중소기업은행에 대하여 위 표와 같은 차입금 채무를 부담하고 있는 사실은 앞서 본 것과 같으며, 나아가 특수관계자가 아닌 자에 대해 다른 차입금 채무를 부담하고 있다는 점을 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

2. 일부 변제 주장

• 가) 원고는, 유AA의 배우자 서순영이 2014. 1. 24. 유AA의 원고에 대한 채무 변제 명목으로 45,000,000원을 원고의 우체국 계좌로 입금하였으므로, 이러한 변제 사실을 반영하여 이 사건 제6 11, 12, 13 금원에 관한 2014 사업연도 귀속 인정이자가 다시 산정되어야 한다고 주장한다. 이에 대해 피고는, 서순영이 2014. 1. 24. 원고의 계좌로 입금한 위 45,000,000원이 유AA의 원고에 대한 채무의 변제 명목으로 지급된 것이라고 볼 수 없다고 주장한다.
• 나) 살피건대 갑 제21, 54, 55호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 유AA의 처 서AA이 2014. 1. 24. 원고의 우체국 계좌로 45,000,000원을 입금한 사실은 인정되나 그러한 사실만으로는 위 금원이 유AA의 원고에 대한 채무 변제 명목으로 지급된 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 다. 추계과세의 적법성에 관하여

1. 관련 법리 소득세법상 추계과세는 수입금액이나 과세표준결정의 근거가 되는 납세자의 장부나 증명서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위여서 실지조사가 불가능한 경우에 한하여 인정되므로, 실지조사가 가능한 장부나 증명서류 등이 있을 경우에는 추계과세를 할 수 없다. 그리고 과세처분의 취소소송에서 소송당사자는 그 취소소송의 변론종결 시까지 모든 자료를 제출하고 그때까지 제출한 자료에 의하여 과세처분의 적법 여부를 심판할 것을 주장할 수 있다. 따라서 과세관청이 그 처분 당시 장부 등의 미비로 추계과세를 하였다고 하더라도, 그 처분의 취소소송에서 장부나 그 밖의 증명서류가 나타났을 때에는 그 장부 등에 의한 실지조사의 방법으로 수입금액이나 과세표준을 결정하여야 한다(대법원 2015. 7. 9. 선고 2015두1076 판결).

2. 앞서 든 각 증거들에 의하면, 피고는 원고가 2014 사업연도 법인세를 신고하지 아니하자 원고의 2014 사업연도 부가가치세 과세표준(222,381,502원)을 근거로 수입금액을 산정하고, 원고가 수취한 세금계산서합계표로 확인되는 금액 합계56,125,722원을 매입비용으로 인정한 후 인쇄 제조업에 적용되는 기준경비율 14.4%를 적용하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실이 인정된다. 그런데 갑 제3, 29 내지 36, 69호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고의 대표이사 유AA가2014. 2.경 구속되었고, 그 무렵 원고의 장부 등 관련 서류들도 수사기관에 의해 압수된 사실, ② 피고가 인정한 원고의 2014 사업연도 수입금액은 모두 원고 소유였던 00시 00구 00동 1029-31 소재 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 임대소득인사실, ③ 2014년 당시 이 사건 건물에 관하여 채권최고액 5,000,000,000원, 채권자 중소기업은행, 채무자 원고인 근저당권설정등기가 마쳐져 있던 사실, ④ 원고의 중소기업은행에 대한 2014. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지의 대출금 이자로 100,119,699원이 발생한 사실, ⑤ 원고에 대해 2014년도 재산세로 합계 14,854,220원이 부과된 사실, ⑥ 원고의 우체국 계좌에 따르면, 2014. 1.~2.까지 직원 급여 명목으로 금원이 인출된 사실이 각 인정된다. 이와 같이 원고가 그 객관적인 자료 등을 통해 제시한 비용의 내역이 신빙성 있어 보이므로, 피고는 이러한 자료를 기초로 한 실지조사의 방법에 의해 손금산입 여부를 따져 2014 사업연도 소득금액 및 과세표준을 산정하여야 한다. 따라서 추계조사의 방법에 따라 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

• 라. 정당한 세액의 산정 앞서 본 것과 같이 피고는 원고의 2014 사업연도 법인세를 계산하는 과정에서 부당행위계산부인의 대상을 잘못 산정하고, 그 인정이자를 산정함에 있어 시가의 기준이 되는 이자율을 잘못 선택하였으며, 실지조사가 아닌 추계조사의 방법으로 수입금액과 비용을 산정하였다. 그런데 과세처분 취소소송에서 법원은 당사자 제출한 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4.28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 그런데 이 사건 변론에 나타난 증거들만으로는 정당한 세액을 계산할 수 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분은 전부 취소할 수밖에 없다.

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.