국내에 등록되지 아니한 특허발명의 사용대가로 지급받은 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없음

사 건 2018구합61308 법인세경정거부처분취소 원 고

○○○○○○○○엘엘씨 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2018. 6. 27. 판 결 선 고

2019. 2. 13.

1. 피고가 2017. 6. 7. 원고에게 한 2013년도 귀속 법인세 745,918,687원의 경정 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라고 한다)의 법률에 따라 설립된 유한책임회사로서, 2013. 8.경 내국법인인 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’라고 한다)와 사이에, 원고가 ○○○○에게 특허 24개(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)에 관한 사용권을 부여하고, 그 대가로 미화 530만 달러(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.
• 나. 원고와 ○○○○ 사이에 이 사건 계약이 체결될 당시 작성된 특허사용계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라고 한다)에는 이 사건 특허에 관하여 ‘별첨A에 기재된 특허 및 특허출원들, 그리고 그와 관련되거나 그에 따라 발생하는 권리를 의미한다.’고 기재되어 있는데, 별첨A에 기재된 특허는 총 24개로, 그 중 미국 등 세계 각국에 등록된 특허는 21개이고, 위 등록된 특허 가운데 국내에 등록된 특허(등록번호가 기재된 것을 말한다)는 3개이다.
• 다. ○○○○는 이 사건 사용료를 원천징수 대상 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한․미 조세협약’이라고 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여, 법인세 852,478,500원을 원천징수하여 피고에게 납부하였다.
• 라. 원고는 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한 대가는 원천징수 대상 국내원천소득이 아니므로, 특허 개수대로 안분한 미화 662,500달러(= 미화 530만 달러 × 3개/24개)만이 국내원천소득이고, 정당세액은 106,559,813원(= 852,478,500원 × 3개/24개, 원 미만은 반올림한 금액임)에 불과하다고 주장하면서, 피고에 대하여 745,918,687원(= 852,478,500원 - 106,559,813원)이 원고에게 환급되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2017. 6. 7. ‘ 법인세법 제93조 제8호 는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 원고의 경정청구를 받아들일 수 없다’는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 11. 22. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 관련 법령 기재와 같다.

• 가. 원고 한․미 조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국 거주자가 국내 거주자로부터 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용에 대한 대가로서 받은 지급금은 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다. 따라서 국내에 등록되어 있지 않은 특허권에 대한 사용 대가가 국내원천소득에 해당하여 원천징수대상이 된다고 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 피고 원고가 한․미 조세협약 제3조의 ‘미국의 거주자’에 해당한다는 점 및 원고가 미국에서 소득세를 신고할 때 이 사건 사용료에 대하여 국내에서 원천징수된 법인세를 국외납부세액으로 공제받지 않은 점이 입증되지 않았으므로, 이 사건 사용료 소득에는 한․미 조세협약이 적용되지 않는다. 또한, 한․미 조세협약에서 ‘사용지’를 사용료 소득의 원천지로 판단하는 이른바 ‘사용지주의’를 취하면서도, ‘사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한․미 조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 국내법에 따라 판단하여야 한다. 그런데 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호 단서 후문이 ‘국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득이라도 그 소득이 해당 특허권을 국내에서 제조․판매 등에 사용한 대가에 해당한다면 국내원천소득으로 본다.’고 규정하고 있으므로, 이 사건 특허권에 대한 국내에서의 사용 대가인 이 사건 사용료 소득은 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이러한 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

• 가. 한․미 조세협약의 적용 여부 한․미 조세협약 제3조 제1항 (b)호는 “‘미국의 거주자’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 규정하면서, (i)목에서 ‘미국법인’을 들고 있고, (ii)목에서 ‘미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는 단체를 제외함), 다만 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다.’고 규정하고 있다. 그러므로 살피건대, 외국세액공제 여부는 한․미 조세협약의 적용여부와는 무관하다 할 것이고, 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 미국의 조세목적상 미국의 거주자인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 사용료 소득에는 한․미 조세협약이 적용된다.
• 나. 이 사건 사용료 소득이 국내원천소득인지 여부

1. 구 법인세법 제2조 제1항 제2호 는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제93조 는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리․자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.“라고 규정하고 있다. 한편 한․미 조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서, 제a호에서 ’문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필름․라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고 있고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서, 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.“라고 규정하고 있다.

2. 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조 는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한․미 조세협약에 따라 판단하여야 한다. 그런데 한․미 조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한․미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 한․미 조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 참조). 이와 같은 법리는 해당 특허권이 국내에 등록되어 있지 않는 이상 미국 이외의 국가에 등록된 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 한다.

3. 따라서 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허권의 사용료에 해당하는 부분만 구 법인세법 제93조 제8호 가 정한 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 국외에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 해당하는 부분은 그 특허권이 국내에서 제조․판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않는다고 보아야 한다.

• 다. 취소의 범위 한편 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 심판 대상은 과세관청이 부과․고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위 내에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조). 위와 같은 법리를 기초로 하여 살피건대, 이 사건 사용료는 이 사건 계약서의 별첨A에 기재된 특허 등에 대한 사용대가로서, 정당한 과세표준에 해당하는 ‘이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허 3개의 사용대가에 해당하는 부분의 액수’는 이 사건 계약상 특정되어 있지 않으며, 달리 이를 확인할 자료도 없다. 다만, 원고는 위 정당한 과세표준을 산정하는 방법에 관하여, 이 사건 계약서의 별첨A에 기재된 24개의 특허 가운데 국내에 등록된 3개의 특허가 차지하는 비율을 기준으로 삼아 산정하는 방법을 주장하고 있다. 따라서 ○○○○가 원천징수하여 납부한 법인세액 852,478,500원 중 위에서 본 것과 같이 원고가 주장하는 산정 방법에 따른 비율에 해당하는 세액인 106,559,813원에 대하여는 원고 스스로 그 적법성을 자인하고 있다고 보이므로, 이를 초과하는 745,918,687원(= 852,478,500원 - 106,559,813원)의 환급을 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이판결한다. 별지

■ 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제2조(납세의무)

① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

⑤ 내국법인 및 외국법인과 소득세법에 따른 거주자 및 비거주자는 이 법에 따라 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다. 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

• 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정, 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
• 나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례)

① 외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 따른 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조제5호에 따른 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득은 제외한다.

3. 제93조제1호·제2호·제8호 및 제10호에 따른 소득: 그 지급액(제93조제10호다목의 소득에 대해서는 대통령령으로 정하는 금액)의 100분의 20.(단서 생략) ■ 국제조세조정에 관한 법률 제28조(조세조약상의 소득 구분의 우선 적용) 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다. ■ 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제2조 일반적 정의

(2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한 있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다. 제3조 과세상의 주소

(1) 이 협약에 있어서 하기 용어는 각기 다음의 의미를 가진다. (b) "미국의 거주자"라 함은 다음의 것을 의미한다. (i) 미국법인 (ii) 미국의 조세 목적상 미국에 거주하는 기타의 인(법인 또는 미국의 법에 따라 법인으로 취급되는단체를 제외함), 다만, 조합원 또는 수탁자로서 행동하는 인의 경우에, 그러한 인에 의하여 발생되는 소득은 거주자의 소득으로서 미국의 조세에 따라야 하는 범위에 한한다. 제6조 소득의 원천 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어는 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 제14조 사용료

(1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방체약국이 부과하는 조세는, 하기(2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니 된다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다. 끝.