특수관계인에게 부동산 저가임대한 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호가 규정한 방법에 의하여 산정하여야 함

사 건 수원지방법원2018구합61032 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2018. 08. 14. 판 결 선 고

2018. 10. 02.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 8. 8. 원고들에 대하여 한 [별지 1] 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고 LLL은 2006. 6. 1.경부터 00시 00구 00동 0000 지상 건물에서 00모텔이라는 상호로 모텔숙박업을 영위하여 오고 있다.
• 나. 원고 LLL, AAA는 남매이고, 그들의 어머니는 원고 JJJ이며, 아버지는 GGG이다. 원고 LLL, AAA 및 GGG는 YY철강 주식회사(대표이사 GGG, 이하‘YY철강’이라 한다)의 주주이고(총 발행주식 50,000주 중 원고 LLL, AAA가 각 19,400주, GGG가 11,200주 소유), 원고들 및 GGG는 DDDD산업 주식회사(대표이사 원고 LLL, 이하 ‘DDDD산업’이라 한다)의 주주이다(총 발행주식 9,300주 중 원고 LLL은 3,906주, 원고 AAA는 2,418주, 원고 JJJ, GGG는 각 1,488주 소유).
• 다. 원고 LLL, AAA는 공동사업자로서 2012. 4. 9. YY철강에게 00시 00구 00동 00-0, 같은 동 000-0, 같은 동 000-0 합계 면적 2,864㎡(이하 ‘쟁점 토지①’ 이라 한다)를 보증금은 8억 5,000만 원(차임 없음), 임대기간은 12개월로 하여 임대하였다. 또한 원고들은 공동사업자로서 2012. 3. 15. DDDD산업에게 안양시 만안구 석수동 000-0, 같은 동 000-0, 같은 동 000, 같은 동 000-0 합계 면적 2,661㎡(이하 ‘쟁점 토지②’라 하고, ‘쟁점 토지①’과 통칭하여 ‘쟁점 토지’라 한다)를 보증금은 7억 원(차임 없음), 임대기간은 12개월로 하여 임대하였다(이하 통칭하여 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다).
• 라. 원고들은 2012년부터 2016년까지 피고에게 이 사건 임대차계약에 따른 보증금에 정기예금이자율을 곱한 간주임대료 중 자신의 지분에 해당하는 금액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 마. 000세무서장은 2017. 4. 13.부터 2017. 5. 2.까지 원고 LLL에 대한 2014년 귀속 개인통합조사를 실시하여, ① 원고 LLL이 MMM 운영과 관련하여 2014년 현금매출 135,261,000원을 누락하였고, ② 원고들이 특수관계에 있는 YY철강 등에게 쟁점 토지를 부당하게 낮은 대가로 임대하여 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아, 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 바. 이에 따라 피고는 2017. 8. 8. 원고들에 대하여 [별지 1] 기재 각 부가가치세를 경정․고지하였다(이하 위 각 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 사. 원고 LLL, AAA는 2017. 9. 5. 이 사건 각 처분 등에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2017. 12. 4. 위 심판청구를 기각하였다.

[별지 2] 기재와 같다.

3. 원고 JJJ의 소의 적법 여부 원고 JJJ의 경우 이 사건 각 처분에 대하여 전심절차를 거치지 아니하였으나(갑제1호증의 <별지2>에 따르면 원고 JJJ은 2012년부터 2015년까지의 소득세 부과처분에 관해서만 심판청구를 제기하였다), 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있으므로(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결 등 참조), 원고 LLL, AAA가 이 사건 각 처분에 대하여 전심절차를 거친 이상 원고 JJJ의 이 사건 소 역시 적법한 것으로 본다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 쟁점 토지 임대 관련 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부

1. 원고들의 주장

• 가) 원고들은 쟁점 토지에 관하여 보증금을 지급받았고 그에 따른 임대용역의 대가(원고들이 받은 보증금에 정기예금이자율을 곱한 간주임대료)가 피고가 계산한 임대용역의 시가보다 높은 금액이다. 그럼에도 불구하고 피고는 원고들이 쟁점 토지에 관한 임대 용역의 대가로 0원을 받았다는 전제에서 피고가 계산한 시가에 위 간주임대료를 합산하여 공급가액을 산정하였다.
• 나) 이 사건 임대차계약은 최초 임대기간 종료 후 묵시적으로 갱신되어 나머지 임대조건이 동일한 상태로 기간의 정함이 없는 임대차계약이 되었는데, 피고는 이 사건 임대차계약에 대하여 매년 갱신 합의가 있었던 것으로 보고 부당행위계산 부인을 하여 공급가액을 산정하였다.
• 다) 피고는 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제89조 제4항에 따라 시가를 산정한바, 이를 위해서는 부가가치세법 시행령 제62조 제1, 2호에 따른 가격이 없거나 가격을 산정할 수 없는 경우에 해당하여야 하는데, 그 해당 여부에 관하여 전혀 확인된 바 없다.

2. 판단

• 가) 공급가액 산정의 위법 여부 (1) 부가가치세법 제29조 제4항 제2호 는 ‘특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다’고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제62조 제3호 는 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격을 시가로 보도록 규정하고, 소득세법 시행령 제98조 제4항 은 소득금액의 계산에 관하여 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용하도록 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 은 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우 ‘제공한 자산시가의 100분의 50에 상당한 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’(제1호)을 시가로 보도록 규정하고 있다. 한편 부가가치세법 시행령 제65조 제1항 은 부동산을 임대하고 보증금을 (부동산 시가 □50% - 임대보증금) □정기예금이자율= (부동산 시가 □50% □%□정기예금이자율) - (임대보증금 □정기예금이자율) 받은 경우에는 ‘보증금에 정기예금이자율을 곱한 금액(이하 ‘간주임대료’라 한다)’을 부동산 임대용역의 공급가액으로 하고 있다.

(2) 위와 같은 관련 법령의 내용과 취지에 의하면, 이 사건 임대차계약 보증금이 부동산 임대용역의 공급가액인 간주임대료 산정(부가가치세법 시행령 제65조 제1항)에서는 직접적인 계산 근거가 되는 반면, 부당행위계산 부인을 위한 적정임대료 시가 산정(구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호)에서는 아래 표 기재와 같이 쟁점 토지 개별공시지가의 1/2 상당액에서 보증금을 공제한 후 적정임대료 시가를 산정하도록 함으로써 보증금의 기여도가 공제된 상태에서 시가와 실제 임료와의 차액을 따지도록 하고 있으므로, 그 과정에서 다시 간주임대료 상당의 수입을 실제 임료에 포함시킬 수 는 없고, 결국 임대용역의 공급가액은 아래 표 기재의 적정임대료 시가에 간주임대료를 합산한 금액으로 산정함이 타당하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

• 나) 묵시적 갱신 주장에 관한 판단 부당행위계산 부인조항(부가가치세법 제29조 제4항)의 적용 여부는 행위 당시를 기준으로 판단하는 것이 원칙이고, 부가가치세는 매 과세연도마다 납세의무가 발생하는 기간과세이다. 그런데 민법상 묵시적 갱신이 있어 나머지 임대조건은 모두 동일한 상태로 기간의 정함이 없는 임대차계약이 되더라도 여러 과세기간에 걸쳐 임대차가 유지되면 그로 인한 이익의 분여가 임대차가 유지되는 동안 계속 발생하므로 해지권의 불행사를 통한 부당행위계산도 그에 상응하여 계속 이루어지는 것으로 봄이 타당하다. 그렇다면 부당행위계산 부인 여부를 판단하기 위하여 임대차계약의 적정임대료의 시가를 계산함에 있어서는 매 과세기간마다 달라지는 계산 시점 현재의 해당 자산의 개별공시지가와 정기예금이자율을 적용하는 것이 부당행위계산 부인의 취지에 어긋나지 않을 것이다. 따라서 원고들의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.
• 다) 시가 산정의 위법 여부 (1) 부가가치세법 시행령 제62조 제1호 는 ‘사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’을, 제2호는 ‘제1호의 가격이 없는 경우 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)'을 시가로 하되, 같은 조 제3호는 그러한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격을 시가로 보도록 규정하고, 소득세법 시행령 제98조 제4항 은 소득금액의 계산에 관하여 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용하도록 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 은 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우 ‘제공한 자산시가의 100분의 50에 상당한 금액에서 그 자산의 제공 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’(제1호)을 시가로 보도록 규정하는바, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’을 시가로 하고, 제2항은 시가가 불분명한 경우 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 이에 따르도록 규정하고 있다. 위 법령의 규정들을 종합하여 보면, 부동산 임대용역의 제공에 관한 부가가치세법상의 시가는 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격으로서, 그러한 시가가 없거나 불분명한 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액에 따르고, 감정가액도 적용할 수 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 가 규정한 방법에 의하여 산정하여야 한다.

(2) 앞서 든 각 증거, 을 제4 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 쟁점 토지①은 3필지, 쟁점 토지②는 4필지의 토지로 각 구성되는데 그전체를 하나의 계약으로 임대한 사례는 없어(YY철강이나 DDDD산업은 원고들이쟁점 토지에 관한 소유권을 취득하기 이전에 이미 설립되어 운영되어 온 것으로 보이는데, 원고들 대리인은 제4회 변론기일에서 YY철강과 DDDD산업이 쟁점 토지의 전소유자들로부터 쟁점 토지를 임차한 자료는 없는 것으로 알고 있다고 진술하였다) 쟁점 토지 임대용역 제공에 관하여 부가가치세법 시행령 제62조 제1호, 제2호, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 따른 시가가 없는 경우에 해당하고, 쟁점 토지 7필지마다 면적이 상이하고 공시지가의 편차가 심하여 적정한 임대료 산정을 위한 감정이 사실상 어려워 보여 쟁점 토지 임대용역 제공에 관한 시가 산정에 있어 구 법인세법 제89조 제2항 에 따른 감정가액도 적용할 수 없다고 봄이 타당하다.

(3) 따라서 피고가 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 를 적용하여 산정한 시가를 기준으로 부가가치세를 산출한 이 사건 처분은 적법하므로, 원고들의 이 부분주장도 받아들이지 않는다.

• 나. MMM 관련 부가가치세 부과처분의 적법 여부

1. 원고 LLL의 주장 피고는, MMM 직원 BBB이 원고 LLL의 계좌로 입금한 2억 2,819만 원이 모두 MMM의 매출금액인 것으로 보고 위 금원에서 MMM 매출 신고금액 92,929,000원을 차감한 135,261,000원(= 2억 2,819만 원 - 92,929,000원)을 현금매출 누락금액으로 계산하여 부가가치세를 부과하였으나, 위 금원은 MMM 뿐만 아니라 000골프장(대표자 원고 LLL), 00모텔(대표자 원고 AAA), 00호텔(대표자 GGG)의 현금수입분이 모두 포함된 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 판단 앞서 든 각 증거, 갑 제7, 8호증의 각 기재, 증인 BBB의 일부 증언 및 변론전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 BBB은 자기 명의의 우리은행 계좌로 4억 1,200여만 원을 입금한 후 원고 LLL 명의의 우리은행 계좌로 2억 2,819만 원(이하 ‘이 사건 금원’이라 한다)을 137회에 걸쳐 이체하였는데, 각 이체금원 비고란에 날짜와 요일을 기재한 반면 사업장명을 별도로 기재하지는 않은 점, MMM은 원고 LLL 명의의 우리은행 계좌를 사용하고 있는 반면, 0000은 원고 LLL 명의의 신한은행 계좌를, 0모텔은 원고 AAA 명의의 농협계좌를, 00호텔은 GGG 명의의 우리은행계좌를 각 사업용 계좌로 사용하는 점, 00모텔의 대표자는 원고 AAA이고 00호텔의 대표자는 GGG인데 이들이 각 사업장 현금수입액을 원고 LLL 명의의 MMM 사업용 계좌에 모두 입금할 이유를 찾기 어렵고, 원고 LLL 역시 다른 사업장의 현금수입액을 자기 명의의 MMM 사업용 계좌에 모두 입금할 이유를 찾기 어려운 점, 달리 이 사건 금원이 위 4개 사업장 현금수입의 합계액임을 확인할 객관적인 자료가 없는 점[원고 LLL은 00호텔의 현금수입신고분이 37,153,759원임을 전제로 4개 사업장 현금수입신고분과 이 사건 금원의 차이가 근소하므로 이 사건 금원이 위 각 사업장의 현금수입분이라는 취지로 주장하나, 00호텔의 현금수입신고분은 398,875,000원(= 매출 기타금액 255,514,000원 + 현금영수증 발행금액 143,361,000원)인 것으로 보이므로 갑 제1호증(조세심판원 결정문) <표5> 4개 사업장의 부가가치세 현금매출 신고내역, 이와 다른 전제에 선 원고 LLL의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다] 등에 비추어 보면, BBB이 원고 LLL의 계좌로 입금한 이 사건 금원은 모두 MMM의 현금매출액으로 봄이 타당하다(이에 반하는 증인 BBB의 일부 증언은 믿기 어려우며, 갑 제5, 6호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다). 따라서 이 사건 금원이 MMM의 현금매출 누락금액임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하므로, 원고 LLL의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

그렇다면 원고들의 각 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.