이 사건 건물은 법인세법 시행령 제49조 제3항에서 정하는 유예기간 내에 사업에 공하였으므로 사업과 관련없는 지출에 해당하지 아니함

사 건 2018구합150 경정청구기각처분취소 원 고 주식회사 ○○콘크리트 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2018. 5. 15. 판 결 선 고

2018. 6. 12.

1. 피고가 2017. 5. 10. 원고에 대하여 한 부가가치세 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문 제1항과 같다.

• 가. 원고는 2014. 9. 2. 콘크리트 제품 제조 및 도ㆍ소매업, 부동산 임대업 및 전대업 등을 목적으로 설립된 회사이다.
• 나. 원고는 2016. 5. 24. 농협은행 주식회사로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ 대10,937㎡ 지상에 있는 집합건물 ☆☆☆☆시아2단지 중 제***동 제*호를 대금1,140,000,000원(토지: 547,200,000원, 건물: 592,800,000원, 이하 위 건물을 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 매수하였고, 2016. 5. 27. 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 이 사건 건물 대금에 대한 부가가치세로 59,280,000원을 지급하고 이에 대한 세금계산서를 발급받았는데, 2016년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서 위 매입세액 59,280,000원을 공제되는 세액으로 기재하지 아니하였다.
• 라. 원고는 2017. 2. 13. 피고에게 이 사건 건물의 매입세액을 공제하여 2016년 제1기 부가가치세를 경정해줄 것을 청구하였다. 이에 대하여 피고는 2017. 5. 10. 이 사건 건물이 원고의 사업과 직접 관련이 없다는 이유로 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 의하여[처분서(갑 제7호증)의 부가가치세법 제39조 제4항 은 오기로 보인다] 그 대금의 매입세액을 공제하지 않는다는 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원 조심 2017중3723호로 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2017. 11. 1. 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장 원고는 이 사건 건물을 취득한 이후 이를 사무실 등의 용도로 사용하였다. 설령 그러한 사실이 없다고 하더라도 원고의 2015년도 사업연도 종료일 기준으로 목적사업에 부동산 임대업도 포함되어 있었고, 원고는 관련 법령(법인세법 제27조, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목, 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제3호)에서 정한 2년의 유예기간 내인 2017. 9. 14. 이 사건 건물을 주식회사 ☉☉프로덕션에 임대하였으므로, 이 사건 건물의 매입세액은 공제되어야 한다.

2. 피고의 주장

• 가) 이 사건 건물은 공부상 주택으로서 원고의 사업과 관련하여 사용되지 않았으므로, 그 취득비용은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하여 이 사건 건물의 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 의하여 공제될 수 없다. 또 원고가 이 사건 건물을 매입할 당시의 취득비용이 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하는 이상 설령 원고가 법인세법령에서 정한 2년의 유예기간 내에 이 사건 건물을 원고의 사업과 관련하여 임대하였다고 하더라도 법인세법상 업무무관 부동산 등에 대한 유예기간 규정이 부가가치세법상 매입세액 공제에 적용될 수 없으므로 이 사건 건물의매입세액은 여전히 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 의하여 공제될 수 없다.
• 나) 설령 이 사건 건물이 원고의 사업 중 부동산 임대업과 관련이 있다고 보더라도, 원고가 이 사건 부동산을 임대한 것은 주택 임대에 해당하여 부가가치세법 제26조 제1항 제12호 에 의하여 면세사업에 해당하므로 이 사건 건물의 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 의하여 공제할 수 없다.
• 나. 관계 법령 별지와 같다.
• 다. 판단

1. 우선 피고가 이 사건에서 처분사유로 당초의 처분사유인 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 (이하 ‘제1처분사유’라 한다)에 같은 항 제7호(이하 ‘제2처분사유’라 한다)를 추가하였는데, 위 각 처분사유는 모두 이 사건 건물의 매입대금과 관련하여 그 매입세액은 공제대상이 되지 않는다는 것으로서 동일한 사실관계에 기초한 것이고 다만 그 공제대상이 되지 않는 이유에 관한 법률적 평가만을 달리한 것일 뿐이므로 그 처분사유의 추가는 허용된다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두39849 판결 등 참조).

2. 갑 제1, 9, 10호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래 ①, ② 사정에다가, 아래 ③, ④의 이유를 종합하여 보면, 원고가 이 사건 건물을 사무실 등의 용도로 사용했다고 볼 수는 없으나, 당시 원고의 목적사업 중 하나인 ‘부동산 임대업 및 전대업’을 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것이라고 봄이 타당하므로, 이 사건 건물의 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 의하여 공제될 수 없다는 제1처분사유는 타당하지 않다.

① 원고가 이 사건 건물을 취득한 후에도 원고의 주소지는 당초의 주소인 ◇◇시 ◇◇면 ◇◇길 ◇◇-◇◇에서 이전되지 않았고, 이 사건 건물은 원고 법인의 공장 소재지와 상당한 거리가 있었으며, 원고가 조세심판절차에서 제출한 이 사건 건물의 내부 사진에 전시품이나 근무 직원 등이 확인되지 않은 점 등에 비추어, 이 사건 건물이 사무실 용도로 사용되었다고 보기는 어렵다.

② 그러나 이 사건 건물의 취득 당시 원고의 사업 목적 중에는 ‘부동산 임대업 및 전대업’도 포함되어 있었는데(2017. 3. 31. 위 사업이 삭제되고 ‘부동산 임대 및 매매업’과 ‘부동산 개발 및 공급업’이 추가되었다), 원고는 2017. 9. 14. 주식회사 ☉☉프로덕션에게 이 사건 건물을 보증금 50,000,000원, 차임 월 2,400,000원으로 정하여 사무실 용도로 임대한 점, 비록 원고가 이 사건 부동산을 취득한 2016. 6. 1.부터 위와 같이 임대하기 전까지의 기간 동안 이 사건 부동산을 임대하지는 않았으나 이를 그 목적에 반하여 사용하였다고 볼 증거가 없는 점 등에 비추어 이 사건 건물이 원고의 사업과 직접 관련이 없다고 보기는 어렵다.

③ 한편 부가가치세법 시행령 제77조 는 ‘ 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.’고 규정하고, 법인세법 시행령 제49조 제3항 은 ‘ 법인세법 제27조 제1호 에서 대통령령으로 정하는 금액이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.’라고 규정하며, 법인세법 제27조 제1호 는 ‘해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액’이라고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제49조 제1항 은 ‘ 법인세법 제27조 제1호 에서 대통령령으로 정하는 자산이란 다음 각 호의 자산을 말한다.’고 규정하면서 제1호 가목은 ‘법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 유예기간)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.’고 규정하고 있다. 기획재정부령인 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 은 위 유예기간과 관련하여 ‘건축물 또는 시설물 신축용 토지(취득일로부터 5년)’ ‘부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산(취득일로부터 5년)’ 외의 부동산의 경우 취득일부터 2년으로 규정하고 있다.

④ 위 법령의 규정을 종합하여 보면, 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 따른 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위’는 피고의 주장과 달리 ‘ 법인세법 시행령 제49조 제3항 ’에 따라 정해지고, 법인세법 시행령 제49조 제3항 에 따르면 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산이라도 기획재정부령이 정하는 유예기간인 2년이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산은 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산에서 제외된다. 결국 이 사건 부동산은 원고가 2016. 5. 27. 취득한 때로부터 이 사건 처분일인 2017. 5. 10. 현재 유예기간 2년이 경과하지 아니하였으므로, 이 사건 부동산의 매입대금은 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 따른 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 또 아래와 같은 이유로 이 사건 부동산의 매입세액을 면세사업인 주택임대업에 관련된 매입세액이라고 볼 수 없으므로 이 사건 건물의 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 에 의하여 공제될 수 없다는 제2처분사유 역시 타당하지 않다.

① 면세사업인 주택임대업에 관련된 매입세액(주택 임대를 위한 투자와 관련된 매입세액 포함. 이하 같다)은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 구체적인 면세대상의 범위는 ‘상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우는 제외한다)으로 사용하는 건물’에 한정되는데(부가가치세법 제26조 제1항 제12호, 제39조 제1항 제7호, 부가가치세법 시행령 제41조 제1항), 부가가치세 면세대상인 주택의 임대에 해당하는지 여부는 임차인이 실제로 당해 건물을 사용한 객관적인 용도를 기준으로 하여 상시주거용으로 사용하는 것인지 여부에 따라 판단하여야 하고, 공부상의 용도구분이나 임대차계약서에 기재된 목적물의 용도와 임차인이 실제로 사용한 용도가 다를 경우에는 후자를 기준으로 하여 그 해당여부를 가려야 한다(대법원 2013. 6. 13. 선고 2013두1225 판결 등 참조)

② 그런데 이 사건 건물의 등기부등본, 구조, 설비 등에 비추어 그 본래의 용도는 주택이라고 할 것이나, 원고가 주식회사 ☉☉프로덕션에게 이 사건 건물을 사무실 용도로 임대한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 건물이 이와 달리 실제로는 주택으로 사용되고 있다고 볼 만한 증거가 없으므로, 이 사건 건물의 매입세액을 면세사업인 주택 임대업에 관련된 것이라고 단정하기 어렵다.

• 라. 소결 따라서 이 사건 부동산의 매입세액 59,280,000원은 법인세법 제38조 제1항 제1호 에 의하여 2016년 제1기 부가가치세에서 공제되어야 하는데, 그와 같은 취지의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.