도급계약서는 형식적으로 작성한 것이어서 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 이를 근거한 과세처분은 위법함(국패)

사 건 2018구단8843 양도소득세부과처분 취소 원 고 윤AA 피 고 ZZ세무서장 변 론 종 결

2019. 12. 18. 판 결 선 고

2020. 1. 15.

1. 피고가 2016. 11. 1. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 357,872,540원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2010. 10. 27. 00시 00구 00동 000-2 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 7억 원에 매수하는 계약을 체결한 뒤, 2011. 1. 31. 소유권이전등기를 경료 받았고, 2011. 2. 14. 그 지상에 고시원 건물(지상 7층 연면적 591.52㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라고 하고, 이 사건 토지까지 포함하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다) 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 착공하여, 2011. 8. 1. 사용승인을 받은 후, 2011. 8. 8. 소유권보존등기를 하였다가, 2016. 7. 22. 신AA에게 이 사건 부동산을 22억 5,000만 원(= 토지 매매대금 8억 7,000만 원 + 건물 매매대금 13억 8,000만 원)에 매도하고, 2016. 8. 31. 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 피고에게, 원고가 직영으로 이 사건 공사를 시공하면서 공사업자들에게신축비용을 현금으로 결제하여 신축비용 산정자료가 없다는 이유로 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액인 1,298,584,071원으로 하고, 토지의 취득가액을 실지 매매가액인 7억 원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 46,709,578원을 신고􎊊납부하였다.
• 다. 00지방국세청장은 2017. 9. 1.부터 원고에 대하여 양도소득세 세무조사를 한뒤, 원고가 2011. 8.경 이 사건 건물에 대한 취득세를 신고하면서 00시 00구청장에게 제출한 민간건설공사 표준도급계약서(갑 제6호증, 이하 ‘이 사건 도급계약서’라고 한다)에 의하여 이 사건 건물의 실지취득가액이 확인되었다는 이유로 2017. 12. 6. 양도세 355,458,953원을 부과하겠다는 세무조사 결과통지를 발송하였고, 피고는 이 사건 건물의 취득가액을 환산취득가액이 아니라 실제 건물의 신축비용인 393,580,000원으로 보아 2018. 3. 9. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 357,872,540원을 경정․고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 2018. 4. 17. 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 7. 30. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 이 사건 건물 신축공사를 직영으로 진행하기로 하면서 다만 건설업자와의 도급계약서가 필요해서 건설업자인 ㄱㄱ건설 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)와 사이에 형식적으로만 이 사건 도급계약서를 작성하였고, 피고가 이 사건 처분의 주된 근거로 삼고 있는 이 사건 건물의 신축비용 내역(갑 제8호증)상 금액은 실제 건설공사를 위한 계약금이 반영된 것이 아니고, 법무사 직원이 임의로 표준건축비대로 곱하여 산출해낸 금액에 불과하며, 이 사건 건물의 신축공사비용을 지급한 사실을 확인할 수 있는 금융자료 및 세금계산서 등이 없는 경우로서 이 사건 건물의 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다.

2. 그럼에도 불구하고, 피고가 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액이 아니라 이 사건 도급계약서를 근거로 하여 취득가액 393,580,000원을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 및 법리

1. 관계 법령은 별지 기재와 같다.

2. 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비의하나로 ‘취득가액’을 들면서, 해당 자산의 취득에 든 실지거래가액을 알 수 있는 경우에는 그 실지거래가액을 취득가액으로 하되(가목 본문), 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제114조 제7항은 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다. 이에 따라 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 제1호 는, 법 제114조 제7항에서 대통령령으로 정하는 사유란 ‘① 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우, ② 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우’를 의미한다고 규정하고 있다. 한편 양도소득세 과세표준을 포함한 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 과세표준은 양도가액에서 필요경비를 공제한 것이므로, 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다 할 것이나, 원고가 주장하는 이 사건 건물의 신축공사 비용은 양도소득세 산정에 있어 원고에게 유리한 것이고, 또 그 기초적 사실관계는 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청인 피고로서는 조사하기 어려운 반면 원고로서는 입증하기 용이한 것이므로, 위와 같은 필요경비는 원고가 입증할 필요가 있는 것으로 해석하는 것이 공평의 원칙에 부합된다고 할 것이다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

• 다. 판단

1. 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제9 내지 14호증, 을 제2호증의 각 기재, 증인 이AA, 송AA의 각 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 도급계약서는 형식적으로 작성된 것으로서 그 내용이 사실임이 추정된다고 보기 어렵고, 이 사건 건물의 신축비용의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비하다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 도급계약서가 진정한 문서임을 전제로 이 사건 도급계약서, 송AA 명의로 작성된 공사감리계약서, 설계표준계약서에 기재된 금액에 전기공사비, 승강기설치비, 도시가스, 소방시설, 상하수도 등 설치비를 합한 393,580,000원을 실지거래가액으로 인정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 이 사건 도급계약서의 ‘선금, 기성부분금, 하자담보책임, 지체상금율’란 등이 모두 공란으로 되어 있다.
• 나) 이 사건 도급계약서상 도급금액이 3억 원으로 기재되어 있으나, 원고가 이 사건 공사를 시공하면서 지급한 금액 중 금융자료에 의하여 인정되는 부분만으로도 354,081,000원에 달하고, 원고는 현금으로 지급한 경우도 있다.
• 다) 소외 회사의 2010년 ~ 2011년도 법인세 및 부가가치세 신고내역에는 이 사건 건물의 공사와 관련한 매출이 포함되지 않았고, 소외 회사가 원고로부터 받은 돈에 대한 금융자료는 2011. 2. 10. 이체된 410만 원에 대한 것만 있다.
• 라) 구 건설산업기본법(2011. 8. 4. 법률 제11015호로 개정되기 전의 것) 제41조제1항 제3호에 의하면, 이 사건 건물은 제2종 근린생활시설인 고시원으로서 연면적이 495㎡ 이상이기 때문에 건설업자가 시공을 하여야 하는 대상에 해당하였으므로, 원고가 직영으로 시공하고자 할 경우 건설업자인 소외 회사와 사이에 형식적으로 이 사건 도급계약서를 작성할 필요가 있었고, 증인 이AA, 송AA는 소외 회사가 이 사건 공사에 전혀 관여하지 않았다고 진술하였다.
• 마) 위 가) 내지 라)항의 사정과 송AA는 이 사건 토지와 어떠한 관련도 없는 것으로 보이는 사정에 비추어 보면, 이 사건 도급계약서의 당사자는 소외 회사와 송AA이나, 이 사건 공사의 실제 시공은 원고가 직영으로 하였고, 송AA는 건축허가 명의, 각종 계약서서 작성 명의만 빌려 주었으며, 소외 회사는 이 사건 공사를 실제로 시공하지 않고 다만 건설업자 명의만 대여하고 그 대가로 410만 원을 수령하였던 것으로 보인다.
• 바) 피고가 이 사건 건물의 취득가액의 근거로 삼고 있는 이 사건 건물의 신축비용 내역(갑 제8호증)서는, 고AA법무사사무소 직원이었던 유AA이 2011. 8. 4. 원고로부터 이 사건 건물의 소유권보존등기 업무를 의뢰받아서 00시 00구청장에게 취득세를 납부하기 위하여 당시 표준건축비의 110%에 해당하는 금액을 산출하여 작성한 것이고, 00시 00구청장은 유AA이 산출한 신고과표 393,580,000원을 인정하지 않고 488,291,312원을 신축비용으로 산출하여 적용과표로 삼았다.
• 사) 원고가 이 사건 건물의 신축공사비용을 지급한 사실을 확인할 수 있는 금융자료 및 세금계산서 등의 자료가 이 법정에 제출되지 아니하였다.

2. 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액으로 산출하면 1,298,584,071원이 된다.

3. 소결론 앞서 살펴 본 사정들을 종합하여 보면, 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우로서, 원고가 취득가액을 환산가액으로 산출하여 피고에게 당초 신고한 2016년 귀속 양도소득세액이 정당한 세액이 된다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 주장은 받아들여져야 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 근거가 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과같이 판결한다.