가산세부과처분취소청구의 소

사 건 2017구합69220 가산세부과처분취소청구의 소 원 고 주식회사 피 고 용인세무서장 변 론 종 결

2018. 03. 20. 판 결 선 고

2018. 04. 03.

1. 피고가 2016. 3. 29. 원고에게 한 2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 37,186,831원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 1)

• 가. 원고는 부가통신사업 등에 종사하는 회사로서 2000. 4. 10. 주소지를 본점 사업 장으로 하여 사업자등록을 하였다.
• 나. 원고는 2014. 5. 31. AAA AAAA 주식회사와 사이에 용인시 처인구 백암면 죽양대로○○○번길 ○○에 있는 물류센터에서 제품 입고ㆍ출고ㆍ보관 등 물류관련 제반서비스를 위탁ㆍ대행하는 내용의 물류대행서비스계약을 체결하였다.
• 다. 원고는 2015. 12. 7. 위 물류센터에 관하여 사업자등록을 하였고(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다), 2016. 1. 1. 부가가치세법 제8조 제3항 의 사업자 단위과세사업자로 전환하였다.
• 라. 원고는 2016. 1. 5. 2015년 제2기(7. 1. ~ 12. 31.) 부가가치세 확정신고를 하면서 위 계약과 관련하여 2015. 6. 1.부터 2015. 11. 30.까지 발생한 용역수수료의 정산차액인 1,239,561,064원에 대한 세액 123,956,102원을 이 사건 사업장의 매입세액으로서 공제하여 신고하였다. 그에 따라 원고가 신고한 매출세액은 149,366,553원이고, 매입세액은 319,860,484원(위 매입세액 123,956,102원 + 다른 매입세액 195,904,382원)이며, 원고의 신고에 따른 환급세액은 170,493,931원(매출세액 149,366,553원 - 매입세액 319,860,484원. 다만 갑 제5호증에는 환급세액이 170,493,931원이 아닌 ‘170,503,931원’으로 기재되어 있다)이다.
• 마. 피고는 위 정산차액 수수료는 이 사건 사업장이 아닌 본점 사업장의 매입이라고 판단하여 2016. 3. 28.경 위 정산차액 수수료에 대한 세액 123,956,102원을 이 사건 사업장의 매입세액으로 공제하지 않고 가산세액 37,186,831원을 환급세액에서 차감하는 내용의 경정 결의를 하였다.
• 바. 피고는 2016. 3. 29. 원고에게, ‘매입가액 1,239,561,064원은 이 사건 사업장이 아닌 본점이 매입한 것이므로, 2015년 2기분의 부가가치세에 대하여 위 매입세액 123,956,102원과 가산세 37,186,831원을 차감한 후 9,360,998원[원고가 신고한 환급세액 170,503,931원(갑 제5호증 기준) - 매입세액으로 인정되지 아니하는 123,956,102원- 가산세 37,186,831원]을 환급한다’고 통지하였다[이하 위 통지를 ‘이 사건 환급결과통지’라 한다. 한편 이 사건 환급결과통지는 원고가 신고한 환급세액 170,503,931원에서 매입세액으로 인정되지 아니하는 123,956,102원을 뺀 나머지 금액(46,547,829원 =170,503,931원 - 123,956,102원)으로 환급세액을 경정하여 고지한 부분(환급거부처분)과 피고가 가산세 37,186,831원을 부과한 부분(이 사건 부과처분)이 혼합된 것이다(대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 등 참조)].
• 사. 원고는 이 사건 부과처분이 포함된 이 사건 환급결과통지에 불복하여 2016. 5.

19. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2016. 8. 26. 기각되었고, 다시 2016.

11. 22. 조세심판원장에게 조세심판을 청구하였으나 2017. 7. 5. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 9호증의 각 기재, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 변론 전체의 취지

• 가. 피고는 이 사건 환급결과통지는 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분으 로 볼 수 없다는 취지로 본안전 항변을 하므로 살핀다.
• 나. 과세관청이 납세자가 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액이나 환급세액에 누 락ㆍ오류가 있다고 하여 부가가치세법 제57조 등에 의하여 환급세액을 줄이거나 납부 세액을 증액하는 경정결정을 한 경우에는 당초의 신고에 의하여 발생한 조세채무의 확 정력은 더 이상 유지될 수 없는 것이라 할 것이므로 납세자가 위와 같은 과세관청의 경정결정에 대하여 불복하여 당초 신고한 환급세액을 지급받기 위하여는 경정결정에 대한 취소소송을 제기하는 방법에 의하여야 할 것이다(대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 등 참조). 그리고 이 사건과 같이 환급결과통지가 환급세액을 경정하여 고지한 부분(환급거부처분)과 가산세를 부과한 부분(이 사건 부과처분)이 혼합된 경우에 가산세 부과 부분의 취소를 구하는 것도 경정결정에 대한 취소소송의 한 형태로 허용된다.
• 다. 이 사건 환급결과통지는 원고의 부가가치세 확정신고에 대하여 매입세액 123,956,102원이 초과 신고되었다는 이유로 이를 정정하고 가산세액을 환급세액에서 차감하는 내용의 경정 결의를 하여 통보한 것으로서, 환급세액을 경정하여 고지한 부 분(환급거부처분)과 가산세를 부과한 부분(이 사건 부과처분)이 혼합된 경우이고(위 대 법원 2000두7520 판결 등 참조), 그 중 이 사건 부과처분은 환급세액과 관련한 원고의권리ㆍ의무를 변동시키는 것으로서 행정소송의 대상이 된다. 따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 부과처분의 적법여부에 대한 판단

• 가. 원고의 주장 가산세를 부과하기 위해서는 납세자에게 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출근거, 납부 기한과 납부장소를 적은 납세고지서를 발급해야 하는데, 피고는 이를 준수하지 않았고, 가산세부과의 기초가 된 매입세액 불공제 부분이 경정청구를 통해 취소되었으므로 가산세도 부과할 수 없으며, 위 용역수수료는 이 사건 사업장에서 발생하였고 본점과 지점이 모두 같은 법인의 사업장이므로 이 사건 매입세액과 관련하여 작성된 세금계산서는 사실에 부합하는 세금계산서이고 설령 그렇지 않다고 하더라도 착오에 의한 것으로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에 해당하고, 원고가 위 용역수수료에 대한 세액을 이 사건 사업장의 매입세액으로 신고한 것에는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지와 같다.
• 다. 관련 법리 납세고지서에 해당 본세의 과세표준과 세액의 산출근거 등이 제대로 기재되지 않았 다면 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하고, 설령 부가가치세법과 같이 개별 세법에서 납세고지에 관한 별도의 규정을 두지 않은 경우라 하더라도 해당 본세의 납 세고지서에 국세징수법 제9조 제1항 이 규정한 것과 같은 세액의 산출근거 등이 기재되 어 있지 않다면 그 과세처분은 적법하지 않다. 한편 가산세 부과처분에 관해서는 국세 기본법이나 개별 세법 어디에도 그 납세고지의 방식 등에 관하여 따로 정한 규정이 없
• 다. 그러나 가산세는 비록 본세의 세목으로 부과되기는 하지만(국세기본법 제47조 제2 항 본문), 그 본질은 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세의무자 등에게 부과하는 일종의 행정상 제재라는 점에서 적법절차의 원칙은 더 강하게 관철되어야 한다. 더욱이 가산세는 본세의 세목별로 그 종류가 매우 다양할 뿐 아니라 부과기준 및 산출근거도 제각각이다. 따라서 납세고지서에 가산세의 산출근거 등이 기재되어 있지 않으면 납세의무자로서는 무슨 가산세가 어떤 근거로 부과되었는지 파악하기가 쉽지 않은 것이 보통일 것이다. 이와 같은 점에 비추어 보면, 납세고지에 관한 국세징수법 제9조 제1항 의 규정의 취지 는 가산세의 납세고지에도 그대로 관철되어야 마땅하다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 참조).
• 라. 판단

1. 사업자가 부가가치세법 제60조 에서 정한 사유에 해당하면 그에 따른 가산세를 사업자가 납부할 세액에 더하거나 환급받을 세액에서 뺄 수 있으나, 위 법리에 의하면, 그 가산세는 국세징수법 제9조 제1항 에서 정한 적법한 절차에 의해 부과되었을 것임을 요한다고 할 것이다.

2. 그런데 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 가산세를 적법한 절차를 통해 부과하였다고 보기 어렵다.

① 위 가산세에 대한 별도의 납세고지서는 발급되지 않았고, 이 사건 환급결과 통지에는 환급세액에서 공제되는 가산세의 액수만 기재되어 있다. 위 가산세액 총액 37,186,831원은 정정한 매입세액 1,239,561,064원의 3% 상당액인 것으로 보이나, 그것이 어떠한 가산세에 해당하고 그 액수가 부가가치세법 제60조 중 어떠한 사유로 인해 산출되었는지에 관한 기재가 없다.

② 부가가치세 경정 결의서(을 제1호증)에 의하면, 위 가산세 총액은 두 종류 가산세의 합계로 보이는데, 이 사건 환급결과통지에는 그러한 사항이나 가산세 상호 간의 종류별 세액 및 산출근거도 기재되어 있지 않다.

③ 이 사건 부과처분은 피고가 원고의 부가가치세 신고에 대하여 일부 매입세액 을 공제하지 않는 것으로 경정을 하면서 가산세를 부과한 것이므로, 원고로서는 가산 세가 그 잘못 신고된 일부 매입세액과 관련하여 부과된 것으로 인지하였을 것으로는 보이나, 위 사정만으로 원고가 가산세가 부과될 것을 예측할 수 있었다거나 가산세의 산출근거를 알 수 있었다고 볼 수 없다.

3. 따라서 이 사건 부과처분은 위법하므로 원고의 나머지 주장을 판단할 필요 없 이 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 원고의 청구취지는 “피고가 2016. 3. 29. 원고에게 한 2015년 2기 부가가치세 161,142,933원의 환급감액처분 중 가산세 37,186,831원 부과 부분은 이를 취소한다.”인데, 주문 제1항과 같이 선해한다.