매입자납부특례제도에서는 매입자 납부 부가가치세액을 매출자 기납부세액으로 공제하여야 함

사 건 2017구합66061 부가가치세환급세액반환청구소송 원 고 AAA 피 고 대한민국 변 론 종 결

2017. 10. 17. 판 결 선 고

2017. 10. 31.

1. 피고는 원고에게 3,313,688,985원과 이에 대하여 2017. 7. 1.부터 2017. 10. 31.까지는 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 5%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다. 청 구 취 지 피고는 원고에게 3,341,430,596원과 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

• 가. 원고는 2015. 1. 15.부터 2016. 5. 31.까지 ○○시 ○○읍 ○○○길 126에서 ‘CC금속’이라는 상호로 비철 도매업을 영위한 자이다. 원고는 위 사업장에 관하여 별지목록 제1항 기재와 같이 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. DD지방국세청장은 별지 목록 제1항 기재 거래(이하 ‘이 사건 거래’라고 한다)에 관한 세금계산서가 가공거래에 의한 허위세금계산서에 해당한다는 사유로 원고에 대하여 2015년 제1기부터 2016년 제1기까지 부가가치세 과세기간 동안 각 매출세액과 각 매입세액을 모두 0원으로 경정하고, 기납부한 세액에서 세금계산서 미발급 등 가산세를 공제한 별지 목록 제2항 기재와 같은 세액 합계 3,238,061,269원(이하 ‘쟁점 세액’이라고 한다)을 환급하는 경정결의를 하고 이를 BB세무서장에게 통보하였다.
• 다. 원고는 BB세무서장에게 2016. 10. 12. 및 2016. 10. 27. 쟁점 세액의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, BB세무서장은 2016. 10. 13. 및 2016. 12. 22. 각 원고의 청구를 거부하는 통지를 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

조세특례제한법 제106조의9 소정의 매입자납부특례에 의하여 매입자가 납부한 부가가치세액은 매출자가 납부할 세액에서 차감되어야 하므로, 부가가치세를 실제로 납부한 자가 원고가 아닌 원고의 매입자라는 이유로 피고는 원고의 부가가치세 환급청구를 거부할 수는 없다. 따라서 피고는 원고에게 쟁점 세액 상당의 부가가치세 환급금과 환급가산금을 지급할 의무가 있다.

별지 관계법령 기재와 같다.

4. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

• 가. 피고는, 원고가 이 사건 거래에 관하여 실제 공급한 재화 또는 용역이 없었던 이상 부가가치세법상 사업자 또는 부가가치세를 납부할 납세의무자가 아니므로 피고에 대하여 쟁점 세액 상당의 부가가치세 환급청구를 하는 것은 부적법하다고 항변한다.
• 나. 살펴보면, 이행의 소에 있어서 지급청구권이 있다고 주장하는 자가 원고적격을, 원고에 의하여 지급의무자로 주장된 자가 피고적격을 가진다. 따라서 원고에게 피고를 상대로 부가가치세 환급금을 청구할 수 있는 권리가 있는지 여부는 별개로 원고가 부가가치세법상 사업자 또는 부가가치세를 납부할 납세의무자가 아니어서 당사자 적격이 없다는 피고의 본안 전 항변은 받아들일 수 없다.

• 가. 관련법리 등

1. 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의9 제1항은 구리 스크랩 등을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 ‘구리 스크랩등사업자’라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩등 거래계좌를 개설하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 구리스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 본문은 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 구리 스크랩등 거래계좌를 사용하여 구리 스크랩등의 가액은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다고 규정하고 있다.

2. 또한, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의13 제4항은 법 제106조의9 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 자’란 입금된 부가가치세액의 환급 및 국고에의 입금 등 부가가치세 매입자납부 특례제도를 안정적으로 운영할 수 있다고 인정되어 국세청장이 지정한 자를 말한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2016. 3. 14. 기획재정부령 제555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조의6 제1항은 영 제106조의13 제4항에 따라 국세청장으로부터 지정받은 자는 법 제106조의9 제3항에 따라 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 국세청장이 정하는 바에 따라 해당 사업자에게 환급할 수 있다고 규정하고 있다.

3. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조 제1항은 “세무서장은 납세의무자가 국세․가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.”고 규정하고 있고, 구 국세기본법 제52조, 구 국세기본법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조의3 제1항 제1호, 제2항과 별지 관계법령 중 ‘ 국세기본법 시행규칙 정리’에 있는 각 규정을 종합하면 납부의 기초가 된 부과처분의 취소 또는 경정에 따라 국세환급금을 지급할 때에는 국세 납부일의 다음 날부터 국세환급금을 지급하기로 결정한 날까지의 기간 동안 별지 목록 제3항 기재와 같은 이자율에 따라 계산한 금액을 국세환급금에 가산하여야 하되, 국세가 2회 이상 분할납부된 경우에는 마지막 납부일을 국세 납부일로 본다.

4. 이미 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액은 납세자가 국세환급금에 관한 국세기본법 제51조 제1항 에 따라 환급을 청구할 수 있고, 신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서는 부가가치세법에 의한 확정신고나 경정결정에 의하여 그 과세표준 또는 납부세액이나 환급세액의 존재 및 범위가 확정되므로, 이러한 경우에는 납세자가 확정신고 또는 경정결정에 의하여 이미 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액의 환급을 국세기본법 제51조 제1항 에 따라 청구할 수 있다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2008다29918 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다212639 판결 등 참조).

• 나. 쟁점세액의 지급의무 판단 DD지방국세청장이 1. 나.항에서와 같이 쟁점 세액을 환급하는 경정결의를 하여 환급청구권이 확정된 이 사건의 쟁점은 매입자납부특례에 따라 매입자가 납부한 부가가치세액을 매출자인 원고가 납부한 세액으로 인정할 수 있는지 여부(확정된 환급청구권이 매입자납부특례에 따른 매입자와 매출자인 원고 중 누구에게 귀속하는지)라고 할 것인데, 위 인정사실에 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 가공매출로 인하여 과세표준 및 매출세액을 경정함에 있어 매입자가 납부한 부가가치세액을 매출자인 원고의 기납부세액으로 공제하여야 하므로 피고는 원고에게 쟁점세액을 환급해야 할 의무가 있다(이에 대하여 피고는, 원고가 매입자납부특례대상 거래 및 그 외 거래에 관하여 이미 환급을 받았다는 취지의 주장을 하나, 가공매출로 인하여 과세표준 및 매출세액을 경정함에 있어 매입자가 납부한 부가가치세액을 매출자인 원고의 기납부세액으로 공제하여야 하고 이 사건 거래를 매입자 납부특례대상 거래 및 그 외의 거래로 나누어 환급 여부를 별도로 판단해야 한다고는 볼 수 없으므로 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다).

① 부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서, 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 지는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만(부가가치세법 제3조), 사업자가 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수하고(부가가치세법 제31조), 사업자가 납부하여야 할 납부세액을 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산함으로써(부가가치세법 제37조, 전단계세액공제법) 결국 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다.

② 그런데 구리 스크랩등이 다른 폐자원에 비해 고가이고 지속적인 수요가 있어 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 일명 ‘폭탄사업자’가 광범위하게 나타나자, 2013. 5. 10. 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩등 거래에 있어서 매입자가 부가가치세를 납부하는 매입자납부특례규정이 신설되었고, 2014. 1. 1.부터 시행되었다. 이와 같은 매입자납부특례제도의 도입배경과 앞서 본 부가가치세의 성격, 과세방법 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법상의 매입자납부특례규정은 조세탈루방지와 조세징수편의 등의 목적을 달성하기 위하여 특정 과세대상(구리 스크랩등)에 관하여는 공급자(매출자)가 매입자로부터 거래징수하여 부가가치세를 납부하는 대신 매입자에게 직접 부가가치세를 납부하도록 예외를 규정한 것으로 해석된다.

③ 매입자납부특례규정에 따라 매입자가 납부한 부가가치세액의 공제 또는 환급에 있어서 구 조세특례제한법 제106조의9 제8항 은 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙 제48조의6 제1항 은 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 해당 사업자에게 환급할 수 있다고 규정하고 있다. 이는 매입자납부특례규정에 따라 구리 스크랩등을 공급받은 사업자(매입자)가 납부한 부가가치세액을 구리 스크랩등을 공급한 사업자(매출자)가 납부한 것으로 보아 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하는 것이라고 해석되며, 이 사건과 같이 가공매출로 인하여 매출세액 및 매입세액이 각 0원으로 경정되는 경우라고 하여 매출자가 최종 납부할 세액을 산출함에 있어 매입자가 납부한 부가가치세를 매출자의 기납부세액으로 공제하지 아니할 근거가 없다.

• 다. 환급가산금의 산정 갑 제2, 3호증의 각 기재에 의하면 원고의 부가가치세에 관한 마지막 납부일은 별지 목록 제4항 중 ‘납부일’란 기재와 같은 사실을 인정할 수 있고, 쟁점 세액에 국세기본법 시행규칙의 이자율을 적용하여 산정한 쟁점 세액에 관한 환급가산금(다만, 피고는 현재까지 원고에 대하여 쟁점세액의 환급결정을 하고 있지 않은 이상 환급가산금 산정에 관한 종기는 원고가 구하고 있는 2017. 6. 23.이다. 소장 제8면 참조)은 별지 목록 제4항 중 ‘금액’란 기재와 같으며, 그 총액은 75,627,716원이다. 이에 대하여 원고는, ① 가산세를 공제하지 아니한 기납부 부가가치세를 기준으로, ② 국세 납부일의 다음날이 아닌 국세 납부일을 기산일로 정하여 환급가산금을 산정해야 한다고 주장하나, 원고가 주장하는 산정방식은 구 국세기본법 제51조 제1항, 구 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 에 위반하므로 이를 받아들이지 아니한다.
• 라. 소결 따라서 피고는 원고에게 쟁점 세액과 환급가산금을 합한 3,313,688,985원(=쟁점 세액 3,238,061,269원 + 환급가산금 75,627,716원)과 이에 대하여 원고가 구하는 이 사건 소장 부본 송달일 다음날인 2017. 7. 1.부터 피고가 그 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당한 이 사건 판결 선고일인 2017. 10. 31.까지는 민법이 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에서 정한 연 15%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.