감면세액 적용시기 적정 여부

사 건 수원지방법원 2017구합65440 법인세등부과처분취소 원 고 머 주식회사 피 고 **세무서장 변 론 종 결

2018. 01. 11. 판 결 선 고

2018. 02. 08.

1. 피고가 2015. 10. 8. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 982,420,580원(가산세 포함)의 부과처분 및 2014 사업연도 법인세 4,678,255,410원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 독일 법인인 M** H** G*(이하 ‘M**'라고 한다)가 지분 100%를 투자하여 설립한 외국인투자기업으로서, 액정표시장치용 액정 개발 및 제조업 등의 사업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2004. 11. 1. 재정경제부장관에게, ‘TFT-LCD용 액정(Liquid Crystal) 개발 및 제조, TFT 차입 평판디스플레이용 Polymer 액정, 평판 디스플레이용 발광형 유기EL 소재 및 Polymer Electronic 소재 개발 및 제조’ 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)이 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘제구법’이라 한다) 제121조의2 제1항 제1호에서 규정하는 법인세 등 감면대상에 해당하는지 여부의 사전확인 신청을 하였고, 2004. 12. 17. 재정경제부장관으로부터 조세감면 대상사업에 해당한다는 사전확인 통보를 받았다.
• 다. M**는 2004. 12. 27. 외국인투자촉진법 제5조 제1항 에 따라, 현금 600억 원을 원고에게 추가로 투자하고 원고 발행의 주식 600만 주를 취득하는 내용으로 ‘신주 등의 취득에 의한 외국인증액투자신고’(이하 ‘이 사건 투자신고’라고 한다)를 하였다.
• 라. 원고는 2004. 12. 30. 이 사건 사업이 제1구법 제121조의2 제1항 제1호에 해당 주식종류 취득수량 1주당 액면가 액면총액 1주당 취득가 취득총액 보통주 6,000,000주 10,000원 60,000,000,000원 10,000원 60,000,000,000원 함을 이유로 같은 조 제6항에 근거하여 재정경제부장관에게 위 600억 원의 외국인투자에 대한 조세감면 신청(이하 ‘이 사건 조세감면 신청’이라 한다)을 하였고, 재정경제부장관은 2005. 1. 21. 원고에게 아래와 같은 내용으로 조세감면 결정(이하 '이 사건 조세감면 결정’이라 한다) 통보를 하였다. 제목 조세감면 결정 통보

1. 이 사건 신청에 대하여 제1구법 제121조의2 제8항의 규정에 의하여 관계부처와의 협의를 거쳐 붙임과 같이 조세감면 결정을 하고 그 내용을 통보합니다.

2. 아울러, 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위하여는 제1구법 제121조의4의 규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 조세감면 결정을 받아야 하며, 또한 조세감면 결정을 받은 사업내용을 변경하여 그 변경된 사업에 대하여 감면을 받고자 할때에는 동법 제121조의2 제6항 단서규정에 따라 조세감면내용 변경신청을 하여 조세감면내용 변경결정을 받아야 함을 알려드립니다. 조세감면 결정 내용

○ 외국투자가(국적): M**

○ 외국인 투자신고기관: 도**은행 서울지점(신고번호 생략)

○ 영위하고자 하는 사업: 이 사건 사업

○ 주식취득내용

○ 투자방법: 전액 현금 출자(USD 50,000,000 상당) (이하 생략)

• 마. 원고는 2005. 1. 27. M**로부터 이 사건 투자신고 금액 중 100억 원을 투자(이하 ‘이 사건 1차 투자’라고 한다)받아 이에 관한 증자등기를 마쳤다.
• 바. 원고는 2008. 1. 12경. M**로부터 140억 원을 추가로 투자(이하 ‘이 사건 2차 투자’라고 한다)받아 2008. 1. 15. 그 증자등기를 마쳤다. 이후 원고는 제1구법 제121조 의2 제2항 본문에 따라 이 사건 2차 투자의 대상사업으로 발생한 소득(이하 ‘대상소득’이라 한다)에 대한 법인세가 7년 동안 전액 감면됨을 전제로, 2013 및 2014 각 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.
• 사. 피고는, 이 사건 2차 투자는 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘제2구법’이라 한다) 제121조의2 제2항 본문이 시행된 이후에 이루어졌으므로 위와 같이 개정된 법률을 적용하여야 하고, 그에 따르면 대상소득에 대한 법인세는 5년 동안 전액 감면하고 그 후 2년 동안은 50%를 감면하여야 하므로 위와 같이 50%의 감면기간에 해당하는 2013, 2014 각 사업연도에는 감면된 50%의 세액을 제외한 나머지 법인세는 납부하여야 한다는 이유로, 2015. 10. 8. 원고에게 2013 사업연도 법인세 982,420,580원(가산세 포함)과 2014 사업연도 법인세 4,678,255,410원(가산세 포함)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제4호증(각 가지번호 포함함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 피고는 그 처분사유와 관계 법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는, 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다고 다툰다.

1. 이 사건 2차 투자는 이 사건 조세감면 신청에 따라 조세감면 결정을 받은 600억 원의 외국인투자의 일부로 이루어진 것으로서 그 신청 당시 시행되던 제1구법이 적용되어야 한다. 따라서 2013, 2014 각 사업연도의 대상소득에 대한 법인세는 전액 감면되어야 함에도 그 50%만 감면하고 나머지 세액을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 원고는 이 사건 2차 투자를 앞두고 재정경제부장관에서 이 사건 조세감면 결정에 따른 법인세의 감면율 및 감면기간을 질의하였는데, 재정경제부장관은 2007. 7. 16. 원고에게 ‘이 사건 조세감면 결정을 받은 건의 조세감면은 7년간 100%, 그 후 3년간50%로 적용되고, 위 조세감면 결정 통지일(2005. 1. 21.)부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면 결정 시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안에서 별도의 조세감면 신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다’고 회신하였다. 원고는 위와 같이 7년간 법인세 전액이 감면된다는 재정경제부장관의 견해표명을 신뢰하여 이 사건 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안의 금액인 140억 원을 투자받아 이 사건 2차 투자가 이루어진 것이므로, 위 견해표명에 반하는 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반하는 것으로서 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. ① 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 조세특례제한법인 제1구법에 의하면, 법인세 감면대상 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대한 법인세는, 당해 사업을 개시한 후(증자의 경우에는 자본증가에 관한 변경등기를 한 후) 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 50%의 세액을 감면한다(제121조의2 제2항, 제121조의4).

② 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되고 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 조세특례제한법인 제2구법에 의하면, 위와 같은 소득에 대한 법인세는, 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 50%의 세액을 감면한다(제121조의2 제2항, 제121조의4). 위 규정은 2005. 1. 1.부터 시행하고(부칙 제1조), 위 규정의 적용은 위 법 시행 후 조세감면을 신청하는 분부터 적용하며(부칙 제27조), 위 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인 투자에 대하여는 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다(부칙 제40조).

③ 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되고, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하 ‘제3구법’이라 한다)에 의하면, 제121조의2 제2항에 의한 조세감면율과 감면기간은 제2구법과 같고, 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 경과하는 날까지 최초의 출자(증자 포함)가 없는 경우에는 조세감면 결정의 효력은 상실되며(제121조의2 제13항), 외국인투자신고 후 최초의 조세감면 결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 별도의 감면신청을 아니하는 경우에 도 그 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 본다(제121조의4 제4항). 위 법은 2006. 1. 1.부터 시행하고(부칙 제1조), 제121조의2 제13항의 규정은 위 법 시행 후 최초로 조세감면결정을 받는 분부터 적용하며(부칙 제30조), 제121조의4 제4항 규정은 위 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다(부칙 제31조).

2. 위와 같은 조세특례제한법의 개정 경위와 내용, 이 사건 조세감면 결정의 내용 등을 종합하면, 이 사건 2차 투자로 발생한 대상소득에 대한 법인세는 이 사건 조세감면 신청 당시에 시행되던 제1구법 제121조의2 제2항에 따른 조세감면율과 감면기간을 적용하여 부과함이 타당하다. 그 이유는 아래와 같다.

• 가) 이 사건 조세감면 신청 당시에 시행되던 제1구법에는 조세감면 신청 및 조세감면 결정 후 실제로 투자가 이루어져야 하는 시기나 투자 횟수에 관한 규정은 존재하지 않는다.
• 나) 이 사건 조세감면 결정은 이 사건 투자신고 금액인 600억 원 전액을 대상금액으로 명시하였고, 위 조세감면 결정 내용에 투자시기를 제한하거나 투자가 한 번에 이루어져야 한다는 등의 조건이나 제한은 없다. ‘증자를 할 경우 별도의 조세감면 신청을 하여야 한다’는 통보서 하단의 문구는, 이 사건 조세감면 결정 내용, 다른 조세감면 결정 사례들 및 의미가 불분명할 경우 작성자에게 불리하게 제한해석하여야 한다는 불명료의 원칙 등에 비추어 보면, ‘조세감면 결정을 받은 금액을 초과하여 증자하는 경우에는 별도의 조세감면 신청을 하여야 한다’는 의미로 해석함이 상당하다.
• 다) 제3구법 제121조의4 제4항의 ‘외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 별도의 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 본다’는 규정은, 이 사건과 같이 조세감면 결정이 적용되는 투자시기 등에 관한 규정의 부재에서 오는 불명확성을 해소하기 위하여 신설된 것으로 보이는바, 법이 개정된 경우 감면신청일을 기준으로 그 적용법령을 정하도록 부칙에서 규정하고 있음에도, 이 사건 조세감면 신청 이후에 신설된 제3구법 제121조의4 제4항을 적용하여 이 사건 2차 투자에 관한 증자등기일을 감면신청일로 의제하여 적용법령을 결정하는 것은 조세법률 불소급의 원칙에 반한다.

3. 소결 그렇다면 2013, 2014 각 사업연도는 이 사건 2차 투자에 관한 증자등기를 한 후 이 사건 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 해당하므로, 제1구법 제121조의2 제2항에 따라 대상소득에 대한 법인세 전액을 면제하여야 한다. 따라서 원고에 대하여 대상소득에 대한 법인세의 50%에 상당하는 금액만을 감면하여 나머지 세액을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.