택지개발사업에서 공사항목별로 실제 체결된 하도급계약 금액에 따라 각 사업연도 말에 총공사예정비를 다시 산정하고 작업진행률을 산출하여야 함

사 건 2017구합64034 법인세부과처분취소 원 고

○○공사 피 고

□□세무서장 변 론 종 결 2017. 11. 28. 판 결 선 고 2018. 1. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 2. 3. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 4,173,615,340원(가산세 894,000,916원 포함)의 부과처분을 취소한다는 판결.

• 가. 원고는 AA도가 전액 출자하여 택지개발 등을 위한 토지취득․개발․공급과 주택의 건설․판매 등을 사업목적으로 하는 지방공기업으로, AA도, BB시, CC시(이하 ‘이 사건 지방자치단체들’이라 한다)와 함께 2005년경부터 CC시 동, 동, 동, *동, 동, 동 일원 및 BB시 동, **동 일원 약 1,130만㎡(이하 ‘DD지구’라 한다)의 택지를 주택용지, 상업업무, 공공시설용지 등으로 개발하여 공급하는 택지개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)을 공동으로 수행하고 있다.
• 나. 원고는 이 사건 개발사업을 수행하면서 DD지구 전체를 하나의 단위로 보아 분양시부터 사업준공일까지의 기간 동안 작업진행률(= 해당 사업연도말까지 발생한 총공시비누적액 /총 공사예정비)을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 다. 원고는 2007년경 구 택지개발촉진법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의2, 같은 법 시행규칙(2008. 3. 14. 국토해양부령 제4호로 개전되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 및 공공택지 조성원가 산정기준 및 적용방법(건설교통부 고시 제2006-288호, 이하 ‘택지조성원가고시’라 한다)에 근거하여 택지조성원가를 산정하고 위 택지조성원가를 구성하는 개별 항목들 중 실제 공사의 진행정도와 비례하여 발생하는 비용 항목인 조성비와 기반시설 설치비(공사부담금 제외)를 합한 금액을 총 공사예정비로 추정하였다.
• 라. **지방국세청장은 2013. 3. 25.부터 2013. 8. 26.까지 원고의 2009 내지 2011사업연도 소득에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2013년 9월 이 사건 개발사업의 공사항목 중 계약이 체결된 공사항목의 경우 최초 추정한 공사예정비를 실제계약금액으로 조정한 후 각 사업연도별 총 공사예정비를 산정하고, 이에 따라 산출한 작업진행률을 기준으로 계산한 수익과 비용을 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 각 사업연도 소득금액을 다시 계산하여야 함에도 2011 및 2012 사업연도에 일부 공사가 완공된 이후에야 총 공사예정비를 다시 추정하였음을 확인하였다.
• 마. 이에 피고는 다음과 같이 각 사업연도말을 기준으로 하도급 계약이 체결된 공사항목에 관하여 원고가 추정한 공사비와의 차액을 반영하여 총 공사예정비를 산정하고, 다시 작업진행률을 산출하여 수익과 비용을 재계산한 후 그 차액을 익금과 손금에 산입하여, 2014. 2. 3. 원고에 대하여 2010 사업연도 법인세 4,462,965,630원(가산세 974,245,985원 포함)을 경정․고지하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 2014. 4. 8. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2017. 1. 19. 심사청구를 기각하였다.
• 사. 이후 피고는 2016. 9. 1. 위 마.항 기재 2010 사업연도 법인세 중 289,350,290원(가산세 80,245,069원)을 감액경정․고지하였다[이하 감액되고 남은 2010 사업연도 법인세 4,173,615,340원(가산세 894,000,916원 포함)의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 하고, 가산세 부분을 ‘이 사건 가산세 부과처분’이라 한다]. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 총 공사예정비 추정방식에 관하여 원고는 작업진행률 산정의 기초가 되는 총 공사예정비의 추정과 관련하여 2007년경 구 택지개발촉진법 제18조의2, 같은 법 시행규칙 제11조, 택지조성원가고시에 근거하여 실제 공사의 진행정도를 나타내는 항목들을 총 공사예정비로 추정하여 택지조성원가를 산정하였고, 택지조성원가 자문위원회 및 심의위원회로부터 검증(갑 제3호증의 1 내지 4)을 받았고, 원고의 이러한 총 공사예정비의 추정 및 그 회계처리에 관하여 외부감사인도 적정하다는 의견이었다. 또한 이 사건 개발사업과 같이 장기간 소요되는 대형 택지개발사업에서 개별 하도급 공사계약을 체결할 경우 계약금액이 변동되는 것은 당연히 예정되어 있기에, 2007년경 총 공사예정비 추정시 계약체결 후 준공시까지의 물가변동, 설계변경, 기타 계약내용 변경 등의 요소를 모두 고려하여 산정하였다. 따라서 원고가 최초 체결되는 개별 하도급 공사계약금액으로 총 공사예정비를 추정한 후 개별 공사가 진행되는 과정에서 계약금액의 변동이 발생할 때마다 이를 반영하여 총 공사예정비를 다시 추정하지 않았다고 하더라도 구 법인세법 시행규칙(2011. 2. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제2항 소정의 해당 사업연도말까지의 ‘변동상황’을 반영하지 않았다고 볼 수 없고, 위 규정에서의 ‘변동상황’이란 당초 총 공사예정비 추정 당시 전혀 예측하지 못했던 상황이 추가적으로 발생한 경우만을 의미한다고 보아야 한다.

2. 이 사건 가산세 면제의 정당한 사유에 관하여 설령 그렇지 않더라도, 이 사건 가산세 부과처분은 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 의 ‘총 공사예정비’, ‘변동사항’의 해석 및 그에 따른 작업진행률 추정방식에 관한 견해대립에 기인한 것인 점, 원고의 방식은 택지조성원가 자문위원회 및 심의위원회로부터 적정한 것으로 검증을 받았고, 회계법인의 회계감사에서도 적정의견을 받을 정도로 합리적 근거도 있었던 점, 단지 과세관청의 견해와 다른 견해를 취하여 신고납부의무를 제대로 이행하지 않았다는 이유로 가산세를 부과하는 것은 납세의무자에게 가혹한 결과를 초래하는 점, 분양차익의 총액은 차이가 없으나, 단지 작업진행률에 따른 손익귀속시기만이 문제가 될 뿐인 점 등을 고려하면, 이 사건 가산세 부과처분에 관하여는 원고에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

• 나. 관계 법령 [별지] 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫째 주장에 관한 판단

• 가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고, 제2항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 건설·제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고, 제2항 본문은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 ‘건설등을 완료한 정도’를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있다. 이에 따라 구 법인세법 시행규칙 제34조 제1항 은 ‘건설 등을 완료한 정도’는 해당 사업연도말까지 발생한 총 공사비누적액을 총 공사예정비로 나눈 비율(작업진행률)로 한다고 규정하고, 제2항은 제1항에 따른 총 공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다고 규정하고 있다.
• 나) 위 인정사실에 앞서 든 각 증거 및 관련 규정을 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 볼 때, 피고가 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 에 근거하여 2010 사업연도에 계약이 체결된 공사의 실제 계약금액을 반영하여 총 공사예정비를 추정하여 작업진행률을 산정한 후 익금과 손금을 계산한 것은 타당하다고 할 것인바, 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 구 법인세법 시행규칙 제34조 제1항 은 해당 사업연도말까지 발생한 총 공사비 누적액을 총 공사예정비로 나눈 비율(작업진행률)에 따라 수익과 비용을 계산해서 익금과 손금으로 산입하도록 하고 있다.

② 작업진행률을 적용하기 위해서는 작업진행률을 객관적인 기준에 의하여 신뢰성 있게 산정할 수 있어야 하는데 이는 실제 발생한 원가의 정확한 집계와 전체 원가의 합리적 추정을 전제요건으로 하고 있기에, 이에 대한 정확한 집계가 전제되지 아니할 경우 작업진행률 자체를 적용할 수 없다.

③ 총 공사예정비를 실제 공사비가 지출되기 전의 시점에 정확하게 예측하는 것은 사실상 불가능하기에, 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 은 일응 계약 당시에 추정한 공사원가를 기준으로 총 공사예정비를 추정하고, 다만 매 사업연도마다 사업연도말까지의 변동상황을 반영한 총 공사예정비를 다시 합리적으로 산정하여 그 추정치가 실제에 최대한 부합하도록 하고 있다.

④ 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 의 문언 및 그 취지상 각 사업연도마다 총 공사예정비를 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정할 것을 요구하고 있음이 분명하고, 이를 제대로 반영하지 아니할 경우 익금 및 손금의 귀속시기에 관하여 납세의무자의 자의에 의한 과세의 왜곡이 발생할 우려가 있다.

⑤ 그런데 원고는 DD지구 부지조성공사 6개 공구에 관한 공사계약 체결 이후 2012 사업연도까지 물가변동으로 인한 계약변경이 14회(209억 원), 설계 및 인허가조건 변경으로 인한 계약변경이 36회(1,343억 원)가 있었음에도 이를 매 사업연도에 반영하지 아니하였는바, 이러한 변경은 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 소정의 ‘변동상황’에 해당한다고 할 것임에도 원고는 이를 반영하여 작업진행률을 산정하지 아니하였다.

2. 둘째 주장에 관한 판단

• 가) 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).
• 나) 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거를 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 볼 때, 원고의 주장하는 사유는 법률의 부지나 오해에 따른 것일 뿐이고 원고가 법인세 신고·납부의 의무를 게을리한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 가산세 부과처분은 적법하고, 원고의 위 주장도 이유 없다.

① 구 법인세법 시행규칙 제34조 제2항 의 문언 및 취지상 사업연도마다 총 공사예정비를 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정할 것을 요구하고 있음이 비교적 분명하다.

② 원고가 총 공사예정비 산정에 관한 회계법인 감사에서 일반적 적정의견 표명을 받았다거나 택지조성원가 자문위원회 및 심의위원회 검증을 받았다는 사정만으로 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 과세관청 등에 대한 특별한 의견조회절차도 거지지 아니하였다.

③ 나아가 회계법인 감사 등의 적정 의견표시가 원고의 구체적이고 충분한 자료제공에 기초한 의견표시로 보기도 어려울 뿐만 아니라 이와 같은 회계처리의 관행이 있었던 것으로 보이지 아니하며, 달리 원고가 2010 사업연도 법인세 신고 당시 실제 공사계약 금액을 반영할 수 없었던 불가피한 사정이 있었다고 볼 만한 자료가 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.