토지를 매도하기 이전에 철거한 지상건물의 손금산입시기

사 건 2017구합62298 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AA텍 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2017. 9. 26. 판 결 선 고

2017. 11. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 4. 8. 원고에 대하여 한 2011사업연도 법인세 50,475,380원, 2012사업연도 법인세 594,814,730원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 7. 10. CC종합건설 주식회사(이하 ‘CC종합건설’이라 한다)와 사이에 원고 소유의 시 구 동 3-* 공장용지 9,959.5㎡(이하 ‘쟁점 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ‘쟁점 건물’이라 한다)에 관한 매매위탁계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 계약의 주된 내용은 아래와 같다.
• 나. 원고는 이 사건 계약 체결일 무렵 기존 공장의 이전을 위하여 CC종합건설에게 화성시에 새로운 공장을 신축하는 공사를 도급하였다.
• 다. CC종합건설은 이 사건 계약에 따라 원고에게 위탁이행보증금 40억 원 중 30억원을 계약 당일, 2007. 9. 20., 2007. 11. 30. 각 10억 원씩 지급하는 한편, 기존 공장으로 사용되었던 쟁점 건물의 철거작업을 수행하였다.
• 라. CC종합건설은 2008. 7. 11. 원고로부터 수급한 공장신축공사를 완료하였고, 원고는 2008. 7. 31. 신축공장으로 이전하였으며, 2008. 12. 17. 쟁점 건물을 철거한 후 2010. 2. 12. 쟁점 건물에 관하여 멸실등기를 마쳤다.
• 마. 쟁점 토지는 2009. 1. 6. 별지1 목록과 같이 6개 필지 토지(이하 ‘분할 후 각 토지’라 하고, 각 토지는 번지로만 특정한다)로 분할되었다.
• 바. 원고는 아래 표 기재와 같이 분할 후 각 토지에 관하여 주식회사 DD텍, 김EE, 신FF, 송GG, 박HH, 주식회사 II지(이하 ‘DD텍 등’이라 한다)와 사이에 매매계약을 체결하고, DD텍 등에게 분할 후 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 사. ○○지방국세청은 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 쟁점 건물의 철거가 2008사업연도에 이루어졌음에도 원고가 2010사업연도 법인세 신고시 쟁점 건물의 감가상각비 76,018,299원을 손금으로 계상하고, 2011사업연도 법인세 신고시 쟁점 건물의 장부가액 2,351,387,765원을 손금으로 계상한 사실을 확인하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다. 피고는 이를 반영하여 2015. 4. 8. 원고에게 2011사업연도 법인세 50,475,380원(가산세 포함), 2012사업연도 법인세 594,814,730원(가산세 포함) 합계 645,290,110원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 이에 대하여 원고는 2015. 6. 30. 이의신청을 하였으나 기각되었고, 2015. 12. 18. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2016. 12. 28. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 계약은 CC종합건설이 원고의 계산이 아닌 자기의 계산으로 쟁점 토지 및 쟁점 건물을 매수하여 건물철거 및 토지 분할 후 분할된 토지를 제3자에게 매도하는 것을 내용으로 하고 있고, 위탁매매라면 당연히 있어야 할 수임인에 대한 보수약정이 없으므로, 계약의 형식, 명칭에도 불구하고 실질이 매매계약이다. 따라서 이 사건 계약에 따라 원고가 CC종합건설에게 쟁점 토지 및 쟁점 건물을 인도한 날인 2008. 7. 31.이 속한 2008사업연도에 쟁점 토지 양도로 인한 유형자산 처분이익과 쟁점 건물의 철거로 인한 자산의 감소가 있었다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 설령 이 사건 계약을 위탁매매계약으로 보더라도, 쟁점 토지와 쟁점 건물이 일괄 매매된 이상 수입․비용 대응의 원칙상 쟁점 건물의 처분 손실은 쟁점 토지의 처분 이익이 발생한 2011사업연도 또는 2012사업연도 손금으로 산입되어야 하는데도, 이를 2011사업연도 또는 2012사업연도 손금으로 산입하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

별지2 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

• 가. 법인세법 제40조 제1항 은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 제2항은 제1항의 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 는 상품 등 외의 자산의 양도의 경우 ‘그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날’이 속하는 사업연도를 익금 및 손금의 귀속사업연도로 하고, 제4호는 자산의 위탁매매의 경우 ‘수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날’이 속하는 사업연도를 익금 및 손금의 귀속사업연도로 한다고 규정하고 있다.
• 나. 먼저 이 사건 계약이 매매계약임을 전제로 원고가 CC종합건설에게 쟁점 토지 및 쟁점 건물을 인도한 날인 2008. 7. 31.이 속한 2008사업연도를 익금 및 손금의 귀속사업연도로 보아야 한다는 주장에 관하여 본다. 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 계약서는 그 명칭이 ‘공장 매매 위탁 계약 증서’로 되어 있고, 이 사건 계약서 제1조에서 원고가 CC종합건설에게 ‘매매에 관한 대리권을 부여한다’고 명시하고 있는 점, ② 이 사건 계약서에는 쟁점 토지에 관한 소유권이전등기 또는 분할 후 각 토지에 관한 소유권이전등기에 관한 약정이 포함되어 있지 않은 점, ③ 이 사건 계약서의 각 조항 및 CC종합건설이 원고에게 제출한 수익분석표(갑 제10호증의3)를 종합하여 보면, 이 사건 계약은 CC종합건설이 쟁점 건물의 철거를 포함한 쟁점 토지의 분할 후 매각에 관한 전반적인 업무를 처리하면서 보수 대신에 원고의 공장 이전에 따른 공장 신축공사 및 분할 후 각 토지 지상 공장의 신축공사에서 발생하는 이익금과 이 사건 계약에서 정한 위탁매매가격 이상으로 매각할 경우 그 차액을 갖는 것으로 해석되는 점, ④ 분할 후 각 토지 중 393-9, 393-10, 393-11 토지에 관하여는 CC종합건설이 원고를 대리하여 매매계약을 체결한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 계약은 위탁매매계약으로 봄이 타당하고, 갑 제14호증의 기재, 증인 강JJ의 증언만으로는 이를 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다. 따라서 이 사건 계약의 실질이 매매계약임을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.
• 다. 다음으로 쟁점 건물의 처분 손실이 쟁점 토지의 처분 이익이 발생한 2011사업연도 또는 2012사업연도의 손금으로 산입되어야 한다는 주장에 관하여 본다. 살피건대, 이 사건 계약이 위탁매매계약이고, 이 사건 계약이 쟁점 건물의 철거 후 쟁점 토지의 분할․매각을 주된 내용으로 하고 있으며, 분할 후 각 토지가 2011년경부터 2012년경까지 DD텍 등에게 매도된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이에 의하면, 쟁점 건물과 쟁점 토지가 (CC종합건설 또는 DD텍 등에게) 일괄 매매되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 쟁점 건물의 철거는 기존 유형자산의 철거로서 그 철거비용 및 장부가액은 멸실된 날이 속한 2008사업연도의 손금으로 산입되는 것이 타당하므로, 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.