1세택 1주택으로 의제되는 조합원입주권의 장기보유특별공제 적용대상 범위

사 건 2017구단8181 양도소득세부과처분취소 원 고 정** 피 고 동안*세무서장 변 론 종 결

2017. 8. 29. 판 결 선 고

2017. 9. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2016. 3. 11. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 57,217,100원의 부과처분을 취소한다.

⑴ 원고와 정(원고의 부친)은 1987. 12. 30. 서울 서초구 반포동 2-1 신반포아파트 를 취득(각 1/2 공유지분)하였다. 위 신반포아파트에 관하여 신반포1차주택재건축정비사업조합이 설립되어 주택재건축정비사업이 진행되어 2010. 8. 24. 관리처분계획이 인가됨으로써 원고와 정의 위 아파트 소유권은 조합원입주권(각 공유지분 1/2)으로 변환되었다. ⑵ 원고와 정은 2013. 5. 31. 임에게 위 조합원입주권(각 공유지분 1/2)을 15억 5,000만 원에 양도하였다. ⑶ 원고와 정은 2013. 7. 30. 각자 지분의 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 각각 2013년 귀속 양도 소득세 66,799,121원을 신고․납부하였다. ⑷ 정은 2014. 3. 10. 피고에게, 1세대 1주택의 9억 원 초과 고가주택으로 의제되는 위 조합원입주권은 관리처분계획인가일 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되는 것이 아니라 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야한다고 주장하면서, 2013년 양도소득세 57,235,280원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다. ⑸ 피고는 2014. 5. 22. 위 경정청구를 받아들여 정에게 2013년 귀속 양도소득세 57,235,280원을 환급하였다. ⑹ 그런데 부산지방국세청장이 2015. 7.경 피고에 대한 종합감사를 실시하여 ‘관리처 분계획인가일 이후의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다’고 지적하자, 피고는 2016. 3. 11. 정(2014. 12. 말경 사망)의 단독 상속인인 원고에 대하여 관리처분계획인가 후 양도차익에 대한 장기보유특별공제액을 부인하여 2013년귀속 양도소득세 57,217,100원을 경정․부과하는 ‘이 사건 처분’을 하였다. ⑺ 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 4. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였 는데, 조세심판원에서 위 심판청구에 대한 결정을 하지 아니하자, 2017. 8. 1. 이 사건소를 제기하였다 1)2). 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1 내지 4호증, 변론 전체의 취지

⑴ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95 조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행 하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간 별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하 여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이 하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다.

2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항 은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다. 또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다. 이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대 되는 것은 아니라고 봄이 타당하다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결 참조). ⑵ 원고는, 위 조합원입주권의 양도소득에 대하여는 구 소득세법 제95조 제2항 단서 를 적용하여 ‘관리처분계획인가 전 양도차익’은 물론 ‘관리처분계획인가 후 양도차익’에대하여도 위 단서의 공제율(표2)을 적용하여 장기보유특별공제액을 공제하여야 함에도불구하고, 피고가 구 소득세법 제95조 제2항 본문을 적용하여 ‘관리처분계획인가 전 양도차익’에 대하여만 위 본문의 공제율(표1)을 적용하여 장기보유특별공제액을 공제하고말았으니, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 살펴본 바와 같이, 위 조합원입주권이 1세대 주택으로 의제되더라도 장기보유특별공제의 대상은 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 ‘관리처분계획인가전 양도차익’에 대하여만 위 본문의 공제율(표1)을 적용하여 장기보유특별공제액을 공제하여야 하는 것이므로, 이와 다른 법률적 견해를 취한 원고의 주장은 이유 없다.

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.