신설된 조세특례제한법 시행령 제66조 제14조가 진정소급입법인지 여부

사 건 수원지방법원2017구단6857 양도소득세부과처분취소 원 고 AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2017.9.6. 판 결 선 고 2017.9.20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

• 가. 원고는 2009. 10. 14. 경기 양평군 지평면 송현리 전 988㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 하다)를 상속으로 취득하여 보유하다가 2015. 6. 11. 소외 CCC에게 양도한 후 피고에게 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지를 이유로 한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 피고는 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 보유한 기간 동안 매년 총급여액이 3,700만 원 이상인 사실을 확인하고, 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 에 따라 자경 감면신청을 배제하여 2016. 6. 15. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 32,537,860원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2016. 10. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 12. 28. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없음, 갑 1, 4, 을 1, 2(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고의 부친 DDD이 1976. 4. 6. 이 사건 토지를 취득하여 사망 시까지 직접 경작하였고, 원고는 어릴 적부터 부친을 도와 농사일을 하다가 위 토지를 상속으로 취득한 후 계속하여 경작한 후 제3자에게 양도하였다. 피고는 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 제외한다는 내용의, 2014. 2. 12. 신설된 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 (이하 ‘이 사건 쟁점조항’이라 한다)에 따라 원고가 토지 보유기간 내내 군무원으로 근무하면서 받은 연간 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상이라는 이유로 자경 감면을 부인하였는데, ① 위 쟁점조항은 침익적 규정임에도 법률의 명확한 위임 없이 신설되어 법률우위 또는 법률유보원칙에 반하고, ② 원고는 위 쟁점조항 신설 당시 이미 양도소득세 감면요건을 충족한 상태였으므로 위 조항은 진정소급입법에 해당하여 이 사건 처분은 소급과세금지원칙을 위반한 것이며, ③ 이미 감면요건을 충족한 사람들 사이에 단지 양도행위가 위 쟁점조항의 개정 후에 있었다고 하여 감면 여부를 달리하는 것은 자의적인 차별로서 평등원칙에 반하고, ④ 위 쟁점조항의 시행일 이전에 자경 감면규정을 적용받으리라고 예상한 원고의 정당한 신뢰를 위반한 것이어서 신뢰보호원칙에도 위반하므로, 이 사건 쟁점조항은 위헌․위법으로 무효에 해당하여 이를 근거로 한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지와 같다.
• 다. 판단

1. 첫째 주장에 대하여(법률유보원칙의 위반 여부) 조세특례제한법 제69조 제1항 본문은 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 … 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 있는바, 위 규정 중 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자’에 관하여는 조세특례제한법 시행령(이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제66조 제1항 및 제6항에서, ‘대통령령으로 정하는 토지’에 관하여는 시행령 제66조 제4항과 제11항 및 제12항에서, ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’에 관하여는 시행령 제66조 제13항에서 각 규정하고 있다. 이러한 규정들의 입법목적은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주기 위한 것으로서 외지인의 농지투기를 방지하고 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업․농촌을 활성화하기 위하여 그 면제 대상자를 육농정책의 변화에 따라 융통성 있게 정할 수 있도록 대통령령에 위임하고 있는 것이라 할 것이다(헌법재판소 2003. 11. 27. 선고 2003헌바2 결정 참조). 이처럼 조세특례제한법 제69조 제1항 에서 조세 면제의 대상을 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지’로 구체적으로 한정한 뒤 그 범위 내에서 개별적인 면제 대상을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 농업의 보호와 지원을 위한 위 조항의 입법목적 및 조세감면의 우대조치의 한정된 범위를 고려하면 위 조항에 따라 대통령령에서 양도소득세가 면제되는 것으로 규정될 내용은 ‘8년 이상 계속하여 직접 경작한 농지 중 육농정책의 필요성에 부합하는 경우’에만 한정될 것이라고 예측될 수 있다. 따라서 총급여액 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 배제하는 이 사건 쟁점조항은 위와 같은 조세특례제한법 제69조 제1항 의 입법 취지에 맞도록 자경기간 계산방법을 보완한 것으로서 위 법률 규정 중 ’농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지‘라는 위임규정에 근거하여 제정된 것이므로 모법의 위임범위를 벗어나거나 그 위임의 한계를 벗어난 것이라고 볼 수 없다.

2. 둘째, 셋째 주장에 대하여(소급과세금지원칙 및 평등원칙의 위반 여부) 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결 등 참조). 원고의 경우 이 사건 토지를 보유하던 와중에 이 사건 쟁점조항이 신설되었지만 위 쟁점조항의 시행 당시에는 이 사건 토지의 양도라는 과세요건이 아직 완성되지 않았던 이상, 과세요건을 강화하는 방향으로 위와 같이 개정된 위 쟁점조항을 그 시행 이후에 이 사건 토지의 양도라는 과세요건이 완성된 이 사건에 적용하다고 하여 이를 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이라고 볼 수 없고, 여기에 행정청이 모법의 위임범위 내에서 어떠한 기준을 정할 것인지에 관하여는 행정입법상의 재량권이 있고, 모법의 입법취지 등을 고려하여 연 3,700만 원의 소득 기준을 설정한 것이 그 자체로서 불합리하거나 자의적인 기준에 불과하다고 볼 특별한 사정도 엿보이지 아니하며, 이 사건 쟁점조항의 신설로 인하여 그 시행일을 기준으로 그 자산 양도 시기의 선후에 따라 세액이 달라진다고 하더라도 이는 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용을 위해 납세자의 신뢰가 매우 제한적으로 보호되는 특수성이 있는 조세법령의 특성 상 신법령의 적용에 따른 불가피한 결과일 뿐이지 이를 가지고 평등원칙에 위반되는 것이라고 할 수도 없다.

3. 넷째 주장에 대하여(신뢰보호원칙의 위반 여부) 조세 법률관계에 있어서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정될 특별한 사정이 있을 경우에 적용되는 예외적인 원칙이라 할 것이므로 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조). 원고 주장에 의하더라도 피고나 과세관청이 원고의 양도소득세 면제와 관련하여 공적인 견해표명을 한 바가 없고, 종전의 시행령 규정에 의해 양도소득세를 면제받으리라는 기대가 이 사건 쟁점조항의 신설로 인하여 실현되지 않게 되었다 하더라도 그러한 막연한 기대를 법률상 보호가치가 있는 신뢰라고 보기도 어렵다.

• 라. 소결론 따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.