법인의 매출누락은 특별한 사정이 없는 한 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 함

사 건 수원지방법원2016구합66552 소득금액변동통지 취소 등 원 고 AAA 피 고 00세무서장 변 론 종 결

2017. 05. 30. 판 결 선 고

2017. 06. 20.

1. 원고의 피고들에 대한 주위적 청구와 예비적 청구를 각 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 주위적 청구

1. 피고 00세무서장이 2014. 12. 4. 원고에게 한 별지 ‘소득목록’ 기재 각 소득금액에 관하여,

• 가. 2007년, 2008년 사업연도에 대한 각 소득금액변동통지는 무효임을 확인하고,
• 나. 2009년, 2010년, 2011년, 2012년, 2013년 사업연도에 대한 각 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 별지 ‘처분목록’ 기재 각 원천징수 중 피고 00세무서장이 2016. 5. 25. 원고에게 한 소득세(가산세 포함) 원천징수에 관하여,

• 가. 귀속연도 2007년, 2008년에 대한 각 소득세(가산세 포함) 원천징수는 무효임을 확인하고,
• 나. 귀속연도 2009년, 2010년, 2011년, 2012년, 2013년에 대한 각 소득세(가산세 포함) 원천징수를 취소한다.

3. 별지 ‘처분목록’ 기재 각 원천징수 중 피고 00군수가 2016. 5. 11. 원고에게 한 지방소득세(가산세 포함) 원천징수에 관하여,

• 가. 귀속연도 2007년, 2008년에 대한 각 지방소득세(가산세 포함) 원천징수는 무효임을 확인하고,
• 나. 귀속연도 2009년, 2010년, 2011년, 2012년, 2013년에 대한 각 지방소득세(가산세포함) 원천징수를 취소한다. 예비적 청구1)

1. 원고의 예비적 청구 중 2009년부터 2013년까지 기간에 대한 각 소득금액변동통지, 각 소득세 원천징수 처분, 각 지방소득세 원천징수 처분의 취소를 구하는 부분은 주위적 청구와 같아 따로 판단하지 아니한다.

1. 피고 00세무서장이 2014. 12. 4. 원고에게 한 별지 ‘소득목록’ 기재 각 소득금액에 관하여 2007년, 2008년 사업연도에 대한 각 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 별지 ‘처분목록’ 기재 각 원천징수 중 피고 00세무서장이 2016. 5. 25. 원고에게 한 귀속연도 2007년, 2008년에 대한 각 소득세(가산세 포함) 원천징수, 피고 00군수가 2016. 5. 11. 원고에게 한 귀속연도 2007년, 2008년에 대한 각 지방소득세(가산세 포함) 원천징수를 각 취소한다.

• 가. 원고는 1998. 6. 10. 경기 00군 00읍 00로에서 자동차 수입, 판매, 정비업 등을 목적으로 설립된 회사이고, SSS은 2006. 10. 25.부터 2009. 10. 25.까지, 2010. 3. 18.부터 2014. 1. 27.까지 원고의 대표이사로 재직한 자이며, JJJ은 2004. 2. 1. 원고의 경리직원으로 채용되어 근무한 자이다.
• 나. 원고의 2007년부터 2013년까지 주주현황은 아래 표와 같다. 주주명 기초주식수 기말주식수 지분율 SSS 6,600 6,600 33% 황00 8,000 8,000 40% 김00 3,400 3,400 17% 왕00 2,000 2,000 10% 계 20,000 20,000 100%
• 다. 피고 00세무서장은 2014. 9. 15.부터 2014. 10. 2.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고가 2007년부터 2013년까지 법인세 신고 시 KKK 명의의 계좌(이하 ‘이 사건 계좌’라고 한다)로 입금받은 매출 789,674,530원을 신고 누락하였다는 이유로 2014. 12. 4. 별지 ‘소득목록’ 기재와 같이 SSS에게 귀속되었다고 보이는 64,480,320원과 귀속이 불분명한 506,017,770원을 합한 570,498,090원(=64,480,320원 + 506,017,770원, 이하 ‘쟁점금액’이라고 하고, 위 64,480,320원을 ‘SSS 쟁점금액’, 위 506,017,770원을 ‘나머지 쟁점금액’이라고 한다)을 당시 대표이사인 SSS에게 상여로 소득처분하는 내용의 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)를 하였다.
• 라. 한편 원고의 주주들은 2013. 12. 2. 00지방검찰청 00지청에 원고의 자금을 횡령했다는 이유로 SSS, JJJ을 고소하였고, 검사는 2014. 7. 31. 00지방법원 00지원에 SSS, JJJ을 업무상횡령죄로 기소하였는데[SSS 사건번호: 00지방법원 00지원 2014고단000-1호, 2015고단000호(병합), JJJ 사건번호: 00지방법원 00지원 2014고단00호(분리)], 그 범죄사실의 요지는 아래 표 개재와 같다. 범죄사실 SSS 제1범죄사실 제2범죄사실 제3범죄사실

2008. 5. 20.부터 2013. 10. 21까지 96,226,063원을 SSS의 보험료, 신용카드대금 등 결제에 사용하여 이를 횡령

2008. 12. 19. 원고 명의 보험환급금 127,028,010원을 횡령 정진순과 공모하여 아래 기재와 같이 자동차수리대금을 횡령 JJJ

2007. 1. 9.부타 2013. 10. 25.까지 총 612회에 걸쳐 합계 364,624,000원 상당의 수리대금을 횡령

• 마. 00지방법원 00지원은 2014. 12. 8. JJJ에 대한 범죄사실을 유죄로 인정하여 JJJ에게 징역 10월을 선고하였고, 2014. 12. 16. 위 판결이 확정되었다.
• 바. 한편, 00지방법원 00지원은 2015. 9. 7. SSS에게 위 표 기재 각 범죄사실 중 제1범죄사실에 대하여는 벌금 300만 원, 제2, 3범죄사실에 대하여는 무죄를 선고하였으나, 항소심인 00지방법원은 2016. 3. 25. SSS에게 각 범죄사실에 대하여 모두 무죄판결을 선고하였고(사건번호: 00지방법원 2015노0000호), 2016. 10. 13. 대법원에서의 상고심(사건번호: 대법원 2016도000호)을 거쳐 위 판결이 확정되었다(이하 ‘관련 형사사건’이라고 한다).
• 사. 원고는 2015. 1. 19. 피고 00세무서장을 상대로 이 사건 처분에 대한 이의신청을 하였으나, 2015. 3. 2. 이의신청은 기각되었고, 2015. 3. 30. 조세심판원을 상대로 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 3. 23. 피고 00세무서장에게 “SSS에 대한 소득처분액인 570,498,090원의 실제 귀속자 및 귀속이 불분명한 금액을 재조사 하여 그 결과에 따라 소득금액을 경정하라”라는 이유로 재조사를 명하는 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라고 한다)을 하였다.
• 아. 피고 00세무서장은 2016. 5. 12. 원고에게 재조사 결과 이 사건 처분과 같은 각 소득금액변동통지가 정당하다는 결과를 통지하였고, 위 통지는 그 무렵 원고에게 도달하였다.
• 자. 이에 따라, 별지 ‘처분목록’ 기재와 같이 피고 00세무서장은 2016. 5. 25. 원고에게 각 소득세 원천징수(가산세 포함, 이하 같다)를, 피고 00군수는 2016. 5. 11. 원고에게 각 지방소득세 원천징수(가산세 포함, 이하 같다)를 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을가 제1 내지 9호증, 을나 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 2007년, 2008년에 대한 각 소득금액변동통지, 각 소득세 원천징수, 각 지방소득세 원천징수에 관하여

1. 이 사건 처분 중 2007년, 2008년 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 선행처분’이라고 한다)는 원천납세의무자인 SSS에 대한 2007년, 2008년 귀속분 소득세의 부과제척기간이 경과하여 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 소멸한 후에 이루어졌다.

2. 이 사건 선행처분은 SSS이 쟁점금액을 사외유출하였음을 전제로 이루어졌으나, 관련 형사사건의 결과에 비추어 볼 때 SSS 쟁점금액의 경우 SSS이 이를 횡령하여 사외로 유출하였다고 볼 수 없고, 나머지 쟁점금액의 경우 그 귀속 상대방은 SSS이 아니라 JJJ이라고 봄이 타당하다. 적어도 처분청인 피고 00세무서장은 원고에 대하여 쟁점금액의 귀속 상대방과 그 금액 등을 명확하게 증명해야 할 의무가 있으나, 그러한 증명이 이루어졌다고 볼 수 없다.

3. 또한, 피고 00세무서장은 2016. 5. 12. 원고에게, 쟁점금액의 귀속 상대방과 그 금액 등에 관한 충분한 조사 없이 이 사건 처분이 정당하다는 결과를 통지하였는데, 이는 이 사건 재조사 결정의 취지에 반할 뿐만 아니라 조세심판원의 결정이 가지는 기속력을 위반한 것이다.

4. 따라서 이 사건 선행처분은 주위적으로 그 하자가 중대·명백하므로 무효이거나, 예비적으로 위법하여 취소되어야 하고, 위 선행처분이 무효 또는 취소되어야 하는 이상 원고에게는 소득세 또는 지방소득세에 관한 납세의무가 성립하지 아니하므로 원고는 이 사건 선행처분, 2007년, 2008년에 대한 각 소득세 원천징수, 각 지방소득세 원천징수에 관하여 주위적으로 무효의 확인을, 예비적으로 그 취소를 구한다.

• 나. 나머지 각 처분에 관한 주장

1. 이 사건 처분 중 2009년, 2010년, 2011년, 2012년, 2013년에 대한 각 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 후행처분’라고 한다)에 존재하는 하자는 제2의 가, 2), 3)항의 기재와 같다.

2. 따라서 이 사건 후행처분은 위법하므로 취소되어야 하고, 위 후행처분이 취소되어야 하는 이상 원고에게는 소득세 또는 지방소득세에 관한 납세의무가 성립하지 아니하므로 원고는 이 사건 후행처분, 2009년, 2010년, 2011년, 2012년, 2013년에 대한 각 소득세 원천징수, 각 지방소득세 원천징수에 관하여 그 취소를 구한다.

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 선행처분 관련 제척기간도과 주장에 관하여

• 가. ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는지 여부 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 같은 항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결, 대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조). 앞에서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉 ① 법인세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식의 조세인 점, ② 원고는 2007년부터 2013년까지 차명계좌인 KKK 명의의 이 사건 계좌를 사용하여 현금매출액 합계 789,674,530원의 매출을 누락하였는데, 원고의 이러한 매출누락 기간이 장기이고, 그 금액 또한 적다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 매출누락 또한 반복적으로 이루어 진 점, ③ 이 사건 계좌의 명의인인 KKK은 원고의 대표이사, 주주들과는 아무런 관계가 없는 제3자에 불과한 점 등을 고려하면 원고는 조세포탈의 의도를 가지고 조세의 부과․징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하였다고 할 것이므로, 이는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다.
• 나. 종전의 관련 법리 대법원은 법인의 대표자가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상하여 소득을 은닉한 사안에서, 그 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수는 없고, 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 같은 항 제3호에 의하여 5년이 된다고 하였다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 등 참조).
• 다. 관련 법령의 개정 등 국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호에서 국세의 부과제척기간에 관하여 ‘납세자가 사기, 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’이라고만 규정하고 있다가, 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되면서 “이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.”라는 내용이 추가되었고(이하 위와 같이 개정된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 를‘쟁점 규정’이라 한다), 그 부칙 제2조는 “제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로법인세법제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.”고 규정하였다. 한편, 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법 조항의 소급 적용은 과세요건을 실현하는 행위 당시 납세의무자의 신뢰가 합리적 근거를 결여하여 이를 보호할 가치가 없는 경우, 그보다 중한 조세공평의 원칙을 실현하기 위하여 불가피한 경우 또는 공공복리를 위하여 절실한 필요가 있는 경우 등에 한하여 법률로써 그 예외를 설정할 수 있다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결 등 참조). 그리고 소급입법은 새로운 입법으로 이미 종료된 사실관계 또는 법률관계에 적용케 하는 진정 소급입법과 현재 진행 중인 사실관계 또는 법률관계에 적용케 하는 부진정 소급입법으로 나눌 수 있는바, 이 중에서 기존의 법에 의하여 이미 형성된 개인의 법적 지위를 사후입법을 통하여 박탈하는 것을 내용으로 하는 진정 소급입법은 개인의 신뢰보호와 법적 안정성을 내용으로 하는 법치국가 원리에 의하여 허용되지 아니하는 것이 원칙인데 반하여, 부진정 소급입법은 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호를 요구하는 개인보호의 사유 사이의 교량과정에서 그 범위에 제한이 가하여지는 것이다. 또한 법률불소급의 원칙은 그 법률의 효력발생 전에 완성된 요건사실에 대하여 당해 법률을 적용할 수 없다는 의미일 뿐, 계속 중인 사실이나 그 이후에 발생한 요건사실에 대한 법률적용까지를 제한하는 것은 아니다(대법원 1994. 2. 25. 선고 93누20726 판결, 대법원 2001. 11. 13. 선고 2001두5705 판결 등 참조).
• 라. 이 사건 선행처분 관련 부과제척기간 도과 여부

1. 종전의 법리에 의하면, 이 사건 선행처분 관련 원천납세의무자(SSS)의 소득세 납세의무에 적용되는 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이 된다고 할 것이나, 개정된 쟁점 규정은, 부정행위로 포탈하거나 환급․공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 등의 부과제척기간을 10년으로 한다고 규정하고 있다. 이 사건 선행처분 관련 원천납세의무자(SSS)의 소득세(귀속연도 2007년, 2008년)에 관하여는 쟁점 규정이 시행될 2012. 1. 1. 당시에는 아직 5년의 부과제척기간이 도과하지 않았으므로(2007년 귀속 소득세는 소득세법 제70조 제1항 에 따른 신고기한인 2008. 5. 31.의 다음날부터, 2008년 귀속 소득세는 그 신고기한인 2009. 5. 31.의 다음날부터 부과제척기간이 진행된다) 쟁점 규정은 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 적용하는 부진정 소급입법에 해당하고, 이는 원칙적으로 허용된다. 따라서 이 사건 선행처분 관련 원천납세의무자(SSS)의 2007년, 2008년 귀속분 소득세의 부과제척기간은 쟁점 규정에 의하여 10년이 된다(이에 대하여 원고는, 피고 00세무서장이 법인세 무신고를 전제로 원고에 대하여 2007년부터 2013년까지 총 7년 동안의 세무조사를 한 이상 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에서 정하는 7년의 부과제척기간이 적용된다고 주장하나, 원고의 매출누락 행위가 같은 조에서 정하는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는 이상 그와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다).

2. 결국 원천납세의무자(SSS)의 2007년, 2008년 귀속 소득세 납세의무는 이 사건 선행처분의 통지일인 2014. 12. 14. 당시 10년의 부과제척기간이 도과하지 아니한 상태였으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 처분에 대한 쟁점금액의 귀속 주장에 관하여

• 가. 관련법리 등

1. 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 매출당시 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 증명하여야 한다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

2. 또한, 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 처음부터 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다. 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 관하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 증명하여야 한다(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 등 참조).

3. 한편, 법인의 피용자의 지위에 있는 자가 법인의 업무와는 무관하게 개인적 이익을 위해 법인의 자금을 횡령하는 등 불법행위를 함으로써 법인이 그 자에 대하여 그로 인한 손해배상채권 등을 취득하는 경우에는 그 금원 상당액이 곧바로 사외유출된 것으로 볼 수는 없고, 해당 법인이나 그 실질적 경영자 등의 사전 또는 사후의 묵인, 채권회수포기 등 법인이 그에 대한 손해배상채권을 회수하지 않겠다는 의사를 객관적으로 나타낸 것으로 볼 수 있는 등의 사정이 있는 경우에만 사외유출로 보아 이를 그 자에 대한 상여로서 소득처분할 수 있다 할 것이며, 대표이사의 직위에 있는 자라 하더라도 그 실질상 피용자의 지위에 있는 경우에는 이와 마찬가지로 보아야 할 것이다 (대법원 2004. 4. 9. 선고 2002두9254 판결 등 참조).

4. 구 법인세법 제67조 는 “제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 의한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.”라고 규정하고 있다. 이에 따라 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 나목은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 그 귀속자가 임원 또는 사용인인 때에는 그 귀속자에 대한 상여로 처분하고, 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있다.

5. 위 규정, 법리에 비추어 살피건대, 쟁점금액이 법인세 신고 당시 매출누락 된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 위 금액은 특별한 사정이 없는 한 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 쟁점금액이 사외로 유출되지 않았다고 볼만한 특별한 사정은 이를 주장하는 원고가 증명하여야 한다.

• 나. SSS 쟁점금액(64,480,320원)에 관하여

1. 행정소송에 있어서 형사판결이 그대로 확정된 이상 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조).

2. 갑 제2 내지 4호증의 각 기재에 의하면 ① SSS은 2007. 1.경부터 2013. 10. 21.경까지 이 사건 계좌에서 SSS 명의의 국민은행 계좌로 이체한 자금, 원고의 수리비 대금을 SSS 및 SSS의 처인 최00 명의의 보험료, 신용카드 결제대금으로 사용하였고, 그 금액은 총 96,226,063원인 사실, ② SSS은 관련 형사사건에서 그 사용 경위에 관하여 원고의 주주 및 이사인 황00, 김00, 왕00, 김00의 동의 아래 원고가 SSS, 김00 앞으로 연금보험을 들어주기로 한 것이고, SSS 명의의 위 국민은행 계좌는 이 사건 계좌와 마찬가지로 원고의 자금관리 용도로 사용하기 위해 개설하여 관리하였으며, 위 계좌로 입금된 원고의 자금은 SSS, 김00의 보험료를 납부하는 데 쓰인 것이라고 진술한 사실, ③ 실제로 SSS 명의의 국민은행 계좌에서는 이 사건 계좌 등으로부터 원고의 자금이 입금된 후, 매월 SSS의 보험료 외에도 김00의 계좌로 750,000원이 이체된 사실, ④ JJJ, 황00, 김00도 SSS의 위 ② 항 기재 진술에 부합하는 진술을 하고 있는 사실을 각 인정할 수 있다.

3. 위 인정사실을 종합하면 SSS 쟁점금액(64,480,320원)은 원고의 주주 및 이사인 황00, 김00, 왕00, 김00의 동의 아래 원고 대표이사 SSS의 급여 보전 내지 이익 배분의 목적으로 SSS에게 지급된 것으로 볼 수 있는 위 96,226,063원의 일부이거나, 그렇지 않더라도 SSS 쟁점금액이 사외 유출되지 않았다는 점을 인정할 특별한 사정에 대하여 원고의 주장·증명이 없는 이상 원고 대표이사 SSS에게 사외유출되었다고 봄이 타당하고, 원고의 주장과 같이 SSS이 원고의 피용자의 지위에서 SSS 쟁점금액을 부당하게 횡령하였다고 보는 것은 위 지급경위에 관한 관련 형사사건의 판단과도 정면으로 배치되는 것으로 보인다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 다. 나머지 쟁점금액(506,017,770원)에 관하여 JJJ은 2007. 1. 9.부터 2013. 10. 25.까지 총 612회에 걸쳐 합계 364,624,000원 상당의 자동차 수리대금 등을 횡령한 사실, JJJ은 위 기간 동안 원고에게 자동차수리를 맡긴 고객이 수리대금으로 현금을 지급하거나, 신용카드 결제를 하면 그 수리대금을 결재용 일계표에 누락한 후 이를 가져가는 방식으로 수리대금을 횡령한 사실, JJJ이 횡령한 수리대금 364,624,000원 중 신용카드로 결제된 금액(카드수수료는 제외함)은 336,881,309원, 현금으로 지급된 금액은 27,742,691원인 사실, 신용카드로 결제된 금액 336,881,309원은 원고 명의의 00은행 계좌로 입금된 사실(을가 제4호증 제8, 9쪽 참조)은 갑 제2 내지 4호증, 을가 제2 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되거나 당사자 사이에 다툼이 없다. 살펴보면, JJJ이 횡령한 위 364,624,000원 중 우선 신용카드 결제금액인 336,881,309원의 경우 원고 명의의 위 국민은행 계좌에 입금되었을 뿐 이 사건 계좌에 입금된 금액이 아니어서 이 사건 계좌에 일단 입금되었던 나머지 쟁점금액(506,017,770원)과 무관하다고 보이므로, 위 336,881,309원이 나머지 쟁점금액의 일부임을 전제로 나머지 쟁점금액 중 위 336,881,309원이 JJJ에게 귀속되었다고 보기 어렵다. JJJ이 횡령한 위 364,624,000원 중 현금으로 지급된 27,742,691원의 경우도 나머지 쟁점금액의 일부로서 JJJ에게 귀속되었다고 하려면, 적어도 위 돈이 쟁점금액이 입금된 이 사건 계좌에 입금된 후 JJJ이 이를 임의로 인출하여 횡령한 사실이 증명되어야 하는데, 이 사건 각 증거만으로는 이러한 점을 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

6. 이 사건 재조사 결정에 대한 기속력 주장에 관하여

• 가. 구 국세기본법 제80조 는 조세심판원의 각하, 기각, 인용결정에 대한 기속력만을 규정하고 있고, 재조사결정에 관한 규정을 따로 두고 있지 않다. 또한, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다. 따라서 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생하므로(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 등 참조), 재조사결정만으로 어떤 효력이 발생한다고 볼 수 없다. 결국 처분청은 재조사결정에서 지적된 사항에 대하여 재조사를 할 법적 의무가 있을 뿐, 재조사결정의 취지에 따른 재조사 후에도 당초 처분을 유지하거나 또는 새로운 과세요건에 기하여 처분을 하더라도 이를 기속력에 반한다고 볼 수는 없다.
• 나. 이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 재조사 결정에 각하, 기각, 인용결정에서와 같은 기속력이 인정된다고 단정할 수 없고, 갑 제6호증의 4, 을가 제6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 조세심판원은 2016. 3. 23. 관련 형사사건에서 SSS에 대한 무죄판결을 이유로 쟁점금액이 실제로 사외로 유출되었는지 여부를 다시 조사해 보라는 취지에서 이 사건 재조사결정을 한 사실, 이에 피고 00세무서장은 2016. 4. 22. 원고에게 JJJ, SSS에 대한 관련 형사사건의 판결문, 쟁점금액에 관한 소득귀속 자료의 제출을 요구한 후 재조사를 하였고, 2016. 5. 12. 원고에게 최초 결정과 동일한 내용의 각 소득금액변동통지를 한 사실을 인정할 수 있다.
• 다. 위 인정사실에 의하면 피고 00세무서장은 적법하게 각 소득금액변동통지를 하였다고 봄이 타당하고, 이 사건 재조사 결정에 “SSS에 대한 소득처분액인 570,498,090원의 실제 귀속자 및 귀속의 불분명한 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 소득금액을 경정하라”라는 내용이 포함되어 있다고 하더라도 이는 관련 형사사건 판결을 반영하여 소득금액변동통지의 타당성을 다시 검토하라는 취지에 불과하므로 피고 00세무서장이 위 재조사 결과 각 소득금액변동통지 처분을 그대로 유지하였다고 하더라도 이사건 재조사 결정의 취지에 모순 또는 저촉된다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가. 주위적 청구에 대한 판단

1. 이 사건 선행처분 관련 원천납세의무자(SSS)의 소득세 납세의무의 제척기간이 도과하지 않았다는 점은 앞에서 살펴본 바와 같고, 원고가 이 사건 선행처분의 하자로 주장하고 있는 제5, 6항 기재 각 사유들은 모두 정확한 사실관계를 면밀하게 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 것으로서 그 하자가 외관상 명백하다고 할 수 없으므로 이 사건 선행처분과 위 선행처분을 근거로 이루어진, 별지 ‘처분목록’ 기재 귀속연도 2007년, 2008년에 대한 각 원천징수 중 피고 00세무서장이 2016. 5. 25. 원고에게 한 각 소득세 원천징수, 피고 00군수가 2016. 5. 11. 원고에게 한 각 지방소득세 원천징수의 무효확인을 구하는 원고의 주위적 청구는 받아들일 수 없다.

2. 이 사건 후행처분의 취소를 구하는 원고의 주위적 청구 역시 위 각 처분에 대하여 원고가 주장하는 제5, 6항 기재 하자가 있음을 인정할 수 없는 이상 이를 받아들일 수 없다.

3. 다음으로, 소득금액변동통지에 하자가 존재하더라도 그 하자가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 후속절차인 징수처분에 그대로 승계되지 않으므로 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고 그 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 징수처분에 대한 항고소송으로는 이를 다툴 수는 없는데(대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 등 참조), 원고가 이 사건 후행처분의 하자로 주장하고 있는 사유(제5, 6항 기재 하자)들 역시 모두 정확한 사실관계를 면밀하게 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 것으로서 그 하자가 외관상 명백하다고 할 수 없는 이상 위 각 원천징수에 대한 항고소송으로는 이를 다툴 수 없으므로 별지 ‘처분목록’ 기재 귀속연도 2009년, 2010년, 2011년, 2012년, 2013년에 대한 각 원천징수 중 피고 00세무서장이 2016. 5. 25. 원고에게 한 각 소득세 원천징수, 피고 00군수가 2016. 5. 11. 원고에게 한 각 지방소득세 원천징수의 취소를 구하는 원고의 주위적 청구는 받아들일 수 없다.

• 나. 예비적 청구에 대한 판단 이 사건 선행처분과 위 선행처분을 근거로 이루어진, 별지 ‘처분목록’ 기재 귀속연도 2007년, 2008년에 대한 각 원천징수 중 피고 00세무서장이 2016. 5. 25. 원고에게 한 각 소득세 원천징수, 피고 00군수가 2016. 5. 11. 원고에게 한 각 지방소득세 원천징수의 취소를 구하는 원고의 예비적 청구는 이 사건 선행처분에 대하여 원고가 주장하는 제 4 내지 6항 기재 하자가 있음을 인정할 수 없으므로 이를 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 주위적 청구와 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.