원고가 제공한 용역이 면세대상인지 여부

사 건 수원지방법원2016구합62154 부가가치세부과처분취소 원 고 AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2017.3.28. 판 결 선 고 2017.4.18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

• 가. 원고는 2006. 7. 25. 작업환경측정 및 보건관리대행업 등을 사업목적으로 하여 설립된 주식회사로서, 2009. 9. 14. 산업안전보건법 제16조 에 따른 ‘보건관리대행기관’으로 지정(변경)되었다.
• 나. 원고는 2009. 7. 1.부터 2013. 12. 31.까지 사이에 산업안전보건법에 따라 사업주로부터 보건관리자의 업무를 위탁받은 후, 다음과 같이 사업장 소속 근로자에 대하여 건강상담, 보건관리교육 등의 보건관리용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공하였음에도, 이 사건 용역을 부가가치세 면세대상으로 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.
• 다. 피고는 2014. 8. 20.부터 2014. 10. 26.까지 원고에 대하여 부가가치세 조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 이 사건 용역이 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조1)에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역으로 열거되어 있지 아니하여 부가가치세의 과세대상인 용역의 공급에 해당함에도 원고가 부가가치세 신고를 하지 아니한 사실을 확인하였다.
• 라. 피고는 이 사건 세무조사 결과에 따라 2015. 1. 5. 원고에 대하여 별지 1 목록 기재와 같이 2009년 제2기분 내지 2013년 제2기분 부가가치세 합계 201,213,760원(각 가산세 포함)을 각 경정􎛴고지(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2015. 3. 20. 이의신청을 거쳐 2015. 7. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 12. 23. 청구 기각 결정을 하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

1. 부가가가치세 면세대상인 의료보건용역에 관한 주장 원고는 소속 의사 및 간호사를 통하여 위탁사업장에 대하여 의료법 제33조 제1항 제5호에 기하여 적법하게 보건관리용역인 이 사건 용역을 제공한 점, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 2)는 면세하는 의료보건 용역을 의료인이 의료기관을 개설하여 제공하는 의료행위에 한정하지 아니하고 있고, 위 규정의 괄호 부분은 의료법인이 제공하는 의료용역의 경우 당연히 부가가치세 면세대상임을 확인하고 있는 규정에 불과한 점, 부가가치세 면세제도는 재화나 용역을 사용 또는 소비하게 되는 최종소비자의 부가가치세 부담을 경감하기 위한 것이므로, 이 사건 용역의 성질이 의료행위에 해당하는 이상 부가가치세가 면제되어야 하는 점, 작업환경측정용역은 의료행위가 아님에도 정책적인 관점에서 의료보건용역에 포함되는 것으로 보아 부가가치세 면세대상으로 하고 있는데, 의료법상 의료행위인 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상이 되어야 함은 산업안전보건법과 부가가치세법의 체계상으로도 분명한 점, 의료보건용역의 범위를 명확하게 하기 위하여 2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정된 부가가치세법 시행령 제35조 제13호 는 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상에 해당됨을 재확인하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호 에 따라 부가가치세 면세대상이 되는 의료보건용역에 해당되는바, 이와 다른 전제에서 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

2. 비과세관행의 성립에 관한 주장 원고가 2006년 9월경 보건관리전문기관으로 지정받은 이후 현재까지 이 사건 용역을 제공하는 과정에서 이 사건 각 처분 이전에 부가가치세를 부과받은 적이 없고, 2009. 3. 31. 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상 용역이 아니라는 국세청의 예규가 있었음에도 피고는 그로부터 약 6년이 지난 후에야 이 사건 각 처분을 하였는바, 원고와 같이 의료인이 아닌 자가 의료인을 고용한 후 의료기관을 개설하지 아니한 채 적법한 의료행위를 제공한 경우 부가가치세 면세대상이 된다는 비과세관행이 묵시적으로 성립하였으므로, 이와 같은 비과세관행에 위반하여 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 2 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 첫째 주장에 관한 판단

• 가) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호 는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제29조 는 “법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서는 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역‘을, 제2호에서는 ’의료법에 규정하는 안마사 등이 제공하는 용역‘을, 제12호에서는 ’ 산업안전보건법 제42조 의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역‘을 들고 있다. 이러한 법령규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 보면, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1호 등의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역은 의료법에서 규정하는 의사 등(의료법 규정에 의하여 의료기관을 개설한 자를 포함한다)이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건용역을 의미한다고 봄이 타당하다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결 참조).
• 나) 살피건대, 원고는 산업안전보건법 제16조 에 따른 ‘보건관리대행기관’으로 지정된 작업환경측정 및 보건관리대행업 등을 사업목적으로 하는 주식회사인 사실, 원고는 2009. 7. 1.부터 2013. 12. 31.까지 사이에 사업주로부터 보건관리자의 업무를 위탁 받은 후 사업장 소속 근로자에 대하여 건강상담, 보건관리교육 등의 보건관리용역인 이 사건 용역을 제공한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 의료법에서 규정하는 의사 등(의료법 규정에 의하여 의료기관을 개설한 자를 포함한다)이 아닌 이상, 원고가 위탁사업장에서 제공한 이 사건 용역은 설사 원고가 의사 및 간호사를 고용하여 제공하였다고 하더라도 그러한 의사 및 간호사가 공급의 주체가 된 것으로 보기 어려우므로, 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1호 가 규정한 부가가치세 면제 대상에 해당된다고 볼 수 없는바, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 둘째 주장에 관한 판단 국세기본법 제18조 제3항 이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석이나 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하는바, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다고 할 것이다(대법원 1984. 12. 26. 선고 81누266 판결, 대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결, 대 법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조). 그러므로 의료인이 아닌 자가 의료인을 고용하여 적법한 의료행위를 제공한 경우 부가가치세 면세대상이 된다는 원고 주장의 비과세관행이 성립되었는지에 관하여 보건대, 갑 제7, 8호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 갑 제9호증, 을 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 피고는 2014. 12. 5. 자신의 관할 내에 있는 한국환경 주식회사의 보건관리용역 제공행위에 대하여 부가가치세를 부과하였던 점, ② 국세청은 2009. 3. 31. 보건관리대행기관이 제공하는 의료보건용역이 부가가치세 면세대상이 아니라는 취지의 유권해석을 하였던 점, ③ 설사 피고가 위 유권해석 이후 상당기간이 경과한 이후에 이 사건 각 처분을 하였다고 하더라도, 그와 같은 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있었다고 보기는 어려운 점 등의 사정이 인정될 뿐인바, 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.