원고가 지급받은 금원은 실질적으로 합병대가로 받은 양수금이라 할 것이므로, 종합소득세 부과처분은 적법함

사 건 2016구합61724 종합소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 bbbb세무서장 변 론 종 결

2017. 06. 13. 판 결 선 고

2017. 10. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 10. 15. 원고에 대하여 한 2011년 종합소득세 736,840,030원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 bbbb은 의류제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이고, 주식회사 cc 및 주식회사 cc컴퍼니(이하 ‘피합병회사들’라고 하고, 주식회사의 경우 회사명에서 ‘주식회사’의 기재는 모두 생략한다)는 의류판매업 등을 영위하는 회사로 원고는 합병 전 피합병회사들의 최대주주이자 대표이사로 재직하고 있었다.
• 나. 원고와 bbbb은 2011. 4. 7. 별지 목록 중 제1항 기재와 같이 bbbb이원고로부터 피합병회사들의 주식 및 경영권을 양수하는 내용의 합의를 하였는데(이하‘이 사건 총괄합의’라고 한다), 그 주요 내용은, ① bbbb은 원고가 보유한 피합병 회사들 발행의 모든 주식을 양수하고, ② bbbb이 원고에게 지급하여야 할 주식등의 양수도 대금은, 영업양수도 결과 피합병회사들이 부담하는 총 부채가 600억 원(=cc 200억 원 + cc컴퍼니 400억 원)에 미달하는 것을 전제로 200억 원으로 정하되, 총 부채가 600억 원을 미달하거나 초과한 경우 위 200억 원에서 가감하기로 하며, ③bbbb은 50억 원 범위 내에서 원고에게 자금을 대여할 수 있고(약정 이자율: bbbb의 조달금리에 0.5%를 가산한 이자율, 약정 지연이자율: 연 18%, 상환조건: 2년 거치, 2년 균등액 분할 상환), ④ 이 사건 총괄합의는 원고와 bbbb 사이에 체결할 주식매매계약서, 영업양수도계약서 등 약정보다 우선적 효력이 있다는 것이다.
• 다. bbbb과 피합병회사들은 2011. 5.경 bbbb이 피합병회사들의 사업과 관련된 모든 자산과 부채, 권리와 의무, 계약상의 지위를 포괄적으로 승계하고, 합병기일을 2011. 7. 1.로 하는 내용의 흡수합병계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 합병’이라고 한다), 이에 따라 원고는 합병회사인 bbbb의 주식 35,451주를 취득하였다. 한편 금융감독원의 전자공시시스템에 공시한 합병재무제표에 의하면, 이 사건 합병으로 인하여 bbbb이 승계한 피합병회사들의 총 부채는 706억 원이다.
• 라. 원고는 이 사건 총괄합의 이후인 2011. 4. 15. dddd를 설립하고, dddd는2011. 7. 1. 피합병회사들의 매장 중 일부(bbbb에 합병된 ○○, ◎◎ 사업장 제외)의 사업을 양수하는 내용의 영업양수도 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 영업양 수도’라고 한다).
• 마. bbbb은 2011. 4. 15.부터 2011. 5. 13.까지 원고에게 49억 2,000만 원을 지급하고, dddd에게 2011. 5. 13.부터 2011. 8. 16.까지 156억 500만 원, 2011. 9. 16. 61억 4,000만 원을 각 지급하였는데(위 돈 중 원고에게 지급된 49억 2,000만 원과 dddd에게 지급된 위 156억 500만 원의 합계 205억 2,500만 원 중 200억 원을 ‘이 사건 지급금’이라고 한다), 위 돈의 지급 시마다 자금대여약정서가 작성되었다.
• 바. 피고는 2013. 10. 15. 원고에 대하여 이 사건 지급금은 합병대가로 지급받은 것 이므로 이 사건 합병은 법인세법 제44조 에서 정한 적격합병에 해당하지 않고, 원고의 의제배당액은 122억 원(합병대가 200억 원 - 피합병회사들 주식 취득원가 78억 원)이라는 사유로 2011년 귀속 종합소득세 5,230,262,070원의 부과처분을 하였다.
• 사. 원고는 2014. 1. 9. 조세심판원에 위 바.항 기재 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하면서 주위적으로 이 사건 지급금은 합병대가로 지급받은 것 이 아니라 대여금 약정에 의하여 지급받은 것이고, 예비적으로 이 사건 총괄합의에 의하면 bbbb은 피합병회사들의 총 부채가 600억 원에 미달하는 것을 조건으로 200억 원을 지급하기로 하였으나, bbbb이 실제로 승계한 피합병회사들의 총 부채는 706억 원이므로 bbbb이 실제로 원고에게 지급한 합병대가는 94억 원[=200억 원 - (706억 원 - 600억 원)]이라고 주장하였고, 조세심판원은 2015. 12. 1. 원고의 예비적 주장을 받아들여 원고가 양도대가로 실제 받아야 할 금액은 94억 원이므로 그에 따라 원고에 대한 종합소득세의 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정하였다.
• 아. 피고는 2015. 12. 15. 위 사.항 기재 조세심판원의 결정에 따라 원고의 2011년 귀속 종합소득세를 736,840,030원으로 감액 경정하는 처분을 하였다(피고의 2013. 10. 15.자 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 8, 10호증, 을 제1, 7호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

bbbb이 원고와 dddd에게 지급한 이 사건 지급금은 이 사건 합병과 별개의 자금조달약정에 의한 것이지, 양도대금 내지 합병대가로 지급된 것이 아니므로 이 사건 합병은 법인세법 제44조 제2항 의 적격합병에 해당하고, 설령 이 사건 지급금이 합병대가로 지급되었다고 하더라도 dddd에게 지급된 돈을 원고에 대한 합병대가로 볼 수 없으며, 피고가 주장하는 합병대가 94억 원은 명확히 특정되지도 않는다. 그럼에도 이 사건 지급금을 합병대가로 본 이 사건 처분은 위법하다.

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

• 가. 인정사실

1. 이 사건 총괄합의 원고와 bbbb은 2011. 4. 7. bbbb이 원고로부터 별지 목록 제1항 기재와 같이 bbbb이 원고로부터 피합병회사들의 주식 및 경영권을 양수하는 내용의 약정을 한 사실은 앞에서 본 바와 같다.

2. 이 사건 합병계약 및 2011. 4. 7.자 주식 및 경영권인수계약 원고와 bbbb은 2011. 4. 7. bbbb이 원고로부터 피합병회사들의 발행주식 전부를 양수하는 내용의 주식 및 경영권인수계약을 체결하면서 cc에 대한 주식 인수대금을 18억 원, cc컴퍼니에 대한 주식인수대금을 3,625,350,000원으로 정하였고, 2011. 5. 27. 1. 다.항 기재와 같은 이 사건 합병계약을 체결하였다(을 제3, 4호증참조)

3. 2011. 6. 27.자 합의서(안)1) bbbb과 dddd는 2011. 6. 27. 이 사건 총괄합의의 후속조치에 관하여 별지 목록 제2항 기재와 같은 합의서를 작성하면서 이 사건 총괄합의는 bbbb과 dddd 사이에 체결된 ‘포괄업업양수도계약’ 및 ‘주식매매계약’보다 우선 적용되어야 한다는 점을 확인하였다(을 제6호증 참조).

4. 2011. 10. 31.자 합의서(안) 원고, dddd, bbbb은 2011. 10. 31. 이 사건 총괄합의의 후속조치에 관하여 별지 목록 제3항 기재와 같은 합의서를 작성하였는데, 그 주요내용은 ① 원고, dddd, bbbb 사이에 이 사건 총괄합의에 의한 양수도 대금의 정산결과 bbbb이 원고 및 dddd에게 초과로 지급한 금액이 7억 8,500만 원임을 확인하고, ②원고 및 dddd는 위 합의서 작성일을 기준으로 위 7억 8,500만 원을 6회 균등 분할상환하기로 하며(약정 연체이자율 연 18%), ③ 위 양수도 대금의 정산결과와는 별도로 bbbb은 2011. 9. 16. 원고 및 dddd에게 61억 4,000만 원을 대여하였음을 확인하며, ④ 위 대여금과 관련하여 원고 및 dddd는 bbbb에게 11억 4,000만원을 본합의서 체결일을 기준으로 6회 균등 분할 상환하기로 하고, 나머지 50억 원(=61억 4,000만 원 - 11억 4,000만 원)에 대하여는 이 사건 총괄합의 제7조(약정 이자율: bbbb의 조달금리에 0.5%를 가산한 이자율, 약정 지연이자율: 연 18%, 상환조건: 2년 거치, 2년 균등액 분할 상환)의 조건에 따라 상환하여야 한다는 것이다(을 제8호증 참조).

5. 2011. 12. 1.자 통보서(안)bbbb은 2011. 12. 1. 원고 및 dddd를 수신인으로 하여, 2011. 9. 16.체결한 자금대여약정서와 관련하여 이 사건 총괄합의에서 정한 기준 차입금보다 11억4,000만원을 초과하여 차입하고 있으므로 이를 즉시 상환할 것을 촉구하고, 위 자금대여약정서에 따른 담보제공을 촉구한다는 내용의 통보서를 작성하였다(을 제9호증 참조).

6. 2012. 4. 5.자 합의서 원고, dddd, bbbb은 2012. 4. 5. 별지 목록 제4항 기재와 같이 위 4)항기재 대여금 61억 4,000만 원에 관한 합의서를 작성하였는데, 그 주요내용은 ① dddd는 bbbb에게 전환사채 50억 원을 발행하되, 만기 이전 25억 원을 상환할 경우 잔여액 25억 원을 탕감하여 50억 원을 변제하고, ② 나머지 11억 4,000만 원(=61억 4,000만 원 - 50억 원)은 2년간 분할상환을 하되, dddd의 채권(6억 6,300만 원)을 상계한 후 잔액인 4억 7,700만 원(=11억 4,000만 원 - 6억 6,300만 원)을 향후 매출채권에서 차감하여 원고가 dddd에게 실질 대여한 위 61억 4,000만 원을 모두 변제하며, ③ 원고의 dddd에 대한 총 대여금 중 실질 대여금 채권인 61억 4,000만 원을제외한 나머지 대여금은 세법이 허용하는 범위 내에서 대여금 일부를 원고에 대한 지급액으로 전환하고, 최종 잔여액은 세법이 허용하는 절차와 형식으로 처리하기로 협의한다는 것이다(을 제10호증 참조).

7. 2012. 4. 30.자 전환사채인수계약 및 합의서 dddd는 2012. 4. 30. bbbb과 사이에, dddd가 50억 원의 전환사채를 발행하고, bbbb이 위 전환사채를 50억 원에 인수하기로 하는 내용의 전환사채 인수계약을 체결하였으며, 원고는 위 계약의 이해관계인으로서 dddd의 의무를 연대보증하였다. 그리고 원고와 bbbb은 2012. 4. 30. 원고는 위 전환사채를 만기일 이전에 25억 원에 매수할 권리가 있다는 내용의 합의를 하였다(을 제11, 14호증 참조).

8. 2012. 4. 30.자 담보제공각서 원고와 dddd는 2012. 4. 30. 별지 목록 제5항 기재와 같이 원고와 dddd가 연대하여 bbbb에 대하여 위 7)항 기재 50억 원 상당의 전환사채 원리금 상환의무 및 위 6)항 기재 11억 4,000만 원의 대여금 채무를 부담하고 있음을 확인하고, dddd가 취득한 아산시 둔포면 신항리 17-3 외 6필지 토지와 그 지상 건물을 ee 아울렛에게 담보로 제공하기로 하는 담보제공각서를 작성하였다(을 제12호증).

9. 2012. 4. 30.자 상계의사표시서 bbbb은 2012. 4. 30. dddd에 대하여 50억 원의 채권을 가지고 있고, dddd가 발행하는 위 7)항 기재 전환사채 50억 원에 대한 납입금채무와 상계한다는 내용의 상계의사표시서를 작성하였다(을 제13호증 참조).

10. 2012. 5. 30.자 합의서(안) 원고와 bbbb은 2012. 5. 30. 별지 목록 제6항 기재와 같이 원고가 합병대가로 취득한 주식(1. 다. 항 기재 bbbb의 주식 35,451주)의 실제 소유권은 bbbb에게 있고, bbbb의 원고에 대한 채권 49억 2,000만 원에 관하여 원고가 실질 상환의무를 부담하지 않는다는 내용의 합의서를 작성하였다(을 제15호증 참조).

11. 2012. 5. 30.자 주식매매계약서(안) 및 상환 확인증(안) 원고와 bbbb의 특수관계법인인 ee 네트웍스는 2012. 5. 30. 원고가 형식상 보유하고 있는 bbbb의 주식 35,451주를 ee 네트웍스에 매매가액 49억2,000만 원에 양도하기로 하는 내용의 주식매매계약서를 작성하고(을 제16호증 참조), bbbb은 2012. 5. 30. 원고에 대하여, 49억 2,000만 원을 정히 상환받았음을 확인한다는 내용의 상환확인증을 작성하였는데(을 제17호증 참조), 위 각 문서는 2014. 7.15. 작성된 것으로 기재되어 있다.

12. 2012. 12. 19.자 우선주 인수계약(기명 날인) 및 우선주 발행 관련 합의서(안) dddd는 2012. 12. 19. bbbb과 사이에, dddd가 재원 조달의 일환으로 발행할 주식을 bbbb이 25억 원에 인수하기로 하면서, 주금 납입 방법은 대여금채권과 상계하기로 하는 내용의 우선주인수계약을 체결하였고(을 제19호증 참조), 위 우선주인수계약과 관련하여 bbbb는, 우선주의 실질권리자가 원고 또는 원고가 지정하는 자에게 있음을 확인하며, 원고 또는 원고가 지정하는 자의 요청이 있는 경우bbbb은 위 우선주를 원고 또는 원고가 지정하는 자에게 무상으로 이전하기로 하나, bbbb이 dddd에 대하여 보유하고 있는 실질채권(전환사채 인수금액 50억원 및 별도 대여금채권 11억 4,500만 원)의 원금 및 관련 이자가 회수되기 전까지는 원고는 위 우선주 이전을 요청할 수 없다는 우선주 발행 관련 합의서를 작성하였다(을 제20호증 참조).

13. 2011. 9. 16.자 금전소비대차계약 등 bbbb은 2011. 9. 16. dddd와 사이에, bbbb이 dddd에게 25억원을 대여하기로 하는 내용의 금전소비대차계약을 체결하였고(을 제31호증의 1 참조), bbbb은 2012. 12. 17. dddd가 위 금전소비대차계약에 따른 원리금 지급의무가 없음을 확인한다는 별지 목록 제7항 기재 확인서를 작성하였으며(을 제31호증의 2참조), bbbb은 2012. 12. 19. dddd에 대하여, bbbb이 납입할 주식대금 25억 원과 위 금전소비대차계약에 의한 25억 원의 채권을 2012. 12. 24.자로 상계처리 한다는 내용의 상계통지서를 작성하였다(을 제31호증의 3 참조).

14. 2012. 12. 10.자 금전소비대차계약 등 bbbb의 관계회사인 ff벤처스(이하 ‘gggg’라고 한다)는 2012. 12. 10. dddd와 사이에, gggg가 dddd에게 10억 원을 대여하기로 하는 내용의 금전소비대차계약을 체결하였고(을 제21호증, 을 제28호증의 1 참조), gggg는 2012. 12. 17. dddd가 위 금전소비대차계약에 따른 원리금 지급의무가 없음을 확인 한다는 별지 목록 제8항 기재 확인서를 작성하였다(을 제22, 27호증, 을 제28호증의 2 참조).

15. 2012. 12. 10.자 주식발행 등 dddd는 2012. 12. 10. 신주 110만 주를 발행하기로 하면서(을 제38조의 1참조), 그 중 90만 주는 원고에게, 나머지 20만 주는 gggg에게 배정하기로 하는 이사회 결의를 하였다. gggg는 2012. 12. 17. dddd에게, 위 주식 20만 주를 10억 원에 인수하면서 주금납입방법은 회사의 동의로 대여금채권과 상계처리하기로 하는 내용의 주식청약서를 작성하였고(을 38호증의 2 참조), gggg는 2012. 12. 13. dddd에 대하여, gggg의 10억 원 납입채무와 gggg가 2012. 12. 10. cc 아이에게 대여한 10억 원의 채권을 2012. 12. 17.자로 상계처리한다는 내용의 상계통지서를 작성하였다(을 제30호증 참조).

16. 2012. 12. 26.자 확인서 bbbb은 2012. 12. 26. 원고에 대하여, dddd가 2012. 12. 17.자로 발행한 보통주식 20만 주(보유자: gggg)와 dddd가 2012. 12. 24.자로 발행한 우선 주식 50만 주(보유자: bbbb)와 관련하여 소유권 및 배당권을 비롯한 주주로서의 권리 일체가 원고에게 있음을 확인하고, 위 주식과 관련한 어떠한 권리도 주장하지 않을 것임을 확약한다는 내용의 확인서를 작성하였다(을 제29호증 참조). [인정근거] 다툼 없는 사실, 법원에 현저한 사실, 갑 제24호증, 을 제3, 4, 6, 8 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 19, 20, 22, 27, 28, 29, 30, 38호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 관련법리 등 1) 국세기본법 제14조 제1항 은 ‘과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정하고, 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다’고 규정하며, 제3항은 ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적 용한다’고 규정하고 있다. 또한 법인세법 제4조 제1항 은 ‘자산이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다’고 규정하고, 제2항은 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다‘고 규정하고 있다.

2. 위 규정들이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 판결 등 참조).

3. 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 원칙적으로는 법인세법 제44조 제1항 에의하여 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보면서 이 경우 양도에 따라 발생하는 양도손익에 대하여 법인세를 과세하는 것이 원칙이나, 같은 조 제2항은 일정한 경우에는 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 규정하고 있는바, 그 요건으로 ‘1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것, 2. 합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 까지 그 주식등을 보유할 것, 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것’을 규정하고 있다.

• 다. 판단

1. 이 사건 총괄합의의 효력 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하면 알 수 있는 아래의 사정을 종합하면, 이 사건 총괄합의는 여전히 유효한 것으로 보인다.

• 가) 이 사건 총괄합의는 원고와 bbbb 사이에 유효하게 체결된 것으로 보이고, 위 총괄합의에 이르게 된 경위, 규모, 성격 등을 고려하면, 이는 위 당사자들을 비롯한 cc, cc컴퍼니 등의 상당한 노력과 검토를 통하여 당사자 및 관계자들의 이해관계, 목적 등을 종합한 최종적인 합의의 성질을 가지고 있는 것으로 보인다.
• 나) 이 사건 총괄합의에 의하여 이루고자 하는 주된 목적은, 원고는 피합병회사들의 ○○점, ◎◎점 사업장을 bbbb에게 양도하고, 그 양도대금으로 사업자금을 조달하여 나머지 사업장을 양수한 dddd를 통하여 기존의 사업을 계속해 나가고자 하는 것으로 보이고, bbbb은 피합병회사들의 ○○점, ◎◎점 사업장을 양수함으로써 사업을 확장하려는 것으로 보인다.
• 다) 이후 이 사건 영업양수도 및 이 사건 합병계약 등이 체결되었는데, 이는 이 사건 총괄합의의 목적에 부합하고, 위 총괄합의에서 의도한 법률관계의 형성으로 보이는 한편, 이 사건 합병 역시 피합병회사들의 ○○점, ◎◎점 사업장만을 합병의 대상으로 하고 있고, 영업양수도 조항을 삽입하여 dddd가 나머지 사업장을 양수할 수 있도록 함으로써 이 사건 총괄합의와 동일한 목적을 달성할 수 있도록 계획된 것으로 보이는데, 원고와 bbbb으로서는 목적 달성을 위하여 그 방식이나 수단에 따른 이익과 손해 등을 비교하여 선택을 할 수 있었던 것으로 보인다.
• 라) 이 사건 합병은 이 사건 총괄합의가 체결된 이후에 이루어진 점, 그 내용과 목적이 앞서 본 바와 같이 이 사건 총괄합의와 동일한 점, 흡수합병의 경우 일반적으로 피합병법인이 합병법인에 흡수되는 것인데, 이 사건의 경우 dddd가 신설 회사로 설립되고, 합병된 ○○점, ◎◎점 사업점을 제외한 나머지 사업점을 다시 양수함으로써 사실상 bbbb에게 ○○점, ◎◎점 사업장을 양도한 것과 다름이 없는 결과가 발생한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 합병은 적격합병의 경우 법인세가 절감 된다는 점에 주목하여 위 요건을 갖추는 형식을 취하여 이루어진 것으로 보인다.
• 마) 위 가. 3)항 기재 2011. 6. 27.자 합의서에는 “dddd와 bbbb은 상기 포괄영업양수도계약 및 주식매매계약이 dddd와 bbbb이 2011. 4. 체결한 주식 및 경영권 양수도에 관한 총괄합의서의 합의사항을 실무적으로 이행하기 위해 체결된 세부계약임을 상호 확인한다”, “dddd와 bbbb은, dddd와 bbbb의모든 권리의무관계에 있어 어떤 경우라도 총괄합의서가 포괄영업양수도계약과 주식매매계약보다 우선 적용되어야 함을 상호 확인한다”고 기재되어 있는 점, 그리고 이 사건 합병이 이루어진 이후에 작성된 같은 2012. 12. 17.자 확인서[위 가. 13)항] 및 gg 확인서[위 가. 14)항]에 ‘소비대차계약은 이 사건 총괄합의서에 따른 쌍방 간 M&A와 관련된 정산을 위해 작성된 문서로서 실제의 채권, 채무를 규정하는 것이 아님을 확인한다’는 내용의 기재가 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 합병 이후에도 원고,bbbb, 피합병법인들 등의 법률관계는 이 사건 총괄합의에 따라 형성되고 있는 것으로 보인다. 한편, 확인서 등의 문서에 기명만이 되어 있을 뿐 날인이 되어 있지 않은 문서도 있으나, 각 문서의 내용이 매우 구체적이고, 이 사건 총괄합의의 내용과 부합하는 것으로 보이는 점 등에서 원고, bbbb, 피합병법인들, dddd 등의 의사에 기하여 작성된 것으로 보인다.
• 바) 앞서 본 이 사건 총괄합의의 성격, 우선적 효력 등에 비추어 보면, 이 사건 총괄합의에 의한 법률관계를 종료하기 위해서는 해지절차를 거쳐야 하는 것으로 보이는데, 원고와 bbbb 사이에 이 사건 총괄합의에서 정한 해지사유가 발생하였다고 볼 만한 사정이 없고, 나아가 위약금이 교부되었다거나 해지의 통지가 있었다는 등의 이 사건 총괄합의가 해지되었다고 볼 만한 사정도 없다.

2. 이 사건 지급금의 성격 위 인정사실, 을 제25, 26, 27, 33, 35, 37호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 지급금은 별도의 대여약정에 의한 것이 아니라 이 사건 총괄합의에 따른 양도대금 내지 합병대가를 지급하기 위한 것이고, 회계처리를 위하여 대여금 형식을 취한 것으로 보인다.

• 가) 앞서 본 바와 같이 bbbb과 원고 사이의 법률관계는 이 사건 총괄합의에 의하여 형성된 것으로 보이고, 위 총괄합의에서 양도대금을 200억 원으로 정함에 따라 이 사건 지급금은 양도대금의 지급을 목적으로 하여 지급된 것으로 보인다.
• 나) 이 사건 지급금 외에 2011. 9. 16. dddd에게 61억 4,000만 원이 지급되었는데, 이에 관하여 작성된 위 가. 4)항 기재 2011. 10. 31.자 합의서에 의하면, ① 초과 지급된 7억 8,500만 원은 균등 분할 상환하고, ② 61억 4,000만 원을 대여하였음을 확인하고, 이자율은 10.7%를 적용하며, ③ 담보를 즉각 제공하기로 하는 내용이 기재 되어 있고, 이어 위 가. 5)항 기재 2011. 12. 1.자 통보서에도 상환과 담보제공을 촉구 하는 내용이, 위 가. 6)항 기재 2012. 4. 5.자 합의서에는 위 61억 4,000만 원의 처리방안에 관한 내용이, 위 가. 8)항 기재 2012. 4. 30.자 담보제공각서에는 위 돈의 담보로 dddd가 취득한 부동산을 담보로 제공하겠다는 내용이, 위 가. 12)항 기재 우선주 발행 관련 합의서에도 실질채권에 관한 내용이 각 기재되어 있는데, 위 사정을 종합하면, 원고, bbbb, dddd는 위 61억 4,000만원의 상환 방법에 관하여 구체적으로 합의한 것으로 보이고, 나아가 bbbb은 위 돈의 상환과 담보 제공을 촉구하고 있으나, 이 사건 지급금에 관하여는 그러한 사정이 전혀 나타나 있지 않고 오히려 아래에서 보는 바와 같이 원고와 dddd에게 실질 상환의무가 없어 보이는 점 등에 의하면, 이 사건 지급금은 위 61억 4,000만 원이 이 사건 총괄합의서 제7조에 근거한 대여금인 것과는 그 성질이 다른 것으로 보인다.
• 다) 이 사건 총괄합의(2011. 4. 7.) 내지 합병(2011. 5.)에 관한 검토와 관련하여, ① hh회계법인은 2012. 10. 세무검토보고서(을 제25호증)에서 원고가 사업에 대한 양도대가로 200억 원을 지급받는 것을 전제로 과세 여부에 관하여 검토하고 있는 것으로 보이는 점, ② 2011. 5. 2. 이루어진 검토(을 제26호증)에서도 사업점 양도에 대한 양도 대금으로 250억 원을 받되, 76억 원은 합병주식에 대한 대가로, 나머지 174억 원은 비공식적인 방법으로 받는 것을 추천한 점, ③ 법무법인 화우는 2011. 12. 29. 원고가 bbbb으로부터 이 사건 총괄합의에 따른 매매대금을 다 지급받기 위하여 bbbb을 상대로 제기할 수 있는 법적인 권리가 무엇인지 여부 및 원고가 취해야 할 법적조치가 무엇인지 여부에 관한 질의에 대하여, 원고와 bbbb 사이의 자금대여는 이 사건 총괄합의에 의한 매매대금의 지급을 위한 것이므로 일체의 원리금 지급 의무가 없다는 취지의 합의서를 작성해 놓을 필요가 있고, 그러한 취지의 합의서 작성이 어렵다면, 원고가 bbbb에 대한 매매대금 지급청구권과 대등액의 범위에서 상계의 의사표시를 하는 것이 바람직 할 것으로 사료된다는 등의 의견을 제시한 점(을 제37호증 참조), ④ 2012. 1. 4.자로 작성된 ‘cc-ee M&A 원칙과 문제점’(을 제33호증)에 의하면, 매매대금 800억 원은 부채 600억 원과 200억 원의 현금 지급으로 결정되었다고 기재되어 있는 점, ⑤ 2012. 2. 8.자 gg 회의의 회의록(을 제35호증)에 의하면, 회계처리와 관련하여 ee에서 dddd로 대여한 것으로 처리되어 있는 217억 원의 회계처리가 문제된다고 기재되어 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 총괄합의 내지 합병과 관련한 검토는 이 사건 지급금이 양도대금임을 전제로 이루어진 것으로 보인다.
• 라) 한편, 실제대여금에 관한 위 가. 6)항 기재 2012. 4. 5.자 합의서가 작성된 이후에 그 내용에 따라 dddd는 bbbb에 전환사채 50억 원 상당을 발행하고, 2012. 5. 21.부터 2012. 11. 20.까지 매월 6회에 걸쳐 나머지 금액을 상환한 것으로 보이는 반면, 이 사건 지급금에 대하여 원고는 2016. 9. 9.부터 2016. 10. 17.까지 bbbb에게 29억 5,000만 원을 추가로 상환하였다고 주장하나, 이 사건 소가 제기된 이후에 단기간에 일부의 상환이 이루어진 점, 원고와 bbbb의 관계와 앞서 본 이사건 지급금에 관한 사정에 비추어 보면, 위와 같이 원고가 bbbb에 최근에 돈을 지급하였다는 사정만으로 이 사건 지급금이 진정한 의미의 대여금임을 증명하는 자료로 보기 어렵다.
• 마) 위 가. 6)항 기재 2012. 4. 5.자 합의서에 의하면, dddd가 발행한 전환사채 50억에 관하여 만기 이전에 dddd가 25억 원을 상환할 시에는 잔여액 25억 원을 탕감하기로 합의하였는데, bbbb과 dddd 사이의 관계에 비추어 볼 때, 25억 원의 거액을 탕감할 만한 관계에 있다거나 그러한 사정이 있다고 보기 어렵고, 또 한 같은 2011. 9. 16.자 금전소비대차계약[위 가. 13)항]과 2012. 12. 10.자 금전소비대차계약[위 가. 14)항] 역시 그와 관련하여 작성된 각 확인서[위 가. 13)항 기재 2012.12. 17.자 확인서 및 가. 14)항 기재 ◎◎◎◎ 확인서]에 의하면 dddd에게 위 각 금전소비대차계약에 따른 원리금 지급의무가 없다는 내용이 기재되어 있는데, 이러한 사정에 비추어 보면, 실질 대여금인 61억 4,000만 원과 관련된 거래조차도 합병대가를 지급하거나 정산하는 방편으로 일부 이용된 것으로 의심된다.

3. dddd에 대한 지급금을 원고에 대한 지급금으로 볼 수 있는지 여부bbbb이 원고에게 49억 2,000만 원을 지급하고, dddd에게 156억 500만원을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음의 사정, 즉 ① 원고는 cc 및 cc컴퍼니의 100% 주주로서, bbbb과 이 사건 총괄합의를 원고의 명의로 체결한 점, ② 이 사건 총괄합의 내지 합병을 위한 검토는 원고의 처지에서 dddd를 통한 사업, 회사의 지배구조, 과세 여부 등을 그 내용으로 하고 있는 점, ③ 이 사건 총괄합의 이후에 체결된 계약이나 문서에 원고는 본인 혹은 dddd의 대표이사 명의로 모두 관여한 점, ④ dddd 역시 원고가 완전히 지배하고 있는 것으로 보이는 점, ⑤ 실질과세의 원칙은 형식이나 외관에 구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제 하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는 점 등을 종합하면, dddd에게 지급된 이 사건 지급금 역시 원고에게 귀속되었다고 봄이 타당하다.

4. 이 사건 지급금 중 합병대가의 액수 이 사건 지급금 중 합병대가의 액수에 관하여 보건대, 아래의 사정을 종합하면, 이 사건 지급금 중 양도대금 내지 합병대가는 94억 원으로 봄이 타당하다.

• 가) 이 사건 총괄합의에서 양도대금을 200억 원으로 정하였는데, 위 200억 원은 cc 및 cc컴퍼니의 총 부채가 600억 원임을 기준으로 한 것이고, 그에 미달하거나 초과하는 경우 위 200억 원을 가감하는 방식으로 양도대금을 정하기로 하였다.
• 나) 원고와 dddd는 bbbb으로부터 합계 약 200억 원을 지급받았고, 위 지급금을 대여금으로 볼 수 없다.
• 다) 위 가. 10)항 기재 2012. 5. 30.자 합의서에 의하면, 원고가 취득한 bbbb 주식 35,451주의 실질 소유권은 bbbb에게 있다고 기재되어 있고, 이어 작성된 위 가. 11)항 기재 2012. 5. 30.자 주식매매계약서 및 상환확인증에 의하면, bbbb의 특수관계법인인 ee 네트웍스가 원고 명의의 bbbb 주식 35,451주를 49억 2,000만 원에 양수하기로 하면서, bbbb이 원고로부터 위 금액을 상환받았다 는 내용이 기재되어 있는데, 이는 bbbb측이 원고에게 지급한 이 사건 지급금 중일부(49억 2,000만 원)에 대하여 원고의 상환의무를 면제하는 대신 위 주식을 다시 bbbb이 반환받으려는 목적으로 보이는 점, 위 주식매매계약서와 상환확인증의 작성일시가 2014. 7. 15.로 기재되어 있는데, 이는 법인세법 제44조 제2항 제2호 에서 정한 적격합병요건인 주식처분 제한기간이 지난 시점을 의도한 것으로 보이는 점 등의 사정을 종합하면, bbbb의 주식 35,451주는 이 사건 총괄합의에 따른 법률관계를 합병의 형식으로 형성하기 위한 방편으로 원고에게 형식적으로 지급된 것에 불과하고, 실제로 원고에게 귀속되었다고 보기 어렵다.
• 라) 한편, 금융감독원의 전자공시시스템에 공시한 합병재무제표에 의하면, 이 사건 합병으로 인하여 bbbb이 승계한 피합병회사들의 총 부채는 706억 원이고, 이사건 총괄합의에서 정한 양도대금 산정방식에 의할 때, 200억 원에서 초과된 부채인 106억 원이 정산되었다고 보고 이를 공제한 94억 원을 합병대가로 본 조세심판원의 결정은 타당해 보인다.
• 마) 원고는 위 94억 원이 특정되지 않았다고 주장하나, 위 94억 원은 원고가 조세심판원에 대한 심판청구에서 예비적으로 주장한 금액인 점, 위 금액은 bbbb이 승계한 총 부채가 600억 원을 초과함에 따라 이 사건 지급금 중 원고에게 귀속될 수 있는 지급금은 부채 106억 원을 제외한 나머지 94억 원에 해당한다는 것으로 그 돈의 특정과는 관련이 없어 보이고, 이와 달리 양도대금 및 합병대가를 계산할 수 있는 방법이 없어 보이는 점 등을 고려하면 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 라. 소결 위와 같은 모든 사정을 종합하면, 이 사건 지급금은 이 사건 총괄합의에 의한 양도대금 내지 합병대가로 지급된 것이고, 위 지급금에서 bbbb이 승계한 600억 원을 초과하는 부채를 감액한 94억 원을 합병대가로 본 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 부합하는 것으로 보이므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한