부가가치세부과처분취소

사 건 2016구합194 부가가치세부과처분취소 원 고 한*** 주식회사 피 고 평택세무서장 변 론 종 결

2017. 07. 18. 판 결 선 고

2017. 08. 22.

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 8. 3. 원고에 대하여 한 2008년 제1기 부가가치세 497,853,700원, 2008년제2기 부가가치세 1,062,948,190원, 2009년 제1기 부가가치세 466,571,020원, 2009년제2기 부가가치세 687,982,420원, 2010년 제1기 부가가치세 463,913,930원, 2010년 제2기 부가가치세 736,596,540원, 2011년 제1기 부가가치세 886,118,490원, 2011년 제2기 부가가치세 1,225,488,110원, 2012년 제1기 부가가치세 407,969,8301)원의 부과처분 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 11. 27. 유류판매업 등을 목적으로 설립된 법인이고, 신$$은 원고의 실질적인 운영자이며, 이@@은 원고의 대표이사로 근무하면서 직원들을 관리하는 등 업무에 종사하였다.
• 나. 피고는 2012. 7. 1. 원고에 대하여 원고가 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 # 수취한 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)가 실제 재화의 공급이 수반되지 아니한 ‘가공세금계산서’에 해당하므로 위 세금계산서에 대한 매입세액공제가 불가능하다는 사유로 2008년 제1기 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다)745,502,500원, 2008년 제2기 부가가치세 1,558,696,380원, 2009년 제1기 부가가치세1) 원고는 2012년 제1기 부가가치세 세액을 362,501,189원으로 청구취지에 기재하였으나, 갑 제7호증의 3, 을제2호증의 9, 을 제12, 13호증의 각 기재에 의하면 피고는 2012. 7. 1. 원고에 대하여 2012년 제1기(2012.1. 1. ~ 2012. 3. 31.) 부가가치세 496,844,900원을 경정․부과하였고, 위 부가가치세는 2회에 걸쳐 총 88,905,070원(=297,370원 + 88,607,700원)이 감액되었으므로 원고의 2012년 제1기(2012. 1. 1. ~ 2012. 3.31.) 부가가치세 세액은 407,939,830원(=496,844,900원 - 88,905,070원)이다. 663,118,020원, 2009년 제2기 부가가치세 955,168,560원, 2010년 제1기 부가가치세629,066,230원, 2010년 제2기 부가가치세 973,225,340원, 2011년 제1기 부가가치세 1,144,945,370원, 2011년 제2기 부가가치세 1,541,637,560원, 2012년 제1기 부가가치세 496,844,900원을 각 경정․부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).
• 다. 한편 원고, 신$$, 이@@은 2012. 6. 28. 수원지방법원에 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등), 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세), 조세범처벌법위반 등으로 기소되었는데, 이 사건 세금계산서에 관한 공소사실은, 신$$, 이@@은 김, 강, 성**과 공모하여 2010. 1. 31.부터 2012. 3. 31.까지 원고가 ## 등으로부터 유류(육상 경유)를 공급받은 사실이 없음에도 불구하고 마치 유류를 공급받은 것처럼 공급가액 합계 30,776,782,000원 상당의 허위 매입세금계산서52장을 교부받았고, 그로 인하여 2010년도 제1기 부가가치세 345,507,999원, 2010년도 제2기 부가가치세 550,375,176원, 2011년도 제1기 부가가치세 668,269,447원, 2011년도 제2기 부가가치세 927,062,083원을 각 포탈하였으며, 원고는 신$$, 이@@ 등으로 하여금 위 각 위반행위를 하게 하였다는 것이다.
• 라. 그런데 수원지방법원은 2013. 2. 20. 원고, 신$$, 이@@에 대하여 “원고가 ## 등으로부터 실제 육상 경유를 공급받고 그 대금을 지급하였음이 인정된 이상, 비록 원고가 해상면세유의 매입자료를 확보하기 위한 목적으로 위 거래를 하였거나, 위 세금계산서를 매수한 유류가 아닌 다른 유류 판매를 위한 매입자료로 이용하였다고 하더라도 그로 인한 세금의 포탈을 별도로 처벌하는 것은 별론으로 하고, 이를 재화를 공급받지 아니한 채 허위 세금계산서를 발급한 경우라 할 수는 없다”는 이유 등으로 위 다.항 기재 공소사실을 포함한 일부 공소사실을 무죄로 판단하고, 나머지 공소사실은 유죄로 인정하여 원고에 대하여 벌금 3억 원, 신$$에 대하여 징역 3년에집행유예 4년 및 벌금 10억 원, 이@@에 대하여 징역 1년 6월에 집행유예 2년 및 벌 금 3억 원(다만, 이@@에 대한 벌금형의 선고를 유예하였다)을 각 선고하였고[사건번호: 수원지방법원 2012고합525(분리), 2012고합597(병합)], 위 판결은 서울고등법원 항소심(신$$에 대한 유죄 부분을 파기하였으나 원심의 형을 유지하고, 검사의 나머지항소를 기각하였다, 사건번호: 서울고등법원 2013노1117호)을 거쳐 2014. 10. 30. 확정되었다(이하 ‘관련 형사판결’이라고 한다).
• 마. 원고는 2014. 9. 5. 피고에게 관련 형사판결의 취지에 의하면 이 사건 세금계산서는 ‘가공세금계산서’에 해당하지 않는다는 사유를 주장하며 이 사건 부과처분 중 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지 과세기간에 관한 부가가치세의 취소를 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 11. 3. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 경정 거부처분’이라고 한다)을 하였다.
• 바. 원고는 2014. 11. 12. 조세심판원을 상대로 이 사건 경정 거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 10. 26. 원고의 이 사건 경정 거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하하고, 아래 아.항 기재 이 사건 감액처분의 취소를 구하는 부분을 기각하는 결정을 하였다.
• 사. 원고는 2015. 3. 6. 피고를 상대로 이 사건 경정 거부처분의 취소를 구하는 소를제기하였다가 2016. 4. 15. 소를 취하하였다(사건번호: 수원지방법원 2015구합61994호).
• 아. 피고는 2015. 8. 3. 원고에 대하여 이 사건 부과처분에 관하여 아래 표(원 미만버림)와 같이 재경정․부과처분을 하였는데, 피고는 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 원고가 ## 등으로부터 발급받은 세금계산서의매입세액 공제를 관련 형사판결에 따라 인정하는 대신 그 매입액에 대응하는 무자료매출액을 추계하여 각 부가가치세 세액을 산정하였고, 위와 같은 내용의 세무조사 결과통지서(갑 제7호증의 3)는 그 무렵 원고에게 도달되었다(이하 ‘이 사건 감액처분’이라고한다)2).과세기간 이 사건 부과처분 세액 감액경정액이 사건 감액처분 후 [인정근거] 다툼 없는 사실, 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1 내지 3,7, 8, 12, 13호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지변론 전체의 취지

• 가. 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않2) 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지 부가가치세 세액 산정에 관하여는 갑 제1호증의 2 제4면, 2012년 제1기 부가가치세 세액 산정에 관하여는 위 각주 1)을 각 참조.고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의대상이 되는 것은 아니라 할 것이고, 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인데, 신고납부방식의조세에 있어서 납세자가 감액수정신고에 대한 과세관청의 경정거부처분에 대하여 행정쟁송으로 다투지 아니하여 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를 구할 수는 없다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).
• 나. 위 법리에 비추어 이 사건을 살펴보면 하나의 과세단위에 속하는 각 부가가치세과세기간 별로 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액이 동시에 있어서 결과적으로 세액이 감소한 경우에는 감액경정처분에 해당한다고 할 것인데, 피고는 2015.8. 3. 원고에 대하여 이 사건 감액처분을 하면서 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 원고가 ## 등으로부터 발급받은 세금계산서에관한 매입세액 공제를 인정하는 대신 그 매입금액에 대응하는 무자료매출액을 추계하여 제1의 아.항 기재와 같이 각 부가가치세 세액을 산정하였고, 위 각 부가가치세 세액은 이 사건 부과처분의 각 부가가가치세 세액보다 모두 감경된 금액인 사실은 앞에서본 바와 같으므로 이 사건 감액처분은 2008년 제1기부터 2012년 제1기까지의 각 부가가치세 세액을 감액하는 감액경정처분에 해당한다고 봄이 타당하다.
• 다. 따라서 항고소송의 대상이 될 수 있는 것은 이 사건 부과처분 중 경정결정(이 사건 감액처분)에 의하여 취소되지 않고 남아 있는 부분이고, 이 사건 감액처분 자체가항고소송의 대상이 되는 것은 아니다. 원고가 이 사건 부과처분에 대하여 다투는 것은별론으로 하고 이 사건 감액처분 자체의 취소를 구하거나 일부 증액된 부분만을 분리하여 그 취소를 구하는 것은 부적법하다.
• 라. 1) 한편 원고는, 2012년 제1기분 부가가치세는 부가가치세법상 2012. 7. 25.까지자진 신고하도록 되어 있어 피고 주장과 같이 2012. 7. 10.경 원고에게 부과․고지할수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 2012. 7. 1. 2012년 제1기 부가가치세를 경정하면서 원고에게 부과․고지한 사실이 없으므로 위 과세기간에 관한 이 사건 감액처분은효력이 없다는 취지로 주장한다(2017. 6. 16.자 준비서면 등). 이에 대하여 피고는2012. 7. 1.자 2012년 제1기 부가가치세 부과처분이 2012. 7. 11. 원고에게 송달되었다 고 다툰다[2017. 2. 27.자 준비서면 2면 주1) 2017. 3. 24.자 준비서면 8면 주8) 등].2) 을 제2호증의 9, 을 제11호증의 1, 2, 3, 을 제12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 비록 원고가 2014. 9. 5. 이사건 부과처분 중 2008년 제1기부터 2011년 제2기 부가가치세에 관한 경정청구를 하였을 뿐, 2012년 제1기 부가가치세에 관하여는 경정청구를 하지 않았고(1.마.항 참조),을 제2호증의 9(부가가치세 재경정 결의서)에는 2012년 제1기 부가가치세 과세기간이‘1. 1.부터 6. 30.’까지로 기재되어 있으나, 이 사건 부과처분 중 2012년 제1기 부가가치세 부분은 ‘예정신고 과세기간: 2012. 1. 1.부터 2012. 3. 31.까지’에 관한 것으로 보이고(을 제12, 13호증), 그 신고기간은 예정신고 기간이 끝난 후 25일 이내이므로[구부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항, 별지 관계법령 참조], 2012년 제1기 부가가치세(예정신고 과세기간: 2012. 1. 1.부터 2012. 3.31.까지)가 고지일자를 ‘2012. 7. 1.’로 하여(을 제12호증) 2012. 7. 11. 송달되더라도 아무런 문제가 없는 점, ② 위에서 든 증거에 의하면, 피고가 2008년 제1기부터 2012년제1기 부가가치세에 관하여 이 사건 부과처분을 하면서 2012년 제1기분 부가가치세부과처분만 누락하였다고 보기 어려운 점, ③ 피고가 2012. 7. 2012년 제1기분 부가가치세 부과처분(고지세액: 496,844,903원. 을 제12호증)을 한 이후에 원고가 2012년 제1기 예정신고 전자세금계산서 수정발급분에 대하여 매출로 착오 신고하였다는 이유로경정청구를 하여 피고가 297,370원을 감액한 것으로 보이고(을 제13호증), 그 때문에그 이후에 피고가 다시 2015. 8. 3. 이 사건 감액처분으로 2012년 제1기 부가가치세88,607,700원을 감액할 당시 부가가치세 재경정 결의서의 ‘당초 경정 고지세액’이 위496,844,903원이 아닌 496,547,533원[496,844,903원 - 297,370원, 을 제2호증의 9(4면)]으로 기재된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 고지일자 ‘2012. 7. 1.’인 2012년 제1기 부가가치세 부과처분이 2012. 7. 11. 원고에게 송달된 것으로 추인할 수 있다.

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.