법인세부과처분취소

사 건 2015구합66111 법인세부과처분취소 원고, 피상고인 미* 주사 피고, 상고인 ***세무서장 원 심 판 결

1. 피고가 2014. 7. 2. 원고에 대하여 한 2009 사업연도 법인세 161,789,994원, 2010사업연도 법인세 355,465,147원, 2011 사업연도 법인세 550,226,777원 중 17,501,037원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 1,303,840,874원 중 177,595,904원을 초과하는 부분의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다(처분일자인 2014. 7. 8.은 오기로 보인다).

• 가. 원고는 화공약품 제조업 등을 사업목적으로 하는 법인으로서, ○○ ○○군 ○면 ○○리 ○○○ 소재 계면활성제 공장(이하 ‘이 사건 종전 공장’이라 한다)에서 제조시설을 갖추고 사업을 영위하던 중, 위 공장 지역이 행정중심복합도시개발예정지구에 지정되 고 위 공장부지가 사업시행자에게 수용되자, 2008. 9. 21. 위 종전 공장의 생산을 종료한 후, 2008년 11월경 ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○○-○ 소재 ○○2공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)으로 공장시설을 이전하여 2008. 11. 24.부터 제조를 개시하였다.
• 나. 이후 원고는 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되어 2009. 1. 1. 시행된 것, 이하 같다) 제85조의2 제3항(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)을 적용하여 이 사건 공장의 사업에서 발생하는 소득에서 발생한 소득에 대하여 법인세의 100분의 50에 상당하는 법인세액을 감면하여 해당 각 사업연도 법인세 합계 1,854,649,726원을 신고하였다.
• 다. 피고는 이 사건 감면규정은 2009. 1. 1.부터 시행되었으므로 2008년 11월경에 이 사건 종전 공장을 이전한 원고에게는 적용되지 않는다는 이유로, 2014. 7. 2. 원고에 대하여 2009 사업연도 법인세 172,779,820원, 2010 사업연도 법인세 375,198,760원, 2011 사업연도 법인세 571,594,700원, 2012 사업연도 법인세 1,331,984,520원(각 가산세 포함)을 경정·고지하였다.
• 라. 이후 피고는 법인통합조사에 따라 2015. 2. 13. 원고에 대하여 위 각 2009~2012 사업연도 법인세의 가산세 합계 80,235,032원(= 2009 사업연도 10,989,829원 + 2010 사업연도 19,733,618원 + 2011 사업연도 21,367,931원 + 2012 사업연도 28,143,654원)을 감액경정·고지하였다[이하 위 2009~2012 사업연도 각 법인세(각 가산세 포함) 중 감액되고 남은 다음과 같은 고지세액 중 법인세 부분을 ‘이 사건 각 법인세’라 하고, 가산세 부분을 ‘이 사건 각 가산세’라 하며, 통칭시 ‘이 사건 각 처분’이라 한다].
• 마. 원고는 이에 불복하여 2014. 10. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 4. 15. 청구기각 결정을 하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제4 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장

• 가) 이 사건 법인세에 관하여

(1) 이 사건 감면규정의 적용여부 이 사건 감면규정은 ‘행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 지방으로 이전’이라고 규정하고 있기에 문리해석상 위 감면규정 시행일인 2009. 1. 1. 이전에 지방으로 공장을 이전한 경우도 감면의 대상이 되는 점, 이 사건 감면규정의 입법취지가 행정중심복합도시등의 건설에 따른 수용으로 본사 및 공장을 지방으로 이전하는 경우 경쟁력 확보를 위해 지방 창업수준의 세제지원이 필요하다는 것에 있는 점, 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제3조 제1항에 의하더라도 위 감면규정은 시행일인 2009. 1. 1. 이후에 개시하는 과세연도 분에는 적용되는 것으로 규정되어 있는 점, 이 사건 감면규정은 요건판단을 위한 기준에 관하여 위 부칙 규정에서 일반적 적용례를 규정한 것 이외에 다른 개별적 적용례에 관한 규정이 없는 점, 이 사건 감면규정을 2009. 1. 1. 이전에 공장을 이전한 경우에 적용하지 않는 것은 공평과세 및 평등원칙에 반하는 점 등을 고려하면, 이 사건 감면규정은 원고에게 적용된다.

(2) 감면되는 과세연도 나아가 이 사건 감면규정에 따르면 공장을 이전한 이후 해당 사업연도의 익금이 손금보다 많아 최초로 소득이 발생한 과세연도가 감면대상이 되는 첫 사업연도인데, 종전 공장이 이전한 후 첫 과세연도(2008. 10. 1.~2008. 12. 31.)에는 소득이 발생하지 아니하였고, 2009 사업연도에 최초로 소득이 발생하였으므로, 이 사건 감면규정에 따라 감면대상이 되는 과세연도는 2009~2012 사업연도이다. 따라서 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 법령의 근거 없이 과세관청의 예규를 근거로 과세특례의 효과를 배제하는 것으로 위법하다.

• 나) 이 사건 가산세에 관하여 설사 그렇지 않더라도 원고는 이 사건 감면규정에 따라 법인세를 감면 받을 수 있다고 오인하여 법인세 감면 신고를 한 것이므로 국세기본법 제48조 제1항 이 규정하는 정당한 사유가 인정되므로, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 가산세 부과는 위법하다.

2. 피고의 주장

• 가) 이 사건 법인세에 관하여

(1) 이 사건 감면규정의 적용여부 감면요건 중 특혜규정으로 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는바, 이 사건 감면규정은 그 시행을 통하여 지방이전을 촉진하기 위한 것으로서 위 감면규정의 효력이 발생하여 적용가능한 시점인 2009. 1. 1. 이후에 행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 지방으로 이전하여 사업을 개시하여야 하는데, 원고는 2008년 11월경 종전 공장을 지방으로 이전하였으므로 2009 사업연도 당시에는 행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위한 바가 없고, 2009 사업연도에 행정중심복합도시의 공장시설을 지방으로 이전한 바도 없다. 따라서 원고는 이 사건 감면규정이 시행될 당시에는 위 감면규정의 요건을 충족하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 감면되는 과세연도 설사 그렇지 않더라도 이 사건 감면규정에 규정된 ‘이전사업에서 발생하는 소득’은 이전된 ‘사업’에서 발생한 소득을 의미하는 것이지, 손익계산서상 당기순이익을 의미하는 것이 아닌데, 이 사건 공장의 손익계산서상으로 2008 사업연도에 8,472,876원의 영업이익이 발생하였고, 영업외 비용인 686,137,442원은 계정과목이 ‘잡손실’로서 이전사업과의 관련성을 인정할 수 없으며, 이는 단지 공장의 이전과정에서 발생한 비용을 열거한 것에 불과하므로 사업 관련 소득을 산정함에 있어 차감되지 아니하는 바, 이 사건 감면규정을 적용하더라도 2008 사업연도에 감면기간이 시작된다. 또한 이 사건 감면규정의 소득은 이전 이후 기간의 회계상의 손익이 아니라 전체 사업연도에 대한 법인세법상 각 사업연도의 소득을 이전한 전·후 기간으로 안분하여 계산하여야 한다.

• 나) 이 사건 가산세에 관하여 이 사건 감면규정이 2009. 1. 1. 시행된 이후 최초로 납세의무가 성립하는 시점인 2009. 12. 31. 이전에 과세관청이 유권해석을 통하여 위 감면규정의 적용범위를 명시적으로 확인한 바 있음에도, 원고는 이에 대한 검토 없이 위 감면조항의 적용대상에 해당된다고 오인하여 임의로 적용하였으므로, 국세기본법 제48조 제1항 의 정당한 사유가 인정되지 아니한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 감면규정의 적용여부에 관한 판단 먼저 원고와 같이 이 사건 감면규정 시행일 전인 2008년 11월경 행정중심복합도시 등에 소재한 종전 공장을 지방으로 이전하였다고 하더라도, 이 사건 감면규정이 적용될 수 있는지 여부에 관하여 본다. 가) 조세특례제한법 제85조의2 제3항 은 행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 이전사업에서 발생하는 소득에 대하여는 이전일 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 이전사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고, 한편 부칙 제1조 본문은 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고, 제3조 제1항은 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조). 다만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

• 나) 위 법리에 관계법령의 문언, 입법취지 등을 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 감면규정 시행일인 2009. 1. 1. 이전인 2008년 11월경 종전 공장을 이 사건 공장으로 이전하였다고 하더라도 위 시행일 후 최초로 개시하는 과세연도 분인 2009 사업연도 분부터 이 사건 감면규정이 적용된다고 봄이 타당하다.

① 이 사건 감면규정은 ‘행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우’에 이전사업에서 발생하는 소득에 관하여 세액을 감면하고 있는바, 그 문언상으로 공장의 이전시점을 위 감면규정의 시행일인 2009. 1. 1. 이전으로 한정하고 있지 아니하다.

② 나아가 조세특례제한법 부칙 제3조 제1항에 의하면 이 사건 감면규정은 이 법 시행일인 2009. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다고 규정하고 있고, 위 감면규정과 유사한 조세특례제한법 제85조의2 제1항 의 적용과 관련하여 부칙에서 일반적 적용례 이외에 별도로 적용 기준시점을 규정하고 있는 것과는 달리, 이사건 감면규정에 관하여는 별도로 그와 같은 기준시점에 관한 규정을 두고 있지 아니하다.

③ 그런데 이 사건 감면규정의 입법취지가 행정중심복합도시 건설에 따라 공장을 지방으로 이전하는 경우 재설비투자 및 인력충원 부족 등으로 경쟁력이 상실되므로 지방 창업 수준으로 세제지원을 하고자 하는 것으로 보이는데, 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 행정중심복합도시 건설에 따라 공장을 지방으로 이전하는 경우라면 그 이전시기가 2009. 1. 1. 이전이라고 하더라도 위 입법취지에 비추어 세제지원의 필요성이 없다고 보기는 어렵고, 위 시점 전후로 세제지원의 필요성에 있어서 차이가 있다고 보기도 어렵다.

2. 감면되는 과세연도에 관한 판단 다음으로 이 사건 감면규정은 ‘이전일 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는’ 과세연도부터 세액을 감면한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 공장의 사업에서 발생하는 소득이 최초로 발생한 과세연도에 관하여 본다. 가) 조세특례제한법 제2조 제2항 에 의하면 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 법인세의 경우 법인세법에서 사용하는 용어의 예에 의하여야 하는데, 조세특례제한법에는 소득의 개념에 관하여 정의규정이 없고, 법인세법 제14조 제1항 은 내국법인의 각 사업연도의 ‘소득’은 그 사업연도에 속하는 ‘익금(益金)의 총액’에서 그 사업연도에 속하는 ‘손금(損金)의 총액’을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제19조 제1항은 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 ‘해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액’으로 한다고 규정하며, 제2항은 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다.

• 나) 갑 제11 내지 14호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 공장의 이전 이후에 있었던 최초의 사업연도인 50기 사업연도(2008. 10. 1.~2008. 12. 31.)의 영업이익은 8,472,876원, 영업외수익은 57원, 영업외비용은 686,137,442원(손익계산서상 잡손실 계정에 계상됨), 당기순이익은 -677,664,509원인 사실, 위 영업외비용의 대부분은 이 사건 종전 공장을 이 사건 공장으로 이전하는 비용으로 구성되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 위 관계 법령 등에 의하면 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 잡손실은 영업활동과 직접적인 관계가 없는 손실로서 그 발생이 드물고 금액적으로 중요성이 없는 것, 다른 영업외비용 계정에 포함시키기에 적정하지 않다고 인정되는 것 등을 일괄하여 처리하는 계정인 점, ② 각 사업연도 소득금액은 그 사업연도에 속하는 익금 총액에서 손금 총액을 공제하는 방법으로 산정하는데, 위 영업외비용은 순자산을 감소시키는 손비로서 원고의 사업과 관련하여 발생한 비용에 해당하고 중요하지 않은 소액의 손실인 것으로 보기 어려우며 달리 손금불산입 항목은 보이지 아니하므로, 특별한 사정이 없는 한 손금으로 인정되어야 할 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 감면규정은 이전사업에서 발생하는 소득에 대하여 감면하도록 규정하고 있을 뿐, 전체 사업연도에 대한 법인세법상 각 사업연도의 소득을 공장을 이전한 전·후 기간으로 안분하여 계산하도록 규정하고 있지는 아니한 점 등을 종합하면, 이 사건 공장의 첫 과세연도(2008. 10. 1.~2008. 12. 31.)에는 소득이 발생하지 아니하였고, 2009 사업연도에 최초로 소득이 발생하였으므로, 이 사건 감면규정에 따라 감면대상이 되는 과세연도는 2009~2012 사업연도라고 봄이 타당하다.

3. 소결론 따라서 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중, 2008년 11월경 이 사건 종전 공장을 이전한 원고에게 이 사건 감면규정이 적용되지 아니함을 전제로 한 부과처분 부분(원고가 취소를 구하는 부분)은 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.