중소기업 유예 중인 기업이 관계기업에 해당하더라도 유예기간이 실효되지 않음

사 건 수원지방법원-2015-구합-65439 법인세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 oo세무서장 변 론 종 결 2015.11.19. 판 결 선 고 2016.02.18.

1. 피고가 2014. 9. 4. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 OOO원에 관한 감액 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다

• 가. 원고는 금형부품 등의 제조업을 영위하는 회사로 2009 사업연도까지 조세특례제한법의 중소기업으로서 조세특례를 받다가 2010년 매출액이 1,000억 원을 초과함으로써중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항 본문, 제1항 단서에 따라2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.
• 나. 원고는 2012 사업연도 기준으로 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라외부감사의 대상이 되는 기업이고, 2011. 12. 31. 현재 중소기업인 AAA주식회사의 주식 51%(관계인이 보유한 주식 포함)를 보유하고 있다.
• 다. 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 의 규정에 따라 2012 사업연도에도중소기업 유예기간에 해당된다고 보아 2013. 3. 31. 조세특례제한법상의 중소기업에 대한 특례규정에 따라 연구개발비 세액공제, 고용창출투자 세액공제 등을 적용하고 법인세법상 중소기업을 기준으로 한 접대비 한도금액을 적용하여 산정한 법인세를 피고에게 신고․납부하였다.
• 라. 피고는 2013. 8. 7. 원고에게, 원고가 관계기업으로서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호, 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제2호 다목에 정한 기준을 충족하지 못하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 중소기업 유예기간이 적용되지 않으므로, 중소기업임을 전제로 세액공제 등을 하여 법인세를 산정한 것은 문제가 있다고 지적하면서 수정신고할 것을 안내하였고, 이에 원고는 2013. 8. 31. 공제세액을 축소하고 법인세법상 일반기업의 접대비 한도액을 적용하여 법인세를 수정신고하였다.
• 마. 이후 원고는 2014. 7. 3. 피고에게, 원고가 중소기업 유예기간 적용대상에 해당함을 전제로 기존의 법인세 신고가 적법하다고 주장하면서 OOO원의 법인세 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 9. 4. 이를 기각하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2014. 10. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015.3. 19. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 ‘중소기업이 같은 조 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당함으로써 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에만 적용되는 규정이므로, ‘구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 각 호 외의 다른 사유로 이미 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업으로서 유예기간을 적용받고 있는 기업’이 다시 같은 조 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우에까지 적용되는 것은 아니다. 따라서 피고가 이와 전제를 달리하여중소기업 유예기간의 적용을 받고 있던 원고에게까지 구 조세특례제한법 시행령 제2조제2항 단서 제3호를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 설령 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호가 중소기업 유예기간의 적용을 받고 있던 원고에게 적용된다고 하더라도, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 신설되었고, 위 규정이 구 조세특례제한법 시행령에서 2012 사업연도부터 시행됨으로써 원고가 새로이 중소기업에 해당하지 않게 된 것이므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 에 따라 중소기업 유예기간이 인정되어야 한다. 따라서 피고가 이와 전제를 달리하여 중소기업 유예기간을 적용하지 않은 채 한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 단서의 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1항 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서 제3호에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있으므로, 원고의 경우 구 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서에 의하여 유예기간의 적용을 받을 수 없는지 여부가 문제된다. 살피건대, 앞서 인정된 사실, 관계 법령의 내용 및 형식 등에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 중소기업기본법 시행령 및 구 조세특례제한법 시행령에서 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입함에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 이 정한 ‘중소기업’에 해당하지 않는다 하더라도, 이미 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따라 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 원고에게 부여된 기존의 유예기간은 실효되지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령의 시행으로 원고에게 적용되던 중소기업 유예기간 규정이 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다(원고의 첫 번째 주장을 받아들이는 이상 나머지 주장은 판단하지 아니한다).

1. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.”라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언에 의하면, 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간 동안은 조세감면요건인 중소기업에 해당하는지 여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 아니하고 중소기업으로 간주하는 것으로 해석함이 상당하고, 이러한 해석이 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수 없다.

2. 또한 위 관계 법령의 문언 및 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 관계기업 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우유예기간 적용 제한 사유에서 제외하고 있어, 관계기업 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간을 부여할 것인지 여부는 입법 정책의 문제인 것으로 보이는 점, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 실질적 독립성 요건으로 관계기업 기준을 도입하면서 부칙 제2조에서개정 시행령 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011. 12. 31.까지 중소기업으로 보되, 다만 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외한다고 규정하고 있으나, 구 조세특례제한법 시행령 부칙은 중소기업기본법 시행령의 관계기업 기준을 중소기업의 요건으로 규정하면서도 이미 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업이 관계기업 기준을 충족하지 못하게 된 경우 기존에부여된 유예기간의 실효 여부에 관하여 아무런 규정을 하지 않은 점을 고려하면, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 ‘구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문에 해당하는 중소기업이 관계기업에 속하는 기업이어서 관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함에 따라 비로소 제2조 제1항 본문의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다‘는 의미로 해석함이타당하고, 그 문언의 객관적인 의미를 벗어나서 ’구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 아닌 기업으로서 같은 조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이 관계기업에 속하고 관계기업의 연간 매출액 합계가1,000억 원을 초과하는 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다‘는 의미로 해석하여 이미 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 규정으로 볼 것은 아니다.

3. 더욱이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 ‘유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’고 규정하여 합병의 경우에는 유예기간이 실효된다는 점을 명시하고 있는데 반해, 관계기업 기준 미충족의 경우에는 합병의 경우와 달리 유예기간 실효 여부에 관해 명시적으로 규정하고 있지 않은 점에 비추어 보더라도 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단의 규정은 원고와 같이 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 부여된 유예기간을 실효시키는 규정으로 보기는 어렵다(설령 이와 달리 해석하더라도, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로, 언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 그 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리이므로, 이러한 점에서도 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단을 유예기간 실효규정으로 해석하기는 어렵다. 실제로 유예기간 실효규정인 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 ‘합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’라고 규정하여 이미 부여된 유예기간이 실효되는 시점을 분명히하고 있다).

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.