쟁점공사용역은 「조세특례제한법」상 면세되는 용역에 해당하지 아니하여 과세대상임

사 건 2014구합61393 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 케**산업 피 고 수원세무서장 변 론 종 결

2015. 12. 10. 판 결 선 고

2016. 1. 21.

1. 이 사건 소 중 부가가치세 본세에 관한 부분을 각 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 10. 10. 원고에 대하여 한 별지1 부과처분 내역 기재 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2007. 12. 31. 동건설 주식회사와 함께 에**공사로부터 서울 강동구 일대의 강2지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라고 한다)에 택지개발사업 부지를 조성하는 내용의 단지조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 공사대금 22,288,357,000원으로 정하여 도급받았는데(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다), 여기에는 국민주택규모 이하의 건설부지 151,840㎡, 국민주택규모 초과의 건설부지 40,114㎡, 기타 103,571㎡가 포함되어 있었다.
• 나. 서울특별시는 에공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안을 검토한 결과 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세’는 면제된다는 결론을 내리고, 에공사에 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계 변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.
• 다. 에**공사는 위와 같은 서울특별시의 지침에 따라 전체 공동주택 건설부지 중 국민주택규모를 초과하는 건설부지 비율(48.62%)에 상응하는 공사대금만 부가가치세 부과대상에 해당하고, 국민주택규모 이하의 건설부지 비율(51.38%)에 상응하는 공사대금은 부가가치세 면세대상에 해당한다고 보아 원고에게 위 국민주택규모를 초과하는 건설부지 비율에 상응하는 공사대금에 대한 부가가치세 1,186,830,677원을 포함한 공사대금 26,397,000,000원을 지급하였고, 원고는 위 1,186,830,677원을 2008년 제2기부터 제2012넌 제1기까지 부가가치세로 신고‧납부하였다.
• 라. 서울지방국세청장은 에공사에 대하여 법인정기조사를 실시한 결과 원고가 에공사에 공급한 용역은 그 전체가 국민주택 건설용역과 관련이 없으므로 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 아니한다고 보고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 2013. 10. 10. 원고에게 별지1 부과처분 내역 기재와 같이 2008년 제2기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세를 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 이 사건 부과처분에 대하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 10. 14. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 공사 중 국민주택규모 이하의 건설부지 부분은 ‘국민주택 공사용역’에 해당하거나 ‘국민주택의 공급에 필수적으로 부수되는 용역’이므로 부가가치세가 면제되어야 한다.
• 나. 설령 그렇지 않더라도 원고는 에**공사의 일방적인 요구에 따라 면세부분에 해당하는 부가가치세를 징수하지 못한 것으로 원고에게 의무해태에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

피고는 원고가 이 사건 처분 중 본세 부분에 관하여는 전심절차를 거치지 아니하였 으므로 부적법하다고 항변한다. 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이므로, 징 수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립‧확 정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세부과처분은 본세의 부과처 분과 별개의 과세처분이라 할 것이고(대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조), 조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3 항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하므로 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적․발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있는 등 특별한 사유가 없는 한 수 개의 과세처분에 대한 전심절차는 각 과세처분마다 거쳐야 한다. 갑 제7호증, 을 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 이 의신청 사유서의 신청취지에 ‘각종 가산세 부과의 취소처분을 신청한다.’고 기재하고 취소처분 신청금액이 가산세 합계인 755,212,000원임을 명시하였을 뿐만 아니라 신청 이유에서도 가산세 부과처분이 취소되어야 한다고 주장한 사실, ② 이에 이천세무서장 은 이 사건 처분 중 가산세 부과의 정당성 여부에 대해서만 판단하여 원고의 이의신청 을 기각한 사실, ③ 원고는 이 사건 처분을 통지받은 날로부터 90일이 지난 2014. 3. 12.에야 조세심판원에 이 사건 처분 전부에 대한 심판청구를 제기한 사실이 인정되고, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 처분 중 가산세 부분에 대해서만 이의신청절차 를 거친 것으로 보이므로 본세 부분에 대해서는 국세기본법 제68조 제1항 의 조세심판 청구기간을 준수하여야 할 것인데, 원고가 위 청구기간 내에 본세 부분에 대한 심판청 구를 제기하지 않았으므로 결국 원고는 본세 부분에 대해 전심절차를 제대로 거치지 아니하였다. 결국 이 사건 소 중 본세 부분은 부적법하다.

• 가. 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하는지 여부

1. 국민주택 건설용역 해당 여부 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 는 “대통령령으로 정하는 국민주택과 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다.”고 규정하고 있고, 동법 시행령 제106조 제4항은 ‘대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역’이란 “주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택 및 건설산업기본법, 전기공사업법, 소방법, 정보통신공사업 법, 주택법, 하수도법, 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 국민주택 규모 이하의 주택의 건설용역을 말한다.”고 규정하고 있다. 그런데 위 규정에 의해 부가가치세가 면제되는 것은 국민주택 그 자체의 공급과 당해 국민주택의 건설에 있어 필수적인 건설용역이나 전기공사용역, 소방용역 등의 관련 건설용역의 공급을 가리키는 것이라고 해석하여야 할 것이므로(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누7040 판결 참조), 이 사건 공사와 같이 국민주택 등의 건설에 앞서 독자적으로 진행된 단지 전체에 대한 기반시설 공사까지 이에 포함되는 것으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 공사는 국민주택 건설용역에 해당하지 아니한다.

2. 국민주택의 공급에 필수적으로 부수되는 용역에 해당하는지 여부 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제4항은 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주 된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 규정하고, 동법 제12조 제3항은 ‘부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다’고 규정하고 있으며, 동법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1호, 제2호에서는 ‘주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역’으로 ‘당해 대가가 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 포함되어 공급되는 재화 또는 용역’이거나 ‘거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역’을 규정하고 있다. 그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로, 구 부가가치세법 제12조 제3항의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적 으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함 되는 것으로 보는 것의 범위는 부가가치세가 면세되는 주된 재화 또는 용역을 공급하 면서 그에 필수적으로 부수되는 어느 재화 또는 용역을 공급하는 사업자 자신의 거래 로만 국한하여야 하고(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참 조), 이는 구 조세특례제한법으로 면세되는 재화 또는 용역에 대하여도 마찬가지다. 갑 제2, 3호증, 을 제6 내지 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정 되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 공사는 주택, 근린생활시설, 공공시설 등이 복합적으로 개발되는 이 사건 사업지구에 단지조성사업을 하는 것이고, 전체 공사면적 295,525㎡ 중 공동주택 외의 면적이 103,571㎡인 점, ② 이 사건 공사는 토공사, 상하수도공사, 포장공사, 구조물공사 등을 주된 내용으로 하는데, 이는 이 사건 사업지구 전체의 기반시설공사로 보일 뿐 국민주택의 부대시설이나 복리시설이라고 볼 수는 없 는 점, ③ 원고는 이 사건 사업지구에서 단지조성공사인 이 사건 공사만 수행하였고 국민주택 건설용역은 다른 사업자에 의해 수행된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공사는 부가가치세가 면제되는 부수용역이라고 볼 수 없다.

• 나. 가산세 부과의 적법 여부 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자 가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정 하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 것이 나, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하 는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2006두11750 판결 등 참조). 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고가 수행한 이 사건 공사는 국민주택 건설부지를 포함한 사업지구 전체를 택지로 조성하기 위한 기반시설공사에 해당하고, 그에 따라 설치된 기반시설이 국민주택의 부 대시설이나 복리시설이라고 할 수 없으므로 국민주택 건설용역에 필수적이거나 부수하 여 제공한 것이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였던 것으로 보기 어려운 점,

② 이 사건 공사의 용역을 공급받는 에공사는 이른바 재정학상의 담세자에 불 과할 뿐 위 용역을 공급한 원고가 조세법상 납세의무자로서 스스로의 책임 하에 이 사 건 공사가 부가가치세 면제대상인지 여부를 판단하고 그 신고 여부를 결정하여야 하는 점, ③ 에공사가 원고에게 자체적으로 파악한 국민주택건설용지 비율에 따라 부가가치세 면세율을 정하도록 요구한 것만으로는 과세관청이 이 사건 공사 중 일부가 부가가치세 면제대상이라는 신뢰를 부여한 것으로 볼 수 없는 점, ④ 피고도 서울지방 국세청장으로부터 과세자료를 통보받기 전까지는 원고가 이 사건 공사대금 중 일부를 제외하고 부가가치세를 신고하였다는 사실을 인지하지 못했던 것으로 보일 뿐 달리 피 고가 원고에게 위 신고의 정당성에 대해 어떠한 신뢰를 부여했다고 볼 만한 사정도 없 는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사유들만으로는 원고에게 신고의무 등의 해 태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

그렇다면, 이 사건 소 중 본세에 관한 부분은 부적법하여 이를 각 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.