2. 이 사건 처분의 적법 여부
1. 담보설정해지비 및 채권말소수수료 명목으로 지출한 <표> 순번 1 내지 3, 6 내 지 10 기재 각 비용(이하 ‘이 사건 제1비용’이라 한다)은 가공의 경비에 해당하지만, 해당 사업연도에 이 사건 제1비용에 대응하는 가공의 가수금 계정을 계상하고 같은 날 위 각 비용으로 모두 지출한 것으로 회계처리한 것에 불과하므로, 이 사건 제1비용 상당 금액이 사외로 유출된 것은 아니다. 설령 사외유출이 있었다 하더라도 2005. 6. 10.부터 2012. 12. 31.까지의 원고의 총수입액은 39,681,360,000원, 총지출액은39,650,290,000원으로 사외유출된 액수는 위 수입과 지출의 차액인 31,070,000원보다 클 수 없다. 그럼에도 이 사건 제1비용 상당 금액이 모두 사외유출 되었음을 전제로한 이 사건 각 처분은 위법하다.
2. 채권말소합의금, 노임미지급합의금 및 중개수수료 명목으로 지출한 <표> 순번4, 5, 11 내지 13 기재 각 비용(이하 ‘이 사건 제2비용’이라 한다)은 원고가 실제 지출한 비용이므로, 이를 손금불산입함을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.
1. 이 사건 제1비용 부분에 관한 판단
- 가) 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 전액 상당의 법인의 수익이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액 또는 가공비용이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 증명할 필요가 있다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결, 대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).
- 나) 살피건대, 갑 제4 내지 6, 13 내지 46호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 증인 박00의 일부 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 수지계산서(갑 제13호증)는 이 사건 처분에 대한 이의신청 당시 원고를 대리하였던 세무사 박00이 후에 작성한 것으로, 원고의 대리인의 자격에서 작성한 수지계산서는 그 신빙성이 높다고 보기 어려운 점, ② 2005. 6. 10.부터 2012.12. 31.까지의 원고의 총수입액과 총지출액을 산출하고 그것을 입증하기 위한 자료로 금융거래내역이 일부 제출되기는 하였으나, 그것이 어떠한 용도로 입출금된 것인지 확인하기 위한 계약서나 영수증 등의 객관적인 자료가 함께 제출되지 않아 수입액과 지출액을 특정하기 어렵고, 판결문이나 결정문 등만으로는 원고의 채무 부담 여부를 넘어 실제 지출하였는지 여부를 확인하기 어려우며, 분양금내역서, 임대료수입명세서, 차입금내역서, 금전출납부, 지출품의서, 지급내역서 등은 객관적인 자료가 아니라 원고의 내부적인 문서에 불과한 점, ③ 더욱이 원고의 대표이사인 임00은 세무조사 당시 보관 중인 세무 관계 장부 및 관련 증빙 자료가 없다고 했다가, 한 달 후 총계정원장, 계정별원장, 지출증빙자료 등을 모두 보관하고 있다고 하는 등 그 진술을 번복하였고, 당해 소송에서 원고가 증거로 제출한 자료의 대부분은 세무조사 및 이의신청 당시에는 제출되지 않았던 것으로 원고의 내부 문서들을 선뜻 믿기 어려운 점, ④ 원고의 금융 거래내역(갑 제4호증의 2, 3)을 보면 수시로 임00에게 대금이 지급되고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 위 각 증거들만으로는 이 사건 제1비용 금액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정이 있다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
- 다) 따라서, 이 사건 제1비용 상당 금액은 사외로 유출된 것으로 보아야 하므로, 이 사건 각 처분 중 이 사건 제1비용을 손금불산입함을 전제로 하는 부분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2. 이 사건 제2비용 부분에 관한 판단
- 가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 입증책임을 부담하나, 경험칙상 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자측에 입증책임을 돌리는 경우가 있으므로, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지고 과세관청에 의해 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 무엇인가의 비용 소요사실이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 2006. 2. 9. 선고 2005두8306 판결 등 참조).
- 나) 살피건대, 갑 제7 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 김00, 이00 등에 대하여 서울지방법원 2000가합89292 판결에 의한 추심금 채무를 부담하고 있었고, 위 추심금 채무에 대한 합의금조로 2007. 3. 23. 37,000,000원, 2007. 3. 26. 15,000,000원 등 합계 52,000,000원을 지급한 사실, 원고는 김00 외 22인에 대하여 수원지방법원 평택지원 2002가단9191 판결에 의한 임금채무를 부담하고 있었고, 위 임금 채무에 대한 합의금조로 2007. 6. 27. 30,000,000원을 지급한 사실, 원고는 분양수수료 명목으로 2011. 3. 17. 이••에게 2,000,000원(실제 무통장입금된 금액은 1,996,500원이었다), 2011. 7. 7. 김‣‣에게 24,000,000원, 2011. 9. 9. 채‣‣에게 400,000원을 각 지급한 사실을 인정할 수 있으므로, 위 인정사실에 의하면, 원고는 2007. 3. 23. 채권말소합의금으로 52,000,000원을, 2007. 6. 27. 노임미지급금합의금으로 30,000,000원을, 중개수수료로 2011. 3. 17. 2,000,000원, 2011. 7. 7. 24,000,000원, 2011. 9. 9. 400,000원을 실제로 각 지출하였다고 할 것이다.
- 다) 따라서, 이 사건 각 처분 중 이 사건 제2비용을 손금불산입함을 전제로 하는 부분은 위법하므로, 채권말소합의금 52,000,000원 및 노임미지급금합의금 30,000,000원과 관련된 2007 사업연도 귀속 소득금액변동통지 부분 및 중개수수료 26,400,000원과 관련된 2011 사업연도 귀속 소득금액변동통지는 각 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.