이 사건 대체건물의 취득이 비영리법인의 고유목적준비금의 취지에 위배되는 것으로 익금산입 대상인지 여부

사 건 수원지방법원2014구합51969(2015.04.09) 원 고 학교법인 소**원 피 고 00세무서장 변 론 종 결 2015.3.26. 판 결 선 고 2015.4.9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 9. 3. 원고에 대하여 한 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지 사업연도 귀속법인세 2,219,494,350원(가산세 696,476,202원 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1972. 10. 6. 설립자로부터 00시 00면 00리 00 유지 19,666㎡, 같은 리 000 염전 62,093㎡, 같은 리 00 구거 6,979㎡, 같은 리 000 염전50,499㎡, 같은 리 000 잡종지 2,460㎡(이하 ‘종전 자산’이라 한다) 등을 수익용 기본재산으로 출연받아 소유하고 있었는데, 위 토지가 00그린시티 개발사업(국토해양부고시 제2008-4호)에 편입됨에 따라 2009. 4. 23. 사업시행자인 0000원공사와의 손실보상협의를 거쳐 2009. 5. 7. 15,273,410,870원에 매도하였다.
• 나. 이에 앞서 원고는 사립학교법 제28조, 같은 법 시행령 제11조 제5항 제2호에 따 라 2009. 4. 30. 경기도교육청에 수익용 기본재산인 종전 자산을 처분하고 그 손실보상금을 정기예금에 예치한다는 취지의 신고를 하였고, 위 신고가 2009. 5. 7. 수리되었다.
• 다. 원고는 위 매매대금을 수령한 직후 정기예금(비영리사업회계의 자산)에 예치하였 다가 2009. 7. 2. 경기도교육청으로부터 정기예금 중 7,056,734,000원을 서울 00구 00동00소재 대지 취득 및 그 지상 오피스텔 건축을 위하여 사용하는 것에 대하여 허가를 얻은 다음 2009. 7. 6. 위 대지 구입비로 29억 원을, 2010. 11. 30.까지오피스텔 공사비 등으로 4,156,734,000원을 사용하였다(이하 위 토지와 오피스텔 건물을 일괄하여 ‘대체자산’이라 한다).
• 라. 원고는 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도(이하 ‘2009 사업연도’라 한
• 다) 법인회계 중 수익사업회계에 속하는 13,853,980,870원(= 종전 자산 매매대금 15,273,410,870원 - 취득원가 1,419,430,000원)을 비영리사업회계에 전출하고, 이를 고유목적사업준비금으로 손금 계상하여 그 사업연도 법인세를 신고하였다.
• 마. 이후 중부지방국세청은 학교법인에 대한 고유목적사업준비금 사후관리를 조사한 결과, 원고가 위 라.항 기재와 같이 비영리사업회계에 전출하였다고 신고한 돈 중 7,022,809,807원(이하 ‘이 사건 전출금’이라 한다)을 고유목적사업이 아닌 수익사업용 대체자산의 취득자금 등에 사용한 것으로 판단하였고, 이와 같은 사실을 관할 세무서 장인 피고에게 통보하였다.
• 바. 이에 따라 피고는 2013. 9. 3. 2009 사업연도의 익금에 수익사업용 대체자산의 취득자금으로 사용한 7,022,809,807원을 산입하는 것으로 조정하여 원고에게 2009 사 업연도 귀속 법인세 2,219,494,350원(가산세 696,476,202원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 31. 국세청에 심판청구를 제기하였으나, 2014.

1. 14. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 12 내지 14, 17, 18호증, 을 제1호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 아래와 같이 법인세를 잘못 산정한 오류가 있으므로 위법하다.

• 가. 원고가 종전 자산의 매매차익을 정기예금에 예치함으로써 수익사업회계에 속하 던 이 사건 전출금을 비영리사업회계에 전입하였는데, 법인세법 시행규칙 제76조 제4 항에 따라 그 자체로 전출 시점에 곧바로 고유목적사업에 지출한 것이 되므로 전액 손 금에 산입되어야 한다. 나아가 원고가 이후 정기예금을 인출하여 수익사업용 대체자산 의 취득자금으로 사용한 것은 위 전출 당시부터 계획된 것이 아니라 후발적인 필요에 의해 이루어진 것이므로 비영리사업회계로 전출한 것이 명목뿐인 전입에 해당하지도 않는다. 따라서 수익사업용 대체자산의 취득자금으로 사용된 이 사건 전출금 7,022,809,807원에 대하여 명목뿐인 전입에 해당한다는 이유로 2009 사업연도 익금에 산입하고 손금에 불산입한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 원고가 종전 자산의 매매대금을 수익사업용 대체자산의 취득에 곧바로 사용한 것이라고 하더라도, 법인세와 증여세는 배타적 관계에 있으므로, 입법자가 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제48조 제2항 제4호, 구 상증세법 시행령(2012. 2.2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제4항을 두어 ‘출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금으로 수익사업용 재산을 취득한 경우에는 증여세를 과세하지 않는다’고 규정한 취지는 위 경우에 법인세법도 적용하지 않겠다는 것이다. 따라서 이 사건에서 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 등은 적용되지 않는다. 가사 그렇지 않더라도 법인세법에 ‘출연받은 수익용 기본재산의 매각대금을 수익사 업용 재산의 취득에 사용하는 것이 고유목적사업에 지출된 것인지 여부’에 관하여 별 도의 규정을 두고 있지 않으므로 상증세법 제48조 제2항 제4호, 구 상증세법 시행령 제38조 제4항과의 조화로운 해석을 위해서는 이 사건 전출금으로 대체자산을 취득한 것이 ‘고유목적사업에 지출’한 경우에 해당하는 것으로 보아야 한다.
• 다. 원고가 이 사건 전출금으로 대체자산을 취득한 것이 고유목적사업에 지출한 경 우에 해당하지 않는다면 구 법인세법 제29조 제3항 에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 경과한 사업연도의 법인세 과세표준에 영향을 주는 것이지 2009 사업연도에 소급하여 익금에 산입하고 손금에 불산입할 수는없다.
• 라. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법 에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 부과되는 행정상의 제재로서 납세 자에게 의무불이행에 대한 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것인데, 법인 세법 시행규칙 제76조 제4항의 해석을 두고 견해의 대립이 있는 등 원고가 이 사건 법인세의 신고․납부의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분중 가산세 부분은 위법하다.

• 가. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 나. 판단

1. 이 사건 전출금의 정기예금 예치가 명목뿐인 전입에 해당하는지 여부(첫 번째 주 장에 대한 판단) 법인세법 제3조 제3항 제5호 에 의하면, 비영리내국법인이 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 처분하여 생기 는 수입(수익사업)은 법인세 과세대상이다. 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에 한하 여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 이러한 상황을 방지하기 위하여 구 법인세법 제29조 제1항 은 ‘비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 당해사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 규정하고, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 도 ‘학교법인의 경우 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 본다’고 규정하고 있다. 그러므로 원고가 종전 자산의 매매차익을 정기예금에 예치함으로써 이 사건 전출금을 비영리사업회계로 전입하였을 때 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 여지도 있다. 그러나 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 위 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고, 그 후 실제 위 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 구 법인세법 제29조 의 입법취지에 비추어 볼 때 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사 업회계로 전출하였다는 이유만으로 이를 손금에 산입할 수는 없으므로(대법원 2013. 3.28. 선고 2012두690 판결 참조), 이 사건에서도 이 사건 전출금의 정기예금 예치가 명목뿐인 전입에 해당하는지 여부에 관하여 먼저 살펴본다. 앞서 인정된 사실, 갑 제10, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 수익사업회계에 속하던 이 사건 전출금을 정기예금에 예치할 당시부터 이를 추후에 인출하여 수익사업용 대체자산을 취득하는데 사용하는 등 수익사업에 사용할 목적이 있었다고 봄이 상당하고, 이후 실제로 원고가 정기예금을 해지하여 대체자산의 취득에 사용하였으므로 이 사건 전출금의 정기예금 예치는 명목뿐인 전입에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 0000공사가 시행하는 0000시티 개발사업은 2008. 3. 14. 개발계획이 고시되고, 2008. 9. 12. 위 사업에 편입되는 토지세목이 고시되었는데 여기에 종전 자 산이 포함되어 있었다. 또한 000공사가 2009. 4. 23. 조기보상을 희망한 원고 등 토지소유자를 상대로 손실보상 협의를 요청하자, 원고는 그로부터 일주일 뒤인

2009. 4. 30. 경기도교육청에 수익용 기본재산인 종전 자산을 처분하여 그 손실보상금 을 정기예금에 예치하는 것으로 대체한다는 취지의 신고를 하였고, 2009. 5. 7. 위 신 고가 수리되었다. 이처럼 000시티 개발사업의 개발계획고시가 있자 원고가 종전 자산에 대한 조 기보상을 희망하는 신청을 하였고, 손실보상 협의요청을 받은 지 일주일만에 관할 교 육청에 종전 자산 처분을 신고한 사정 등을 고려하면 원고는 이 사건 변론에서 주장하 는 시기보다 앞선 시점에 종전 자산의 매각 가능성을 인식하였던 것으로 보인다(원고 는 2009. 4. 23. 비로소 종전 자산의 매각 가능성을 알게 되었다고 주장하나, 원고가 000공사에게 조기 보상을 희망한다는 신청을 하였고, 이에 따라 0000공 사가 원고를 비롯한 조기 보상희망자를 대상으로 2009. 4. 23.자 손실보상협의요청을 한 것이므로 원고의 위 주장은 믿을 수 없다).

• 나) 원고는 위 신고 수리일로부터 39일이 지난 2009. 6. 15. 경기도교육청에 정기예 금7,056,734,000원을 인출하여 대체자산의 취득자금으로 사용하겠다는 취지의 허가신 청을 하였고, 2009. 6. 22. 00회계법인과 대체자산 부지에 대한 부동산 개발사업의 사업성 검토를 위한 용역계약을 체결하여 같은 달 26. 우림회계법인으로부터 사업성분 석 검토보고서를 받았으며, 2009. 7. 2. 경기도교육청으로부터 처분허가를 받고 그 다 음날 대체자산 중 토지에 관한 매매계약을 체결하고, 2009. 7. 6. 매도인 000에게 토지 매매대금 29억 원을 지급하였다. 여기에다 학교법인인 원고는 재산의 취득과 관련하여 이사회의 결의를 거쳐야 하고 (사립학교법 제16조), 위 허가신청 당시 그 신청서에 매입대상 부동산의 매매가액과 새롭게 건축되는 오피스텔의 건축비 등(철거공사비, 취․등록세, 부동산 중개수수료, 법 무사수수료, 설계․감리․측량비, 보존등기료 포함)이 기재되어 있었던 사정을 보태어 보면, 적어도 원고가 위 허가신청을 하기 전에 이사회를 개최하여 정기예금에 예치된 돈을 일부 인출하여 대체자산을 취득하기로 결의하였고, 부동산 개발사업의 부지를 물 색하여 그 소유자와 매매대금의 액수를 정하는 등 사실상 대체자산 부지 매매계약에 대한 협의를 하였으며, 그에 기초하여 건축사사무소에 오피스텔 설계 등 의뢰, 철거 및건축공사업자 물색 및 견적 의뢰를 모두 하였던 것으로 보인다. 이와 달리 원고는 2009. 6.경에 비로소 정기예금 중 일부금액으로 오피스텔을 취득 하려는 계획을 세웠다고 주장하나, 이는 허가신청에 임박하여 단기간 내에 위와 같은 과정을 모두 마쳤다는 것이어서 그대로 믿기 어렵고, 원고가 그 주장을 뒷받침할 만한 자료(이사회 회의록, 설계․건축 관련 견적서 등)도 제출하지 못하고 있다. 오히려 대체자산의 구입 및 건축에 필요한 비용이 약 70억 원에 이르는 점, 원고가 대체자산 취득의 주요한 계기라고 주장하는 정기예금의 낮은 수익률은 정기예금 예치 시부터 널리 알려져 있던 사실일 뿐 새롭게 변경된 사정이 아닌 점, 원고가 허가신청 전까지 대체자산의 구입 및 건축과 관련하여 진행한 과정(매매 목적물 확정, 오피스텔 의 설계 의뢰 및 건축 계획)의 물리적인 소요시간 등을 고려하면, 원고는 000공사로부터 손실보상협의 요청을 받기 전에 이미 종전 자산의 매각 가능성을 인식하고 적극적으로 조기 손실보상을 의욕하면서 향후 손실보상금의 활용 방안을 계획하였던 것으로 보는 것이 자연스럽다. 2) 법인세법 적용 여부(두 번째 주장 중 앞 부분에 대한 판단) 앞서 본 것처럼 법인세법은 비영리법인에 대해서도 원칙적으로 그 고정자산의 처분 으로 얻은 수입을 법인세 과세대상으로 규정하면서도(제3조 제3항 제5호), 비영리법인 이 수익사업을 영위하는 본연의 목적이 그 소득을 비영리사업인 고유목적사업에 사용 하는 데 있다는 점을 고려하여 고유목적사업준비금에 대해서는 이를 손금으로 산입하 는 특례(제29조 제1항)를 두고 있다. 이와 달리 상증세법 제48조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제38조 제4항은 공익법인 인 수증자가 출연받은 재산에 대하여 출연 후 일정한 기간 내에 직접 공익목적사업 등 에 사용하는 것을 조건으로 하여 과세가액에 산입하지 아니하되 만일 그 조건을 지키 지 아니할 때에는 다시 증여세를 부과한다는 취지여서 과세대상이 증여받은 재산 그 자체인데 반해, 법인세의 과세대상은 보유하게 된 경위와 상관없이 기존에 보유하고 있던 고정자산이 처분됨으로 인해 발생한 수익이므로 증여세와는 그 과세대상을 달리 한다. 또한 상증세법은 증여받은 재산을 과세가액에 산입하지 않아 원칙적으로 증여세 를 부과하지 않는 것인데 반해 법인세법은 고정자산을 처분하여 생기는 수입을 과세가 액에 포함시켜 원칙적으로 법인세를 부과하나 예외적으로 고유목적사업준비금으로 계 상할 경우 손금에 산입할 수 있다는 취지여서 과세단계를 달리한다. 따라서 과세대상 및 과세단계, 입법취지 등을 달리하는 상증세법 제48조 제2항 제4 호, 같은 법 시행령 제38조 제4항의 규정이 있다 하여 이로써 법인세법 관련 규정의 적용이 배제되는 것은 아니라 할 것이므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 상증세법과의 조화로운 해석(두 번째 주장 중 뒷 부분에 대한 판단) 법인세법 시행령 제56조 제5항 이 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 것과 관련 하여 ‘고유목적사업’의 범위를 “당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립 목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사 업”이라고 규정하고 있는 반면 구 상증세법 시행령 제38조 제4항은 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 증여세 부과 여부와 관련하여 매각대금으로 직접 공익목적사업용 재산을 취득한 경우뿐만 아니라 “수익사업용 재산을 취득”한 경우도 직접 공익목적사업에 사용한 실적에 포함시켜 증여세 과세대상에서 제외하고 있다. 이는 단순히 과세혜택이 주어지는 고유목적사업의 범위라는 측면에서만 보자면 상증 세법이 법인세법보다 그 범위를 더 넓게 인정하는 것으로 볼 수 있으나, 앞서 본 것처 럼 상증세법과 법인세법은 과세대상과 과세단계를 달리하고 있을 뿐만 아니라, 상증세 법이 당초 증여세 부과대상이 아니었던 수증재산을 처분한 경우에 그 처분대가의 사용 처에 따라 처분대가에 대한 증여세 부과 여부를 정하는 것인 반면 법인세법은 고유목 적사업에 사용할 것을 약속하여 손금으로 산입해 준 경우에 실제로 약속한 대로 사용 하였는지 여부에 따라 손금산입의 혜택을 유지할지 여부를 정하는 것이어서 그 인정범 위를 엄격하게 정할 필요성이 있다는 점에서 양자는 그 입법취지도 상이하다. 따라서 상증세법 조항을 법인세법이 적용되는 영역에도 유추하여 수익사업용 대체자 산을 취득한 경우도 고유목적사업에 사용한 경우로 보아야 한다는 원고의 이 부분 주 장도 이유 없다(원고는 그와 같은 주장의 근거로 상증세법 제2조 제2항을 들고 있으 나, 위 조항은 증여재산에 대하여 수증자에게 법인세가 부과되거나 비과세 또는 감면 되는 경우에도 증여세를 부과하지 않는다는 것이지 그 역의 경우 즉 증여세가 부과되 지 않는 모든 경우에 법인세도 부과하지 않는다는 취지로 볼 수는 없다).

4. 익금 산입, 손금 불산입 적용 사업연도(세 번째 주장에 대한 판단) 구 법인세법 제29조 제3항 제4호 는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 비영리법인이 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년 내에 기설정된 준비금을 고 유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 사용하지 아니한 잔액에 한하여 5년이 되는 사 업연도에 익금 산입하도록 규정하고 있다. 이는 5년이라는 기한을 정하여 기설정된 고 유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하는 것이다. 그런데 고유목 적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 비영리법인이 5년 내에 준비금을 임의 환입함 으로써 더 이상 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해 진 경우에는 5년의 기한 까지 기다릴 필요 없이 곧바로 해당 사업연도 익금에 산입할 수 있다고 보아야 한다. 이 사건에서 보건대, 이 사건 전출금의 정기예금 예치가 명목뿐인 전입에 해당하는 점은 앞에서 본 바와 같고, 원고가 2009. 7. 2. 경기도교육청으로부터 정기예금을 인출하여 그 돈으로 대체자산을 구입하는 것에 대하여 허가를 얻고 실제 구입비용으로 지출함으로써 더 이상 고유목적사업에 사용할 수 없다는 점이 분명해졌으므로 이 사건 전출금을 2009 사업연도 익금에 산입하고 손금에 불산입한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 가산세 관련 정당한 사유의 존부(네 번째 주장에 대한 판단) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 세법이 정하는 바 에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하되, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2011두13842 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 종전 자산의 매도대금을 정기예금에 예치하였다가 그 중 이 사건 전출금을 다시 인출하여 수익사업용 대체자산의 취득에 사용하는 방식 으로 해당 사업연도의 법인세 과세를 피하고자 하였던 것으로 보이고, 법인세법 시행 규칙 제76조 제4항에 ‘학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전 입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다’는 규정이 있기는 하나, 위 규정의 입법취지가 교육사업을 지원하고자 하는데 있고, 법인세법 시행령 제56조 제5항 에고유목적사업의 의미가 분명히 정의되어 있으므로 이 사건에서와 같이 비영리사업회계로 명목상으로만 전입한 경우에까지 위 규정을 적용할 수는 없는 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 법인세의 신고․납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있었다 고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다