조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가는 종전주택 취득시 기준시가로 해야함

사 건 2014구합51178 양도소득세부과처분취소 원 고 정○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2017. 9. 4. 판 결 선 고

2014. 11. 6.

1. 피고가 2012. 5. 15. 원고에게 한 2006년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1999. 11. 12. ○○동 AA2차아파트 재건축주택조합의 조합원 이☆☆로부터 재건축 중인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○ AA아파트 A동 ○○○호(이하 ‘이 사건 구주택’이라 한다)를 취득하였다. 원고는 2002. 10. 26. 재건축조합으로부터 ○○시 ○○구○○동 ○○○ BBB아파트 BB동 ○○호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)를 분양받았다.
• 나. 원고는 2006. 3. 31. 이 사건 신축주택을 양도하고, 구 조세특례제한법(2006. 12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득금액을 000,000,000원으로 계산하여 피고에게 양도소득세를 0원으로 신고하였다.
• 다. 피고는 2012. 5. 15. 원고에게 ‘이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않는다.’는 이유로, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제40조 제1항, 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제2항에 따라 아래 계산식과 같이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로, 이 사건 구주택 취득일부터 이 사건 신축주택 양도일까지 발생한 소득에 대한 양도소득세 산출세액 000,000,000원에서 면제되는 양도소득세액을 000,000원으로 계산하여 결정세액 000,000,000원에 가산세 00,000,000원을 가산하여 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [계산식]

(1) 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득금액(A) = 전체 양도소득금액 × (양도당 시 기준시가 - 사용검사 승인일 당시 기준시가) / (양도당시 기준시가 - 이 사건 구주택 취득 당시 기준시가) [00,000,000원(A) = 000,000,000원 × (000,000,000원 - 000,000,000원) / (000,000,000원 - 000,000,000)]

(2) 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액 = 전체 산출세액 × A / (양도소득과세표준 - 양도소득기본공제) [00,000,000원 = 000,000,000원 × (00,000,000원) / 000,000,000원]

• 라. 원고는 이에 불복하여 2012. 8. 6. 이의신청을 거쳐 2013. 4. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 12. 11. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 양도소득세를 감면하는 ‘취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’은 신축주택 양도로 인하여 실현된 양도차익 전부를 의미하는 것으로 해석해야 함에도 불구하고, 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않는 것으로 본 이 사건 처분은 위법하다.

2. 원고는 2006. 3. 31. 이 사건 신축주택을 처분하고, 2006. 5. 31. 양도소득세 과세표준 신고 및 자진납부계산서를 제출하였는데, 당시 별다른 이의를 제기하지 않다가 6년 정도가 지나서 이 사건 처분을 한 것은 비과세관행에 반하는 처분으로서 위법하다.

3. 피고는 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 을 적용하여 이 사건 처분을 하였는데, 위 규정은 분모와 분자 모두 ‘취득당시의 기준시가’를 대입하도록 되어 있음에도 자의적으로 분모에 있는 취득당시 기준시가에는 구주택의 기준시가를, 분자에 있는 취득당시 기준시가에는 신축주택의 기준시가를 각 달리하여 대입하는 위법을 저질렀다.

• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 첫 번째 주장에 대한 판단

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원은 해당 조합에 구주택(부수토지 포함)을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택(부수토지 포함)을 양도하는 경우에, 신축주택의 취득일부터 그 양도일까지의 양도차익뿐만 아니라 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도차익에 대해서도 양도소득세를 납부하여야 한다(소득세법 제100조, 소득세법 시행령 제166조). 다만, 구 조세특례제한법 제99조 의 3항 제1항은 거주자가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역 외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 참조).

2. 살피건대, ① 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문은 과세대상금액에서 차감되는 금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 규정하고 있어 문언 해석상으로도 ‘구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득’은 위 조항이 적용되는 감면대상이라고 해석하기 어려운 점, ② 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례에 대한 규정이므로, 이를 ‘당해 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득’에 대하여만 양도소득세를 면제하는 것으로 엄격하게 해석하는 것이 조세법률주의의 원칙에 부합하는 점, ③ 입법취지를 살펴보아도, 위 법 규정의 취지는 미분양주택의 분양촉진에 있었던 것이지, 특별히 재개발·재건축 조합원에게 추가적인 혜택을 부여하고자 한 것은 아니므로, 기존 주택을 보유하던 일반인이 이를 처분하고 주택건설사업자로부터 신축주택을 분양받아 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로, 구주택의 양도소득에 대해서는 통상의 과세를 유지하는 취지로 봄이 상당한 점 등을 고려할 때, 재건축조합의 조합원이 구주택이나 그 부수토지를 재건축조합에 제공하여 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도할 경우, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문에 의하여 면제되는 양도소득세액은 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고, 신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제대상이 되지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유없다.

• 라. 두 번째 주장에 대한 판단 1) 국세기본법 제18조 제3항 은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는데, 여기서 ‘새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세 금지의 원칙’은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것으로서, 위 법규정에서 말하는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석이나 관행’의 존재에 대한 증명책임은 납세자에게 있다(대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결, 대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결 등 참조).

2. 살피건대, 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항 의 적용대상이 되는 관행으로 성립된다고 하려면 그러한 관행에 따른 과세 또는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 지속되어야 하고, 법원의 최종적인 판결이 있기 전까지는 어떠한 국세행정의 관행이 국세기본법 제18조 제3항 의 적용대상이 되는 관행으로 성립되었는지가 명백히 밝혀졌다고 단정할 수 없는 점에 비추어 볼 때, 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 신축주택을 처분한 후 6년 동안 피고가 별다른 이의를 제기하지 아니하였다는 사정만으로는 신축주택의 취득일 이전의 양도소득도 면제대상으로 보는 비과세 관행이 성립되었다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장 역시이유 없다.

• 마. 세 번째 주장에 대한 판단

1. 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 ‘세액을 감면하는 방식’에 의하여 산정하도록 규정하고 있는 반면, 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에는 ‘양도소득금액을 차감하는 방식’에 의하여 산정하도록 규정하고 있다. 그러므로 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에 적용되는 ‘양도소득금액을 차감하는 방식’으로 계산할 수 없다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결 참조). 법 제99조의3 제4항은 제1항을 적용할 때 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문을 적용할 때 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 여기서 ‘당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’이란 법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것이다. 따라서 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서는 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 보이고, 아래에서 보는 바와 같이 이를 유추적용하는 것도 상당하지 않은 것으로 보인다. 따라서 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 소득에 대한 양도소득세를 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 산정한 이 사건 처분은 위법하고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 가) 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 계산식은 신축주택 취득일로부터5년 이후에 양도하는 경우 취득일로부터 5년이 되는 날의 실제 양도가액이 존재하지 않기 때문에 소득세법 제95조 제1항 에 의하여 산출한 양도소득금액(양도소득의 총수입금액 - 필요경비 - 장기보유 특별공제액)을 ‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이다(대법원 2013. 1. 31. 선고 2012두8588 판결 참조). 위 계산식은 원래구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 위한 규정으로서 구조조정대상 부동산은 취득 전의 양도소득세가 문제되지 않는다. 따라서 위 계산식은 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것 이어서 위 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 봄이 타당하다.
• 나) 만약 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 시행령 제40조 제1항의 계산식을 적용한다면, 분모와 분자에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’는 동일한 개념임에도 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘구주택 취득 당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘신축주택 취득 당시의 기준시가’를 각 대입해야 하는데, 이는 법령상의 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경한 것이므로 허용될 수 없고, 피고와 같이 계산할 경우, 원고가 보유했던 이 사건 구주택과 재건축 후 취득한 신축주택이 마치 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 단순비교하는 오류를 범하게 될 뿐만 아니라, 분모의 취득 당시 기준시가에 구주택 취득 당시 기준시가를 대입할 경우 원고가 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금을 분모에서 공제되지 않게 하여 분모 금액이 과다 산정되어 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되어 부당하다.
• 바. 취소되는 세액의 범위

1. 과세처분취소소송에 있어서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조).

2. 구 조세특례제한법 제99조의3 제4항 에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 위임하고 있으나, 동시행령에 계산방법이 규정되어 있지 않아 감면되는 양도소득금액을 산정할 수 없어 원고의 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이판결한다.