원고가 쟁점부동산을 현물출자한 것에 대하여 양도소득세 이월과세 적용을 배제하고 과세한 처분은 부당

사 건 2014구합51242 양도소득세부과처분취소 원 고 〇〇〇 피 고 〇〇세무서장 변 론 종 결

2014. 9. 3. 판 결 선 고

2014. 11. 26.

1. 피고가 2013. 6. 11. 원고에 대하여 한 양도소득세 4,543,525,530원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 〇〇 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 소재 사업장(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)에서 ‘〇〇빌딩’이라는 상호로 임대사업을 영위해오다가, 〇〇 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 외 2필지 토지 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 비롯한 이 사건 사업장의 사업용 자산 및 부채 전부를 현물출자(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다)하여 주식회사 〇〇개발(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)을 설립하였다.
• 나. 원고는 2012. 2. 28. 피고에게 양도소득세를 신고하면서 이 사건 현물출자에 관하여 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 신청하였다.
• 다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 다음 이 사건 현물출자로 인한 법인전환이 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상’일 것을 요구하는 구 조세특례제한법 제32조 소정의 이월과세의 요건에 해당하지 않는다는 이유로, 2013. 6. 11. 원고에게 4,543,525,530원(가산세 577,089,564원 포함)의 양도소득세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 8. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 6. 30. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8, 9, 11 내지 13호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 부동산의 가액을 19,558,595,040원으로 평가하는 경우 주식발행초과금 50억 원이 발생할 수밖에 없고, 구 조세특례제한법 제32조 제2항 에서 규정하는 자본금은 주식발행초과금 등을 포함한 총자본을 의미하는 것으로 보아야 하므로, 이에 따르면 이 사건 법인의 자본금 및 주식발행초과금의 합계(19,086,590,000원)가 이 사건 사업장의 순자산가액(19,046,594,144원) 이상이어서 이월과세 요건을 충족한다.

2. 이 사건 사업장의 순자산가액을 산정함에 있어 법원의 평가액이 있는 경우 이를 반영하여야 한다. 이에 따르면 이 사건 법인의 자본금(14,086,590,000원) 또는 자본금 및 주식발행초과금의 합계(19,086,590,000원)가 이 사건 사업장의 순자산가액(14,046,594,144원) 이상이어서 이월과세요건을 충족한다. 만약 법원의 평가액을 인정할 수 없다면, 이 사건 부동산에 대해 감정가액이 없는 경우에 해당하므로 상속세 및 증여세법 제61조 에서 정한 공시지가 등이 적용되어야 하고, 이 경우 이 사건 부동산가액은 120억 원 정도에 불과하여 이 사건 법인의 자본금(14,086,590,000원) 또는 자본금 및 주식발행초과금의 합계(19,086,590,000원)가 순자산가액을 훨씬 초과한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 이 사건 부동산 및 근저당권설정등기

• 가) 이 사건 부동산은 〇〇 〇〇구 〇〇동 〇〇번지 대지 543.5㎡, 같은 동 〇〇번지 대지 529.5㎡, 같은 동 〇〇번지 대지 389.8㎡ 및 그 지상 건물인데, 이 사건 부동산에는 1989. 12. 11. 채권자 주식회사 〇〇은행(이하 ‘〇〇은행’이라 한다), 채무자 〇〇설비 주식회사(이후 주식회사 〇〇〇〇〇〇〇로 상호가 변경되었다, 이하 ‘〇〇〇〇〇〇〇’라 한다), 채권최고액 7억 5,000만 원인 근저당권설정등기가, 1993. 4. 27. 채권자 〇〇은행, 채무자 〇〇〇〇〇〇〇, 채권최고액 22억 5,000만 원인 근저당권설정등기가, 1993. 11. 3. 채권자 〇〇은행, 채무자 〇〇〇〇〇〇〇, 채권최고액 10억 원인 근저당권설정등기가, 1994. 9. 6. 채권자 〇〇은행, 채무자 〇〇〇〇〇〇〇, 채권최고액 10억 원인 근저당권설정등기가 각 마쳐져있다(이하 위 각 근저당권을 통틀어 ‘이 사건 근저당권’이라 하고, 이 사건 근저당권의 채권최고액 합계 50억 원을 ‘이 사건 채권최고액’이라 한다).
• 나) 〇〇〇〇〇〇〇의 최대주주는 원고와 특수관계인으로 2010. 12. 31. 현재 78%의 지분을 소유하고 있다.

2. 현물출자 경위 및 법원의 보정명령

• 가) 원고는 2011. 9. 1. 〇〇중앙지방법원에 아래와 같이 평가한 현물출자 등의 증명에 관한 감정결과보고서 및 감정인의 감정보고서를 제출하였다. 위 각 보고서에 의하면, 이 사건 부동산의 감정평가액은 19,558,595,040원이고, 감정인은 ‘〇〇〇〇〇〇〇의 2010. 12. 31.자 감사보고서의 내용 및 재무상태에 비추어 채무상환능력이 충분하므로 이 사건 근저당권의 실행으로 인한 원고의 채무 대위변제 가능성이 없다’고 판단하였다. 구분 금액 및 주식수 비고 이 사건 부동산의 가액(A) 19,558,595,040원 이 사건 채권최고액 미공제 기타 자산(B) 47,484,723원 부채(C) 523,873,496원 현물출자액(D=A+B-C) 19,082,206,267원 자본금(E=D-단주금액 1,267원) 19,082,205,000원 5,000원 미만 단주금액 반환 발행주식수(E/5000) 3,816,441주
• 나) 이에 대해 〇〇중앙지방법원은 2011. 9. 30. ‘현물출자의 대상인 이 사건 토지 및 건물에 대한 근저당권상의 채권최고액에 해당하는 금액은 현물출자액에서 공제한 후 현물출자자에게 부여할 주식수를 산정하라’며 보정명령을 하였다.
• 다) 원고는 2011. 11. 24. 〇〇중앙지방법원에 이 사건 채권최고액을 공제하지 아니한 감정결과 보고서를 다시 제출했고, 위 법원은 2011. 12. 11. ‘이 사건 채권최고액을 공제하라’며 보정명령을 하였다.
• 라) 원고는 〇〇중앙지방법원에 아래와 같이 이 사건 부동산에 대한 감정가액에서 이 사건 채권최고액 50억 원을 공제한 금액으로 이 사건 부동산의 가액을 평가하여 현물출자 등의 증명에 관한 감정결과보고서를 제출하였고, 위 법원은 2011. 12. 29. 이를 인가를 하였다. 구분 금액 및 주식수 비고 이 사건 부동산의 가액(A) 14,558,595,040원 이 사건 채권최고액 공제 기타 자산(B) 47,484,723원 부채(C) 523,873,496원 현물출자액(D=A+B-C) 14,082,206,267원 자본금(E=D-단주금액 1,267원) 14,082,205,000원 5,000원 미만 단주금액 반환 발행주식수(E/5000) 2,816,441주
• 마) 원고는 아래와 같이 최종적으로 현물출자액을 평가하여 2011. 12. 30. 설립중인 회사인 이 사건 법인과 현물출자계약을 체결하였고, 이 사건 법인은 2011. 12. 30. 설립등기가 되었으며, 이후 원고는 미수금 회수로 자산이 줄어든 점을 고려하여 이 사건 법인에 40,000,000원을 현금으로 출자하여 주식 8,000주를 인수하였다. 구분 금액 및 주식수 비고 이 사건 부동산의 가액(A) 14,558,595,040원 이 사건 채권최고액 미공제 기타 자산(B) 11,872,600원 부채(C) 523,873,496원 현물출자액(D=A+B-C) 14,046,594,144원 자본금(E=D-단주금액 1,267원) 14,046,590,000원 5,000원 미만 단주금액 반환 발행주식수(E/5000) 2,809,318주

3. 이월과세 신청 및 피고의 수정 요구

• 가) 원고는 2012. 2. 28. 피고에게 이 사건 부동산의 양도가액을 14,558,595,040원으로 하여 양도소득세를 신고하면서 이 사건 현물출자에 관하여 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 신청하였다.
• 나) 이에 대해 피고는 원고에게 이 사건 부동산의 양도가액을 이 사건 채권액을 공제하지 않은 19,558,595,040원으로 수정할 것을 요구하였고, 이에 따라 원고는 2012. 5. 23. 이 사건 부동산의 양도가액을 19,558,595,040원으로 한 과세표준수정신고서를 제출하였다.
• 다) 원고가 제출한 이 사건 법인의 2011 사업연도 표준대차대조표(을 제7호증의 2)에는 유형자산 14,558,595,040원을 포함한 자산총계 14,603,869,460원, 부채총계 720,126,350원, 자본금 14,086,590,000원이 각 계상되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 13호증, 을 제5, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
• 라. 판단

1. 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 는 "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 제32조, 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호, 제29조 제5항에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있도록 하되, 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액(현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

2. 이 사건에 관하여 보건대, 이월과세 요건인 “순자산가액”은 ‘현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’으로 계산하도록 규정되어 있는데, 회계상으로는 통상 이 사건 채권최고액 상당을 우발채무로 보아 부채로 인정되지 않는 것으로 보기는 하나, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 순자산가액을 계산함에 있어 이 사건 채권최고액을 공제할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 법인의 자본금은 14,086,590,000원이고, 이 사건 사업장의 순자산가액은 이 사건 채권최고액 50억 원을 공제한 14,046,594,144원이어서 구 조세특례제한법 제32조 에서 정한 이월과세요건을 충족하는바, 이 사건 사업장의 순자산가액을 19,086,594,144원으로 보아 이월과세요건을 충족하지 못하였음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

① 이월과세는 개인이 권리․의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 법인이 권리․의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직 형태를 변경하는 경우 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과한 경우 적용되는 것이고, 자본금이 순자산가액 이상일 것을 요구하는 법의 취지는 이와 같이 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것으로 평가되기 위해서는 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 법인에 그대로 승계되어야 하기 때문인 것인데, 원고는 이 사건 부동산을 비롯한 이 사건 사업장의 사업용 자산 전부를 현물출자하여 이 사건 법인을 설립하였고, 기존 사업장의 자산과 부채 중 일부가 제외된 바가 없는바, 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 법인에 그대로 승계되어 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것으로 평가된다.

② 현물출자에 관하여는 법원에 감정인의 감정결과 등을 보고하여야 하고 법원은 이를 심사하여 인가 또는 변경결정을 하게 되는데(상법 제299조의2, 제300조 등), 앞서 본 바와 같이 이 사건 현물출자를 심사한 〇〇중앙지방법원은 이 사건 부동산에 근저당권이 설정되어 있다는 이유로 이 사건 채권최고액을 현물출자액에서 공제하도록 권고하였고, 원고가 이에 응하여 이 사건 부동산 평가액을 14,558,595,040원, 이 사건 현물출자액을 14,082,206,267원, 자본금을 14,082,205,000원으로 수정하여 위 법원의 인가를 받았는바, 결국 위 법원은 이 사건 사업장의 가치를 14,082,206,267원으로 평가한 것이고, 원고로서는 현물출자를 통해 법인전환을 하려는 경우 상법 규정에 의하여 위 법원의 결정을 따를 수밖에 없었다.

③ 사업장의 자산 및 부채를 전부 현물출자하여 법인을 설립하는 경우 “현물출자액”과 조세특례제한법 시행령이 규정한 “순자산가액”은 모두 기존 사업장의 가치를 평가하는 것이므로 개념상 동일한 금액이 되어야 한다.

④ 위 현물출자 심사 법원은 현물출자대상인 이 사건 사업장을 평가함에 있어 이 사건 채권최고액 상당을 자원의 유출가능성이 높다고 보아 부채로 평가한 것으로 볼 수 있고 그와 같은 전제에서 새로 설립되는 이 사건 법인의 자본금 액수(발행주식수)가 정하여졌으므로, 이월과세와 관련하여 기존 사업장의 가치를 평가하여 이를 새로 설립되는 법인의 자본금과 비교하기 위한 목적에서 산정하는 순자산가액을 구함에 있어서도 이 사건 채권최고액 상당을 부채로 평가할 수 있다고 봄이 타당하다.

⑤ 회계상으로는 통상 이 사건 채권최고액 상당을 우발채무로 보아 부채로 인정하지 않으므로, 원고가 이 사건 사업장의 법인전환을 위한 현물출자를 함에 있어 법원이 현물출자액에서 이 사건 채권최고액을 공제할 것이라고 예상하기 어려웠을 것으로 보이는데, 만약 자본금은 법원의 결정에 따라 이 사건 채권최고액이 공제되어 정하여지면서도 순자산가액을 산정함에 있어 이 사건 채권최고액을 공제받지 못한다면, 이는 이월과세가 가능할 것이라는 원고의 기대가 원고에게 책임지우기 어려운 사정으로 침해되는 것이어서 부당하다(이 사건 근저당권이 물상보증을 한 것이 아니라 원고가 피담보채무를 부담하는 경우라면 순자산가액을 산정함에 있어 피담보채무액이 부채로 공제되어 이월과세가 적용되는데 아무 문제가 없을 것인데, 이 사건과 같이 물상보증을 한 경우에만 이월과세가 적용되지 않아야 할 특별한 이유가 없고 이월과세를 규정한 조세특례제한법이 이와 같은 결과를 예상하거나 의도한 것도 아닌 것으로 보인다).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ▣ 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "이월과세(􈤾􈢏課􈔥)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(􈺇􈊓􈳆􈦣) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. ▣ 조세특례제한법 시행령 제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조 제2항 의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. ▣ 상법 제290조(변태설립사항) 다음의 사항은 정관에 기재함으로써 그 효력이 있다.

1. 발기인이 받을 특별이익과 이를 받을 자의 성명

2. 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 수량, 가격과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수

3. 회사성립후에 양수할 것을 약정한 재산의 종류, 수량, 가격과 그 양도인의 성명

4. 회사가 부담할 설립비용과 발기인이 받을 보수액 제295조(발기설립의 경우의 납입과 현물출자의 이행)

① 발기인이 회사의 설립시에 발행하는 주식의 총수를 인수한 때에는 지체없이 각 주식에 대하여 그 인수가액의 전액을 납입하여야 한다. 이 경우 발기인은 납입을 맡을 은행 기타 금융기관과 납입장소를 지정하여야 한다.

② 현물출자를 하는 발기인은 납입기일에 지체없이 출자의 목적인 재산을 인도하고 등기, 등록 기타 권리의 설정 또는 이전을 요할 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 교부하여야 한다. 제298조(이사·감사의 조사·보고와 검사인의 선임청구)

④ 정관으로 제290조 각호의 사항을 정한 때에는 이사는 이에 관한 조사를 하게 하기 위하여 검사인의 선임을 법원에 청구하여야 한다. 다만, 제299조의2의 경우에는 그러하지 아니하다. 제299조 (검사인의 조사, 보고)

① 검사인은 제290조 각호의 사항과 제295조의 규정에 의한 현물출자의 이행을 조사하여 법원에 보고하여야 한다. 제299조의2 (현물출자등의 증명) 제290조 제1호 및 제4호에 기재한 사항에 관하여는 공증인의 조사·보고로, 제290조 제2호 및 제3호의 규정에 의한 사항과 제295조의 규정에 의한 현물출자의 이행에 관하여는 공인된 감정인의 감정으로 제299조 제1항의 규정에 의한 검사인의 조사에 갈음할 수 있다. 이 경우 공증인 또는 감정인은 조사 또는 감정결과를 법원에 보고하여야 한다. 제300조 (법원의 변경처분)

① 법원은 검사인 또는 공증인의 조사보고서 또는 감정인의 감정결과와 발기인의 설명서를 심사하여 제290조의 규정에 의한 사항을 부당하다고 인정한 때에는 이를 변경하여 각 발기인에게 통고할 수 있다.

② 제1항의 변경에 불복하는 발기인은 그 주식의 인수를 취소할 수 있다. 이 경우에는 정관을 변경하여 설립에 관한 절차를 속행할 수 있다.

③ 법원의 통고가 있은 후 2주내에 주식의 인수를 취소한 발기인이 없는 때에는 정관은 통고에 따라서 변경된 것으로 본다. 끝.