토지를 양도한 이후 법인으로 보는 단체의 승인받은 경우 법인세법 시행령 제2조등의 규정이 적용될 여지가 없음

사 건 수원지방법원2015구단32183(2015.06.19) 원 고 평○○○○ 피 고 수원세무서장 변 론 종 결 2015.05.01. 판 결 선 고 2015.06.19.

1. 피고가 2013. 5. 22. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구거부처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1984. 7. 19. 경기 ★★군 ★★면 ★★리 277-1 임야 18,943㎡ 및 같은 리 277-2 묘지 991㎡(이하 두 필지를 이 사건 부동산이라 한다)를 취득하여 보유하다 가, 2009. 5. 13. 경기도시공사에게 공공용지 협의취득 절차에 따라 매도하고 2009. 5.

15. 그 소유권이전등기를 마쳤다.

• 나. 원고는 2009. 7. 10. 피고에게 이 사건 부동산의 양도에 관한 양도소득세 220,796,000원을 신고하고 납부하였다.
• 다. 원고는 이 사건 부동산을 양도한 뒤 2009. 10. 16. 수원시 팔달구 인계동 979-9 토지 및 지상 7층 건물을 매수하고 2009. 10. 30. 소유권이전등기를 마친 뒤 위 부동 산을 임대하고 있다.
• 라. 한편 원고는 2009. 10. 20. 동수원세무서장으로부터 국세기본법 상 ‘법인으로 보 는 단체(수익사업을 하지 않는 비영리법인)’로 승인받았고, 이 사건 부동산의 처분손익 이 원고에게 귀속되어 법인의 최초 사업연도 개시일은 이 사건 부동산의 처분손익의 귀속일인 2009. 5. 15.로 소급하여 법인세법을 적용하여야 한다는 이유로 피고에 대하 여 기 납부된 양도소득세가 원고에게 환급되어야 한다는 취지의 양도소득세 경정청구 를 하였다.
• 마. 이에 대하여 피고는 2013. 5. 22. 이 사건 부동산의 양도 당시 원고가 소득세법 상 거주자의 지위에 있었으므로 양도소득세를 납부하여야 의무가 있어 환급청구는 부 적법하다는 이유로 원고의 경정청구를 각하하고 통지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 2013. 12. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014.

3. 27. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제13호증의 1, 2, 을 제7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고가 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 날은 2009. 10. 20.이지만, 그 이전에 생 긴 이 사건 부동산 양도이익을 사실상 ‘법인으로 보는 단체’에게 귀속시켰고 조세포탈 의 우려가 없으며 이 사건 부동산 양도일을 최초사업연도의 개시일로 보더라도 최초사 업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하여 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 따라 이 사 건 부동산 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있으므로 비록 원고가 이 사건 부동산의 양도일 이후에 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았다고 하더라도 양 도일과 승인일이 동일한 과세기간 내에 속하는 이상 원고는 ‘법인으로 보는 단체’로서 이 사건 부동산을 양도한 것이므로, 양도소득세 납세의무가 없고, 비영리내국법인인 원 고가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 처분함으로써 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범 위에서 제외되므로 법인세 납세의무도 없다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판 단 1) 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목에는 ‘법인으로 보는 단체’의 최초사업연 도 개시일은 납세지 관할세무서장의 승인일이라고 규정하고 있으면서, 한편 위 시행령 제3조 제2항은 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하 지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하고 있는바, 위 시행령 제3조 제2항은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초 사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립 과정에서 지출된 설립준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결 하기 위하여 규정된 것으로서, 법인을 최초로 설립하는 경우뿐만 아니라 개인이 사업 장을 운영하다가 법인으로 전환하는 경우에도 법인 설립 전후 권리주체의 실체가 동일 하고 조세포탈의 우려가 없다면 위 규정에 따라 사실상의 사업개시일 이후에 발생한 손익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다고 보아야 한다(서울고등법원

2013. 8. 22. 선고 2012누24025 판결 참조).

2. 살피건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고는 이 사건 부 동산을 양도하기 이전에도 이미 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 위한 실질적 요건을 모두 갖추고 있었으나 당시 세법에 관한 지식이 부족하여 법인으로 승인받은 절차를 취하지 않고 있다가 이 사건 부동산을 처분한 뒤 3개월 남짓 만에 종중의 재산 관리를 위하여 ‘법인으로 보는 단체’ 승인을 받게 된 점, 원고가 조세부담의 차이를 미리 알았 더라면 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 이후에 이 사건 부동산을 양도할 수 있었 던 것으로 보이는 점, 원고는 자연발생적 종중으로 위 승인 전후로 그 실체에 아무런 변화가 없는 점, 원고가 이 사건 부동산을 협의취득 절차에 의하여 양도하였고 그 대 금으로 다른 부동산을 취득하여 종중이 임대업을 하면서 관리하는 것이어서 그에 관한 조세포탈의 고의가 있다고 할 수 없는 점 등을 고려해보면, 원고에게도 위 시행령 제3 조 제2항을 적용하여 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익을 법인의 손익에 귀속시킬 수 있다고 보는 것이 타당하다. 이에 대하여 피고는 위 시행령 제3조 제2항은 예외적인 규정이므로 엄격하게 해석하 여야 하는바, 최초사업연도 개시일의 기준이 되는 손익이란 법인의 설립과정에서 선 지출된 비용이나 법인의 목적사업과 직접 관련된 손익만을 의미하므로 이 사건 부동산 의 양도와 같이 법인의 목적사업과 무관한 일시적·우발적인 거래에 의하여 발생한 손 익에 대하여는 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 이 적용되지 않는다고 주장하나, 법문 상 ‘최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익’이라고만 규정되어 있을 뿐 어떠한 다른 조 건도 요구하지 않고 있음에도 불구하고 위 규정을 피고의 주장과 같이 축소 해석할 합 리적인 근거를 찾아볼 수 없을 뿐만 아니라, 이 사건 부동산의 양도는 원고가 공공용 지 협의취득절차로 오랜 기간 동안 종중 고유목적에 사용되어 온 선산을 양도하게 된 것이고 그에 따라 그 대금으로 다시 토지 및 건물을 종중이 취득하여 종중을 위한 임 대사업에 사용하고 있는 것으로서, 원고의 정관상의 목적사업과 무관하다고 볼 수도 없으므로 피고의 위 주장은 이유 없다. 또한 피고는 원고가 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받기 전 거주자의 지위에서 이 사건 부동산을 양도하였고, 이미 양도소득세를 신고 납부하여 양도소득세 납세의무가 이미 성립·확정되었다고 주장하나, 납세의무의 성립이란 과세요건이 모두 구비되어 조 세를 부과할 수 있는 상태에 이른 것을 말하고, 납세의무자의 신고 또는 과세관청의 납세고지에 의하여 납세의무가 확정되면 조세채권은 자력집행력을 가지게 되는 것인 데, 납세의무가 성립·확정되었다고 하여 불가쟁력·불가변력을 가지는 것은 아니고 납세 의무가 성립·확정된 이후에도 납세의무자는 올바른 법적용을 구하며 경정청구 또는 조 세쟁송을 제기할 수 있다고 할 것이므로 피고의 위 주장도 이유 없다. 따라서 이 사건 부동산 양도로 인한 손익에도 위 시행령 제3조 제2항이 적용된다고 할 것이고, 그것이 위 규정상의 요건을 충족하는 경우 ‘법인으로 보는 단체’인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입될 수 있다고 보아야 한다.

3. 나아가 이 사건 부동산 양도에 관한 손익이 위 시행령 제3조 제2항의 요건을 충 족하는 여부에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 부동산의 양도대금으로 곧바로 다른 토 지 및 건물을 종중 명의로 매수하여 종중의 계산으로 임대하고 있는 점은 앞서 본 바 와 같으므로 이 사건 부동산 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단체’인 원고에게 사 실상 모두 귀속되었다고 할 것이고, 앞서 본 바와 같이 원고는 당초부터 ‘법인 아닌 단 체’의 실질을 가지고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것 인지에 관한 선택권이 있었던 점, 원고가 이 사건 부동산 양도 전에 ‘법인으로 보는 단 체’의 승인을 받았더라면 당연히 법인세법이 적용되어 양도소득세의 납세의무가 없었 을 것이라는 점, ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받기 전후 원고의 실체가 동일한 점 등을 고려하면, 이 사건 부동산 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결과 양도소득 세가 면제된다 하더라도 조세포탈의 우려가 있다고 볼 수도 없으며, 또한 법인에 귀속 시킨 손익이 최초로 발생한 이 사건 부동산의 양도일인 2009. 5. 15.을 최초사업연도 개시일로 보더라도 그 기간이 1년을 초과하지 아니하므로, 이 사건 부동산의 양도에 관하여 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익이 위 시행령 제3조 제2항에 따라 이 사 건 부동산의 양도로 인한 손익은 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되어 ‘법인으로 보는 단체’인 원고로서는 양도소득세 납세의무가 없다고 할 것이다.

4. 이에 대하여 피고는 비영리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인 하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다고 할 것인데, 이 사건 부동산중 지목이 묘지인 같은 리 277-2 토지는 별론으로 하고, 지목이 임야인 같 은 리 277-1 임야는 고유목적 사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다고 주장하므로 살 피건대, 갑 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 부동산은 수백 년 동안 원고 종중의 선산으로서 이용, 관리되어 왔고, 위 277-1 토지 및 277-2 토지 위 각 15기 및 3기의 봉분이 있으며, 피고가 주장하는 것처럼 보호수임지로 지정된 바도 없는 점 등을 종합할 때, 원고 종중이 이 사건 부동산을 선산으로 종중 고유목적 사업 에 3년 이상 직접 사용하여 왔다고 할 것이어서 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생 기는 수입은 법인세 과세소득의 범위에서 제외된다고 할 것이므로, 원고는 ‘법인으로 보는 단체’로서의 법인세 납세의무도 없다고 할 것이다.

5. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 한다.