재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외됨

사 건 2013구합7088 부가가치세경정청구거부처분취소 원 고 송OO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2014. 10. 1. 판 결 선 고

2014. 12. 24.

1. 피고가 2013. 1. 28. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 OO,OOO,OOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1997. 1. 3.부터 OOOOOOOO연구소라는 상호로 광고물 등 제조 및 행사대행, 이벤트, 연구용역 등 서비스업을 영위하는 사업자로, 2011. 2. 28. OOOOOOO부로부터 OO OOO 활성화 사업(이하 ’이 사건 사업‘이라 한다)을 총괄 기획하는 사업자(Project Manager)로 선정되어 위 사업을 수행하였다.
• 나. 원고는 2013. 1. 25. 피고에게 2012년 제2기 부가가치세 신고를 하면서, 원고가 수행한 ‘OO OOO 활성화 사업’과 관련하여 2012. 3. 5. 국고보조금 O억 원을 OO군으로부터 받아 2012년 제2기 과세기간에 집행한 것에 대해 이 사건 보조금 O억 원이 부가가치세 과세대상이 되는 것으로 보아 공급가액 OOO,OOO,OOO원을 과세표준에 포함하고 위 사업과 관련된 부가가치세 매입세액도 공제받는 것으로 신고하였다.
• 다. 이후 원고는 피고에게 이 사건 보조금이 과세표준에 포함되지 않는 보조금이므로 과세표준에서 제외되어야 하고 관련 부가가치세 매입세액도 불공제하는 것으로 하여 당초 신고시 납부할 부가가치세 OO,OOO,OOO원 중 OO,OOO,OOO원을 감액해 달라며 경정청구를 하였다.
• 라. 이에 대하여 피고는 이 사건 보조금은 원고가 ‘OO OOO 활성화 사업’의 수행이라는 용역을 제공하고 그 대가를 받은 것으로서 부가가치세법에 규정된 용역의 공급과 직접 관련된 보조금으로 과세표준에서 제외되는 보조금이 아니라고 보아, 2013. 1. 28. 원고에게 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2013. 5. 2. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장

• 가) 이 사건 사업의 사업주체는 원고이지 국가나 지방자치단체가 될 수 없으므로 원고가 사업자가 아닌 국가 등에 용역을 공급하였다고 볼 수 없고, 원고는 국가나 지방자치단체와 도급계약을 체결한 바 없고, 국가나 지방자치단체는 원고의 사업을 지원하기 위하여 보조금을 지급한 것으로 보조금 지출에 관하여 원고를 관리, 감독할 뿐이므로 원고의 이 사건 사업 수행과 이 사건 보조금 지급 사이에 대가관계가 존재하지 않는다. 나) 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제48조 제10항은 모법인 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 위임규정 없이 ‘위 법 규정의 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다’고 규정하였는바, 위 시행령 규정은 조세법률주의 원칙에 위반된다.

2. 피고의 주장 이 사건 사업에 필요한 재원의 지급이 보조금 교부라는 형식을 취하였다 하더라도 원고가 이 사건 사업을 수행한 실질은 도급계약으로서, 이 사건 보조금 지급과 원고의 이 사건 사업 수행 사이에 직접적인 대가관계가 성립하므로, 이 사건 보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국가보조금 등으로 볼 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. OOOOOOO부는 2010. 10. 8. ‘OO를 통한 OOOO 활성화 시범사업(이하 ’OOOO 사업‘이라 한다)을 기획한 후 2011. 1. 31. 아래와 같은 내용의 OOOO 사업 기본계획을 수립하였다. (생략)

2. OOOO 사업에 적용되는 ‘2011년 OO를 통한 OOOO 활성화 사업 보조금 집행지침’(이하 ‘이 사건 집행지침’이라 한다)은 다음과 같다. (생략)

3. OOOOOOO부장관은 2011. 2. 8. 2011년 OOOO 사업의 시범 시장 중 하나로 OOO도 OO군의 ‘OO장’을 선정하고, 2011. 2. 25. 총괄기획자(OO) 선정을 위한 심의를 거쳐, 원고를 이 사건 사업의 총괄기획자로 선정하였다.

4. OOOOOOO부장관은 2011. 4. 21. OOO도지사 및 OO군수에게 이 사건 사업(2011년)에 대한 보조사업자를 “OOO도지사(OO군수)”로 하여 2억 원의 국고보조금을 교부하기로 결정하였고, 2011. 6. 16. 이 사건 사업에 관한 OO군의 실행계획을 승인하였다.

5. OO군수는 2011. 6. 22. 원고에게 이 사건 사업(2011년)에 대한 보조금 O억 원(국고 50%, 도비 15%, 군비 35%)을 지급하기로 결정하여 3회에 걸쳐 이를 모두 지급하였고, 원고는 2011. 7. 1.부터 2011. 12. 31.까지 위 보조금을 집행한 후 2012. 2. 27. OO군수에게 위 보조금의 집행내역을 기재한 정산보고서를 제출하였다.

6. OOOOOOO부는 2011년 OOOO 사업을 평가하여 2012년 OOOO 사업지원 대상을 결정하였는데 원고가 수행한 이 사건 사업도 2012년 지원 대상으로 선정되었고, OO군수는 2012. 3. 5. 원고에게 이 사건 사업(2012년)에 대한 보조금 O억 원(국고 50%, 도비 15%, 군비 35%)을 지급하기로 결정하여 이를 지급하였다.

7. 원고는 2012. 7. 1.부터 2012. 12. 31.까지 OOOO 등의 사업을 하여 위 보조금을 집행하였다.

8. OOO도는 2014. 2.경 OOOOOOO부장관에게 원고가 주관한 이 사건 사업(2012년)에 대한 보조금 O억 원의 집행내역을 기재한 정산보고서를 제출하였다.

9. OOOOOOO부장관은 이 사건 보조금은 반대급부 없이 국가보조사업인 이 사건 사업의 간접보조사업자(원고)에게 지급된 것이어서 국가를 당사자로 하는 계약 사무와 달리 세금계산서가 발급될 경우가 아니라고 보고 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 16호증, 을 제5 내지 9, 12, 14, 15호증의 각 기재, 이 법원의 OOOOOOO부장관에 대한 각 사실조회결과, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 살피건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 보조금은 원고가 공급하는 재화 또는 용역과 직접 관련되지 않은 보조금으로서 원고의 부가가치세 과세표준에 포함될 수 없다고 할 것이므로, 이 사건 보조금이 원고의 부가가치세 과세표준에 포함됨을 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

① OOOO 사업은 OOOOOOO부가 기획하고 지방자치단체가 함께 주관한 것이기는 하나 OOOOO인 OO장의 활성화를 위한 이 사건 사업의 구체적인 계획과 실행은 원고가 주도적으로 수행하였고, 이 사건 사업은 OOOO을 활성화시키기 위한 공연, 체험행사, 강좌, 홍보 등을 하는 것이어서 그 내용에 비추어도 국가(OOOOOOO부), OOO도, OO군이 원고로부터 직접적으로 어떠한 용역을 공급받는다고 평가하기는 어려워 보인다.

② 이 사건 사업은 국가(OOOOOOO부), OOO도, OO군이 함께 주관하였고 이 사건 보조금 O억 원은 국가(OOOOOOO부)가 O억 O,OOO만 원(50%), OOO도가 O,OOO만 원(15%), OO군이 O억 O,OOO만 원(35%)을 부담하였는데, 원고가 용역을 공급한 것으로 볼 경우 국가(OOOOOOO부), OOO도, OO군 중 누구에게 어떠한 용역을 공급한 것으로 보아야 할지 특정하기가 어렵다.

③ 이와 같은 사정에 비추어 이 사건 보조금은 국가(OOOOOOO부), OOO도, OO군이 전통시장을 활성화하기 위한 이 사건 사업을 원조하기 위하여 정책적으로 지급한 것으로 봄이 타당한바, 원고가 수행한 이 사건 사업과 직접적인 대가관계가 있다고 보기 어렵다.

④ 원고와 국가(OOOOOOO부), OOO도, OO군 사이에 이 사건 사업에 관한 계약이 체결된 적이 없고, 이 사건 보조금은 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률, OO군 보조금관리조례, 이 사건 집행지침 등의 적용을 받는데 위 규정에 의하면 보조금의 집행에 증빙자료를 요구하고 용도외 사용의 경우 반환조치를 할 수 있는 등 이 사건 보조금의 집행에 대해 엄격한 관리가 이루어지고 있는바, 일반적인 도급계약 관계로 보기는 어렵다.

⑤ 이 사건 집행지침 3. 9)항은 ‘부가가치세는 집행액에 포함하여 정산하여야 한다’고 정하고 있는데, 위 규정에서 말하는 부가가치세는 원고가 사업수행을 하며 지급해야 하는 부가가치세를 의미하는 것으로 보이고, 원고는 국가(OOOOOOO부), OOO도, OO군으로부터 이 사건 보조금 외에 부가가치세 명목의 돈을 지급받거나 세금계산서를 발급받은 적이 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.