사실과 다른 세금계산서인지 여부 및 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

사 건 2013구합5860 부가가치세부과처분취소 원 고 박○○ 피 고 △△세무서장 변 론 종 결

2015. 5. 12. 판 결 선 고

2015. 6. 2.

1. 이 사건 소 중 별지 부과내역의 순번 제4, 5, 6번 기재 각 종합소득세 부과처분 중‘원고 주장 정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분을 각 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에게 한 별지 부과내역 기재 각 조세 부과처분 중 ‘원고 주장 정당세액’란기재 각 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다[원고는 주위적으로 별지 부과내역 순번 제5번(이하 별지 부과내역의 각 조세 부과처분은 ‘제5번’과 같이 순번의 번호로만특정한다) 기재 종합소득세 부과처분의 일부 취소를 청구하고, 예비적으로 제6번 기재 종합소득세 부과처분의 일부 취소를 청구하고 있으나, 두 청구는 서로 주위적, 예비적 관계에 있다고 볼 수 없고, 다음에서 보는 바와 같이 후자의 청구는 부적법하므로, 이러한 전제에서 판단하기로 한다. 그리고 2015. 5. 12.자 청구취지 정정신청서에서 원고에 대한 2013. 8. 1.자 2011년 귀속 종합소득세 부과세액으로 기재된 ‘31,329,924원’은 ‘37,210,162원’의, 2012. 9. 1.자 2011년 귀속 종합소득세 부과세액으로 기재된 ‘13,837,489원’은 ‘13,839,917원’의 오기로 보인다].

• 가. 원고는 2010. 9. 30.경부터 안양시 만안구 ○○동에서 ‘AA주유소’라는 상호로 주유소를 운영하고 있는 사업자이다.
• 나. 원고는, ① 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 BB에너지(이하 ‘BB에너지’라 한다)로부터 공급가액 합계 602,663,636원의 매입세금계산서 4매를, 주식회사 CC상사(이하 ‘CC상사’라 한다)로부터 공급가액 25,545,455원의 매입세금계산서 1매를 각 교부받고, ② 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 주식회사 DD에너지(이하 ‘DD에너지’라 한다)로부터 공급가액 352,763,636원의 매입세금계산서 4매를, ‘EE석유’의 대표인 이○○로부터 공급가액 330,236,364원의 매입세금계산서 11매를 각 교부받고, ③ 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 FF에너지(이하 ‘FF에너지’라 한다)로부터 공급가액 합계 293,890,908원 상당의 매입세금계산서 2매를 교부받았다.
• 다. 그 후 원고는 위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하고 공급가액을 필요경비에 산입하여 2011년 제1기분 부가가치세 22,953,589원, 2011년 제2기분 부가가치세 25,216,080원, 2010년 귀속 종합소득세 3,018,392원 및 2011년 귀속 종합소득세 7,962,099원을 각 신고·납부하였다. 그런데 피고는 원고가 BB에너지 등으로부터 교부받은 위 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 해당 매입세액공제를 부인하고 소득세법상 지출증명서류 불비에 따른 가산세를 부과하기로 하여, 원고에게 2012. 7. 1. 2010년 제2기분 부가가치세를 110,370,053원, 2011년 제1기분 부가가치세를 116,533,429원, 2010년 귀속 종합소득세를 12,564,181원 증액경정·고지하고, 2012. 9. 1. 2011년 제2기분 부가가치세를 48,944,592원, 2011년 귀속 종합소득세를 5,877,818원 증액경정·고지하였다.
• 라. 원고는 2012. 7. 6. 및 2012. 9. 10. 위 각 과세처분에 따른 납세고지서를 송달받은 후 2012. 9. 28. △△세무서장에게 위 각 과세처분 중 2010년 제2기분 부가가치세증액경정처분 및 2011년 제1, 2기분 부가가치세 증액경정처분에 대한 이의신청을 하였으나, 2012. 11. 22. 그 이의신청이 기각되었다. 원고는 이에 불복하여 2013. 2. 20. 국세청장에게 심사청구를 하면서 2010년 및 2011년 귀속 각 종합소득세 증액경정처분도 심사청구 대상에 포함시켰으나, 국세청장은 2013. 4. 9. 원고의 위 심사청구 중 2010년 및 2011년 귀속 각 종합소득세 경정처분의 취소를 구하는 부분의 심사청구기간이 도과되었다는 이유로 이를 각하하고 나머지 심사청구(2010년 제2기분 및 2011년 제1, 2기분 각 부가가치세 경정처분의 취소를 구하는 부분)를 기각하는 내용의 결정을 하였다.
• 마. 원고는 위 결정에 불복하여 2013. 7. 12. 이 사건 소를 제기하였는데, 피고는 원가 위 각 세금계산서 외에 2011년 제1기분 부가가치세 과세기간에 BB에너지로부터 43,839,000원의 매입세금계산서를, 주식회사 GG에너지(이하 ‘GG에너지’라 한다)로부터 314,906,000원의 매입세금계산서를, CC상사로부터 170,727,000원의 매입세금계산서를 추가로 교부받았고 위 각 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 2013. 8. 1. 원고에게 2011년 제1기분 부가가치세를 88,438,673원, 2011년 귀속 종합소득세(증빙불비 가산세)를 23,370,245원 증액경정·고지하였다.
• 바. 또한, 피고는 BB에너지에 대한 세무조사 결과 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 BB에너지의 매출 및 매입 전체가 가공거래임이 밝혀졌다는 이유로 원고가 위 과세기간 중 BB에너지로부터 교부받은 세금계산서 전체를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 2013. 10. 1. 원고에게 2011년 제1기분 부가가치세를 8,194,439원 증액경정·고지하였다(이하 원고가 BB에너지, CC상사, DD에너지, FF에너지, 이○○ 및 GG에너지로부터 교부받은 위 각 매입세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라한다).
• 사. 원고는 2013. 8. 9. 피고의 위 2013. 8. 1.자 과세처분에 따른 납세고지서를, 2013. 10. 15. 피고의 위 2013. 10. 1.자 과세처분에 따른 납세고지서를 각 송달받은 후 이에 불복하여 2013. 12. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2014. 9. 3. 원고의 위 심판청구 중 2013. 8. 1.자 과세처분의 취소를 구하는 부분의 심판청구기간이 도과되었다는 이유로 이를 각하하고 나머지 심판청구를 기각한다는 내용의 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1, 10, 11, 13 내지 17호증(각 가지번 호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 제6번 기재 종합소득세 부과처분의 일부 취소를 청구하는 부분의 적법 여부에 관한 직권 판단 증액경정처분이 있는 경우, 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 된다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조). 피고가 2012. 9. 1. 원고에 대하여 2011년 귀속 종합소득세를 5,877,818원 증액경정하는 내용의 제6번 기재 종합소득세 부과처분을 하였다가, 2013. 8. 1. 다시 2011년 귀속 종합소득세를 23,370,245원 증액경정하는 내용의 제5번 기재 종합소득세 부과처분을 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 위와 같이 증액경정처분에 흡수되어 독립한 존재가치를 잃게 된 제6번 기재 종합소득세 부과처분을 쟁송의 대상으로 삼은 것으로 부적법하다.

• 가. 피고는 이 사건 소 중 제4번 기재 2010년 귀속 종합소득세 부과처분, 제5번 기재2011년 귀속 종합소득세 부과처분 및 2013. 8. 1.에 한 2011년 제1기분 부가가치세 부과처분의 각 일부 취소를 구하는 부분이 국세기본법 소정의 심사청구기간 또는 심판청구기간을 도과한 것으로서 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다고 주장한다.
• 나. 국세인 부가가치세 및 종합소득세 부과처분에 대하여 불복이 있는 자는 국세기본법 제56조 제2항, 제55조에 의하여 같은 법 소정의 심사청구 또는 심판청구를 거쳐야만 해당 처분에 대한 행정소송을 제기할 수 있고, 이때의 심사청구 또는 심판청구는 그 청구기간을 준수하는 등으로 적법한 것이어야 하므로, 심사청구 또는 심판청구에 따른 전심절차가 기간도과로 인하여 부적법한 경우에는 그 행정소송 역시 국세기본법이 정한 필요적 전치절차를 거친 것으로 볼 수 없어 부적법하다(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 등 참조). 그리고 국세기본법 제61조 제1항, 제2항, 제68조에 의하면, 국세 부과처분에 대한 심사청구 및 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일(단, 심사청구 및 심판청구 전에 이의신청을 거친 경우에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일) 이내에 제기하여야 한다. 한편, 증액경정처분은 당초 신고하거나 결정된 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가하는 것이 아니라 증액되는 부분을 포함시켜 전체로서의 과세표준 및 세액을 다시 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 있는 경우 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸되고 적법한 전심절차나 제소기간 등의 준수 여부도 증액경정처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조). 위 법리에 기초하여 먼저 이 사건 소 중 2010년 및 2011년 귀속 각 종합소득세 부과처분의 일부 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 관하여 보건대, 원고가 피고에게 2010년 귀속 종합소득세 3,018,392원 및 2011년 귀속 종합소득세 7,962,099원을 신고·납부한 후, 피고가 원고에게 2012. 7. 1. 2010년 귀속 종합소득세를 12,564,181원 증액경정·고지하고, 2012. 9. 1. 2011년 귀속 종합소득세를 5,877,818원, 2013. 8. 1. 2011년 귀속 종합소득세를 23,370,245원 증액경정·고지한 사실은 앞서 보았는바, 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고의 2010년 귀속 종합소득세액은 2012. 7. 1.자 증액경정처분에 의하여 최종적으로 15,582,573원(= 신고납부분 3,018,392원 + 증액경정분 12,564,181원)으로 결정되었다 할 것이고, 2011년 귀속 종합소득세액은 2013. 8. 1.자 증액경정처분에 의하여 최종적으로 37,210,162원(= 신고납부분 7,962,099원 + 2012. 9. 1.자 증액경정분 5,877,818원 + 2013. 8. 1.자 증액경정분 23,370,245원)으로 결정되었다 할 것이다. 그런데 원고는 2012. 7. 1.자 증액경정처분(2010년 종합소득세 부과처분)에 따른 납세고지서를 2012. 7. 6. 송달받고 2012. 9. 1.자 증액경정처분(2011년 귀속 종합소득세 부과처분)에 따른 납세고지서를 2012. 9. 10. 송달받은 후 그로부터 90일 이상이 경과한 2013. 2. 20. 비로소 국세청에 심사청구를 하였고, 2013. 8. 1.자 증액경정처분(2011년 귀속 종합소득세 부과처분)에 따른 납세고지서를 2013. 8. 9. 송달받은 후 그로부터 90일 이상이 경과한 2013. 12. 5. 비로소 조세심판원에 심판청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소 중 제4번 기재 2010년 귀속 종합소득세 부과처분 및 제5번 기재 2011년 귀속 종합소득세 부과처분의 각 일부 취소를 구하는 부분은 국세기본법 소정의 심사청구기간 또는 심판청구기간을 도과한 것으로서 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다. 다음으로 이 사건 소 중 피고가 2013. 8. 1.에 한 2011년 제1기분 부가가치세 부과처분의 일부 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 관하여 보건대, 원고가 피고에게 2011년 제1기분 부가가치세 22,953,589원을 신고·납부한 후, 피고가 원고에게 2012. 7. 1. 2011년 제1기분 부가가치세를 116,533,429원, 2013. 8. 1. 2011년 제1기분 부가가치세를 88,438,673원, 2013. 10. 1. 2011년 제1기분 부가가치세를 8,194,439원 증액경정·고지한 사실은 앞서 보았는바, 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고의 2011년 제1기분 부가가치세액은 2013. 10. 1.자 증액경정처분에 의하여 최종적으로 236,120,130원(= 신고납부분 22,953,589원 + 2012. 7. 1.자 증액경정분 116,533,429원 + 2013. 8. 1.자 증액경정분 88,438,673원 + 2013. 10. 1.자 증액경정분 8,194,439원)으로 결정되었고, 그 전인 2013. 8. 1. 피고가 한 2011년 제1기분 부가가치세 증액경정처분은 불복기간의 도과로 확정되기 전에 위 2013. 10. 1.자 증액경정처분에 흡수되어 소멸되었다고 보아야 한다. 그런데 원고가 위 2013. 10. 1.자 증액경정처분에 따른 납세고지서를 2013. 10. 15. 송달받은 후 그로부터 90일이 경과하기 전인 2013. 12. 5. 조세심판원에 심판청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소 중 2011년 제1기분 부가가치세 부과처분의 일부 취소를 구하는 부분이 국세기본법에 따른 전심절차의 제기기간을 도과하였다고 볼 수 없고, 위 2013. 10. 1.자 증액경정처분에 흡수되어 소멸한 2013. 8. 1.자 증액경정처분에 대하여 별도로 제소기간이 도과하였다고 볼 수도 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 항변은 이유 없다.

4. 제1, 2, 3번 기재 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장

① 원고는 위 거래처들로부터 실제로 유류를 공급받고 이에 따라 이 사건 각 세금계산서를 교부받았으므로, 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 내용의 세금계산서에 해당하지 아니하고, ② 설령 그렇지 않다 하더라도, 원고는 유류 구입 당시 거래당사자로서의 주의의무를 다하였음에도 위 거래처들이 위장사업자임을 알지 못한 채 유류를 공급받은 것이어서 선의·무과실의 거래당사자에 해당하므로, 피고의 원고에 대한 제1번 기재 2010년 제2기분 부가가치세 과세처분 및 제2, 3번 기재 2011년 제1, 2기분 각 부가가치세 과세처분 중 별지 부과내역의 ‘원고 주장 정당세액’란 기재 각 금액(원고가 당초 신고·납부한 세액)을 초과하는 부분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 것인지 여부

• 가) 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데, 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 그리고 구 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고, 공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며, 나아가 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2008도1715 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 을 제3 내지 12, 14, 18, 19, 21호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 각 사정들, 즉 ① 이 사건 각 세금계산서에 공급자로 기재되어 있는 원고의 거래처들 중 BB에너지, CC상사, DD에너지, FF에너지 및 GG에너지의 경우 과세관청의 실지조사 결과 유류 거래 과정에서 수수한 매입세금계산서의 99% 이상이 가공거래로 확인되는 등 실물거래 없이 허위 세금계산서 발급만을 목적으로 설립된 위장사업자로 밝혀진 점, ② 원고의 위 거래처들 중 EE석유(대표자: 이○○)의 경우 그 사업장에서 유류저장 및 운송 관련 업무를 영위한 흔적이 전혀 없고, 이○○는 이 사건과 관련하여 과세관청으로부터 조사를 받으면서 자신이 원고와의 실물거래 없이 원고에게 매출세금계산서를 허위로 발행·교부하였음을 자인한 바 있는 점, ③ 원고의 위 거래처들이 해당 과세기간 중 다른 거래처로부터 이 사건 각 세금계산서에 기재된 종류 및 수량에 상응하는 유류를 실제로 매입하였다고 볼 만한 자료가 전혀 없는 점 등을 종합하면, 원고가 교부받은 이 사건 각 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서, 즉 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 원고의 선의·무과실 여부

• 가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 기초하여 이 사건에서 원고가 이 사건 각 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데 과실이 없는지 여부에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 갑 제2, 8호증(가지번호 포함)의 각 일부 기재를 더하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 유류저유소에서 유류를 출하할 당시 발행되는 출하전표는 정상적인 유통과정을 거쳐 유류가 거래된 것임을 입증하는 중요한 자료인데, 원고가 BB에너지 등으로부터 수령한 출하전표에는 정상 유통 여부를 확인할 수 있는 유류의 온도, 비중, 출하시간 등이 제대로 기재되어 있지 아니하여 정상적인 유통과정에서 발행·수수된 출하전표로 보기는 어려운 점, ② 원고의 아들로서 위 AA주유소의 실질적 운영자인 강HH는 이 사건과 관련하여 과세관청으로부터 세무조사를 받으면서, “유류매입처와 거래를 하면서 해당 거래일자, 유종, 유량, 유류회사, 차량번호 등이 기재된 거래노트를 작성하였으나, 거래 당시 거래노트에 적힌 차량번호와 출하전표에 적힌 차량번호의 일치 여부를 확인하거나, 거래상대방으로부터 교부받은 판매 및 인수확인서상의 차량번호, 차량기사, 유종, 유량 등 기재내용의 진위여부를 확인한 적은 거의 없다.“는 취지로 진술한 바 있는 점 등을 고려하면, 갑 제3 내지 7, 9 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 갑 제2, 8호증(가지번호 포함)의 각 일부 기재만으로는 원고가 이 사건 각 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

그렇다면, 이 사건 소 중 피고가 원고에 대하여 한 제4, 5, 6번 기재 각 종합소득세 부과처분 중 ‘원고 주장 정당세액’란 기재 각 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각 하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.