초과환급금 이자상당액 징수와 관련하여 법령이 개정되었더라도 개정 이전 법률을 확대 유추해석할 수 없음.

사 건 2013구합5082 법인세부과처분취소 원 고 AA시스템 주식회사 피 고 AA세무서장 변 론 종 결

2013. 12. 11. 판 결 선 고

2014. 1. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 12. 7. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 귀속 법인세 737,144,510원의 부과처분 중 527,813,624원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 반도체장비 제조업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2003. 12. 5. BB시스템 주식회사를 흡수합병 한 다음, 위 회사가 합병 당시 보유하고 있던 원고 발행의 주식 1,150,000주를 2004. 4. 23. 및 2005. 12. 2. 순차 양도하였고 그에 따라 2004년 귀속 법인세에 관한 위 자기주식처분이익 5,049,609,783원과 2005년 귀속 법인세에 관한 위 자기주식처분이익 1,004,261,157원을 각 익금에 산입하여, 피고에게 2004사업연도 귀속 법인세 400,496,960원, 2005 사업연도 귀속 법인세 308,122,980원을 각 신고․납부하였다.
• 나. 그 후 원고는 2008. 3. 28. 위 각 자기주식처분이익은 법인세법상 과세대상에 포함되지 않는다는 사유로 2004, 2005 각 사업연도 귀속 법인세에 대한 감액경정 청구를 하는 한편, 이와는 별도로 같은 달 31. 2007 사업연도 귀속 법인세를 신고하면서 법인세법 제72조 에 따른 결손금 6,865,471,378원에 대한 소급공제신청을 하여 2008. 4. 28. 2006 사업연도 귀속 법인세로 납부하였던 1,071,515,970원 전액을 환급(이하 ‘이 사건 환급금’이라 한다)받았다.
• 다. 한편, 피고는 2009. 2. 20. 원고에게 위 각 주식의 양도가액에서 각 합병등기일현재 법인세법상의 시가를 차감한 금액을 익금에 산입하여야 한다는 이유로, 위 감액경정 청구 중 일부만을 받아들여 2004 사업연도 귀속 법인세 101,515,890원, 2005 사업연도 귀속 법인세 102,541,300원만을 환급하고, 나머지 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).
• 라. 그러자 원고는 조세심판원의 심판청구를 거쳐 2010. 1. 20. 수원지방법원 0000구합000호로 위 각 자기주식처분이익은 익금산입대상에서 제외된다고 주장하면서 이 사건 경정거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 같은 해 7. 7. 1심에서 원고 패소판결이 선고되었으나, 2011. 4. 28. 항소심에서 위 각 자기주식처분이익이 익금산입대상에서 제외된다는 취지로 원고 승소판결이 선고된 후(서울AA법원 0000누00000호), 같은 해 9. 29. 피고의 상고가 기각되어(대법원 2011두0000호) 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다.
• 마. 이에 피고는 위 대법원 판결 취지에 따라 위 각 자기주식처분이익 전부를 익금 산입대상에서 제외하여 2004, 2005 각 사업연도 귀속 법인세를 각 경정한 후 원고에게 나머지 법인세를 환급해 주었는데, 위와 같이 2004, 2005 각 사업연도의 법인소득금액이 각 감액 경정됨에 따라 2006 사업연도로 이월된 결손금은 1,983,109,814원으로 증가하게 되었다.
• 바. 원고는 2011. 11. 28. 위와 같이 2006 사업연도로 이월된 결손금이 증가하여 그만큼 법인세의 과세표준이 감소되었다며 위 사업연도 귀속 법인세에 대한 경정청구를 하였고, 피고는 위 청구를 받아들여 원고에 대하여 2006 사업연도 법인세 과세표준을 경정한 후 그에 따라 법인세 543,702,339원을 산정하여 기 납부세액 1,071,515,970원에 서 위 법인세를 공제한 나머지 527,813,630원(= 1,071,515,970원 - 543,702,339원, 원이하 버림) 및 그에 대한 환급가산금 102,709,890원 합계 630,523,520원(= 527,813,630원 + 102,709,890원)을 환급해 주었다.
• 사. 그 후 피고는 2011. 12. 7. 원고에 대하여 당초 원고의 2007 사업연도 소급공제액 계산의 기초가 된 직전 사업연도(2006) 법인세 과세표준이 감소됨에 따라 기 환급한 결손금 소급공제금액 1,071,515,970원 중 위와 같이 2006 사업연도의 법인세로 최종 과세된 543,702,339원을 넘는 527,813,631원을 초과환급금으로 징수하면서 법인세법 시행령 제110조 제5항 에 의한 이자상당액(연 10.95%) 209,330,886원을 가산하여 2007 사업연도 귀속 법인세 737,144,510원(= 527,813,631원 + 209,330,886원, 원 이하 버림)을 경정․고지하였다(이하 위 처분 중 이자상당액 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 3. 7. 이의신청을 거쳐 같은 해 5. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2013. 4. 10. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 피고는 원고의 2008. 3. 28.자 2004, 2005 각 사업연도 귀속 법인세 경정청구에 대하여 국세기본법 제45조의2 제3항 에 따라 경정청구를 받은 날로부터 2월 이내에 처리하지 않고, 원고가 피고를 상대로 제기한 이 사건 경정거부처분 취소의 소가 대법원에서 원고 승소로 확정된 후에야 비로소 위 경정거부처분을 취소하는 바람에 2007 사업연도의 결손금에 대한 소급공제 환급세액이 2011. 12. 7. 경정되어 결국 원고가 초과환급받은 세액에 대해 장기간 고율의 이자를 납부하게 되었는바, 원고에게는 2007 사업연도 귀속 법인세액을 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건처분은 조세공평주의, 보호과세의 원칙, 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세의 감면에 관한 규정은 조세의 부과․징수의 요건이나 절차와 직접 관련되 는 것은 아니지만, 조세란 공공경비를 국민에게 강제적으로 배분하는 것으로서 납세의무자 상호간에는 조세의 전가관계가 있으므로 특정인이나 특정계층에 대하여 정당한 이유 없이 조세감면의 우대조치를 하는 것은 특정한 납세자군이 조세의 부담을 다른 납세자군의 부담으로 떠맡기는 것에 다름 아니므로 조세감면의 근거 역시 법률로 정하여야만 하는 것이 국민주권주의나 법치주의의 원리에 부응하는 것이다. 그런데, 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 한다(헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2결정 참조). 또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조). 구 법인세법 제72조 제5항, 제6항, 구 법인세법 시행령 제110조 제5항 제2호, 같 은 조 제6항의 각 규정에 의하면, 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야하고, 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 과다 환급받은 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율을 곱하여 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 규정하고 있다. 한편, 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 지방세법 시행령 제110조 제5항제2호 단서는, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3 제2항 에 따른 이자율(연 3.7%)을 적용하도록 규정하고 있으나, 위 시행령 부칙<제23589호, 2012. 2. 2> 제2조에 의하면 위 규정은 2012. 1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용된다.

2. 살피건대, 위 각 법령규정과 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 2007 사업연도 귀속 법인세를 규율하는 구 법인세법 관련규정에 의하면, 과다하게 환급한 법인세액을 징수할 경우에는 일률적으로 연10.95%의 이자상당액을 가산하여 징수하도록 규정하고 있는 점, ② 이후 관련규정이개정되어 납세자에게 법인세를 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있는 때에는 연3.7%의 이자율을 적용하여 가산․징수할 수 있도록 변경되었다 하더라도, 위 개정 규정은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용되므로, 2007 사업연도 귀속 법인세에 관한 이 사건 처분에 대하여는 여전히 구법에 따라 연 10.95%의 이자율이 적용된다고 볼 수밖에 없는 점, ③ 관련법규가 납세자에게 정당한 사유가 있는지 여부에 따라 이자율을 달리 보도록 한 개정된 데에 합리적인 이유가 있다 하더라도, 조세법률주의의 원칙 상 이 사건 처분 당시 제정․시행되지도 않았던 위 개정 법규를 확대 내지 유추해석할 수는 없는 점 등을 종합하면, 원고가 과다하게 환급받은 법인세에 대하여 법인세법 시행령 제110조 제5항 제2호 에 의한 이자상당액을 가산한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 원고가 2007 사업연도 결손금 소급공제금액 1,071,515,970원을 과다하게 환급받은 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.