폐기물처리업 허가를 받지 아니하였음

사 건 2013구합4409 부가가치세경정청구거부처분취소 원 고 AAA 주식회사 피 고 동수원세무서장 변 론 종 결

2013. 11. 21. 판 결 선 고

2013. 12. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여 한 2012. 10. 11.자 2011년 2기분 부가가치세 OOOO원에 관한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 음식물 쓰레기 관리 및 퇴비 판매업 등을 영위하는 회사로서, 2011. 5. 4. 오산시장과 사이에 오산시 소유의 음식물자원화시설을 위탁받아 운영하고, 오산시 관내에서 배출되는 음식물류 쓰레기를 처리하여 사료·퇴비를 생산하며, 그 대가로 처리비용(OOOO원/톤)을 지급받기로 하는 내용의 음식물자원화시설 민간위탁사무의 위·수탁협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 원고는 이 사건 협약에 따라 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 오산시에 음식물 쓰레기 처리용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다) 등을 제공하고, 이 사건 용역의 대가로 지급받은 처리비용 OOOO원에 관련된 부분을 부가가치세 과세표준에 포함하여 피고에게 2011년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 다. 그 후 원고는 2012. 8. 13. 피고를 상대로 위와 같이 신고·납부한 2011년 제2기 부가가치세와 관련하여 ‘이 사건 용역은 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제5호, 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제11호에서 정한 면세 대상인 의료보건용역에 해당한다’는 이유로 이 사건 용역을 면세 대상으로 보아 산정한 부가가치세액과 이미 신고·납부한 부가가치세액과의 차액 OOOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 10. 11.자로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 1. 11. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2013. 3. 위 심사청구를 기각하였다.
• 마. 한편, 오산시장은 2012. 10. 25. 원고에게 폐기물관리법 제25조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제28조 제6항에 따라 폐기물처리업 중 폐기물 종합재활용업허가를 하고(이하 ‘이 사건 허가’라 한다) 허가증을 교부하였는데, 위 허가증상 허가기간은 음식물 자원화시설 민간위탁 운영기간인 ‘2011. 5. 4. ~ 2013. 5. 3.’로 기재되어 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 구 부가가치세법 시행령 제29조 제11호 는 ‘ 폐기물관리법 제25조 의 규정에 의하여 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역’을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있는바, 폐기물처리업 허가를 받도록 한 법의 취지가 폐기물처리업자를 정부의 지도·감독하에 두겠다는 것이므로, 형식적인 허가가 없었다고 하더라도 당해 폐기물처리업자가 실질적으로 주무관청 등의 지도·감독을 받은 관계에 있다면 허가를 받은 것으로 보아 그 폐기물처리업자가 제공한 용역도 부가가치세 면제대상에 포함된다고 해석하여야 할 것인데, 비록 원고는 과세기간 중 이 사건 용역에 대하여 폐기물처리업 허가를 받지 아니하였으나, 허가권자인 오산시장과 사이에 이 사건 협약을 체결하고 오산시의 지도·감독을 받아 이 사건 용역을 수행하였고, 허가기간을 “2011. 5. 4.”로 소급하여 이 사건 허가를 받은 점 등에 비추어 보면, 원고는 폐기물처리업 허가를 받아 이 사건 용역을 수행한 것으로 봄이 상당하고, 따라서 이 사건 용역도 면세 대상에 포함된다고 보아야 함에도, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 또한 행정소송에서 행정처분의 위법 여부는 행정처분이 있을 때의 법령과 사실상태를 기준으로 하여 판단하여야 하고, 처분 후 법령의 개폐나 사실상태의 변동에 의하여 영향을 받지는 않는다(대법원 2007. 5. 11. 선고 2007두1811 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, ① 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제29조 제11호는 ‘ 폐기물관리법 제25조 의 규정에 의하여 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물의 수집·운반 및 처리용역’의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있는바, 조세법률주의의 원칙상 원고가 폐기물처리업 허가권자인 오산시장과 사이에 이 사건 협약을 체결하고 오산시의 지도·감독을 받아 이 사건 용역을 수행하였다는 사정만으로는 위 규정상의 폐기물처리업 허가를 받은 것으로 보기 어려운 점, ② 행정처분의 위법 여부는 처분 당시의 사실상태를 기준으로 하여 판단하여야 하는데, 이 사건 처분 당시 원고는 폐기물처리업 허가를 받지 아니하였고, 그 후 허가기간을 이 사건 처분 이전으로 소급하여 이 사건 허가를 받았더라도 이 사건 처분의 위법 여부에는 영향을 미치지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제29조 제11호에 해당하지 아니하여 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.