새 건물 신축을 위하여 구 건물을 철거하던 중 공사가 중단되어 건물이 없는 상태로 부동산을 양도한 경우 매입세액 공제

사 건 2013구합11537 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 용인세무서장 변 론 종 결

2013. 11. 7. 판 결 선 고

2013. 11. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 8. 1. 원고에 대하여 한 2008년 1기분 부가가치세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 부동산매매 및 임대업 등을 영위하는 법인으로서, 2007. 2. 15. 주식회사 BB자기 소유의 OO시 OO구 OO동 666-10 대 649.6㎡, 같은 동 666-26 대 246.8㎡, 같은 동 666-33 도로 2.2㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다) 및 위 지상 건물(이하 ‘이 사건 구건물’이라 한다)을 매수하여 위 건물을 임대하다가, 이를 철거하고 새로운 건물을 신축하기 위하여 2008. 2. 11. CCC건설 주식회사(이하 ‘CCC건설’이라 한다)와 사이에 착공일을 2008. 3. 1.로 하여 건물신축에 대한 도급계약을 체결하였다.
• 나. 그 후 원고의 자금사정 악화로 위 건물철거 및 신축을 위한 공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)가 중단되었고, 원고는 2009. 1. 12. 이 사건 각 토지만을 매매 목적물로 하여 이를 주식회사 DDD와 윤EE에게 양도하였다.
• 다. 원고는 2008년 1기분 부가가치세 신고시 이 사건 공사와 관련하여 CCC건설로부터 수취한 세금계산서의 매입세액 OOOO원(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 공제받았다.
• 라. 서울지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 이 사건 매입세액을 공제받을 수 없는 매입세액으로 판단하고 이를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 이 사건 매입세액을 공제하지 아니하여 2012. 8. 1. 원고에게 2008년 1기분 부가가치세 OOOO원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2013. 3. 8. 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 9 내지 14호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 공사와 관련한 비용은 모두 건물 신축을 위한 비용으로 관련 매입세액을 공제하는 것이 타당함에도 이를 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액으로 공제하지 않고 부가가치세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 ■ 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조(납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 ■ 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제60조(매입세액의 범위)

⑥ 법 제17조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 3. 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 판단 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항은 위 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(제3호)을 각 규정하고 있다. 그리고 위 시행령 제60조 제6항 제2호의 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’에서 ‘토지만을 사용하는 경우’라 함은 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함한다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 1. 선고 2007두2524 판결 참조). 살피건대, 앞서 본 인정사실 및 갑 제6, 9, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 총투입비정산내역서(갑 제6호증의 2)에 의하면, 원고와 CCC건설이 공사가 중단된 상태에 있던 2008. 12. 16. 이 사건 공사 총 투입비정산을 할 당시 철거공사 및 토공사, C.I.P. 공사(토지 굴착 후 건물 신축 이전에 흙막이를 위한 공사), J.S.P. 공사(연약지반을 개량하는 공사), P.R.D. 공사(기초정지작업을 위하여 토지에 구멍을 뚫는 공사)가 일부 진행되었던 사실을 인정할 수 있으나, 한편 앞서 본 원고가 제출한 증거만으로 원고가 이 사건 각 토지를 매도한 2009. 1. 12. 당시 이 사건 각 토지상에 신축 중인 건물로 평가될 만한 구조물이 있었다고 보기는 어려운 점, 원고가 주식회사 DDD 등에게 이 사건 각 토지만을 매도하였고, 그 매매대금 중에 신축공사비용이나 신축 중 건물의 평가액이 반영되어 있었다고 볼 만한 자료도 없는 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 각 토지와 지상 건물을 소유하다가 그 지상 건물을 철거하여 그 토지만을 신축건물의 부지로 양도한 것으로 보는 것이 타당하고, 앞서 본 법리에 비추어 볼 때 이는 구 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호 가 규정한 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용한 경우에 해당한다 할 것이다. 따라서 이 사건 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 토지 관련 매입세액으로서 이를 공제하지 아니하고 부가가치세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.