2. 이 사건 처분의 적법 여부
① 이 사건 생산시설의 재가공원가는 OOOO원 상당이고, 국내감정평가법인에서 이 사건 생산시설을 감정한 가액은 OOOO원 및 OOOO원 상당에 불과한바, 원고는 실제와 다르게 이 사건 협정에 따른 투자금액을 맞추기 위하여 세관에 이 사건 생산시설을 과대평가하여 신고하였고, 이에 따라 중국 안휘성 정부로부터도 과대평가된 금액으로 현물출자 승인을 받은 점, ② 국제조세조정에 관한 법률 제4조 는 국세거래에서 거래물품의 가격을 정상가격으로 조정한 후 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제5조는 정상가격 산출 방법을 규정하고 있는바, 정상가격을 산출하는 방법으로 국제조세조정에 관한 법률이 아닌 상속세 및 증여세법에서 규정하고 있는 보충적 평가방법을 사용할 수 없고, 가사 보충적 평가방법을 사용할 수 있다고 하더라도 국내감정평가법인의 평가액을 이 사건 생산시설의 시가 또는 재취득가액으로 볼 수 있는 점 등을 종합하면 중국 안휘성 정부로부터 현물출자 승인받은 금액은 이 사건 생산시설의 정상가격으로 볼 수 없다고 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.
- 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법 적용이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장 내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 할 것이다(대법원 1993. 7. 27. 선고 90누10384 판결 참조). 이 사건의 쟁점은 원고가 이 사건 생산시설을 현물출자하여 취득한 이 사건 주식의 시가를 어떻게 평가할 것인지의 문제인바, 자산의 취득가액에 대하여 규정하고 있는 법인세법 시행령(2005. 12. 30. 대통령령 제19214호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항 제4호에 의하면 현물출자를 하여 주주가 된 법인이 취득한 주식 등의 취득가액은 취득 당시의 시가에 의하도록 규정하고 있고, 여기서의 시가는 일반적으로 경쟁시장에서 특수관계 아닌 자와 정상적인 거래관계에서 자유의사에 의해 형성되는 가격을 말한다. 살피건대 앞에서 인정한 사실관계에 의하면, 원고가 이 사건 협정에 따른 투자액을 맞추기 위하여 이 사건 생산시설에 관하여 세관에 과대평가한 금액을 신고하였고, 이에 따라 중국 안휘성 정부로부터 과대평가된 현물출자 승인을 받았다고 할 것인바, 사정이 그러함에도 피고가 이 사건 주식의 취득 당시의 시가를 파악하려는 별도의 노력 없이, 만연히 위 현물출자 승인금액을 이 사건 주식의 취득 당시의 시가로 산정한 이상 이 사건 처분은 실질과세원칙에 비추어 위법하다고 할 것이다. 나아가 원고에 대하여 정당한 법인세를 산정하려면 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 에서 규정하고 있는 바와 같이 이 사건 주식의 취득 당시의 시가에 대한 평가가 필요하다고 할 것인데, 이 사건 생산시설의 세관신고금액 또는 그에 근거한 중국 안휘성 정부의 현물출자 승인금액이 과대평가되었음은 앞서 본 바와 같고, 원고가 제출한 감정평가서(갑 제18호증의 1, 2)상의 평가금액은 감정평가 당시의 이 사건 생산시설을 원가법에 따라 계산한 것에 불과하여 이 사건 생산시설 외에 다양한 무형적 권리 등이 포함되어 있는 이 사건 주식의 취득 당시 시가와 동일하게 평가할 수 없으며, 달리 이 사건 주식의 취득 당시 시가를 산정할 수 있는 아무런 자료가 없다. 한편, 원고는 국제조세조정에 관한 법률 제5조 에서 정상가격 산출하는 방법을 열거하여 규정하고 있으므로 정상가격을 산출함에 있어 상속세 및 증여세법에서 규정하고 있는 보충적 평가방법을 사용할 수 없다고 주장하나, ① 국제조세조정에 관한 법률 제5조 에서 규정하는 산출방법이 거래 사례가 없거나 원가를 산정할 수 없는 주식에 대하여는 여전히 적용되기 어려워 보이는 점, ② 국제조세조정에 관한 법률 제5조 제6호, 같은 법 시행령 제4조 제3호는 '기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법'을 정상가격 산출방법으로 규정하고 있어 거래 물품의 다양성 및 유연성에 대비하고 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하면 상속세 및 증여세법에서 규정하고 있는 보충적 평가방법(시가 → 재취득가액 → 장부가액을 순차로 적용) 역시 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법으로서 고려될 수 있다고 보인다. 위와 같이 법인세법이 아닌 상속세 및 증여세법에 따라 이 사건 주식의 가치를 산정할 경우에는 사업개시 전인 이 사건 법인의 순자산가치를 발행주식 총수로 나눈 금액이 1주당 가액이 된다고 할 것이고(상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항, 제2항), 이 사건 법인의 순자산가치는 이 사건 법인의 유일한 자산인 이 사건 생산시설의 가치가 곧 이 사건 주식의 가치가 된다고 볼 수도 있으나, 여전히 이 사건 생산시설의 시가 또는 재취득가액이나 장부가액을 알 수 있는 명확한 자료가 없다{원고가 제출한 감정 평가서(갑 제18호증의 1, 2)상의 명가금액은 감정형가 당시의 이 사건 생산시설을 원가법에 따라 계산한 것에 불과하여 이를 두고 바로 경쟁시장에서 특수관계 아닌 자와 정상적인 거래관계에서 자유의사에 의해 형성되는 이 사건 생산시설의 시가 또는 재취득가액으로 볼 수는 없고, 이 사건 생산시설에 관한 이 사건 법인의 장부가액 역시 앞에서 본 바와 같이 과대평가되어 기재되어 있는 이상 이 사건 생산시설에 대한 정당한 장부가액이라고 볼 수 없다}. 결국 이 사건 주식 또는 이 사건 생산시설을 평가할 수 있는 자료가 불분명한 이상 원고에 대한 정당한 법인세를 과세하기 위한 과세표준을 확정할 수 없다 할 것이어서 이 사건 처분은 그 전부를 취소하지 않을 수 없다.