업무와 관련된 운영자금으로 사용되었음이 인정되어 사외유출되었다고 보기 어려움

사 건 2012구합15914 법인세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 중부지방국세청장 변 론 종 결

2014. 1. 8. 판 결 선 고

2014. 1. 22.

1. 피고가 2010. 11. 25. 원고에 대하여 소득자를 곽BB(주민등록번호 OOOOOO-OOOOOOO, 주소 OO시 O구 OO동 683 OO마을 OO2차OOO 201-201)로 하여 한 2007 사업연도 귀속 OOOO원의 소득금액변동통지 중 OOOO원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2010. 11. 25. 원고에 대하여 소득자를 곽BB(주민등록번호 OOOOOO-OOOOOOO, 주소 OO시 OO구 OO동 683 OO마을 OO2차OOO 201-201)로 하여 한 2007 사업연도 귀속 OOOO원의 소득금액변동통지 및 별지 소득금액변동통지 내역표 기재 각 소득금액변동통지를 취소한다.

• 가. 원고 1) 는 1998. 4. 3. 신약개발 및 신약품의 생산, 판매사업 등을 목적으로 설립 된 회사로서 2006. 5. 31. 코스닥 상장업체인 주식회사 CCC(이하 'CCC'라 한 다) 2) 와 사이의 주식교환계약을 통해 원고 발행의 주식을 모두 CCC에게 양도하는 한편 CCC가 신규로 발행하는 기명식 보통주식 28,713,901주를 원고의 주주들이 그 각 보유비율에 따라 인수하여 원고가 CCC의 자회사가 되는 방법으로 코스닥시장에 우회상장(이하 '이 사건 우회상장'이라 한다)하였다. 한편, 곽BB는 2005. 3. 29. 부터 현재까지 원고의 대표이사이다.
• 나. 원고는 2007. 3.경 'DD'를 운영하는 이EE으로부터 공급가액 합계 OOOO원의 매입세금계산서(이하 '제1세금계산서'라 한다)를 교부받고, 2008. 2. 5.부 터 같은 해 5. 30.까지 사이에 이 사건 우회상장과 관련하여 원고를 자문해 주었던 주식회사 GGG인베스트먼트(이하 'GGG'라 한다) 3) 로부터 공급가액 합계 OOOO원의 매입세금계산서 3매(이하 '제2세금계산서'라 하고, 제1세금계산서와 함께 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 위 각 세금계산서 상의 공급가액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.
• 다. 피고는 2009. 8. 28.부터 같은 해 10. 26.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수취한 허위의 세금계산서라는 사실을 확인하고, 2010. 11. 25. 제1세금계산서 상 공급가액 OOOO원을 대표이사 곽BB에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 '제1처분'이라 한 다) 및 제2세금계산서 상 공급가액 OOOO원을 별지 소득금액변동통지 내역표 기재와 같이 원고의 주주들에게 배당한 것으로 소득 처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 '제2처분'이라 한다)를 하였다.
• 라. 원고는 제1, 2처분에 불복하여 2011. 2. 22. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2012. 9. 6. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 3, 6호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 1)원고가 이EE으로부터 물품을 공급받지 아니한 채 허위의 제1세금계산서를 교부받고 그 대금을 선지급한 것은 사실이나, 그 후 선 지급한 금액 중 일부는 실제 이EE으로부터 연구기자재 및 시약품 등을 납품받고 그 대금으로 정산하였고, 나머지는 이EE으로부터 반환받은 후 다른 곳으로부터 연구기자재를 구입하고 그 대금으로 사용하는 등 모두 원고의 업무와 직접적으로 관련된 용도에 사용하였으므로, 위 금액이 사외로 유출되었다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 제1처분은 위법하다.

2. 이 사건 우회상장은 원고와 CCC 사이의 주식의 포괄적 교환을 통해 이루어졌는데, 이는 민법상 '주식의 교환'과 달리 기존 주식의 처분·이전이 강제된다는 점에서 합병과 유사하고, 위와 같은 주식의 포괄적 교환 및 우회상장은 기업구조조정을 위한 업무의 일환으로서 행해지는 것이므로, 이를 수행하면서 지출한 자문수수료는 주주가 부담해야 할 비용이 아니라 원고가 부담해야 하는 비용이다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 제2처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 제1처분에 대하여

• 가) 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제67조, 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 등에 의하면, 법인이 경비를 가공 계상하는 방법으로 과세대상소득을 탈루하는 등으로 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하면 과세관청은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출 등으로 소득 처분하도록 규정하고 있는바, 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 가공비용의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 갑 제8호증, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 2007. 3.경 이EE으로부터 실물거래 없는 가공의 제1세금계산서를 수취하고 이EE에게 공급대가 합계 OOOO원을 일단 지급하였다가 2007. 3. 22.부터 같은 해 4. 9.까지 사이에 8차례에 걸쳐 위 OOOO원을 원고의 대표이사 곽BB의 둘째 형 곽II이 운영하는 주식회사 JJJ 명의의 계좌 등 곽BB와 개인적으로 친분이 있는 사람들 명의의 계좌 또는 자기앞수표 등으로 돌려받은 사실, ② 곽BB는 위와 같이 이EE으로부터 돌려받은 금원 중 OOOO원은 연구기자재 구입 등 원고의 업무와 관련된 운영자금으로 사용하였으나, 나머지 OOOO원은 곽BB의 개인적인 채무변제 등에 사용한 사실이 인정되고, 갑 제7 내지 19호증을 비롯하여 원고가 제출한 모든 증거를 고려하여도 위 OOOO원 역시 부외거래 등을 통해 모두 원고의 운영자금으로 사용되었음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 제1처분은 OOOO원의 범위에서 적법하고 이를 초과하는 부분은 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이러한 범위 내에서 이유 있다.

2. 제2처분에 대하여

• 가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제67조 및 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호에 의하면, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 법언세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우로서 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로, 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속 자에 대한 상여로 처분한다고 규정되어 있다.
• 나) 살피건대, 갑 제4 내지 6호증, 을 제5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고의 대표이사이자 최대주주인 곽BB는 원고의 주식을 우회상장하기 위하여 GGG의 대표이사인 노KK에게 우회상장을 의뢰하였고, 이에 따라 노KK이 원고와 CCC 사이의 포괄적 주식교환을 통한 우회상장을 추진하여 이 사건 우회상장이 이루어지게 된 사실, ② 그 후 곽BB는 2006. 11. 21. 노KK과 사이에 노KK이 이 사건 우회상장이 이루어지도록 우회상장 및 중개 등의 용역을 곽BB로부터 위임받았고 위 용역 업무를 수행하는 과정에서 발생한 비경상적인 비용을 곽BB를 대신하여 지급하였기에 곽BB는 노KK에게 노KK이 대신 지급한 OOOO원 및 이로 인한 손실액 OOOO원(위 OOOO원에 대한 월 2%에 해당하는 이자비용)을 2006. 11. 30.까지 지급하되, 곽BB가 보유한 CCC의 보통주인 1,170,095주를 한 주당 OOOO원에 계산하여 곽BB의 보호예수가 풀리는 시점에서 노KK에게 즉시 현물로 지급하여 명의개서를 해준다는 약정(이하 '제1차 약정'이라 한다)을 체결한 사실, ③ 그런데 제1차 약정에 따라 곽BB가 원고 노KK에게 명의개서 해주기로 한 CCC의 주식이 3년간 보호예수되어 이를 곧바로 원고 노KK에게 양도할 수 없게 되자, 곽BB는 2007. 7. 24. 노KK과 사이에 이 사건 우회상장을 위하여 CCC의 경영진에게 지급된 경영권 프리미엄 OOOO원, 노KK에게 지급될 자문수수료료 OOOO원, 노KK이 소명한 손실보존요청액 OOOO원 합계 OOOO원을 CCC가 발생한 해외워런트로 지급한다는 내용으로 제1차 약정을 변경하는 약정(이하 '제2차 약정'이라 한다)을 체결한 사실, ④ 곽BB는 2008. 2.경 원고의 팀장이었던 이LL에게 제2차 약정 상 지급하여야 할 금액 중 경영권 프리미엄 OOOO원으로 지급하여 야 할 금액에 대하여 노KK이 경영하는 GGG에 실질 수입이 OOOO원이 되도록 법인세 등을 감안하여 OOOO원 정도를 지급하라고 지시하였고, 이에 따라 원고는 GGG로부터 제2세금계산서를 교부받고 자문수수료 명목으로 합계 OOOO원을 지급해주었던 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면, 위 OOOO원은 실제 이 사건 우회상장 당시 CCC의 주주들에 대한 경영권 프리미엄을 보상하는 데에 사용되었고, 위와 같은 경영권 프리미엄은 위 우회상장 당시 주식의 포괄적 교환을 통하여 CCC의 주식을 그 지분 비율에 따라 취득한 원고의 주주들이 그 주식에 대한 대가 중 일부로서 부담하여야 하는 비용으로 봄이 상당하다(앞서 본 바와 같이 실제 원고의 대표이사이자 최대주주인 곽BB도 노KK에 대하여 경영권 프리미엄으로 사용된 OOOO원을 개인적으로 상환해 주겠다고 수차례 약정하였다). 따라서 원고가 원고의 주주들이 부담하여야 할 비용을 대신하여 지급한 이상 위 OOOO원은 사외에 유출된 것이 분명한 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원래 상호는 '주식회사 CCC'였으나 2011. 3. 25. 현재의 상호로 변경되었다 2) 원래 상호는 '주식회사 FFF'였으나 2006. 5. 31. 원고와의 주식교환으로 원고의 모회사가 된 후 같은 해 11. 8 상호를 '주식회사 CCC파마'로 변경하였다가 2010. 3. 30. 현재의 상호로 변경하였다. 3) 원래 상호는 'HHH'였으나 2008. 3. 31. 현재의 상호로 변경되었다.