겸영사업자의 공통매입세액 안분공제와 정산

사 건 2012구합15440 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 이천세무서장 변 론 종 결

2013. 10. 30. 판 결 선 고

2013. 12. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2012. 2. 20. 원고에 대하여 한 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 BBB(이하 'BBB'라 한다)는 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 백화점 및 대형할인매장 등을 운영하는 사업자인바, 2006.경부터 2008.경까지 OO시 OO동에 전국 각지에 산재해 있는 원고의 각 매장에서 판매하는 물품의 물류저장창고 역할을 수행하는 OO물류센터(이하 '이 사건 사업장'이라 한다)를 설립·운영하였다.
• 나. BBB는 2005. 1. 1.부터 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법'이라 한다) 제5조 제2항에 따른 사업자단위과세 사업자로서, 이 사건 사업장의 설립·운영과 관련하여 발생한 공통매입세액(과세사업과 면세사업에 공통으로 사용·소비되는 비용)을 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령 령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하 ' 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제61조 제4항 제1호에 따라 안분·계산하여 이 사건 사업장에 대한 2006년 제2기부터 2008년 제1기까지의 부가가치세를 각 신고·납부하였으나, 그 후 2008. 6. 20. 이 사건 사업장을 부가가치세법 제5조 제1항 에 따라 부가가치세법상 사업자로 등록한 후 같은 달 30. 주 사업자 총괄납부 승인을 받았다.
• 다. 그 후 이 사건 사업장의 대표자인 이CC은 2009. 1. 25. 피고에게 2008년 제2기 부가가치세 확정 신고를 하면서, 2008년 제2기 공통매입세액을 이 사건 사업장을 비롯하여 BBB가 운영하는 대형할인매장 전체의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 면세사업 관련 매입세액을 안분·계산(이하 면세사업 관련 매입세액의 안분·계산을 위한 비울을 '면세율'이라 한다)하고, 2006년 제2기부터 2008년 제1기까지의 공통매입세액 역시 아래 <표> 기재와 같이 대형할인매장 전체를 기준으로 산정한 면세율을 적용하여 부가가치세법 시행령 제61조의2 에 따른 정산을 하였다. <표> 판결문 3쪽 참조
• 라. 2011. 5. 3. BBB로부터 대형할인매장 사업을 분할하여 신설된 법인으로서 BBB의 권리·의무를 포괄적으로 승계한 원고는, 2012. 1. 25. 피고에게, 면세사업 관련 매입세액은 전체 사업장이 아닌 이 사건 사업장만을 기준으로 산정한 면세율에 따라 안분·계산하여야 하고, 면세용을 산정함에 있어서도 '공답가액'이 아닌 '물동량'을 기준으로 하여야 하는데, 그와 같이 산정할 경우 이 사건 사업장의 면세율은 5% 미만인 2.21%에 불과하므로 결국 2006년 제2기부터 2008년 제2기까지 발생한 공통매입세액 (이하 '쟁점 매입세액'이라 한다)은 부가가치세법 시행령 제61조 제3항 제1호 에 따라 전액 공제되어야 한다는 이유로 2008년 제2기 부가가치세 OOOO원을 환급해 달라는 취지의 감액경정청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)를 하였다.
• 마. 피고는 2012. 2. 20. 쟁점 매입세액을 이 사건 사업장에서 발생하는 매출만을 위한 비용으로 볼 수 없고, 면세율 또한 과세물품과 면세물품의 '공급가액'을 기준으로 산정하여야 한다는 이유로 원고의 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분' 이라 한다)
• 바. 원고는 2012. 4. 6. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 같은 해 8. 23. 기각결정을 받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 주장 원고는 2006년 제2기, 2007년 제1, 2기, 2008년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구를 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구기간(3년)이 도과된 후인 2012. 1. 25. 하였으므로, 위 경정청구는 부적법하고, 결국 이 사건 처분 중 위 각 부가가치세에 관한 부분은 부적법한 경정청구에 대한 답변에 불과하여 행정처분에 해당하지 않는다.
• 나. 판단 살피건대, 이 사건 경정청구의 대상이 20081견 제2기 부가가치세인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 경정청구가 2006년 제2기 내지 2008년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구임을 전제로 한 피고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다[덧붙여, 원고는 이 사건 사업장에 대한 면세율이 2008년 제2기에서야 비로소 확정되었다며 부가가치세법 시행령 제61조의2 규정에 따라 면세율이 확정된 과세기간인 2008년 제2기의 부가가치세를 확정 신고하면서 그 이전까지 신고·납부한 공통매입세액을 정산하였는바, 관계법령상 위와 같은 공통매입세액의 정산시기에 제한을 두고 있지 않을 뿐만 아니라('면세율이 확정되는 과세기간'에 정산한다고 규정되어 있을 뿐이다), 피고의 주장과 같이 공통매입세액의 정산으로 이미 확정·납부된 2006년 제2기 내지 2008년 제1기 부가가치세가 경정된다고도 볼 수 없다].

• 가. 원고의 주장 이 사건 사업장에서 발생한 공통매입세액은 전체 대형할인매장의 평균 면세율이 아닌 이 사건 사업장만의 면세율에 따라 안분·계산되어야 하고, 이 사건 사업장과 같이 물류대행업과 상품공급업을 겸영하는 경우에는 그 공급가액의 기준이 서로 상이하여(물류대행업의 경우 '수수료', 상품공급업의 경우 '상품가액') '공급가액'의 비율에 따라 일률적으로 면세율을 산정하는 것은 불합리하므로, 과세물품과 면세물품의 '물동량'을 기준으로 하여 면세율을 산정함이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 부가가치세법 제4조 제1항, 제6조 제2항, 부가가치세법 제15조 제2항 은, 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하며, 룰 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타언에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제6호, 제7항, 같은 법 시행령 제61조 제1항, 제3항 제1호는, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매임세액의 경우에는 원칙적으로 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하고, 그 비율이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액은 전액 공제되는 매입세액으로 한다고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제1호, 제61조의2 제1호는, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 총 매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율로 공통매입세액을 안분·계산하고, 이 경우 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정 신고하는 때에 공통매입세액을 정산하되, 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분·계산하여 정산하도록 규정하고 있다.

2. 위 각 규정의 문언내용과 입법취지 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 부가가치세는 원칙적으로 각 사업장별로 납부하도록 되어 있을 뿐만 아니라 사업장 사이의 내부거래 또한 부가가치세법상 독립적인 재화와 용역의 공급으로 보고 있으므로, 공통매입세액 역시 당연히 각 사업장별로 계산하고 그 안분도 각 사업장별 총 공급가액에서 과세공급가액 및 면세공급가액이 차지하는 비율을 기준 으로 하여야 할 것인 점, ② 한 사업자의 복수 사업장들이 행하는 경제적 거래는 어떤 식으로든 그 경제적 효과가 다른 사업장에 직·간접적으로 미칠 수밖에 없어 경제적 효과라는 개념을 도입하게 되면 사업장별 과세의 원칙이 붕괴될 수밖에 없으므로, 사업장별 과세의 원칙은 그 경제적 효과에 관계없이 해당 개별 사업장이 주체가 되어 공급한 가액과 공급받은 가액을 기준으로 그 사업장의 부가가치세 납부의무를 결정하는 것이 타당한 점, ③ 이 사건 사업장은 그 자체로서 원고의 다른 판매 사업장과 독립하여 독자적인 재화와 용역의 공급기능을 수행하고 있으며, 쟁점 매입세액 또한 이 사건 사업장에서만 발생하고 이 사건 사업장을 유지하고 운영하기 위한 것으로서 장소적으로도 이 사건 사업장과 연관되어 공급된 것일 뿐만 아니라 그 귀속주체 또한 이 사건 사업장임이 명백한 점 등을 종합하여 보면, 쟁점 매입세액의 안분·계산은 전체 대형 할인매장이 아닌 이 사건 사업장만의 면세율에 따라 안분·계산하여야 할 것이다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 사건 참조). 그러나 앞서 본 바와 같이 부가가치세법 제17조 제2항, 제6항 및 그 위임에 따른 시행령 제61조 제4항 제1호, 제61조의2 제1호는 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분·계산함에 있어서 면세율은 당해 과세기간의 총 '공급가액'에 대한 면세사업 '공급가액'의 비울에 의하여 계산하도록 규정하고 있을 뿐, 물류대행업이나 상품공급업 등과 같은 사업형태에 따라 별도의 합리적인 기준으로 면세율을 산정·적용하도록 규정하고 있지는 않으므로, 쟁점 매입세액 역시 이 사건 사업장의 총 공급가액에 대한 면세사업 공급가액의 비율로 안분·계산하여야 하고, 이와 달리 '물동량' 등 다른 기준에 의해 면세율을 산정·적용할 수는 없다 할 것이다(대법원 2001. 7. 13. 선고 99 두11615 판결 참조). 나아가 원고는 면세율을 총 공급가액에 대한 면세사업 공급가액의 비율로 산정할 경우 이 사건 사업장만의 면세율이 당초 신고 시의 면세율과 차이가 있다는 점에 대하여는 어떠한 주장·입증도 하지 않고 있다. 따라서 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 보이지 않으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.