소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 되어 구 조세특례제한법상의 중소기업에 해당하지 않게 된 것임

사 건 2011구합16149 법인세부과처분취소 원 고 XX소재 주식회사 피 고 용인세무서장 변 론 종 결

2012. 5. 25. 판 결 선 고

2012. 6. 22.

1. 원고의 이 사건 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 2. 14. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 법인세 000원, 2007년 귀속 법인세 000원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 XX전자 주식회사(이하 ’XX전자’라고 한다)가 자본금 100%를 출자하여 2005. 6. 20. 설립한 기업으로서 전기부품 접착재료 제조업 등을 영위하는 법인인데, 2006년, 2007년 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법상 중소기업에 대한 조세특례 및 연구 • 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하여 법인세를 감면 • 공제받았다.
• 나. 피고는, 원고가 구 조세특례제한볍 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제3호, 개정된 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 제3조 제2호의 규정에 의한 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하여 2006년 사업연도부터 중소기업에 해당되지 아니하게 되었다고 보아 조세특례제한법상 중소기업 관련 세액 감면 및 공제 규정의 적용을 배제하고 2011. 2. 14. 원고에게 2006년, 2007년 귀속 법인세 각 000원과 000원을 경정 • 고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2011. 5. 6. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2011. 11. 30. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 ’원고의 주장’ 부분에서 같다) 제2조 제1항은 중소기업 관련 조세특례 등의 대상이 되는 중소기업의 범위에 관하여 규정하면서 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것을 요구하고 있고, 같은 조 제5항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소 기업에 해당하지 아니하게 된 때도 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업 관련 조세특례가 적용되도록 규정하고 있다. 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 및 별표 2는 중소기업의 실질적 독립성의 기준에 관하여 규정하면서 같은 령 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식총수의 100분의 30이상을 소유하는 기업이 아닐 것을 요구하고 있는데, 제3조 제l호 나목은 ’나. 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 000원 이상인 법인’이라고 규정되어 있었다. 그런데 중소기업기본법 시행령이 2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정 되면서 제3조 제l호 나목이 ’나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시 된 자산총액을 말한다)이 000원 이상인 법인’이라고 개정되어 결국 위와 같이 개정된 중소기업기본법 시행령은 중소기업의 요건으로서 상장법인인지지 여부에 상관없이 자산총액이 000원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것을 요구하고 있다. 원고의 모회사인 XX전자는 비상장법인으로서 2004. 12. 31. 현재 대차대조표상 자산총액은 000원이지만 2005. 12. 31. 현재 대차대조표상 자산총액은 000원이 되었다. 따라서 2005년 사업 연도와 달리 2006년 사업 연도의 경 우 원고는 개정된 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것)이 적용되어 구 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않게 되었는바, 이는 구 조세특례제한법 제2조 제5항 에 의하여 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 된 때로서 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도인 2006년 도는 물론 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 간주되어 중소기업 관련 조세특례 가 적용되어야 한다. 만약 원고에 대하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 적용되지 않는다고 한다면 비상장법인으로서 자산총액이 000원 이상인 모회사의 자 회사는 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것)의 개정에도 불구하고 중소기업으로서의 조세특례를 받는 반면, 원고의 경우와 같이 모회사가 자산총액이 000원 미만이었음에도 중소기업 조세특례를 받지 못하는 불합리 한 경우가 발생하여 조세공평주의에 위반된다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 적용되지 않는다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장 원고의 경우 모기업인 XX전자가 2005. 12. 31. 기준 자산총액이 000원을 초과하게 되어 당시 시행중이던 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것) 제3조 제2호의 적용을 받아 소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 되어 2006년 사업연도부터 중소기업에 포함되지 못한 것에 불과한 것이지, 중소기업기본법 시행령의 별표의 개정으로 중소기업에 해당하지 않게 된 것이 아니다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항은 ’ 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다’라고 규정하고 있다. 그러나 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되었고, 부칙〈제19329호, 2006. 2. 9.> 제2조 제1항에서는 ’법인세에 관한 개정규정은 법률 제7839호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있으며 구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정된 것)은 부칙 제1조에서 ’이 법은 2006. 1. 1.부터 시행한다’고 규정하고 있으므로, 2006년 및 2007년 사업연도의 법인세의 산정에 있어서는 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항이 적용되어야 할 것이다. 따라서 이 사건에 있어서 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 의 규정이 적용 되더라도 이는 원고가 주장하는 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것)의 해당 규정이 적용되는 것이 아니라 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것)의 해당 규정이 적용된다고 할 것이다.

(2) 그런데 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항은 ’ 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도 까지 중소기업으로 본다’라고 규정하여 중소기업으로 보는 요건을 그 이전의 시행령 제2조 제5항과 달리 요구하고 있으므로, 이에 따라 원고가 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 언하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에 해당하는지 여부를 살펴보아야 할 것이다.

(3) 한편 법인세 산정과 관련한 법령이 그 적용 사업연도에 관하여 별다른 부칙규정을 두지 않았을 경우, 법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료시에 완성하고, 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세 기간 종료 후에 이루어지므로, 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정되는 것이 원칙이다 (1996. 7. 9. 선고 95누13067 판결 참조). 이 사건 과세기간에 적용되는 중소기업기본법 시행령은 각 2006년, 2007년 사업 연도의 경우 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되고, 2007. 9. 10. 대통령령 제20260호로 전부개정되기 전의 것) 및 구 중소기업기본법 시행령(2007. 9. 10. 대통령령 제20260호로 개정되고, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 전부개정되기 전의 것)이 될 것인데, 위 각 구 중소기업기본법 시행령의 해당 규정을 살펴보면, 별표 1은 같은 시행령 제3조 제l항과 관련하여 중소기업으로 분류되기 위한 해당법인 자체의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준을 정한 것에 불과하고, 동 시행령 제3조 제2호 별표 2가 해당법인의 소유 및 경영의 실질적인 독립성의 판단과 관련하여 모기업의 기준을 정하고 있을 뿐이다.

(4) 결국 원고의 주장처 럼 2005년 사업 연도와 달리 2006년, 2007년 사업 연도의 경우 개정된 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정된 것)이 적용되는 바람에 구 조세특례제한법상 중소기업에 해당하지 않게 된 것이라고 하더라도, 이는 원고가 위 시행령 제3조 제2호 별표 2가 요구하는 소유 및 경영의 실질적인 독립성 요건을 만족하지 못하게 되었기 때문인 것이지 위 시행령 제3조 제1호 별표 1의 요건이나 그 개정 여부에 의하여 중소기업으로 분류되지 못한 것은 아니다. 따라서 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항이 이 사건에 적용될 여지는 없다. 따라서 구 조세제한특례법 제2조 제5항의 적용을 전제로 한 원고의 주장은 이 사건 처분의 적법성 여부를 다툴만한 사정이 되지 못하여 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.