부동산 공급업 영위법인으로 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않음

사 건 2011구합1543 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 XX디엔씨 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 6. 23. 판 결 선 고

2011. 7. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 11. 1. 원고에 대하여 한 법인세 467,624,910원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 6. 11. 주택 및 상가 건설업, 부동산 분양 및 대행업, 부동산 매매 및 임대업, 부동산 개발업, 부동산 상담 및 부동산 컨설팅업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2003. 7. 14.부터 2006. 10. 2.까지 수원시 AA구 AA동 1116-5 지상에 오피스텔 건물을 신축·분양하였다.
• 나. 원고는 2007 사업연도에 3,278,180,210원의 결손이 발생하자 2008. 6. 19. 그 사 업의 주된 업종을 건설업이라고 하면서 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 법인세법’이라 한다) 제72조 제1항에 규정된 ’결손금 소급공제에 의한 환급’으로서 2006 사업연도에 납부한 법인세의 환급을 신청하여 피고로부터 403,577,200원을 환급받았다.
• 다. 피고는 2009. 11. 1. 원고에 대하여, 원고는 건설업이 아니라 부동산 공급업을 영위하는 기업으로서 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ’개정 법인세법’이라 한다) 제72조 제5항 제2호에 따라 원고가 환급받은 법인세액 403,577,200원에 그에 대한 이자상당액 64,047,710원을 가산한 467,624,910원을 해당 결손금이 발생한 2007 사업연도의 법인세로서 징수하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 2003. 6. 12. 건물신축판매업으로 사업자등록을 한 후 업무용 오피스텔을 신축하기로 하고 토지매입, 설계, 인허가, 모델하우스 건립, 분양업무 뿐만 아니라 사용 승인 후에는 입주관리, 하자보수 등의 건물관리활동도 하는 등 건물을 신축, 증축, 재축, 개축하는 산업활동을 직접 수행하였는바, 이는 건물 건설업에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 업종이 부동산 공급업에 해당한다고 판단한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 원고가 결손금 소급공제에 의한 환급을 받은 2008. 6. 19. 당시 시행 중이던 구 법인세법 및 그 시행령에는 결손금 소급공제의 대상법인이 아닌 자가 법인세를 환급받은 경우 이를 다시 정수할 수 있는 근거규정을 마련해두지 않아 그와 같은 경우에도 과세관청이 이를 징수할 수 없었다. 대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두13506 판결에서도 결손금 소급공제 대상이 아닌 법인이 결손금 소급공제에 의한 환급을 받은 경우 환급세액의 정수와 계산에 관한 구 법인세법 제72조 제5항 및 같은 법 시행령 제110조 제6항을 적용하여 이를 징수할 수 없다는 취지로 판시하였다. 그런데 2009. 1. 1.부터 시행된 개정 법인세법에 결손금 소급공제의 대상인 중소기업에 해당하지 아니하는 자가 법인세를 환급받은 경우 그 환급세액에 이자상당액을 가산하여 징수하는 근거규정이 마련되고(개정 법인세법 제72조 제5항 제2호) 같은 법 부 칙 제9조에서 ”제72조 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용한다”고 정하면서, 피고는 이러한 부칙규정에 따라 이 사건 처분에 이르게 되었는데, 이는 이마 종결된 과세요건사실에 대하여 개정된 조세법령을 적용하는 것으로서 소급과세금지의 원칙에 어긋나 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련규정 및 그 해석

• 가) 구 법인세법 제72조 제1항, 제25조 제1항 제1호의 위임을 받아 결손금 소급공제가 적용되는 ’중소기업’의 범위에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항은 위 ’중소기업’은 구 조세 특례제한법 시행령(2007. 9. 6. 대통령령 제20244호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조의 규정에 의한 기업을 말한다고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 은 ’중소기업’에 관하여 ”제조업(제조업과 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 포함한다), 광업, 건설업, 엔지니어링사업 등” 다수의 사업을 열거하면서 그 열거된 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 일정 요건을 모두 갖춘 기업이라고 규정한다.
• 나) 한편 구 조세특례제한법(2007. 4. 11. 법률 제8347호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항은 조세특례제한법에서 사용되는 업종의 분류는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 위임하였고, 2007. 12. 28.자 통계청 고시 제2007-53호로 고시된 한국표준산업분류는 ① ’건설업’을 세분하여 분류하면서, ’종합건설업(45)’, ’건물 건설업(452)’, ’비주거용 건물 건설업(4522)’의 계통 아래에 ’사무 및 상업용 건물 건설업 (45221)’을 규정하여 ’사무 및 상업용 건물을 건설하는 산업활동을 말한다’고 정의하고 ’다른 건설업체에 위탁하여 건설한 후 직접 분양하는 경우(7012, 부동산 공급업)’를 이 에서 제외하였고, ② 이와는 별도로 ’부동산 및 임대업’을 세분하여 분류하면서, ’부동 산 공급업(7012)’을 ’부동산업(70)’ 중 ’부동산 임대 및 공급업(701)’의 하나로 들면서 ’직접 개발한 농지·택지·공장용지 등의 토지와 타인에게 도급을 주어 건설한 건물 등을 분양·판매하는 산업활동을 말한다. 구입한 부동산을 임대 또는 운영하지 않고 재판매하는 경우도 여기에 포함된다.’고 정의하고 있다. 이와 같이 한국표준산업분류는 ’다른 건설업체에 위탁하거나 타인에게 도급을 주어 건설한 건물 등을 분양·판매하는 경우’를 ’사무 및 상업용 건물 건설업(45221)’이 아닌 ’부동산 공급업(7012)’으로 분류하고 있다.
• 다) 한편, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).
• 라) 이러한 법리 아래 앞서 본 관련규정의 내용을 종합하여 보면, 결손금 소급공제의 대상인 ’사무 및 상업용 건물 건설업(45221)’을 영위하는 중소기업에 해당하려면 ’사 무 및 상업용 건물을 건설하는 산업활동’에 종사하여야 하고, 그 건물을 다른 건설업체 에 위탁하거나 타인에게 도급을 주어 건설한 다음 이를 분양하는 경우에는 ’부동산 공급업(7012)’을 영위한 것으로 보아야 한다.

2. 원고의 사업이 건설업에 해당하는지 여부 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거와 갑 제6 내지 22호증, 을 제3호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 7. 14.부터 2006. 10. 2.까지 수원시 AA구 AA동 1116-5 지상에 오피스텔 건물을 신축·분양하면서, 사업 기획 및 설계, 인허가, 모델하우스 시공, 홍보, 준공 등은 직접 시행하고, 나머지 공사는 XX기업 주식회사에 도급을 주어 XX기업 주식회사가 오피스텔의 건설공사를 직접 수행한 사실, 원고의 2006 사업연도 분양원가명세서에 의하면 당해 사업연도의 경비 14,299,282,363원 중 기타 비용(XX기업 주식회사에 대한 공사비로 보인다)만 14,257,902,663원으로 경비의 대부분을 차지하고 있는 사실, 원고가 2006 사업연도에 노무비를 지출한 적은 없는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실관계에 나타난 원고 의 전체 공정 관여 정도, 원고와 XX기업 주식회사의 의사 등에 비추어 보면, 원고가 2006 사업연도에 실시하였다는 오피스텔 신축·분양사업은 ’사무 및 상업용 건물 건설업(45221)’이 아니라 사무용 건물을 분양·판매하는 것을 주된 사업으로 하는 ’부동산 공급업(7012)’이라 할 것이므로, 원고가 2006 사업연도에 영위한 업종이 건설업에 해당 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 개정 법인세법 부칙 제9조 규정이 소급과세금지의 원칙에 어긋하는 것인지 여부 국민의 납세의무와 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조와 제59조를 실질적 법치주의의 요청에 비추어 고찰하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법의 조항은 그 공포시행 이후에 과세요건이 발생하거나 충족되는 경우에 한하여 적용될 수 있으며, 국가의 과세권은 납세의무자인 국민이 과세요건을 실현하는 행위 당시의 세법규정에 의해 예상할 수 있었던 법적 효과보다 불리한 처분을 할 수 없음이 원칙이다. 다만 이러한 원칙에 대하여는 과세요건을 실현하는 행위 당시의 납세의무자의 신뢰가 합리적 근거를 결여하여 이를 보호할 가치가 없는 경우, 그보다 중한 조세공평의 원칙을 실현하기 위하여 불가피한 경우 또는 공공복리를 위하여 간절한 필요가 있는 경우에 한하여 법률로써 그 예외를 설정할 수 있다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결 참조). 살피건대, 개정 법인세법 부칙 제9조는 결손금 소급공제의 대상인 중소기엽에 해당하지 아니하는 자가 법인세를 환급받은 경우 그 환급세액에 이자상당액을 가산하여 징 수하는 내용의 신설규정(개정 법인세법 제72조 제5항 제2호)을 위 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용한다고 규정함으로써 개정 법인세법 시행 전에 이미 위 개정규정에 따른 환급세액 징수의 요건사실이 완성되어 있는 자에 대하여도 소급하여 환급세액을 정수하도록 하고 있다. 그런데 개정 법인세법이 시행되기 전 구 법인세법에 의하더라도 해당 사업연도에 결손금 소급공제 대상 중소기업에 해당하지 아니하는 사업을 영위한 경우에는 여전히 결손금 소급공제에 의한 환급을 받을 수 없었던 사정에는 변함이 없었고, 결손금 소급 공제의 대상인 중소기업에 해당하지 아니한 자가 법인세를 환급받았다면 이는 실제로 환급되어서는 안 되는 금액이 환급된 경우이므로 그 환급세액을 다시 징수할 것이 당연히 요구되는데도 구 법인세법에는 그와 같은 경우 그 환급세액과 그에 대한 이자상당액을 정수하도록 하는 별도의 조항이 없어서 조세법률주의의 원칙상 그 징수에 관하 여 명확한 근거법령을 둘 필요성이 제기되었고 이에 따라 개정 법인세법 제72조 제5항 제2호 규정이 신설된 것이다. 이와 같은 사정에 비추어 보면, 결손금 소급공제의 대상이 아닌데 법인세를 환급받은 법인이 그 환급대상이 아닌 것으로 밝혀졌음에도 당시 시행되던 구 법인세에 환급세액 징수의 근거규정이 없어서 환급세액을 다시 징수당하지 않으리라고 신뢰하였다 하더라도 그러한 신뢰는 합리적 근거를 결여한 것으로서 보호할 가치가 있는 신뢰라고 할 수 없고, 또한 구 법인세법상 결손금 소급공제의 대상이 아닌 자가 법인세를 환급 받았음에도 그 환급세액에 대한 징수의 근거조항을 마련한 개정 법인세법 시행 전에 환급결정이 있었다는 이유로 이를 징수하지 못한다면 같은 사업연도에 결손금 소급공제의 대상인 중소기업에 해당하지 않아 결손금을 직전 사업연도의 소득에서 공제받지 못한다른 법인세 납세의무자들과의 형평에 어긋나게 되는 등 조세공평의 원칙에도 위배된다. 그렇다면 개정 법인세법 부칙 제9조의 규정은 납세의무자의 신뢰가 합리적 근거를 결여하여 이를 보호할 가치가 없고, 또한 조세공평의 원칙을 실현하기 위하여 불가피한 경우에 해당하여 소급과세금지 원칙에 대한 예외로서 법률로써 납세의무자에게 불리한 신법의 적용을 허용한 경우라 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.