1세대가 2주택을 소유하다 1주택이 조합원입주권으로 전환된 경우 종전주택은 비과세특례 적용할 수 없음

사 건 2011구합10219 (2012.02.03) 원 고 송AA 피 고 동안양세무서장 변 론 종 결

2012. 1. 6. 판 결 선 고

2012. 2. 3.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2011. 1. 27.(소장의 2011. 2. 7.은 착오로 보인다) 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1983. 5. 26. 안양시 만안구 OO동 000-000 대 159㎡ 및 그 지상 단독 주택 60.83㎡(이하 ’이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하여 그 무렵부터 2009. 12. 2. 까지 거주하였다.
• 나. 한편 원고는 2003. 9. 26. 의왕시 OO동 000 OO아파트 00동 000호(이하 ’이 사건 재건축전아파트’라 한다)를 취득하였는데, 위 아파트에 관하여는 도시 및 주거환경정비법(이하 ’도정법’이라 한다)에 따라 재건축 사업이 진행되어 2002. 11. 4. 조합설 립인가를 받았다.
• 다. 그 후 이 사건 재건축전아파트는 2005. 5. 16. 사업시행인가, 2006. 12. 28. 관리 처분계획인가, 2007. 5. 11. 사업착공 및 2009. 11. 23. 준공인가를 거쳐 2010. 7. 7. 이 전고시가 이루어졌는데, 원고는 2006. 12. 28. 관리처분계획인가에 따라 재건축 아파트의 입주자(이하 ’이 사건 조합원입주권’이라 한다)로 선정되었고, 2009. 12. 3.부터 재건축된 의왕시 OO동 000 OOOO아파트 000동 0000호(이하 ’이 사건 재건축아파트’라 한다)에 세대원인 처 박FF과 입주하여 거주하고 있으며 2010. 9. 3. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 라. 원고는 2009. 5. 7. 재단법인 PPP선원에게 이 사건 종전주택을 매매대금 4억 원에 양도한 후 2009. 5. 26. 피고에게 이 사건 종전주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.
• 마. 이에 피고는 2010. 9.경 원고에게 원고가 이 사건 종전주택의 양도 당시 주택 수 에 포함되는 이 사건 조합원입주권을 보유하고 있어 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되지 않는다는 이유로 2010. 10. 8.까지 양도소득세를 수정신고·납부할 것을 통지하였 고, 원고는 2010. 10. 12. 양도소득세 107,038,910원(가산세 포함)을 수정신고·납부하였다.
• 바. 그 후 원고는 2010. 12. 14. 피고에게 이 사건 재건축전아파트에 대하여 2005 5. 16. 재건축 사업시행인가를 받았으므로 이 사건 조합원입주권은 주택 수에 포함되지 아니한다는 이유로 수정신고·납부한 양도소득세 107,038,910원의 환급을 구하는 경 정청구를 하였다.
• 사. 그러나 피고는 2011. 1. 27. 원고에게 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 및 부칙 제12조 제l항에 의거 2010. 9. 이 사건 종전주택 양도 당시 도정법 제48조에 의하여 2006. 12. 28. 관리처분계획인가를 받은 입주권을 보유하고 있어 1세대 1주택에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하 ’이 사건 거부처분’이라 한다)
• 아. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 4. 28. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1·2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1·2, 갑 제4, 5, 6, 9호증, 을 제1호증의 1·2, 을 제2호증, 이 법원의 의왕시장에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 구 소득세법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제156조의2 제4항 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하더라도 1세대 1주택에 해당한다 할 것인데, ① 원고 부부는 이 사건 종전주택을 취득하여 소유하는 1주택자로서, ② 그 주택을 양도하기 전에 이 사건 재건축전아파트를 소유하다가 2006. 12. 28. 관리처분계획인가로 이 사건 조합원입 주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 되었고, ③ 이 사건 조합원입주권 취득한 날로부터 2년이 지나 이 사건 재건축아파트가 완공된 후 2년 이내에 원고가 이 사건 종전주택을 양도하였으며, ④ 원고 세대원 전원이 재건축으로 취득하는 이 사건 재건축아파트에 그 완공된 후 2년 이내에 이사하여 1년 이상 거주하였다. 따라서, 이 사건 종전주택의 양도에는 구 소득세법 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항 에 규정된 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 하므 로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하다(원고는 경정청구와 조세심판청구에서는 이 사건 재건축전아파트에 관하여 2005. 5. 16. 재건축 사업시행인가를 받았으므로 이 사건 조합원입주권은 주택 수에 포함되지 아니한다는 주장을 하였다가 이 사건 소송에 이르러 이와 같이 변경하였다).
• 나. 관련 법령 별지 관련법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 소득세법이 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되면서 신설된 제89조 제2항 본문은 1세대가 주택과 도정법의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않도록 규정하면서(종래 2주택 보유자가 그중 1주택이 조합원 입주권으로 전환되어 1주택과 1조합원입주권을 보유하게 된 경우 주택과 조합원입주권 중 무엇을 먼저 양도하는지에 따라 1세대 1주택 비과세 적용 여부가 달라지는 문제가 있었다), 그 부칙 제12조 제1항에서 위 개정규정은 2006. 1. 1. 이후 최초로 도정법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용하도 록 규정하고 있으므로, 1세대가 주택과 도정법에 의한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우 도정법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분 계획 인가일이 2006. 1. 1. 이후라면 그 사업시행인가일이 2006. 1. 1. 이전이었다고 하더라도 구 소득세법 제89조 제2항 본문, 부칙 제12조 제1항에 따라 원칙적으로 1세대 1주택 비과세 특례를 받을 수 없다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13702 판결 참조).

(2) 다만, 구 소득세법 제89조 제2항 은 조합원입주권을 매개로 한 부동산 투기를 억제하는 한편, 1주택을 소유하다가 그 주택을 양도하고 다른 곳으로 거주를 이전하는 등의 경우를 세법상 보장하고, 일시적 1세대 2주택자에 대한 양도소득세 비과세 규정과의 형평을 맞추기 위하여 대체취득이나 거주 등 실수요 목적으로 조합원입주권을 취득한 1세대 1주택자에 대하여도 양도소득세를 비과세하고자 하는 취지에서 예외적으로 1세대가 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 보유하게 된 경우 1세대 1주택 비과세 특례를 규정하고 있다. 즉, 구 소득세법 제89조 제2항 단서는 ’도정법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 규정 중의 하나인 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항 (이하 ’이 사건 규정’이라 한다)은 ’국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 ① 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하여 l년 이상 거주 할 것, ② 위 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전 주택을 양도할 것의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다’고 규정하고 있다. 구 소득세법 제89조 제2항 단서와 이 사건 규정의 입법취지 및 문언내용, 대 체취득 목적 일시 1세대 2주택 비과세 규정(구 소득세법 시행령 제155조 제1항)과의 형평성을 맞춘 관련 규정인 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항, 제5항과 대응되는 조문체계, 이 사건 규정과 관련 규정의 개정경과 및 ’국내에 1주택을 소유한 1세대’라는 문언의 신설경위 등을 종합하면, 이 사건 규정의 ’국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입 주권을 소유하게 된 경우’라 함은 당초 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 그 주택을 양도하고 대체취득이나 거주등 실수요를 목적으로 취득한 주택이 도정법상의 주택재건축·재개발의 시행으로 조합원입주권으로 변경됨으로써 일시적으로 1주택과 1조합원 입주권을 소유하게 된 경우를 말한다고 봄이 상당하다.

(3) 원고 부부 1세대가 이 사건 종전주택과 이 사건 재건축전아파트 등 2주택을 보유하다가 그 중 이 사건 재건축전아파트가 2006. 1. 1. 이후인 2006. 12. 28. 도정법상의 재건축사업에 따른 관리처분계획인가로 조합원입주권으로 전환됨으로써 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 되었고, 2009. 11. 23. 이 사건 재건축아파트가 준공되어 2009. 12. 3. 원고 부부가 위 아파트에 입주하여 현재까지 1년 이상 거주하고 있는 한 편, 이 사건 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지난 후이면서 이 사건 재건축아파 트가 준공된 후 2년 이내에 이 사건 종전주택을 양도한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고와 같이 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 도정법에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획 인가로 조합원입주권으로 전환됨으로써 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우에는 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 대체취득이나 거주 등 실수요를 목적으로 조합원입주권을 보유함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우라고 할 수 없으므로, 이 사건 종전주택의 양도에 있어서는 구 소득세법 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항 의 비과세 특례를 적용할 수 없다(결국 이 사건 재건축전아파트가 2006. 1. 1. 이후에 관리 처분계획 인가되어 조합원입주권으로 전환되었고 그 후 이 사건 종전주택을 양도한 경우로서, 구 소득세법 제82조 제2항 본문이 적용됨에 따라 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 아니한다) 따라서 이와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 거부처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.