유지가 농지경영에 직접 필요한 양수장으로 사용된 것으로 인정하기 어려움

사 건 2011구합10097 양도소득세부과처분취소 원 고 AA1리새마을회 피 고 수원세무서장 변 론 종 결

2012. 1. 6. 판 결 선 고

2012. 1. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 11. 1.(소장의 2010. 11. 4.은 착오로 보인다) 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세 122,496,250원 및 농어촌특별세 20,665,270원(청구취지 및 원인 변경 신청서의 양도소득세 122,496,256원과 농어촌특별세 20,665,274원은 착오로 보인다)의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1964년 이전에 ’화성군동탄면AA1리수리계’란 이름으로 수리계 구역안의 농지 수리시설의 효율적인 유지·관리를 도모하여 계원의 농업생산력 증대에 기여함 을 목적으로 결성된 비법인사단으로 그 GG지역은 화성시 동탄면 AA1리 내에 소재하는 수리계의 토지원부에 기재된 토지로 정하였고, 그 명칭을 2001. 3. 5. ’화성군AA1리새마을회’를 거쳐 원고로 변경하였다.
• 나. 한편 원고는 1964. 10. 6.에 화성시 동탄면 AA리 000-0 유지 2,002㎡와 같은 리 000-0 유지 2,484㎡(이하 위 두 유지를 합하여 ’이 사건 유지’라 한다)를, 1984. 11. 29.에 화성시 동탄면 AA리 000-0 답 296㎡(이하 ’이 사건 답’이라 한다)를 각 취득하 여 소유하다가 2009. 9. 24. 이 사건 유지 및 답(이하 이를 합하여 ’이 사건 부동산’이 라 한다)을 포함한 원고 소유의 총 18필지 토지 6,770㎡에 대하여 공공용지의 협의취 득을 원인으로 한국토지공사에게 양도하였다.
• 다. 이에 원고는 피고에게 양도소득세 신고(양도가액 2,122,100,630원, 취득가액 401,862,855원)를 하면서 위 전체 토지에 대하여 구 조세특례제한법(2010.1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것 이하 ’구 조특법’이라 한다) 제77조 제1항 제1호의 공익 사업용 토지 감면규정을, 이 사건 부동산에 대하여는 제69조 제1항의 8년 이상 자경농지 감면규정을 각 적용한 감면신청과 함께 193,109,212원을 납부하였다.
• 라. 그러나 피고는 2010. 11. 1. 공익사업용 토지 감면규정은 적용하여 양도소득세 82,913,156원을 감면하되, 이 사건 부동산이 양도 당시 농지에 해당하지 않는다는 이유로 8년 이상 자경요건에 따른 양도소득세 감면신청은 거부하고, 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 315,605,468원(가산세 포함, 이하 ’이 사건 양도소득세’라 한다) 및 농어촌 특별세 20,665,270원(가산세 포함, 이하 ’이 사건 농어촌특별세’라 한다)을 경정결정하였다(단, 양도소득세는 기납부세액을 공제한 122,496,250원을 납부·고지하였는데, 이하 농어촌특별세 부과처분과 함께 ’이 사건 처분’이라 한다, 당초 원고의 회장 박FF가 개인 명의로 양도소득세를 신고하였으나, 피고의 세무조사 결과 토지 소유자가 원고로 확인되어 박FF가 신고한 부분에 대하여는 과세제외 처리하고 원고에게 이 사건 처분을 한 것이다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 4. 25. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제I, 3호증의 각 1 내지 3, 갑 제2호증의 1 내지 4. 갑 제4, 10호증의 각 1'2, 을 제1호증의 1·2 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 양도소득세 부과처분에 대 한 판단

(1) 원고의 주장 원고는 이 사건 부동산을 취득한 이래 45년간 보유하면서 한국토지공사에 협의 매수될 때까지, 이 사건 유지를 경부고속도로 지하를 통과하여 연결된 수로를 통하여 그 GG지역인 화성시 동탄면 AA1리 농지의 농업용수로 사용하였고, 이 사건 답을 8년 이상 직접 경작하여 왔으므로, 이 사건 부동산은 구 조특법 제69조 제1항 소정의 ’8년 이상 자경농지’에 해당하여 그에 관한 양도소득세는 감면되어야 할 것임에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 관련 법령 별지 관련법령 기재와 같다.

(3) 판단 (가) 구 조특법 제69조 제l항 및 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18.대통령 령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조특법 시행령’이라 한다) 제66조 제1항, 제4항, 제5항에 의하여 양도소득세가 감면될 수 있는 토지는 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 양도일 현재 농업소득세의 과세대상이 되는 농지라야 한다. 한편, 농지 판단의 기준이 되는 양도일은, 구 조특법시행령 제66조 제5항 및 구 소득세법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제162조 제l항의 규정에 따라 원칙적으로 대금 청산일이 될 것이나 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의 개서일이 된다고 할 것이다. 그리고 조세특례제한법 시행규칙 제27조 구 농지법(2009.4.1. 법률 제9620호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호의 각 농지에 관한 규정 및 구 지방세법 (2010.1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제197조의 농업소득에 관한 규정에 의하면 여기에서의 농지는 전·답 및 과수원 등 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 농작물 등의 경작에 사용되는 토지이고, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 해석되며, 이와 같이 농지에 해당하는 사실에 대 하여는 이를 주장하는 양도자가 증명하여야 한다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조). (나) 이 사건 유지가 양도 당시인 2009. 9. 24.까지 농지였는지에 관하여 보건대, 우선 농지경영에 직접 필요한 양수장은 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정에 의한 농지의 범위에 포함됨은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이 사건 유지가 양도 당시 농지경영에 직접 필요한 양수장이었다는 점에 부합하는 갑 제5호증의 기재는 이 사건 처분과 이해관계가 있는 이장, 마을주민들의 확인서인데다가 을 제2, 4호증, 을 제5호증의 1·2의 각 기재, 갑 제8호증의 1, 을 제3호증의 1 내지 3의 각 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 믿기 어렵고, 갑 제6호증의 1 내지 3, 갑 제7호증의 각 기재와 갑 제8호증의 1 내지 8의 각 영상만으로는 이를 인정하기 부족하며[특히 갑 제8호증의 1 내지 8(사진)은 이 사건 유지와 GG지역 농지 및 이를 연결하는 경부고속도로의 지하 수로를 각 촬영한 것이나 그 촬영시기가 이 사건 양도일의 훨씬 이전인 2000. 5.경 이전인 사실은 원고 스스로 인정하고 있으므로, 위 사진들만으로는 이 사건 유지가 양도 당시까지 농지경영에 직접 필요한 양수장이었다는 점을 인정하기에 부족하다, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 즉, ① 이 사건 유지는 서쪽으로 경부고속도로와 인접해 있고, 경부고속도로 너머에 그 GG지역이 존재하는 점, ② 2000. 5.경 촬영된 항공사진에 의하면 이 사건 유지 동쪽 인접지역에 이마 BBBB자동차 공단이 조성되기 시작하였고, 남쪽에는 야산이, 북쪽에는 건물과 야적장으로 보이는 잡종지가 있어 촬영 당시부터는 그 일대에는 농지가 존재하지 않았던 점, ③ 2006. 9.경 촬영된 항공사진에 의하면 당시 이 사건 유지 안에 가두리 양식장 시설이 설치되어 있었고, 그 후 2010. 5. 6.경까지도 이 사건 유지에 여전히 가두리 양식장 시설이 설치되어 있고, 그 주변에 ’이곳 저수지는 양식장 입니다’라고 쓰인 플래카드가 설치되어 있었던 점(이 사건 유지에 2001. 7. 23.부터 2009. 7. 22.까지 권HH 명의로 양식업을 하기 위하여 내수면 어업신고가 있었던 점 등에 비추어 원고가 수질오염을 막기 위해 외관상으로만 가장하여 양식장을 설치하였다는 원고 주장은 그대로 믿기 어렵다 다만 권HH가 원고 대표자의 처로서 관할관청에 물고기 입식신고가 없었다는 점에서는 원고의 주장이 사실일 수 있겠으나 그렇더라도 이 사건 결론에는 크게 영향이 없다), ④ 또한 피고 소속 공무원이 2010. 5. 6.과 7 22. 두차례 현지확인 결과 이 사건 유지에 설치된 수로는 BBBB자동차 공단수로와 합쳐져 농업용수로는 부적절하고, 합쳐진 수로가 도로 반대편으로 흘러가 농업용수로 사용되었다는 사실도 확인할 수 없으며, 이 사건 유지 밑으로 수로가 있다는 사실도 확인할 수 없었던 점, ⑤ 더구나 이 사건 유지의 GG지역인 경부고속도로 동쪽 건너편 농지도 2006. 6. 22. 도로구역으로 결정·고시된 후 2006. 9. 4.부터 2007. 5. 28.까지 농지 소유자에 대한 토지보상을 거쳐 2008. 1. 28.부터 동탄IC 진입도로가 임시개통되어 사용되고 있었으므로 적어도 이 당시부터는 이 사건 유지로부터 농업용수를 공급받는 농지가 전부 사라진 것으로 봄이 상당한 점 등을 종합하면, 이 사건 유지가 이 사건 양도 당시까지 농지경영에 직접 필요한 농업용수의 공급을 위해 사용되고 있었다고 인정하기 어렵다. (다) 이 사건 답이 양도일인 2009. 9. 24. 당시 농지였는지에 관하여 보건대, 이 사건 답이 이 사건 양도 당시 실제로 경작되고 있었다는 점을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 그 당시부터 이 사건 답의 실제 현황은 농지가 아닌 도로였던 사실을 인정할 수 있을 뿐이다. (라) 따라서 이 사건 부동산은 그 양도 당시 모두 농지에 해당하지 아니하므로, 이와 같은 전제에서 피고가 구 조특법 제69조 제l항의 8년 이상 자경농지 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고 한 이 사건 양도소득세 부과처분은 적법하다.

• 나. 이 사건 농어촌특별세 부과처분에 대한 판단

(1) 관련 법령 별지 관련법령 기재와 같다.

(2) 원고의 주장 및 판단 원고는 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하므로 이 사건 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다고 주장하나, 원고가 구 조특법 제77조 제1항 제1호 소정의 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면규정에 따라 82,913,156원(산출세액 414,565,791원 x 20%)의 양도소득세를 감면받은 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로, 원고는 구 농어 촌특별세법(2010.1. 1. 법률 제9909호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1호에 의거 농어촌특별세의 납세의무자가 된다고 할 것이다. 따라서 구 농어촌특별세법 제5조 에 따라 위 감면세액 82,913,156원에 대하여 20/100의 세율을 적용한 16,582,631원(늑 82,913,156원 x 0.2)에 납부불성실가산세 4,082,643원을 가산하여 농어촌특별세 20,665,270원(늑 16,582,631원 + 4,082,643원)을 원고에게 부과한 피고의 이 사건 농어촌특별세 부과처분은 적법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.