승계취득한 피합병법인이 보유한 합병법인 주식 처분이익은 익금산입대상임

1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009.2.20.원고에 대하여 한 2004년 귀속 법인세 및 2005년 귀속 법인세 경정거부처분을 모두 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고 회사는 1996.9.11.제조업(반도체장비)등을 목적으로 설립된 법인으로서 2003.12.5.◇◇시스템 주식회사(이하‘소외 회사’)를 흡수합병 하였는데, 소외 회사는 합병 당시 원고 회사의 주식 1,150,000주를 보유하고 있었다.
• 나. 원고 회사는 2004.4.23.및 2005.12.2.소외 회사가 보유하고 있던 원고 회사의 주식 550,000주(이하‘이 사건 제1주식’)과 600,000주(이하‘이 사건 제2주식’)를 다음과 같이 순차 양도한 후, 이 사건 제1주식에 대한 양도대금에서 취득가액(장부가액)을 차감한 5,049,609,783원과, 이 사건 제2주식에 대한 양도대금에서 취득가액(장부가액)을 차감한 1,004,261,157원을 각 자기주식처분이익으로 계상하였다(단, 합병등기일의 1주당 시가는 5,091원).
• 다. 원고 회사는 2004년 귀속 법인세에 관한 위 자기주식처분이익 5,049,609,783원과 2005년 귀속 법인세에 관한 위 자기주식처분이익 1,004,261,157원을 각 익금산입하여, 피고에게 2005.3.31.2004년 귀속 법인세 400,496,960원, 2006.3.31.2005년 귀속 법인세 522,938,540원을 신고․납부하였다.
• 라. 그 후 원고 회사는, 2008.3.28.이 사건 각 처분이익은 합병차익에 포함되는 자본거래로서 법인세법상 과세대상에 포함되지 않는다는 사유로 2004년 귀속 법인세 400,496,960원과 2005년 귀속 법인세 308,122,980원이 감액되어야 한다는 취지로 경정청구하였다.
• 마. 그러나, 피고는 2009.2.20.원고에게 이 사건 각 주식의 양도가액에서 각 합병 등기일 현재 시가를 차감한 금액을 익금에 산입하여야 한다는 이유로, 이 사건 제1주식의 양도가액에서 합병등기일 당시 시가를 차감한 4,673,625,000원(이하‘이 사건 제1처분이익’), 이 사건 제2주식의 양도가액에서 합병등기일 당시 시가를 차감한 594,095,940원(이하‘이 사건 제2처분이익’)을 익금에 산입하고, 이 사건 제1주식에 대한 취득가액과 합병등기일 당시 시가 차액인 375,984,783원, 이 사건 제2주식에 대한 취득가액과 합병등기일 당시 시가 차액인 410,165,217원은 익금불산입하여, 2004년 귀속분 법인세 101,515,890원(≒375,984,783원X27%), 2005년 귀속분 법인세 102,541,300(≒410,165,217원X25%)만을 환급하고, 나머지 2004년 귀속분 법인세 298,981,070원과 2005년 귀속분 법인세 205,581,680원에 대한 경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 각 처분’).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2009.5.19.조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2009.11.13.‘합병법인이 피합병법인을 합병함에 있어 피합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 양도하는 경우 해당 주식의 양도금액에서 합병등기일 현재 시가를 차감한 가액은 익금산입대상이다’라는 취지로 원고 회사의 심판청구를 기각하였다. 원고는 이에 2010.1.20.이 사건 소르르 제기하였다. [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1,2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.처분의 적법 여부
• 가. 당사자의 주장 (1)원고의 주장 원고는, 합병법인이 합병으로 인하여 승계취득한 피합병법인 보유의 합병법인의 발행주식(자기주식)에 대한 처분이익은 자본의 증감에 관한 거래로서 자본의 환급 또는 납입의 성질을 가지고, 이는 법인세법(이하‘법’)제17조 제3호 본문의 ‘합병차익’에 포함되어 익금불산입 대상이므로 이 사건 각 처분은 위법하다. (2)피고의 주장 피고는, 이에 대하여 합병으로 인하여 합병법인이 피합병법인 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계취득하여 이를 처분하는 경우, 합병 후 시가상승분, 즉 처분가액과 합병 당시 시가와의 차액은 일반 자산의 처분이익과 차이가 없어 법 제15조 제1항 제3항, 시행령 제11조 제2호에 따라 익금산입 대상이므로 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.
• 나. 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단 이 사건의 경우 쟁점은 피합병법인이 보유하던 합병법인의 발행주식을 승계취득하여 처분하는 경우 그 처분이익이 합병차익에 포함되어 익금산입 대상에서 제외되는 것인지 여부인 바, 그에 관하여 살펴본다. (1)법 제15조 제1항, 제3항, 시행령 제11조 제2호에 따르면, 자기주식을 포함한 자산의 양도금액을 수익의 하나로 규정함으로써 자기주식의 처분손익은 원칙적으로 손익거래로서 익금산입의 대상이 된다[1998.12.31.대통령령 제15970호로 개정되기 전의 시행령 제12조 제1항 제3호는‘자산의 양도금액’으로만 되어 있었지만, 자기주식의 처분이익도 손익거래로서 과세처분의 대상이었다(대법원 1992.9.8.선고 91누13670 판결 참조)]. (2)합병차익은 합병법인이 승계받은 피합병법인의 순자산가액과 합병법인이 합병대가(자본증가액과 합병교부금의 합계)를 초과하는 경우 그 초과금액으로서, 합병평가차익, 합병감자차익, 자본잉여금, 이익잉여금으로 설명할 수 있다(시행령 제12조 제1항). (3)그런데, 법 제15조 제1항은 법인의 수익 중‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에 규정하는 것’을 익금대상에서 제외하고 있고, 법 제17조 제3호는 법인의 수익 중 피합병법인의 자산평가증으로부터 발생된 것을 제외한 ‘합병차익’을 익금불산입 대상으로 규정하고 있으므로, 합병법인이 합병으로 인하여 취득한 자기주식의 처분이익의 경우에는 시행령 제11조 제2호에 의하여 곧바로 익금산입 대상이 되는 것이 아니고, 법 제17조 제3호 본문의‘합병차익’에 해당하지 아니하여야 자산의 손익거래에 해당하여 이금산입 대상이 된다(개정되기 전의 시행령 제12조 제1항 제3호‘자산의 양도금액’이 시행령 1998.12.31.대통령령 제15790호의 제11조 제2호‘자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액’으로 개정되었다 하여도, 위 개정만으로 합병으로 인하여 취득한 자기주식의 처분이익도 곧바로 익금산입 대상에 포함된다고 할 수는 없다}. 따라서, 이 사건과 같이 합병법인이 합병으로 인하여 취득한 자기주식의 처분이익의 경우 그것이 자본거래로 발생한 합병차익에 해당하는 경우에는 익금산입대상에서 제외되고, 그 외에 법인의 순자산을 증가시키는 거래에 해당하는 경우 그 처분이익은 익금산입의 대상이 된다(대법원 2005.6.10.선고 2004두3755 판결도 이와 같은 법리를 판시하고 있다). (4)살피건대, (가)이 사건 각 처분이익과 같이 합병법인이 합병으로 인하여 취득한 자기주식의 처분이익은 그것이 법 제17조 제3호 본문에 따른 합병차익에 해당하지 않는 한 익금에 산입되는 점(시행령 제11조 제2호), (나)그리고 합병차익 중 실제 차익이 아닌 단순히 계산상의 차익에 불과한 합병감자차익, 자본잉여금, 이익잉여금과 달리 합병평가차익은 피합병법인이 합병을 계기로 평가증된 피합병법인이 승계받은 순자산의 미실현이익인 점, (다)그런데, 이 사건 각 처분이익은 이 사건 각 주식의 처분가액에서 각 합병등기일 현재 시가를 차감한 금액으로서, 위 처분으로 인하여 실현된 이익인 점, (라)따라서, 처분을 계기로 실현된 이익인 이 사건 각 처분이익은 성질상 단순히 계산상의 차익에 불과한 합병감자차익, 자본잉여금, 이익잉여금에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 처분이익은 시행령 제11조 제2호에 따라 익금산입 대상이라고 볼 것이다. {2009.2.4.대통령령 제21302호로 개정된 시행령 제11조 제2의2호에서는 익금산입대상에‘자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액’이라는 조항을 신설함으로써 위와 같은 법리를 명확히 입법화하였다}. (5)따라서, 이 사건 각 처분은 적법하다. 4.결 론 그렇다면, 원고 회사의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.