세금계산서불부합 자료에 의한 매출누락

1.원고의 청구를 모두 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 4. 8. 원고에 대하여 한 2007년 제1기분 부가가치세 7,958,670원, 2007년 법인세 4,478,780원, 소득금액변동통지 43,628,220원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 전문건설 하도급업을 영위하는 법인인바, 2007년 제1기분 부가가치세 예 정신고시 △△텍 주식회사(이하 ’소외 법인’이라 한다)에 대한 매출액을 66,000,000원으로 신고하였다.
• 나. 구로세무서장은 세금계산서 불부합 전산대사자료를 처리하면서, 소외 법인의 2007년 제1기 부가가치세 예정신고서상 원고로부터의 매입액이 127,000,000원임을 확인하고, 원고의 신고금액과의 차액인 불부합금액 61,000,000원(이하 ’이 사건 쟁점 매출액’이라 한다)을 원고의 매출누락혐의에 대한 과세자료로 피고에게 통보하였다.
• 다. 피고는 이 사건 쟁점 매출액을 원고의 매출누락으로 보아 2009. 4. 8. 원고에 대 하여 2007년 제1기분 부가가치세 7,958,670원(이하 ’이 사건 부가가치세 처분’이라 한다), 2007년 법인세 4,478,780원(이하 ’이 사건 법인세 처분’이라 한다)을 경정·고지하면서, 대표이사 허AA에게 67,100,000원을 상여처분 하여 소득금액변동통지(이하 ’이 사건 당초 소득금액변동통지 처분’이라 한다)를 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2009. 5. 19. 중부지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, 중부지방국세청장은 2009. 9. 25. 원고의 이의신청을 일부 받아들여 대표이사에 대한 소득금액변동통지 중 23,471,780원을 감액(이하 이 사건 당초 소득금액변동통지 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 43,628,220원을 ’이 사건 소득금액변동통지 처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 및 법인세 처분과 통칭하여 ’이 사건 각 처분’이라 한다)하고, 원고의 나머지 이의신청은 기각하였다.
• 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2009. 12. 18. 국세청장에게 심사청구를 제 기하였으나, 2010. 3. 2. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제11, 12호증, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) 매출누락사실 부존재 (가) 원고는 소외 법인과 총 계약금액 500,500,000원(부가가치세 포함)의 공사계약을 체결하고 공사를 진행하다가 기성금 지급과 관련한 다툼이 계속되자 2007. 1. 31. 위 공사현장에서 철수하였고, 2007. 2.경부터는 소외 법인이 원고가 고용했던 인부 등을 그대로 승계하여 직영체제로 공사를 진행하였는데, 원고와 소외 법인은 소외 법인이 장비업체, 자재업체 및 인부에게 남아있던 원고의 미지급금을 대신 지급해 준다는 조건으로 2007. 3. 20. 직불동의서를, 2007. 3. 27. 정산합의서를 각 작성하고, 소외 법인이 원고의 거래처 미지급금 등 67,100,000원(공급가액 61,000,000원, 부가가치세 6,100,000원, 이하 ’이 사건 직불금’이라 한다)을 직접 지급하였고 원고는 소외 법인이 이 사건 직불금에 대하여 향후 민·형사, 행정상 일체의 이의제기를 하지 않겠다는 확 인서를 작성한 관계로 위 금액에 대한 세금계산서는 작성하지 않았다. (나) 그런데 소외 법인은 원고가 발행하지도 않은 이 사건 직불금에 대한 세금 계산서를 분실하였다고 세무당국에 거짓신고 하여 매입세액을 공제받았고, 이 사건 각 처분에 대한 심사청구 과정에서 원고의 세금계산서를 허위로 위조하였으므로, 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.

(2) 이중과세 이 사건 쟁점 매출액이 원고의 매출누락이라면 그에 따른 수입금액이 원고에게로 입금된 것이 아니고 원고의 미지급금이나 인건비로 전액 지출된 것이므로 대표이사의 소득금액을 증가시킬 하등의 이유가 없으므로 법인세 및 부가가치세만 부과하면 되는 것이고, 동 금액을 대표이사에 대한 상여로 처분하여 대표이사에게 종합소득세를 다시 부과하는 것은 이중과세이므로, 이 사건 소득금액변동통지 처분은 취소되어야 한다.

• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 매출누락사실 부존재 주장에 대한 판단 살피건대, 갑 제3 내지 7호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고와 소외 법인 사이에 2007. 3. 27. 최종적으로 체결된 정산합의서상의 계약금액 350,900,000원과 원고가 소외 법인에 대하여 기존에 발행한 매출세금계산서 합계액 283,800,000원과의 차액이 67,100,000원인 사실, 원고는 원고의 공사용역대금 중 미불금액인 인건비 및 장비비 등을 소외법인이 직불함에 동의한다는 내용으로 직불동의서를 작성하고 미불내역서를 첨부하여 소외법인에게 교부한 사실, 미불내역서상의 금액이 원고의 장부에 의하여 미지급금 및 외상매입금으로 확인되는 사실, 소외 법인이 거래처에 이 사건 직불금을 지급하였음이 객관적인 증빙에 의하여 확인되는 사실, 원고는 소외 법인이 직불한 미불금에 대하여 미불업체들로부터 매입세금계산서를 수취 하고 매입세액공제 및 비용처리 한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 쟁점 매출액은 원고의 매출누락이라고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(소외 법인이 원고의 세금계산서를 위조하였다는 등의 주장은 이 사건 각 부과처분의 적법 여부와는 직접적인 관련이 없는 주장이다).

(2) 이중과세 주장에 대한 판단 살피건대, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하는 것인바(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두3726 판결 등 참조), 앞서 본 바와 같이 원고가 누락한 이 사건 쟁점 매출액은 원고의 장부에 계상되지 않은 것으로서, 특별한 사정이 없는 한 그 전액이 사외 유출된 것이라고 보아야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.