임대주택은 1세대1주택 비과세 판단시 주택수에서 제외되지 않음

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 10. 1. 원고에 대하여 한 2003년 귀속분 양도소득세 64,693,430원의 부과 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1994. 12. 26. 이AA으로부터 군포시 산본동 119 한양백두아파트 995-130l(이하 ‘이 사건 아파트’)를 취득한 뒤, 2003. 12. 10. 염BB에게 이를 387,000,000원에 양도하면서 자신이 1주택자이고 위 양도에 소득세법 제89조 제3호 에 따른 1과세 1주택 비과세 규정이 적용된다고 판단하면서 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.
• 나. 그런데, 사실 원고는 1999. 12. 6. 군포시장에게 임대주택법에 따른 임대사업자등록을, 2000. 1. 5. 피고에게 소득세법에 따른 주택임대 사업자등록을 각 마치고, 이 사건 양도 당시 다음과 같이 총 3호의 임대아파트(이하 순번대로 ‘1, 2, 3번 아파트‘)를 보유하면서 주택임대사업을 영위하고 있었다.
• 다. 피고는 2008. 7.경 원고에 대한 양도소득세를 조사한 후, 위 3번 아파트만이 조세특례제한법(이하 ‘조특법’) 제97조의2 제1항, 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택수에서 제외되는 임대주택에 해당한다는 이유로 원고를 1세대 3주택 (이 사건 주택과 1, 2번 아파트)자로 보아, 소득세법 제89조 에 따른 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하고 ‘양도가액을 실지거래가액 387,000,000원, 취득가액을 실지거래가액 215,598,751원(환산가액)’으로 계산하여, 2009. 10. 1. 원고에게 2003년 귀속분 양도소득세 64,693,430원을 결정ㆍ고지(선고불성실가산세 3,841,424원, 납부불성실가산세 22,437,762원 각 포함, 이하 ‘이 사건 처분’)하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2010. 3. 11. 이를 기각하는 결정을 받았고, 2010. 5. 3. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실 갑 제1 내지 4호증 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

① 조특법 제97조의2 제2항에 따라 준용되는 조특법 제97조 제2항에 따르면, 임대주택은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에서 제외되는데, 그 비과세 여부를 판정함에 있어 임대주택은 조특볍 제97조의2 제1항을 충족하지 않아도 된다. 따라서, 원고 보유의 임대아파트가 조특법 제97조의2 제2항에 따라 1세대 1주택 비과세 판정시 주택수에서 제외된다.

② 원고는 1999. 11. 12. 개정된 임대 주택법 시행령 제6조 제1항 에 따라 임대사업자의 범위 및 등록기준이 5호 이상 주택 소유요건에서 2호 이상 소유 요건으로 완화된 시점에 임대사업자로 등록하였으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호에 반한다.

③ 설령 이 사건 처분 중 본세 부분에 관하여 원고 주장이 이유 없더라도, 신고불성실 가산세나 납부불성실 가산세 부분은 위법하다.

• 나. 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) ① 주장에 대하여 (가) 우선 원고 보유의 임대주택은 총 3호로서 5호 이상의 임대주택을 보유한 경우 적용되는 조특법 제97조는 이 사건 양도에 적용되지 않는다(조특법 시행령 제97조 제1항). (나) 그 다음 조특법 제97조의2 제1항 제2항을 종합하면 원고와 같은 임대사업자가 보유한 임대주택이 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에서 제외되려면, 조특법 제97조의2 제1항에 따른 ‘신축임대주택’에 해당해야 한다. 그리고 신축임대주택 중 건설임대주택이란, ① 1999. 8. 20. 이후 신축되거나 ② 1999. 8. 19. 이전 신축되고 1999. 8. 20. 현재 입주사실이 없는 공동주택으로서 최초 취득하여야 하고, 매입임대주택이란, ① 1999. 8. 20. 이 후 신축되거나 ② 1999. 8. 19. 이전 신축되고 1999. 8. 20. 현재 입주사실이 없는 공동주택으로서, 1999. 8. 20. 이후 취득하고 임대를 개시하였고 취득 당시 입주된 사실이 없는 주택이다. 그런데, 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 적법하다.

① 1번 아파트는 원고가 최초 취득한 경우가 아니어서 매입임대주택인데 그 취득 시기가 1994. 12. 14.로서 1999. 8. 20. 이전이므로 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에 포함된다.

② 2번 아파트는 원고가 2001. 6. 9. 취득하여 매입임대주택인데, 갑 제2호증의 기재에 의하면 1993. 7. 23. 신축되었으나 전 소유자 이AA의 주민등록기간(1993. 7. 1.부터 2001. 5. 21.)에 비추어 1999. 8. 20. 당시 주택에 입주사실이 있어서, 1세대 1 주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에 포함된다.

③ 3번 아파트는 취득일이 2000. 12. 22.이어서 1세대 1주택 비과세 여부 판단시 보유주택 수에 포함되지 않는다.

(2) ② 주장에 대하여 살피건대, 조특법과 임대주택법은 입법목적 및 그 적용범위에 차이가 있으므로 한 쪽의 개정취지가 당연히 다른 쪽에 적용될 수 없고, 조특법 제3조가 정한 조세특례를 둘 수 있는 법에 임대주택법은 열거되어 있지 아니한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장의 사정만으로는 피고가 원고 보유의 총 3호 아파트에 관하여 1세대 1주택 판정시 보유주택에서 제외하리라는 신뢰를 갖게 하였다고 보기 어려우므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) ③ 주장에 대하여 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두4849 판결). 살피건대, 가산세는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실을 요하지 아니하고 법령의 부지나 오인은 그 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.