지방공사가 지방자치단체에 용역을 제공하고 위탁수수료를 받은 경우 과세대상임

원고

○○공사 피고 이천세무서장

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 5. 6. 원고에 대하여 한 별지 1 부과내역 기재 ‘감액 후 세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1999. 12. 28. ○○시와 사이에, 원고가 2000. 1. 1.부터 2008. 10. 9.까지 환경기초시설 운영·관리용역(이하 ‘이 사건 용역’)을 제공하기로 하는 ‘○○시 환경기초시설 운영·관리 위·수탁계약’(이하 ‘이 사건 위탁계약‘)을 체결하고 위 용역을 제공 해왔다.
• 나. 원고는 피고에게 2004년 1기분부터 2008년 2기분까지 부가가치세 신고를 함에 있어 이 사건 위탁계약에 따라 위 환경기초시설 운영 ․ 관리와 관련하여 ○○시로부터 지급받은 위탁관리비 65,451,277,000원(이하, ‘이 사건 위탁비’)에 관한 부가가치세를 면제대상으로 신고하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는 이 사건 위탁비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이를 각 과세기간별로 원고의 부가가치세 과세표준에 산입하고 신고불성실가산세, 납부불성설 가산세를 가산하여, 2009. 5. 6. 원고에게 별지 1 부과내역 ‘당초 고지세액’란 기재와 같이 2004년 제1기부터 2008년 제2기까지의 부가가치세 6.182.183.040원을 경정·고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2009. 6. 23. 심판청구를 제기하였고 2010. 1. 29. 기각결정을 받자 2010. 4. 29. 이 사건 소를 제기하였다.
• 마. 한편, 피고는 이 사건 소 제기 후 위 부가가치세에 대한 원고의 매입세액 공제 주장을 받아들여 2010. 8. 27. 부가가치세 본세를 별지 1 부과내역 ‘감액 후 세액’ 중 ‘본세’란 기재와 같이, 2010. 9. 6. 부가가치세 가산세를 별지 1 부과내역 ‘감액 후 세 액’ 중 ‘가산세’란 기재와 같이 각 감액경정 하였다(이하 위 경정·고지 중 위와 같이 감액경정을 거쳐 남은 별지 1 부과내역 ‘감액 후 세액’란 기재 부분을 순차로 ‘이 사건 처분’). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증 을 제1 내지 4,7 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

① 원고는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’) 제12조 제1항 제16호가 부가가치세 면제대상으로 정한 ‘기타 공익을 목적으로 하는 단체’이므로 이 사건 용역은 부가가치세 과세대상이 아니다.

② 조세특례제한법(이하 ‘조특법’) 제106조 제1항 및 조특법 시행령 제106조 제7항은 부가가치세가 면제되는 용역을 제공하는 단체 중 하나로 지방공단 및 한국수자원공사를 열거하는바, 한국수자원공사는 중앙정부 및 지방자치단체의 상하수도를 비롯한 수자원과 관련된 업무를 대행하는 단체로서 ○○시의 하수를 대행처리하는 단체인 원고와는 그 행위목적과 운영형식이 동일하므로 이 사건 용역은 부가가치세 과세대상이 아니다.

③ 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상이라고 하더라도 이 사건 관리비 중 ‘이윤’ 을 제외한 나머지 부분은 이 사건 용역과 사이에 대가관계가 없으며 ○○시가 부담하여야 할 비용을 원고가 단순히 대납한 것에 지나지 아니하므로 부가가치세의 과세대상 이 아니다.

④ 앞서 원고의 주장 경위에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 위탁비에 대한 부가가치세를 신고·납부하지 아니한 것에 정당한 이유가 있다 할 것이므로 이에 대해서 가산세를 부과한 것은 위법하다. 따라서 이 사건 처분 중 별지 1 부과내역 ‘감액 후 세액’ 중 ‘가산세’란 기재 1.737.940.069원 부분은 취소되어야 한다.

• 나. 법령 별지 2 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) ① 주장에 대하여 (가) 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 는 종교 ․ 자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역으로서 대통령령이 정하는 것을 부가가치세가 면제되는 용역의 하나로 들고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’) 제37조 제1호에 따르면 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 에서 규정하는 용역은 종교 ․ 자선 ․ 학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체, 즉 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체가 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역이다. (나) 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑 제6호증의 기재에 의하면,① 원고는 지방공기업법 제49조 및 ○○지방공사 설치운영조례에 따라 ‘환경기초시설 위탁관리 및 운영, 생활폐기물 처리 위탁운영사업을 통하여 시민의 주거생활안정과 복지향상 및 지역발전 촉진에 기여함’을 목적으로 1999. 12. 28. 설립된 사실 ② 원고는 1999. 12. 8. 설립 당시 ○○시장으로부터 800,000,000원 민간기업으로부터 700.000.000원을 출자 받아 2000. 1. 1.부터 현재까지 이 사건 용역을 수행하고 있으며 2001. 4. 1. 민간출자 700,000,000원이 전액 유상감자되어 현재는 ○○시장이 원고에 100% 출자하고 있고, 2000년 사업연도 당기 순이익 220.200.000원을 2001. 4. 4.. 2004년 사업연도 당기 순이익 295,220,000원을 2005. 4. 13. 출자자에게 배당한 사실,③ 원고의 설립 및 운영에 관하여 기본적인 사항을 규정함을 목적으로 하는 ○○지방공사 설치운영조례에 따르면 원고가 이 사건 용역 업무를 대행함에 있어 필요한 비용은 ○○시에서 부담하며 피고가 원고에게 위탁하는 업무는 ‘1. 환경기초시설 위탁관리 및 운영, 2. 생활폐기물처리 위탁운영, 3. 지방공기업법 제2조 에서 규정한 사업, 4. 기타 주민의 복리를 증진하거나 지역개발 또는 지역경제 활성화에 이바지할 수 있다고 인정되는 사업’으로 정한 사실, ④ 그러나, 위 조례 제24조에 따르면, 원고는 결산한 결과 이익이 생긴 때에는 이월결손금의 보전, 이익준비금의 적립, 주주에 대한 이익 배당, 정관이 정하는 바에 의한 적립금의 적립의 순서에 따라 처리하여야 하는 사실,⑤ 또한 원고는 이 사건 위탁계약과 관련하여 ○○시로부터 매년 인건비(직접인건비, 간접인건비), 경비(복리후생비, 차량유지비, 여비교통통신비, 교육훈련비, 도서인쇄비, 소모품비 세금과공과), 일반관리비, 이윤으로 구성된 이 사건 위탁비를 매년 총액에 따라 지급받아온 사실을 각 인정할 수 있다. 위 각 인정사실을 종합하면, 원고가 주민의 복리증진이라는 공익을 목적으로 하는 단체에는 해당한다고 볼 여지가 있지만, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 용역을 제 공하고 ○○시로부터 제공받은 이 사건 위탁비에 실제 위탁수수료의 성질로 볼 만한 돈인 ‘이윤’이 포함되어 있고 더구나 주주에 대한 이익배당을 한 점에 비추어 보면, 이 사건 용역이 일시적으로 공급하는 용역에 해당한다거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) ② 주장에 대하여 조특법 제106조 제1항 및 조특법 시행령 제106조 제7항에 따르면 부가가치세가 면제되는 용역을 제공하는 단체 중 하나로 지방공단 및 한국수자원공사를 열거하고 있으나 지방공기업법 제49조 에 따라 설립된 원고는 그 범위에서 제외하고 있다. 따라서, 원고를 조특법상 부가가치세 면제 단체에 포함시키는 것은 합리적 이유 없이 조세감면 요건을 확장해석 및 유추해석하는 결과를 초래하여 조세공평주의에 반한다. 따라서, 원 고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) ③ 주장에 대하여 구 부가가치세법 제13조 및 구 시행령 제48조 제1항에 따르면 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다. 살피건대, 앞서 든 증거, 갑 제7호증 및 을 제6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의해 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 (가) 원고와 ○○시는 이 사건 위탁계약을 체결함에 있어 이 사건 위탁비를 매년 총액에 따라 정한 사실, (나) 원고는 이 사건 위탁계약과 관련하여 ○○시로부터 매년 인건비(직접인건비, 간접인건비), 경비(복리후생비, 연료비, 상하수도비, 수선유지비, 세금과공과, 여비교통통신비, 차량유지비, 조경유지비, 소모품비), 일반관리비(5%), 이윤(인건비 경비 일반관리비 합계의 10%)으로 구성된 이 사건 위탁비를 매년 총액에 따라 지급받아온 사실, (다) 원고는 이 사건 위탁비 전체를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하고 있는 사실, (라) 원고는 피고에게 부가가치세 신고를 하면서 이 사건 사업비 중 일부만 수입금액으로 신고한 것이 아니라 그 전액을 원고의 수입금액으로 신고함과 아울러 전액에 대하여 원고의 소득금액 계산시 손금에 산입하였던 사실이 인정된다. 위 인정사실을 종합하면 이 사건 위탁비에 포함된 ‘이윤’을 제외한 나머지 부분은 원고가 ○○시를 위하여 지출을 대행한 것이 아니라 ○○시에게 제공하는 이 사건 용역처리를 위하여 그의 계산으로 지출한 것으로서 부가가치세법 제13조 제1항, 부가가치세법 시행령 제48조 제1항 이 정하는 ‘거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것’에 해당한다. 따라 서, 그 부분을 포함한 이 사건 위탁비 전체가 원고의 이 사건 용역과 서로 대가관계에 있다 할 것이므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) ④ 주장에 대하여 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다. 살피건대, 원고 주장의 사유는 법령의 부지 내지 착오에 불과하므로 원고가 이 사건 부가가치세의 납부를 해태한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.