임시로 작성해준 세금계산서에 불과하므로 종합소득세 부과한 처분은 위법함

사 건 2010구합17992 종합소득세부과처분취소 원 고 윤AA 피 고 용인세무서장 변 론 종 결

2011. 8. 25. 판 결 선 고

2011. 9. 29.

1. 피고가 2010. 5. 1. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 22,411,700원의 부과처분을 취소한다. 2 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1997. 10. 27.부터 수원시 팔달구 OO동 0000 BBBBB 000에서 CC 크레인이라는 상호로 건설기계도급 및 중기대여업을 영위해오고 있다.
• 나. 피고는, 원고와 DDDD산업개발 주식회사(이하 '이 사건 거래회사'라 한다) 사이에 2004년 제2기분에서 50,610,000원 상당의 매출누락 불부합자료가 발생하지 2010. 5. 1. 원고가 2004년 소득신고에 있어 50,610,000원 상당의 매출액을 과소 신고하였다는 이유로 원고에게 2004년 귀속 종합소득세 22,411,700원을 부과하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 피고는 2010. 9. 16. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나,

2010. 11. 9. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취 지

• 가. 원고의 주장 원고는 2004년 매출액을 모두 정당하게 신고하였는데, 다만 원고는 당시 건강이 좋지 않아 이 사건 거래회사 또는 원고의 아들인 윤EE이 편의상 원고를 대신해서 원고 명의의 세금계산서를 발행하여 매출세금계산서는 원고에게 주고, 매입세금계산서는 이 사건 거래회사가 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받기로 하였는데, 이 사건 거래회사가 매출액 조율과정에서 폐기하기로 한 세금계산서들을 자신의 매입액으로 신고하였기 때문에 결과적으로 실제거래금액보다 초과하여 신고하게 되어 이 사건 거래 회사와의 사이에 불부합자료가 발생하게 되었다. 즉 구체적으로는, 을 제6호증으로 첨부된 2004. 8. 31.자 세금계산서 5장 중 수기로 작성된 공급가액 6,000,000원의 세금계산서 1장과 공급가액 5,500,000원의 세금계산서 2장, 합계 3장(이하 !이 사건 1세금계산서’라고 한다)은 이 사건 거래회사와 매출액에 대한 협의를 하는 과정에서 임시로 작 성된 것이고, 2004. 9. 30.자 세금계산서 3장, 2004. 10. 31.자 세금계산서 2장도 모두 임시로 작성된 것에 불과하다(이하 위 2004. 9. 30.자 및 2004. 10. 31.자 세금계산서 5장을 ’이 사건 2세금계산서’라 한다).
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 부가가치세법 제16조 제1항, 동볍 제22조 제2항 제1호 취지에 비추어 보면 QQQ가 세금계산서를 발행하여 제3자에게 교부한 때에는 그 세금계산서가 허위로 작성되었다는 등의 특단의 사유가 없는 한 그 세금계산서의 기재내용과 같은 재화 또는 용역의 공급이 있었던 것이라고 보아야 한다(대법원 1987. 6. 23. 션고 86누663 판결). 따라서 그 세금계산서가 허위로 작성되었다거나, 기재내용이 사실과 다르다는 등의 사유는 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있다고 할 것이다. 이와 같은 법랴에 비추어 보건대, 갑 4호증의 1, 2, 갑 제7호증의 각 일부기재, 증인 윤EE, 임FF의 각 일부증언(아래에서 취신하는 부분 제외)만으로는 이 사건 2세금계산서가 허위라는 점을 인정하기에 부족하고, 달라 이를 인정할 증거가 없다. 게다가 을 제2 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 점들 즉, 이 사건 거래회사는 이 사건 2세금계산서들을 정상적으로 신고하고 부가가치세 관련 매입 세액을 공제받은 점, 이 사건 2세금계산서에는 모두 원고의 도장이 날인되어 있는 점, 원고가 이에 대한 부가가치세를 납부한 점, 원고와 이 사건 거래회사 사이에서는 2005 년 2기부터 2007년 1기까지는 불부합이 발생하지 않은 점 등에 비추어 보면 이 사건 2세금계산서는 정상적으로 발행되었다고 할 것이다. 다만, 을 제6호증의 일부기재, 증인 윤EE, 임FF의 각 일부증언에 의하여 인정 되는 다음과 같은 점들 즉, 이 사건 1세금계산서를 포함한 2004. 8. 31.자 각 세금계산서는 동일한 날짜에 장비사용료라는 동일한 명목으로 5장의 세금계산서가 발행되어 다소 이례적인 점, 대부분 타자 등에 의하여 내용이 기재된 다른 세금계산서들과 달라 이 사건 1세금계산서는 수기로 작성되었고, 사업에 관련된 메모나 낙서 등이 기재되어 있는 점, 이 사건 1세금계산서 기재 합계액은 나머지 컴퓨터로 작성된 2004. 8. 31.자 세금계산서 2장의 합계액 22,260,000원(=560,000원+21,700,000원)에 포함되는 점 등에 비추어 이 사건 1세금계산서는 원고가 이 사건 거래회사와 금액에 대한 협의를 하는 과정에서 임시로 작성해준 것에 불과하여 이 사건 처분 중 이 사건 1세금계산서 기재 금액을 원고의 누락매출액에 포함하여 이에 대한 종합소득세를 부과한 부분은 위법하다. 그리고 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니지만, 적법한 자료가 없어서 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으므로(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누 4840 판결 등 참조), 위 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

따라서, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.