공사수익과 원가를 결산서에 반영하였으므로, 시공에 참여하지 않았다는 주장을 인정할 수 없음

사 건 2010구합17084 부가가치세부과처분취소 원 고 XX종합건설 주식회사 피 고 안산세무서장 변 론 종 결

2011. 10. 19. 판 결 선 고

2011. 12. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 7. 1. 원고에 대하여 한 2007년 제2기분 부가가치세 739,919,770원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 주식회사 XX홀딩스(변경 전 상호: XX건설 주식회사, HY건설 주식회사, 이하 ‘XX홀딩스’라 한다)와 함께 2003. 10. 20. 금산군으로부터 금산아인지구 토지구획정리사업공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공동수급(지분비율은 원고가 60%, 피고가 40%이다)하였는데 최초 계약금액은 9.232.000.000원이었으나 이후 여러 차례 변경되어 2007. 9. 13. 최종 계약금액이 10,340,910,000원으로 변경되었고, 이 사건 공사는 2007. 10. 23. 완료되었다.
• 나. 원고는 이 사건 공사가 진행되는 과정에서 1, 2차 기성대금 합계 1,029,910,000원 중 원고 지분 60%에 해당하는 합계 617,946,000원(부가가치세 포함)을 금산군으로 부터 수령하고, 이에 대하여 2007. 7. 19.자 및 2007. 9. 20.자 각 매출세금계산서를 발행하여 2007년 제2기분 부가가치세를 신고하였으나, 계약금액 10,340,910,000원에서 위 기성대금을 제외한 잔금 9,311,000,000원 중 원고 지분 60%에 해당하는 5,586,600,000원의 매출액에 대하여는 부가가치세 신고를 하지 않았다.
• 다. 피고는 2009. 7. 1. 원고에 대하여 이 사건 공사 중 위 잔금에 해당하는 잔여공사(이하 ‘이 사건 잔여공사’라 한다)의 공급가액에 대한 부가가치세 선고를 누락하였다는 이유로 2007년 제271분 부가가치세 739,919,770원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 9. 22. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2010. 9. 15. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 제15호증, 을 제1, 2, 5, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 공사계약 후 당초 예상과 달리 시공에 참여할 수 없게 되자 원고의 지분에 해당하는 이 사건 잔여공사의 시공권과 공사대금청구권을 2003. 11. 6. 공동 수급자인 XX홀딩스에 모두 양도하였고, 금산군에 용역을 제공한 바 없으므로, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.
• 나. 판단 갑 제16호증의 기재에 의하면 원고와 XX홀딩스는 2003. 11. 6. 이 사건 공사와 관련하여 원고의 지분 60%에 대한 시공권을 XX홀딩스에 위임하고 XX홀딩스는 이 사건 공사를 책임 시공하기로 하며, 공사대금 중 원고의 지분에 대해서는 원고와 XX홀딩스의 공동통장을 만들어 수령하여 입금 후 3일 이내 정산하기로 하고, 공사원가 발생에 따른 회계처리는 매입세금계산서 등을 XX홀딩스가 각 거래처로부터 일괄 접수하고 원고에게 비목별 공사원가내역과 함께 세금계산서를 발행하기로 한다는 취지의 약정을 체결한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 위 인정사실 및 갑 제2, 3, 6 내지 14호증, 을 제4, 5, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 윤MM의 일부 증언 이 법원의 금산군수에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 이 사건 공사계약은 2007. 3. 19., 2007. 6. 5., 2007. 9. 13. 모두 3차례 내용이 변경되었는데 원고는 변함없이 XX홀딩스와 함께 공동수급인으로 되어 있는 점, 원고는 자신의 지분에 해당하는 1, 2차 기성대금을 2007. 7. 19. 및 2007. 9. 21.에 실제로 지급 받았을 뿐만 아니라 이를 포함하여 이 사건 공사에 대한 자신의 지분비율에 따른 공사 대금 5,640,496,363원(부가가치세 제외 10,340,910,000원 ÷ 1.1 X 원고지분 60%)에 해당하는 공사수익과 공사원가를 2005년도, 2006년도, 2007년도 결산서에 계상하고 각 사업연도 법인세 신고 시에도 익금과 손금으로 산입하였음에도, 2007년 제2기분 부가가치세를 신고할 때에는 유독 이 사건 잔여공사 부분에 대한 매출세액을 제외한 점, XX홀딩스는 2004년경부터 2007년경까지 총 41억 원 상당의 매출세금계산서를 원고에게 발행하였고 원고는 이를 근거로 매입세액을 공제받았는데 이는 XX홀딩스가 하도급업체로부터 수령한 매입세금계산서에 대한 것으로 보이는 점(공동수급자는 기본적으로 민법상 조합의 성질을 가지는 것인바, 부가가치세법 시행규칙 제18조 제2항, 제1항에 의하면 위와 같은 경우 원고는 하도급업자들로부터 직접 세금계산서를 교부받은 것으로 볼 수 있다), 2005. 9.경부터 2007. 10.경까지 사이에 XX홀딩스의 요청에 따라 원고가 자신의 지분에 해당하는 이 사건 공사의 기성대금채권을 XX홀딩스에 양도하고 금산군의 승인을 받는 과정에서 오고 간 통지서나 승인 통보서, 양도ㆍ양수증서 등 서류에서도 원고와 XX홀딩스가 이 사건 공사를 공동시공하였다는 취지가 명시적이고 일관되게 기재되어 있는 점(원고는 금산군과 2005년경 이 사건 공사대금을 이 사건 공사구역 내 체비지로 변제받기로 약정한 바도 있다), 금산군은 원고가 공동수급자의 지위에서 탈퇴한 적이 없고 XX홀딩스가 이 사건 공사에 참여한 것으로 인식하고 있는 점, 원고가 이 사건 공사계약을 체결한 후 당초 예상과 달리 시공에 참여할 수 없게 된 사정에 대하여 수긍할만한 주장과 근거자료를 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합 하면, 원고가 XX홀딩스와 2003. 11. 6. 체결한 시공권 위임에 관한 약정은 이 사건 공사의 공동수급자 사이에 내부적으로 공사진행의 주도적인 역할이나 공사대금의 정산, 사후 처리 등에 관한 사항을 정한 것에 불과한 것으로 보이고, 갑 제17호증의 기재, 증인 윤MM의 증언만으로는 원고가 이 사건 공사의 시공에 전혀 참여하지 않은 채 XX홀딩스가 단독으로 시공하였다는 점을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.