비과세 요건을 갖춘 종전 주택이 철거된 후 나대지가 나중에 양도된 경우

1. 이 사건 소 중 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분, 농어촌특별세 부과처분 중 483,604원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분을 각 각하한다.

2. 피고가 2009. 12. 29. 원고에 대하여 한, 양도소득세 9,067,570원, 농어촌특별세 483,604원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 12. 29. 원고에 대하여 한 양도소득세 9,067,570원, 주민세 917,630원, 농어촌특별세 1,209,010원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1979. 4. 20. ○○시 ○○구 ○○동 422-3 대 221㎡ 및 그 지상 주택 39. 32㎡를 취득하였다.
• 나. ○○시는 1986. 5. 8. 위 토지 중 101㎡(이하 ’이 사건 대로부분’이라 한다)를 도시계획시설(대로)로 결정·고시하고, 1988. 1. 4. 나머지 120㎡(이하 ’이 사건 토지’라 한다) 중 41㎡에 대하여 도시계획시설(소로)로 결정·고시하였다.
• 다. ○○시는 1993. 7.경 이 사건 대로부분을 같은 동 422-1로 지번 분할한 후 그 지상 주택과 함께 수용하고, 1994. 6.경 위 주택을 철거하였으며, 그 수용보상금에 대 하여는 1세대 1주택 규정이 적용되어 양도소득세가 비과세되었다.
• 라. 원고는 2006. 4. 12. ○○시에 이 사건 토지에 대하여 토지매수청구권을 행사하였고, ○○시는 2009. 4.경 이 사건 토지 중 도시계획시설(소로)로 고시된 41㎡를 수용 하고, 나머지 79㎡는 협의매수 하였다.
• 마. 원고는 2009. 6. 19. 이 사건 토지에 관하여 개발제한구역 내 토지에 대한 양도소득세 50% 감면규정을 적용하여 양도소득세 5,440,545원, 주민세 544,054원 및 농어촌특별세 1,209,010원을 자진 신고·납부하였다.
• 바. 피고는, 2009. 12. 29. 원고에게 이 사건 토지가 개발제한구역 내 토지가 아니라는 이유로 양도소득세 9,067,575원(원고 신고금액 5,440,545원 + 증액 금액 3,627,030원), 농어촌특별세 483,604원(원고 신고금액 1,209,010원 - 감액금액 725,406원)을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다). 이 사건 처분시 주민세는 906,757원(원고 신고금액 544,054원 + 증액되어야 할 금액 362,703원), 가산금 10,880원으로 계산 되었으며, 가산금을 포함할 경우 증액되어야 할 금액은 373,580원(362,703원 + 10,880원)이다.
• 사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 3. 25. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2010. 9. 10. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 7, 8호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부 주민세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 소득세 납세지를 관할하는 해당 시장·군수가 되어야 하므로(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조), 이 사건 소 중 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다(현재 법령과 실무상 별도로 제소할 사실상 이익도 없다).

3. 이 사건 소 중 농어촌특별세 부과처분 중 483,604원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분 피고는 이 사건 처분시 농어촌특별세를 원고 신고금액 1,209,010원에서 725,406원을 감액하여 483,604원으로 경정하였으므로, 경정된 483,604원을 초과하는 부분은 더 이상 존재하지 아니하고, 따라서 이 사건 소 중 이 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

• 가. 원고 주장 이 사건 토지는 이 사건 대로부분과 일체를 이루어 그 지상에 있던 주택의 부수 토지였던바, 위 주택이 수용당시 1세대 1주택에 해당하였고, 이 사건 대로부분이 수용된 이후에 법적 제약 등으로 이 사건 토지를 타인에게 매도하는 것이 불가능하였으므로, 이 사건 토지의 양도는 1세대 1주택의 부수토지 양도로서 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따라 비과세 되어야 한다.
• 나. 쟁점 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 의하면, 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 1세대 1주택의 양도에 해당하는 경우, 당해 주택과 이에 딸린 부수토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있다. 원래 ’1세대 1주택’에 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 비과세소득이 되려면 양도 당시 그 지상에 주택이 정착되어 있어야 하는 것이지만, 종전의 주택이 도시계획사업의 시행으로 인하여 철거됨에 따라 나대지로 남게 된 그 부수토지를 양도하는 경우에는, 적어도 종전의 주택이 철거될 당시 소득세법 소정의 ’1세대 1주택’ 으로서의 비과세요건을 갖추고 있었던 이상, 그 후 그 부수토지가 나대지의 상태로 양도되었다는 이유만으로, ‘1세대 1주택’에 부수되는 토지가 아닌 것으로 보아 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과할 수는 없는 것이라고 해석하는 것이, 국세기본법 제18조 제1항 에 ’세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규 정된 세법해석의 기준에 합치되는 것이다(대법원 1992. 5. 12. 선고 92누1889 판결 참조). 그리고 피고 주장과 같이 부수토지 비과세를 판단함에 있어서 기한 제한이 있고, 나아가 부수토지 양도 당시에도 1세대 1주택 요건을 갖추어야 한다고 보기 위해서는 명시적인 법령규정이 있어야 하나, 명시적 규정이 없다.

1994. 6.경 이 사건 대로부분이 그 지상 주택과 함께 수용될 당시 원고는 1세대 1주택 규정에 의해 양도소득세 비과세 요건을 갖추고 있었고, 그 후 원고의 이 사건 토지에 대한 토지매수청구권을 행사에 의하여 2009. 4.경 ○○시가 이 사건 토지 중 41㎡는 수용, 나머지 79㎡는 협의매수한 사실은 앞서 본바와 같으므로, 이 사건 토지 중 95.6㎡[ = 196.6㎡(= 주택면적 39.32㎡ x 5배) - 이 사건 대로부분 101㎡]는 1세대 1 주택에 부수되는 토지로서 비과세 요건에 해당된다. 따라서 이 사건 토지 중 95.6㎡ 부분의 양도에 대하여는 양도소득세가 비과세되어야 함에도 과세대상임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 그리고 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니지만, 적법한 자료가 없어서 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으므로(대법원 1992. 7. 24. 선고 92 누4840 판결 등 참조), 위 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면, 이 사건 소 중 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분, 농어촌특별세 부과 처분 중 483,604원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 각 부적법하여 이를 각하 하고, 나머지 부분은 이유 있어 이를 인용한다.