농지 대토에 대한 양도소득세 감면

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2009. 4. 6. 원고에 대하여 한 양도소득세 48,416,879원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1997. 12. 29. AA시 BB구 CC동 55-1 답 6.264m 2 및 같은 동 55-3 탑 331m 2 및 같은 동 181 답 2,559m 2 (이하 순서대로 ‘제1토지’, ‘제2토지’, ‘제3토지’라 하고, 일괄하여 ‘이 사건 토지들’이라 한다) 중 각 1/2지분을 취득하였다가, 2006. 12. 20. 공익사업의 시행자인 DDDDDD와 협의가 이루어짐에 따라 위 지분을 DDDDDD에게 양도하였다.
• 나. 원고는 2007. 2. 27. 양도소득세 예정신고를 하면서, 이 사건 토지들의 양도가 농지대토에 의한 양도소득세 감면대상이라는 전제에서 양도소득세 100,000,000원을 감면 하는 내용으로 신고하였다.
• 다. 피고는 2009. 4. 1. 원고가 이 사건 토지들을 직접 경작하지 않았다는 이유로 농지대토에 의한 양도소득세 감면규정을 배제하고, 추가로 양도소득세 120,130,000원을 부과하는 처분을 하였다.
• 라. 조세심판원은 원고의 심판청구에 따라 2010. 6. 17. 원고가 제1토지에서 최소한 3년 7개월간 거주하면서 직접 경작하였다고 인정하여 제1토지의 1/2지분 양도에 대하 여 그 과세표준 및 세액을 경정토록 하면서도 원고가 제2. 3토지는 직접 경작하지 않았다는 이유로 제2, 3토지의 1/2지분 양도에 관한 심판청구는 기각하는 결정을 하였다.
• 마. 피고는 그 무렵 위 조세심판원의 결정 취지에 따라 원고에게 71,713,121원을 환급하여 주었다(이하 당초 양도소득세 부과 처분 중 환급으로 인하여 감액되고 남은 양도소득세 48,416,879원 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2. 3호증, 을 1호증(가지번호 포함)의 각 기재

• 가. 원고의 주장 원고는 제2, 3토지를 직접 경작하였으므로, 제2, 3토지 중 1/2지분의 양도는 조세특례제한법 제70조 제l항에서 규정하는 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다.
• 나. 관계법령
• 다. 판 단 법 제70조 제1항, 법 시행령 제67조 제2항의 규정을 종합하면 양도소득세를 감면받기 위해서는 당해 농지를 직접 경작한 경우여야 하므로, 원고가 제2, 3토지를 직접 경작하였는지 여부에 관하여 본다. 먼저, 원고가 제2, 3토지를 직접 경작하였다는 점에 부합하는 갑 9, 10호증의 각 기재는 단순한 진술에 불과할 뿐만 아니라, 을 7호증의 2, 3, 을 8호증의 1, 5, 을 9호증의 2, 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 DDDDDD는 원고 등으로부터 제2, 3토지를 협의취득하면서 그 영농보상금을 원고 가 아닌 신FF, 김GG에게 지급하였는데, 당시 원고는 DDDDDD에게 신FF, 김GG가 제2, 3토지를 경작하였다는 확인서를 작성·제출하였다는 점에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다. 그리고 갑 3 내지 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고는 ① 2002. 10.17.부터 2006. 2. 19.까지 문HH로부터 AA시 BB구 CC동 185-1 소재 방 2칸을 임차하였고, ② 농지원부상 원고가 제3토지를 직접 경작한 것으로 기재되어 있으며, ③ 2005. 7. 20.부터 2006. 4. 20. 사이에 총 169,000원 상당의 농약 등을 구입하였고, ④ 1998. 1. 14. 신FF과 장마농원에서 얻는 수입을 6:4의 비율로 분배하기로 약정한 사실, 또한 ⑤ 조세심판원은 위와 같은 자료에 근거하여 원고가 제1토지를 직접 경작 하였다고 인정해준 사실이 인정되지만, 앞서 본 바와 같이 원고 스스로 DDDDDD에게 작성·제출한 확인서의 내용과 원고가 아닌 신FF, 김GG가 제2, 3토지에 대한 영농보상금을 수령하였다는 사정이 확인된 마당에 위와 같은 사정들만으로는 원고가 제1토지 이외에 제2, 3토지 역시 직접 경작하였다고 인정하기 부족하다. 원고가 제2, 3토지를 직접 경작하였음을 인정하기 위해서는 원고가 제2, 3토지를 직접 경작하였음에도 불구하고 위와 같은 확인서를 작성·제출한 경위 등에 대한 합리적으로 납득이 되는 설명과 함께 장미 경작으로 인한 수입 등에 대하여 보다 직접적이고 구체적인 증거들이 필요하다고 할 것인데 원고는 다른 증거를 제출하지 못하고 있다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 다.