전산장비 매입관련 실물거래없는 가공세금계산서를 수취하였는지 여부

1.피고가 2009. 4. 8. 원고에 대하여 소득자를 황AA(주소: ○○ ○○구 ○○동 988-1 ◇◇아파트 7동 903호)으로 하여 한 2001 사업연도 상여소득금액 935,343,000원, 2002 사업연도 상여소득금액 311,782,000원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다. 2.원고의 나머지 청구를 모두 기각한다. 3.소송비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 주문 제1항 및 피고가 원고에 대하여 한, 2009. 3. 1.자 2001년 2기분 부가가치세 292,734,250원 부과처분, 2009. 4. 1.자 2001. 4. 1. - 2002. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 357,126,440원 부과처분을 모두 취소한다(을 제1, 2호증 기재 고지일을 처분일로 특정한다).

• 가. 국군□□부(이하 ’□□부’라 한다)는 국방의료정보체계 정비사업에 필요 한 하드웨어, 소프트웨어, 기타 관련 장비 등(이하 ’이 사건 물품’이라 한다)의 구매와 관련하여, 2001. 9. 5. 주식회사 △△즈(이후 상호를 ’원고’로 변경하였다. 이하 ’원고’라 한다)와 계약기간은 2001. 9. 5. - 2001. 12. 31.로 하여 이 사건 물품을 대금 1,499,300,000원(부가가치세 136,300,001원 포함)에 공급받기로 하는 납품계약을 체결 하였다(이하 ’이 사건 매출거래’라 한다).
• 나. 원고는 2001. 10. 10. ▽▽ 주식회사(이후 상호를 ’▽▽이 주식회사’로 변경하였다. 이하 ’▽▽이’라 한다)와 이 사건 물품을 대금 1,247,125,000원 (부가가치세 113,375,000원 포함)에 2001. 12. 31.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을 체결하였다(이하 ’이 사건 공급계약’이라 한다).
• 다. 원고는 이 사건 매출거래와 관련하여 2001. 10. 31., 2001. 11. 24., 2001. 12. 26.자로 □□부 등에게 공급가액 합계 1,499,300,000원의 매출세금계산서 3장을 발행하였고, 2001. 10. 31. ▽▽이로부터 공급가액 1,247,125,000원의 매입세금계산서(이하 ’이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받아 원고의 2001년도 2기분 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서에 상응하는 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였고, 이를 반영하여 2001 사업연도(2001. 4. 1. - 2002. 3. 31.) 법인세를 신고하였다.
• 라. 이 사건 매출거래와 관련하여, 원고는 □□부로부터 2001. 11. 20. 103,000,000원, 2001. 12. 31. 103,000,000원을 각 지급받았고, 군인공제회로부터 2001. 12. 6. 1, 293,300,000원을 지급받았다.
• 마. ▽▽이는 (주)☆☆스에 대한 자료상 혐의 조사과정에서 원고에 대한 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서임을 시인하고, 2006. 12. 1. 삼성세무서장에게 이를 부인하는 내용으로 부가가치세를 수정신고(이하 ’이 사건 수정신고’라 한다)하였고, 삼성세무서장은 피고에게 이를 과세자료로 통보하였다.
• 바. 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 이 사 건 공급계약에 의한 거래는 실재(實在)거래가 아닌 가공거래라는 이유로, 원고에게 200 9. 3. 1.(고지송달일 2009. 3. 3.) 2001년도 2기분 부가가치세 292,734,250원(이하 ’이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다), 2009. 4. 1.(고지송달일 2009. 4. 4.) 2001 사업연도 법인세 357,126,440원(이하 ’이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을 각 경정·고지하였고, 2009. 4. 8. 소득자를 당시 대표자인 황AA(주소: ○○ ○○구 ○○동 988-1 ◇◇아파트 7동 903호)으로 하여 2001년 귀속분 상여소득금액 935,343,000원, 2002년 귀속분 상여소득금액 311,782,000원의 소득금액 변동통지(이하 ’이 사건 변동통지’라 하고, 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분과 통틀어 ’이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다.
• 사. 원고는 2009. 5. 18. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2010. 6. 8. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 10, 11호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장 아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하다.

1. 이 사건 공급계약에 의한 거래는 원고와 ▽▽이 사이의 정상적인 거래에 따른 것으로서 위장매입이 아니며, 원고는 이 사건 물품의 실제공급자가 ▽▽이가 아니라는 점을 알지 못했고 이에 대한 과실도 없다.

2. 이 사건 공급계약에 의한 거래로 지출한 1,247,125,000원은 손금으로 인정되어야 하며, 이 사건 법인세 부과처분은 제척기간을 도과하여 무효이다.

3. 위 1,247,125,000원은 ▽▽이 등 제3자에게 귀속되었음이 명백하고, 이 사건 법인세 부과의 제척기간이 도과하였으므로 이 사건 변동통지도 무효이다.

• 나. 쟁점 법령 별지 기재와 같다(인용시 개정 연도를 표시하지 아니한다).
• 다. 판단

1. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

• 가) 앞서 든 증거와 갑 제7, 8, 9호증, 을 제3, 4호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실과 사정을 인정할 수 있다.

① 원고는 2001. 10. 30.경 □□부에 이 사건 물품의 납품 및 설치를 완료하였다.

② 원고의 ▽▽이에 대한 이 사건 물품 발주서에는 발주일이 2001. 10. 31.인 것으로 기재되어 있다.

③ 성동세무서장의 (주)☆☆스에 대한 세무조사 결과에 의하면, (주)☆☆스의 ▽▽이에 대한 이 사건 물품과 관련된 2001년 2기 매출액 802,000,000원은 실물거래 없이 이루어진 가공거래이다.

④ ▽▽이는 이 사건 공급계약에 의한 거래가 실물거래 없이 이루어진 가공거래임을 인정하고, 2006. 12. 1. 부가가치세 수정신고를 하였다.

⑤ ▽▽이는 2001. 10. 5. 이 사건 물품 납품과 관련된 내부 품의서(을 제4호증)를 작성하면서 계약서를 첨부하였는데, 이는 2001. 10. 10. 원고와 이 사건 공급계약을 체결하기 이전이다.

⑥ 원고는 2001. 12. 6. 이 사건 물품에 대한 대금 1,293,300,000원을 입금받자마자 같은 날 ▽▽이에 1,247,1 25,000원을 이체하였고, 이를 받은 ▽▽이도 같은 날 (주)☆☆스에 882,200,000원, (주)●●크에 363,825,000원 등 합계 1,246,025,000원을 이체하였다. 위 인정사실 및 사정을 종합하면, 원고와 ▽▽이 사이의 이 사건 공급계약에 의한 거래는 실물거래에 의한 정상적인 거래가 아니고, 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하는 것으로 보인다. 결국 이 사건 세금계산서 기재 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

• 나) 한편 원고는, 물품의 실제 공급자와 이 사건 세금계산서상의 공급자인 ▽▽이가 다르다는 점을 알지 못하였고, 이에 대한 과실이 없다고 주장한다. 실제 공급자와 세금계산서 상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 할 것인데(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조), 이 사건 물품이 □□부에 납품된 시기와 원고의 ▽▽이에 대한 발주서 작성일이 불일치한 점 등 위 인정사실에 나타난 사정에 비추어 보면, 원고는 ▽▽이가 이 사건 물품의 실제 공급자가 아니라는 점을 알고 있었거나 알지 못한데 과실이 있었다고 보이므로, 위 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부 가) 법인세법상 손금산입 대상인지 여부 법인세법 제19조 제1, 2항에 의하면, 손금이란 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 법인세법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액이고, 손비란 법인세법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것을 말한다. 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라는 점은 앞서 본 바와 같고, 그러한 사정 하에서 원고의 지배하에 있던 1,247,125,000원이 ▽▽이 계좌에 입금되었다는 사실만으로는 그 금전이 직접적으로 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로 볼 수는 없고, 수익과 직접 관련된 것이라고 보기도 어렵다. 따라서 위 1,247,125,000원은 법인세법상 손금산입 대상이 되지 아니한다.

• 나) 법인세 부과제척기간 도과 여부 국세기본법 제26조의2 제l항 제1호에 의하면, 국세 부과의 제척기간은 ’납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년’이라고 규정하고 있다. 원고가 ’사기나 그 밖의 부정한 행위’로써 법인세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당하는지가 쟁점이다. 법인이 가공매입세금계산서를 수취하여 이를 근거로 부가가치세를 신고하는 경우에는 당해 법인은 부가가치세만을 포탈하는데 그치지 않고, 가공매입액에 상응하는 금액의 손금산입에 의해 법인세도 포탈하게 된다. 이 사건에서 원고가 가공매입 세금계산서인 이 사건 세금계산서를 근거로 2001년도 2기분 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 신고한 사실은 앞에서 인정한 바와 같고, 가공매입세금계산서 수취 및 이에 근거한 신고행위는 ’사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하므로(대법원 1996. 6. 14. 선고 95도1301 판결, 대법원 2005. 9. 30. 선고 2005도4736 판결 등 참조), 원고는 ’사기나 그 밖에 부정한 행위’로써 법인세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받은 경우에 해당한다. 따라서 피고의 이 사건 법인세 부과처분은 부과제척기간이 도과되지 아니하였다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다. 다)소결 결국 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

3. 이 사건 변동통지의 적법 여부 법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분 되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천 징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다(대법원 1989. 3. 14. 선고 85누451 판결, 대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 등 참조). 한편, 법인의 대표자가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상 하여 소득을 은닉한 사안에서, 그 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출 되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 ’납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수는 없고, 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 5년이 된다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 참조). 앞에서 인정한 사실관계에 의하더라도, 원고가 위와 같이 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상한 것은 그 경위에 비추어 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 당시 원고의 대표자인 황AA이 장차 위와 같이 은닉된 원고의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 원고의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ’납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수는 없고, 그렇다면 황AA의 2001, 2002년 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이 된다고 보아야 하므로, 늦어도 2008. 6. 1. 그 부과제척기간이 모두 도과되었다. 따라서 황AA의 2001, 2002년 귀속연도 소득세 납세의무는 그 부과제척기간의 도과로 인하여 소멸하였고, 이에 따라 원고의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.