터파기 공사용역에 대한 매입세액 공제여부

1. 피고가 2009. 12. 1. 원고에게 한 2007년도 제2기분 부가가치세 110,737,960원, 2008년도 제2기분 부가가치세 71,544,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 건물신축판매업을 영위하는 사업자로서 2008. 9.경 ○○ ○○구 ○○동 550-3 토지(이하 ’이 사건 토지’라 한다) 위에 지하 3층, 지상 10층 규모의 근린생활시설인 ’☆☆’(이하 ’이 사건 상가건물’이라 한다)를 신축하였다.
• 나. 이 사건 상가건물은 원래 소외 ◇◇건설 주식회사(이하 ’◇◇건설’이 라 한다)가 2003. 9. 30. 이 사건 토지 취득 후 소외 주식회사 △△건설(이하 ’△△건설’이라 한다)로 하여금 그 신축공사를 하게 하였으나 그 신축을 위한 이 사건 토지 지하 터파기 공사 중 ◇◇건설의 부도로 그 신축공사가 중단되었고, △△건설은 위 터파기 공사대금 채권을 피담보채권으로 하여 이 사건 토지에 대한 유치권(이하 ’이 사건 유치권’이라 한다)을 주장하고 있었다.
• 다. 그 후 원고가 2007. 7. 19. 이 사건 토지를 취득하고 이 사건 상가건물을 신축하게 되면서 △△건설에게 이 사건 유치권 포기 대가로 1,450,000,000원을 지급(이하 ’이 사건 지급’이라 한다)하고 △△건설로부터 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 하였다.
• 라. 국세청장은 피고에 대한 감사를 실시하면서 이 사건 유치권 포기는 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는데도 원고가 위와 같이 매입세액 공제를 한 것은 부당하다며 시정지시를 하였고, 이에 피고는 2009. 12. 1. 원고에게 2007년도 제2기분 부가가치세 110,737,960원, 2008년도 제2기분 부가가치세 71,544,000원을 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.
• 마. 원고는 2010. 2. 24. 국세청장에게 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나 2010. 5. 17. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 4 내지 7호증의 각 기재, 변론 전 체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 이 사건 지급은 부가가치세 과세대상인 이 사건 토지 지하 터파기 공사 용역 공급대가를 지급한 것이므로 이 사건 지급 관련 매입세액은 공제되어야 한다(이하 ‘주장 ①’이라 한다).

(2) 원고는 이 사건 지급과 같은 경우 부가가치세가 부과되지 않는다는 국세청 홈페이지의 회신을 신뢰하여 이 사건 지급을 한 것인데 피고는 그 신뢰에 반하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 위반된다(이하 ’주장 ②’이라 한다).

• 나. 피고의 주장 이 사건 지급은 이 사건 유치권 포기 대가를 지급한 것인바 이러한 유치권 포기는 부가가치세 과세대상인 거래에 해당하지 않을 뿐만 아니라 설령 그러한 거래에 해당할 지라도 이 사건 지급은 이 사건 토지 취득 관련 비용이므로 그 지급 관련 매입세액을 공제해서는 안 된다.
• 다. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 라. 판단

(1) 살피건대 갑 제3 내지 5호증의 각 기재에 의하면 ◇◇건설은 이 사건 토지 취득대금과 이 사건 상가건물 신축 공사대금을 소외 □□은행 외 8개 상호저축은행(이하 ’대주단’이라 한다)으로부터 대출받으면서 그 담보로 이 사건 토지를 소외 ▽▽은행에 신탁하되 ◇◇건설의 법정관리, 화의신청 등으로 인하여 공사 등이 중단될 경우 이 사건 사업시행권을 포기하기로 하는 각서를 대주단에게 작성하여 준 사실, 그런데 앞서 본 바와 같이 △△건설이 이 사건 토지 지하 터파기 공사 중 ◇◇건설이 부도가나 ▽▽은행과 대주단은 ◇◇건설과의 합의하에 이 사건 토지 소유권 및 이 사건 상가건물 신축사업시행권을 타에 양도하기로 한 사실, ◇◇건설의 대표이사인 소외 안AA는 ◇◇건설의 분양대금채무 및 이 사건 유치권의 피담보채무를 이 사건 토지 매수인이 인수하는 조건으로 이 사건 토지 처분에 동의한 사실, ▽▽은행과 원고는 2007. 7. 19. 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결한 사실을 인정할 수 있다. 한편 원고가 이 사건 토지를 취득하고 이 사건 상가건물을 신축하게 되면서 △△건설에 이 사건 지급을 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실에 의하면 이 사건 지급은 ◇◇건설이 △△건설에 부담하는 이 사건 토지 지하 터파기 공사대금채무를 인수한 원고가 이를 변제한 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 지급 관련 매입세액은 원고가 이 사건 상가건물의 신축사업을 위하여 사용된 이 사건 토지 지하 터파기 공사 용역에 대한 세액이므로 주장 ①은 이유 있다.

(2) 이에 대하여 피고는 이 사건 지급 관련 매입세액은 공제되어서는 안 되는 토지 관련 매입세액에 해당한다고 주장하므로 살피건대 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정된 것) 제17조 제2항 제4호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입 세액으로 ’부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’을 규정 하고 있고, 같은 법 제12조 제1항 제12호는 ’부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급’으로 ’토지의 공급’을 들고 있으며, 같은 법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제60조 제6항은 같은 법 제17조 제2항 제4호에서 ’대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 ’토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련 된 매입세액’(제1호), ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’(제2호), ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)이라고 하고 있다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 지급은 이 사건 상가 건물 신축과 관련하여 발생된 이 사건 토지 지하 터파기 공사대금채무를 변제한 것이므로 이 사건 지급 관련 매입세액을 이 사건 토지 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액이나 이 사건 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 그 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 보기는 어렵다(이 사건에서는 위 시행령 제60조 제6항 제2호의 매입세액은 문제되지 않는다). 따라서 피고의 주장은 이유 없다.

(3) 결국 주장 ②에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.