건물 축조를 위해 건축물 명도와 관련된 철거용역비를 지출한 경우 공제대상 매입세액 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2008. 5. 1. 원고에 대하여 한 2005년 271분 부가가치세 80,075,830원, 2006년 1기분 부가가치세 31,430,500원, 2007년 2기분 부가가치세 39,909,670원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 그 자산을 상당한 기간과 자금이 소요되는 오피스빌딩 개발사업 등 특정 사업에 운용할 목적으로 2005. 9. 26. 설립된 투자회사이다.
• 나. 원고는 서울 종로구 신문로1가 29 일원 토지(이하 ‘이 사건 사업부지’라고 한다) 에 오피스빌딩을 신축ㆍ분양하기 위하여 2005. 10.경까지 이 사건 사업부지 및 그 지 상 건축물의 상당 부분을 취득한 다음, 2006. 3. 15. 미○에셋랩스자산운용 주식회사와 사이에, 원고가 미○에셋맴스에게 이 사건 사업부지 및 그 지상에 신축하는 오피스빌딩을 대금 273,738,689,000원에 매도하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.
• 다. 한편, 원고는 2005. 10. 26. ☆표엠디 주식회사(이하 ‘☆표엠디’라고만 한다)와 사 이에, 원고가 ☆표엠디로부터 이 사건 사업부지 내 지상 건축물의 임차인 등 점유자로 부터의 건축물 명도, 명도받은 건축물의 관리 및 불법 점유자 차단 등의 용역 업무를 공급가액 2,700,000,000원(이하 ’이 사건 용역비’라고 한다)에 제공받기로 하는 내용의 용역계약을 체결한 다음, ☆표엠디에게 이 사건 용역비로 2005년 2기에 1,350,000,000원, 2006년 1기에 540,000,000원, 2007년 2기 에 810,000,000원을 각 지급하였다.
• 라. 원고는 피고에게, 2005년 271분, 2006년 171분 및 2007년 2기분 부가가치세 과세표준 및 세액 예정ㆍ확정신고를 함에 있어서, 이 사건 용역비를 이 사건 사업부지 및 신축하는 오피스빌딩에 공통으로 관련되어 사용된 비용으로 보고 그 비용에 대한 매입세액을 안분계산하여 오피스빌딩분 관련 매입세액을 환급세액 내지 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하였다.
• 마. 피고는 2008. 2. 20.부터 같은 달 29.까지 원고에 대한 실지조사를 거친 후, 이 사건 용역비에 대한 매입세액이 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 소정의 토지 관련 매입세액에 해당한다고 보아 위 각 부가가치세 과세표준 및 세액 신고시 위 용역비와 관련하여 환급세액이나 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고한 부분을 환급세액 에서 제외하거나 매출세액에서 불공제하는 것으로 과세표준과 세액을 경정한 다음 가 산세를 부가하여, 2008. 5. 1. 원고에 대하여 2005년 271분 부가가치세 80,075,830원, 2006년 1기분 부가가치세 31,430,500원, 2007년 2기분 부가가치세 39,909,670원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2호증의 1내지 6, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 용역비는 위 오피스빌딩을 신축하기 위하여 소요된 비용이므로 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에서 말하는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 비용으로 볼 수가 없을 뿐만 아니라, 더욱이 원고는 이 사건 사업부지 지상의 건축물을 취득한 다음 이를 임대할 목적으로도 위 용역비를 지출한 것이므로, 어느 모로 보나 위 용역비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호 에 의하면, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지 관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 법령의 연혁, 취지 및 문맥 등에 비추어 보면, 매입세액 불공제 대상으로서 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’ 에서의 ‘토지만을 사용하는 경우’라 함은 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함한다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 1. 선고 2007두2524 판결 등 참조). 그러므로 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 사업부지 및 그 지상 건축물을 취득한 다음 그 지상 건축물을 철거하고 오피스빌딩을 신축하기 위하여 이 사 건 사업부지 및 그 지상 건축물을 취득한 것이고, 이 사건 용역비는 위 건축물의 철거를 위하여 ☆표엠디에게 위 건축물에 거주하는 임차인 등으로부터의 건축물 명도와 관련한 용역 업무를 위임하고 지출한 것이어서, 이 사건 용역비는 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제2호 의 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 을 사용하는 경우에 있어서 건축물의 철거비용에 포함되는 것으로서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 비용이라고 봄이 상당하므로, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 의하여 이 사건 용역비에 대한 매입세액은 환급세액이나 매출세액에서 공제되는 매입세액이 되지 아니한다고 할 것이고, 또한 원고는 위와 같이 이 사건 사업부지 지상의 건축물을 철거하고 오피스빌딩을 신축하기 위하여 이 사건 사업부지 및 그 지상 건축물을 취득한 것이지, 기존의 건축물을 이용하여 임대사업을 하기 위한 것이 아 님은 앞서 본 바와 같고, 원고가 기존의 건축물을 이용하여 임대사업을 하였다고 볼 만한 자료도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역비가 기존의 건축물을 임대하는 사업에 소요된 비용이라고 볼 수도 없다.

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.