확인서와 전말서에 매출누락의 구체적 내용이 없는 경우 근거과세 적정여부

1. 피고 이천세무서장이 2009. 4. 1. 원고에 대하여 한, 2004년도 귀속분 법인세 421,371,710원의 부과처분 중 33,561,268원을 초과하는 부분, 2005년도 귀속분 법인세 253,245,210원의 부과처분 중 210,059,608원을 초과하는 부분, 2004년도 귀속 분 1,182,198,453원의 소득금액변동통지 중 221,265,000원을 초과하는 부분과 피고 마포세무서장이 2007. 7. 15. 원고(EEE지점)에 대하여 한 2004년도 2기 귀속분 부가가치세 210,585,510원의 부과처분 중 18,311,241원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/5은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다. 청구취지 피고 이천세무서장이 원고에 대하여 한 별지 도표 이 사건 처분란 기재와 같은 법인세 합계 739,141,850원, 부가가치세 합계 503,444,580원과 2,231,246,920원의 소득금액변동통지처분 및 피고 마포세무서장이 원고(EEE지점)에 대하여 한 별지 도표 이 사건 처분란 기재와 같은 부가가치세 합계 247,232,380원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2001. 6. 29.부터 가구제조 및 도소매업을 영위하여 온 법인으로 4개의 지점(EEE지점, FFF지점, GG지점, HHHH지점)과 30여 개의 대리점을 운영하고 있다.
• 나. 피고 이천세무서장은 원고 HHHH지점의 지사장이자 원고 대표이사 정CC의 처남인 김AA의 탈세제보에 따라 2007년 5월경부터 2007년 7월경까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 후 김AA이 제출한 영업현황표(을 제15호증)와 원고 총무부장 박BB이 작성한 확인서(을 제16호증) 및 박BB의 컴퓨터에 저장된 매출관련 자료와 금전출납부 등을 근거로 원고의 전체 매출현황을 파악한 결과 원고의 매출누락액(이하 ‘이 사건 매출누락액’이라 한다)과 그에 대한 대응경비인 매입원가 및 인건비를 다음 도표 기재와 같이 판단하였고, 원고 대표이사 정CC과 원고 영업부장 박BB은 위 매출누락사실을 인정하는 내용의 전말서를 각 작성하였다.
• 다. 피고 이천세무서장은 매출누락액인 위 나항 도표 중 ① 합계란 기재 각 금액을 각 사업연도의 익금에 산입하고, 그에 대한 대응경비로 추인된 위 나항 도표 중 ② 매입원가 및 인건비 추인란 기재 각 금액을 각 사업연도의 손금에 산입하여, 2007. 7. 15. 별지 도표 이 사건 당초 처분란 기재와 같이 법인세를 경정하는 한편, 매출누락금액에서 위와 같이 손금에 산입된 매입원가 및 인건비 추인 금액을 제외한 나머지 금액인 위 나항 도표 중 ③ 차액란 기재 각 금액을 그 귀속이 불분명한 경우로 보아 각 사업연도별로 원고 대표이사 정CC에게 상여처분하고 2007. 8. 28. 별지 도표 이 사건 당초 처분란 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였으며 본사에 대한 위 매출누락금액에 대한 매출세액을 다시 계산하여 2007. 7. 15. 각 사업연도 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세를 별지 도표 이 사건 당초 처분란 기재와 같이 경정하였고, 피고 이천세무서장으로부터 세무조사결과를 통지받은 피고 마포세무서장도 EEE지점의 매출 누락금액에 대한 매출세액을 다시 계산하여 2007. 7. 15. 원고 EEE지점에 대한 부가 가치세를 별지 도표 이 사건 당초 처분란 기재와 같이 경정(이하 ‘이 사건 당초 처분’ 이라 한다)하였다.
• 라. 원고는 이 사건 당초 처분에 불복하여 2007. 10. 16. 이의신청을 거쳐, 2008. 3. 10. 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2008. 6. 16. 이 사건 당초 처분에 대하여 그 과세표준과 세액을 재조사하여 경정한다는 결정을 하였는데, 국세청장의 위와 같은 재조사결정에 따라 피고 이천세무서장은 2008. 7. 16.부터 2008. 8. 5.까지 재조사를 실시한 후 2008. 8. 14. 이 사건 당초 처분이 정당한 것으로 판단하고, 2008. 8. 20. 이를 원고에게 통지하였고, 원고는 2008. 11. 18. 국세청장에게 다시 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2009. 1. 30. 원고의 심사청구를 기각하였다.
• 마. 피고 이천세무서장은 2008. 2. 1. 이 사건 당초 처분 중 2004년 귀속 법인세에 증빙미수취가산세 15,400,000원을 더하여 2004년 귀속 법인세를 325,094,580원으로 증액경정하였고, 2009. 4. 1. 주식회사 한화타임월드에 대한 매출누락액 37,125,000원을 익금산업하고, 당초 매입원가로 추인한 김DD로부터의 원자재매입액 184,140,000원을 사실이 아닌 것으로 확인하고 손금불산업하여 2004년 귀속 법인세를 421,371,710원으로 증액경정하면서, 같은 날 위 익금산입액과 손금불산입액을 합한 221,265,000원(= 매출누락액 37,125,000원 + 원자재매입액 184,140,000원)을 대표자 상여처분하여 2004년 소득금액변동통지액을 1,182,198,453원으로 증액경정하였으며 같은 날 당초 매입원가로 추인한 김DD로부터의 원자재매입액 90,113,000원도 사실이 아닌 것으로 확인하고 손금불산입하여 2005년 귀속 법인세를 253,245,210원으로 증액경정하면서, 위 손금불산입액을 대표자 상여처분하여 2005년 소득금액변동통지액을 859,954,129원으로 증액 경정하였다. 위와 같은 각 증액경정을 거쳐 이 사건 당초 처분은 별지 도표 이 사건 처분란 기재와 같이 경정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)되었다.
• 바. 한편, 피고 이천세무서장은 원고와 정CC을 아래 도표 기재와 같이 2003년부터 2005년까지 수입금액 5,423,963,565원(위 처분의 경위사실 나항 도표 기재 매출누락 합계액은 부가가치세를 포함한 금액이고, 위 수입금액은 부가가치세를 제외한 금액이 다)을 누락하여 부가가치세(542,396,355원)와 법인세(361,613,091원)를 포탈한 혐의로 수원지방검찰청 여주지청에 고발하였는데, 수사결과(이하 ‘이 사건 수사결과’라 한다) 아래 도표 기재와 같이 수입금액 4,020,808,953원을 누락하여 부가가치세(402,080,894원)를 포탈한 혐의에 관하여는 기소되어 수원지방법원 여주지원 2008고단338호 사건에서 유죄판결(이하 ‘이 사건 관련 형사판결’이라 한다)이 선고된 후 그 판결이 항소되지 않아 확정되었고, 법인세를 포탈한 혐의에 관하여는 정CC은 증거불충분으로 무혐의 처분을, 원고는 이미 폐업하여 현존하지 않고 있다는 이유로 공소권없음 처분을 받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2 내지 4, 13, 14호증, 을 제1 내지 16, 22 내지 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고 이천세무서장의 본 안전 항변에 대한 판단

• 가. 피고 이천세무서장은, 이 사건 당초 처분 이후 증액된 별지 도표 증액란 기재 2009. 4. 1.자 소득금액변동통지는 이 사건 당초 처분의 소득금액변동통지와는 별개의 과세처분으로 전심절차를 거쳤음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분에 대한 취소청구는 부적법하다고 주장한다.
• 나. 살피건대, 당초의 조세부과처분에 대하여 적법한 취소청구 소송이 계속 중 동일 한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정 이 있는 경우에 당초의 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유가 경정결정 또 는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되어 경정결정, 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우라면 원고는 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 또 청구취지변경시를 기준으로 제소기간 준수 여부를 따로 따질 필요도 없는 것이 다(대법원 1982. 2. 9. 선고 80누522 판결 등 참조). 그런데, 원고는 애초 이 사건 당초 처분의 취소를 구하다가 이 사건 처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였는바 원고가 주장하는 이 사건 당초 처분 중 소득금액변동통지 부분의 취소사유와 별지 도표 증액란 기재 2009. 4. 1.자 소득금액변동통지 부분의 취소사유는 모두 매출누락액과 매입원가 추인액의 존부로 공통되므로, 원고는 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 별지 도표 증액란 기재 2009. 4. 1.자 소득금액변동통지 부분의 취소를 구할 수 있다고 할 것이므로, 피고 이천세무서장의 위 주장은 이유 없다.

• 가. 원고의 주장

(1) 근거과세원칙 위반 주장 이 사건 처분은 구체적인 장부나 증빙에 의한 것이 아니라, 원고 총무부장이던 박BB이 작성한 확인서 및 위 박BB과 원고 대표이사 정CC에 대한 전말서 등에 근거한 것인바, 위 확인서와 전말서에는 매출누락 사실과 관련한 구체적인 내용의 기재가 없어 이를 실지조사의 근거가 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료로 볼 수 없으므로, 이 사건 처분은 근거과세원칙을 위반하여 위법하다.

(2) 매출누락액 감소 주장 이 사건 수사결과 및 관련 형사판결에서 확인된 원고의 수입누락금액은 4,020,808,953원인바, 이는 당초 피고 이천세무서장이 고발한 수입금액누락액보다 1,403,154,612원이 감소한 금액이고, 위 감소한 1,403,154,612원은 원고 EEE지점 매출누락관련 금액이다. 따라서 위 감소한 금액에 부가가치세를 더한 1,543,470,073원(= 1,403,154,612원 x 1.1)은 원고 EEE지점의 매출누락액에서 제외하여야 하는바, 이 사건 처분 중, ① 피고 이천세무서장이 한 2004년도 및 2005년도 귀속분 법인세에서 위 매출누락액 1,543,470,073원을 익금에서 제외하고 다시 산정한 법인세를 초과하는 부분, ② 피고 마포세무서장이 한 2004년도 2기 귀속분 부가가치세에서 위 수입누락액 1,403,154,612원을 과세표준에서 제외하고 다시 산정한 부가가치세를 초과하는 부분, ③ 피고 이천세무서장이 한 소득금액변동통지 중 위 매출누락액 1,543,470,073원 부분 은 취소되어야 한다.

(3) 결손 주장 이 사건 수사결과에서 피고가 고발한 법인세 포탈 부분에 관하여 무혐의처분을 받은 것은 2003년부터 2005년까지 원고가 실질적으로 결손상태였음이 밝혀졌기 때문이고, 원고의 결손상태로 인하여 대표이사 정CC에게 귀속될 금원 자체가 부존재하였다고 할 것이므로 이 사건 처분 중 법인세 부분과 소득금액변동통지 부분은 취소되어야 한다.

(4) 김AA의 편취금액 관련 주장

① 김AA은 2003년부터 2005년까지 협력업체에 대한 결제대금이라고 원고를 기망하여 원고로부터 자신의 계좌로 820,507,512원을 송금 받아 편취하였는데, 원고가 2003년부터 2005년까지 김AA의 계화로 송금하여 준 협력업체에 대한 결제대금 중 이 사건 매출누락액이 입금된 송향숙과 남광우의 계좌에서 이체된 금액이 2,059,889,023원인바, 이 사건 매출누락액 중 김AA의 편취금액인 820,507,512원에 상당하는 부분은 그 귀속처를 김AA으로 보아야 할 것이어서 원고 대표이사인 정CC에게 상여처분할 수 없고 ② 가사 송향숙과 남광우의 계좌에서 김AA의 계좌로 이체된 매출누락금액이 당초 피고가 추인한 매입원가 및 인건비 4.046.491.000원에 포함되었다고 하더라도, 1,816,258,473원{= 송향숙과 남광우의 계좌에서 김AA의 계좌로 이체된 금액 2,059,889,023원 - 242,790,263원(= 피고가 추인한 원자재구입액 2,558,048,736원 - 원고가 2003년부터 2005년까지 직접 김AA의 계좌로 입금한 금액 합계 2,315,258,473원)}은 김AA에게 귀속된 것으로 보아야 하므로 원고 대표이사인 정CC에게 상여처분할 수 없다.

• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 근거과세원칙 위반 및 매출누락액 감소 주장에 대한 판단 (가) 살피건대, 법인의 소득금액을 결정함에 있어 익금에 산입할 수익이 있었는지의 여부나 그 수익액이 얼마인지에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고, 또 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나, 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있지만, 납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 않는 것이다(대법원 2003. 6. 24. 선고 2001두 7770 판결 등 참조). 그런데, 피고가 이 사건 매출누락액의 근거로 삼은 을 제15호증(영업현황표), 을 제16호증(확인서)은 매출누락사실에 대한 결론적인 내용만이 기재되어 있을 뿐, 구체적인 거래시기나 거래금액, 거래방법 등에 관하여는 아무런 기재가 없을 뿐만 아니라 그 기재 내용을 뒷받침하는 구체적언 매출사실에 대한 증빙자료도 제출된 바 없으므로, 위 증거들은 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 않는다고 할 것이고, 이는 원고 대표이사인 정CC이나 원고 총무부장인 박BB이 세무조사과정에서 위 증거들에 기재된 매출누락사실을 인정하는 진술을 하였다고 하더라도 마찬가지라고 할 것이다. (나) 그러나 민사소송이나 세무소송에 있어서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 있는 형사판결의 인정사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나 있지 않는 한 이를 배척할 수 없는 것인데(대법원 1987. 5. 26. 선고 85누351 판결 등 참조) 이 사건 관련 형사판결에서 2003년부터 2005년까지 원고의 수입금액누락액을 4.020.808.953원으로 인정한 사실은 앞서 본 바 와 같다. 그런데 위 수입금액누락액을 채용할 수 없는 특별한 사정이 보이지 않으므로, 이 사건 관련 형사판결에서 인정된 수입금액누락액에 부가가치세를 더한 아래 도표 기재와 같은 매출액을 원고가 누락한 사실을 인정할 수 있다(아래 도표 기재 매출누락액은 피고들이 이 사건 당초 처분의 근거로 삼았던 이 사건 매출누락액에서 원고 EEE 지점의 2004년 매출누락액 1,543,470,073원이 제외된 금액이다). 이를 근거로 정당한 세액을 산출하기로 하여 원고 EEE지점의 2004년 매출 누락액 1,543,470,073원을 이 사건 매출누락액에서 제외하면(구체적인 계산은 피고의 2010. 1. 5.자 준비서면에 첨부된 참고자료 1 내지 3 참조) 원고에게 부과될 법인세, 부가가치세와 소득금액변동통지액은 별지 도표 정당한 세액란 기재 각 금원과 같은 사실을 인정할 수 있다(이 사건 당초 처분 및 이 사건 처분시 익금으로 산입되었던 원고 EEE지점의 2004년 매출누락액 1,543,470,073원을 원고의 2004년 익금에서 공제하게 되면, ① 원고의 2004사업년도 소득금액이 -263,356,664원이 되어 결손금이 발생하게 되나, 증빙미수취 및 지급조서미수취 가산세는 그대로 징수되므로 결국 2004년도 귀속분 법인세는 33,561,268원으로 줄어들게 되고, ② 위 결손금이 2005사업년도로 이월되어 2005년도 귀속분 법인세의 과세표준에서 차감되는 결과 2005년도 귀속분 법인세 도 210,059,608원으로 줄어들게 되며, ③ 이 사건 당초 처분 중 2004년도 귀속분 960,933,453원의 소득금액변동통지는 전부 감액되고, ④ 피고 마포세무서장이 한 2004 년도 2기 귀속분 부가가치세의 과세표준에서 위 수입누락액 1,403,154,612원을 제외하면, 부가가치세액은 18,311,241원이 된다). (다) 이에 대하여 원고는, 이 사건 매출누락액에서 원고 EEE지점의 2004년 매출누락액 1,543,470,073원이 줄어들면 소득금액변동통지액도 동일하게 감액되어야 할 것이므로, 원고 EEE지점의 2004년 매출누락액 1,543,470,073원에서 이 사건 당초 처분 중 2004년도 귀속분 960,933,453원의 소득금액변동통지액을 초과하는 582,536,620 원(= 1,543,470,073원 - 960,933,453원)은 그 사업연도에 상관없이 소득금액변동통지액 에서 감액되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 원고 EEE지점의 2004년 매출누락액 1,543,470,073원을 이 사건 매출누락액에서 제외할 경우 원고의 2004년 매출누락액은 위 (나)항 도표 기재와 같이 1,586,774,910원이 되고, 피고 이천세무서장이 원고의 2004년 매입원가 및 인건비로 추인한 금액은 2,169,311,530원인바(앞의 1의 나항 참조) 원고의 2004년도 손금이 익금보다 많아지므로, 이 사건 당초 처분 중 2004년도 귀속분 960.933.453원의 소득금액변동통지 부분은 취소되어야 한다. 그리고 위와 같이 손금이 익금보다 많아지게 되어 발생하는 2004년도 이월결손금은 세법상 소득조정을 통하여 산출된 2005년도 소득금액의 공제항목에 해당하여 2005년도 귀속분 법인세의 과세표준에서 차감됨으로써 2005년도 귀속분 법인세에 영향을 마치게 되는 것일 뿐이지, 2004년도 매출누락액이 감소하였다고 하여 2003년도나 2005년도 소득금액변동통지액에 어떠한 영향을 미친다고 할 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 따라서 원고의 위 주장은 2004년 매출누락에 따른 소득금액변동통지의 취소가 위 960,933,453원의 범위 내에서 이루어진다는 의미에서만 이유 있다.

(2) 결손 주장에 대한 판단 (가) 살피건대, 2003년부터 2005년까지 원고가 실질적으로 결손상태였음을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 을 제20호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 법인세를 제외하고도 2003년도에 176,146,295원, 2004년도에 107,212,337원, 2005년도에 159,285,826원의 각 당기순이익을 실현한 사실을 인정할 수 있으므로, 2003년부터 2005년까지 원고가 실질적으로 결손상태였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. (나) 또한, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하였으면 매출누락금액뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한, 매출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 매출누락금 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하는 것인데(대법원 1990. 12. 26. 선고90누3751 판결, 대법원 1999. 5. 25. 선고 97누19151 판결 등 참조), 원고가 2003년부터 2005년까지 합계 4,422,889,847원의 매출을 누락한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 그렇다면, 원고에게 위 매출누락액에 상응하는 법인세 납부의무가 발생할 뿐만 아니라, 특별한 사정이 없는 한 위 매출누락금 전액을 사외로 유출된 것으로 보아 소득처분하여야 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이 점에서도 이유 없다.

(3) 김AA의 편취금액 관련 주장에 대한 판단 살피건대, 가사 원고의 주장처럼 김AA이 원고를 기망하여 820,507,512원을 원고로부터 편취하였다고 하더라도 갑 제5호증 갑 제15호증의 1, 2 갑 제17 내지 22호증의 각 기재만으로는 위 편취금액이 그대로 이 사건 매출누락액에 대응하는 금액이라는 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이를 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 모두 이유 없다.

• 라. 소결론 따라서 이 사건 처분 중 별지 도표 정당한 세액란 기재 각 금원을 넘는 부분은 위법하므로, 피고 이천세무서장이 2009. 4. 1. 원고에 대하여 한 2004년도 귀속분 법인세 421,371,710원의 부과처분 중 33,561,268원을 초과하는 부분, 2005년도 귀속분 법인세 253,245,210원의 부과처분 중 210,059,608원을 초과하는 부분, 2004년도 귀속분 1,182,198,453원의 소득금액변동통지 중 221,265,000원을 초과하는 부분과 피고 마포세무서장이 2007. 7. 15. 원고(EEE지점)에 대하여 한 2004년도 2기 귀속분 부가가 치세 210,585,510원의 부과처분 중 18,311,241원을 초과하는 부분은 각 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.